Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15687
• Subject: NM_001042497.2
• Aligned Length: 3482
• Identities: 2751
• Gaps: 730

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCATCCTCCAGAAACCACCACCAAGATGGCTTCAGTTCGGTTCATGGTGACACCGACAAAGATCGATGACAT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TCCAGGTTTGTCAGACACCAGTCCGGACCTCAGCTCTCGATCTAGTTCCCGAGTAAGATTTAGCTCCCGGGAAA  148

Query    1  -----------------------------ATGAGTGAGATGTCTGGGGCCACCACTTCGCTGGCAACTGTTGCA  45
                                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCGTGCCTGAAACAAGCCGGAGTGAGCCTATGAGTGAGATGTCTGGGGCCACCACTTCGCTGGCAACTGTTGCA  222

Query   46  CTGGATCCACCCAGTGACCGGACTTCTCACCCCCAGGATGTCATCGAGGACCTGAGTCAGAACTCCATCACAGG  119
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                          
Sbjct  223  CTGGATCCACCCAGTGACCGGACTTCTCACCCCCAGGATGTCATCGAG--------------------------  270

Query  120  GGAACACAGCCAACTGTTAGACGACGGACATAAGAAAGCTCGAAATGCTTATCTCAATAATTCCAATTATGAAG  193
                               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  271  -------------------GACGACGGACATAAGAAAGCTCGAAATGCTTATCTCAATAATTCCAATTATGAAG  325

Query  194  AAGGAGATGAATATTTTGATAAAAATTTGGCACTCTTTGAGGAAGAAATGGACACCAGACCGAAGGTGTCTTCC  267
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  326  AAGGAGATGAATATTTTGATAAAAATTTGGCACTCTTTGAGGAAGAAATGGACACCAGACCGAAGGTGTCTTCC  399

Query  268  CTCCTCAACCGCATGGCCAATTACACTAATCTGACTCAAGGAGCAAAGGAACATGAAGAGGCAGAAAACATCAC  341
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  400  CTCCTCAACCGCATGGCCAATTACACTAATCTGACTCAAGGAGCAAAGGAACATGAAGAGGCAGAAAACATCAC  473

Query  342  TGAAGGGAAAAAGAAGCCCACCAAGACCCCCCAAATGGGTACCTTCATGGGTGTCTACCTCCCATGTCTACAAA  415
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  474  TGAAGGGAAAAAGAAGCCCACCAAGACCCCCCAAATGGGTACCTTCATGGGTGTCTACCTCCCATGTCTACAAA  547

Query  416  ATATTTTTGGAGTGATCCTTTTTTTACGCCTTACATGGGTGGTGGGCACAGCTGGAGTTCTTCAGGCTTTTGCA  489
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  548  ATATTTTTGGAGTGATCCTTTTTTTACGCCTTACATGGGTGGTGGGCACAGCTGGAGTTCTTCAGGCTTTTGCA  621

Query  490  ATTGTCCTTATCTGCTGCTGCTGTACAATGTTGACTGCTATCTCCATGAGTGCCATTGCCACTAATGGAGTGGT  563
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  622  ATTGTCCTTATCTGCTGCTGCTGTACAATGTTGACTGCTATCTCCATGAGTGCCATTGCCACTAATGGAGTGGT  695

Query  564  GCCAGCTGGGGGCTCATACTTTATGATTTCCCGGGCACTGGGCCCAGAGTTTGGTGGGGCTGTTGGCCTCTGCT  637
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  696  GCCAGCTGGGGGCTCATACTTTATGATTTCCCGGGCACTGGGCCCAGAGTTTGGTGGGGCTGTTGGCCTCTGCT  769

Query  638  TTTATCTTGGTACCACATTTGCAGCAGCCATGTACATCCTTGGTGCCATTGAAATCTTTCTGGTCTATATCGTC  711
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  770  TTTATCTTGGTACCACATTTGCAGCAGCCATGTACATCCTTGGTGCCATTGAAATCTTTCTGGTCTATATCGTC  843

Query  712  CCCCGAGCTGCCATCTTTCACAGTGATGACGCACTCAAGGAATCAGCAGCCATGCTAAATAACATGCGTGTCTA  785
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  844  CCCCGAGCTGCCATCTTTCACAGTGATGACGCACTCAAGGAATCAGCAGCCATGCTAAATAACATGCGTGTCTA  917

Query  786  CGGCACAGCTTTCTTGGTCCTTATGGTATTAGTGGTATTTATCGGCGTACGCTATGTGAACAAGTTTGCCTCAC  859
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  918  CGGCACAGCTTTCTTGGTCCTTATGGTATTAGTGGTATTTATCGGCGTACGCTATGTGAACAAGTTTGCCTCAC  991

Query  860  TTTTCCTGGCCTGTGTCATTGTGTCCATCTTGGCCATCTATGCTGGAGCCATCAAGTCTTCTTTTGCTCCTCCA  933
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  992  TTTTCCTGGCCTGTGTCATTGTGTCCATCTTGGCCATCTATGCTGGAGCCATCAAGTCTTCTTTTGCTCCTCCA  1065

Query  934  CACTTCCCGGTCTGCATGCTGGGTAACCGCACCCTTTCATCAAGACACATTGACGTTTGCTCTAAGACCAAGGA  1007
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1066  CACTTCCCGGTCTGCATGCTGGGTAACCGCACCCTTTCATCAAGACACATTGACGTTTGCTCTAAGACCAAGGA  1139

Query 1008  AATTAACAACATGACAGTCCCATCAAAGTTATGGGGATTCTTCTGTAACTCGAGTCAATTTTTCAATGCCACCT  1081
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140  AATTAACAACATGACAGTCCCATCAAAGTTATGGGGATTCTTCTGTAACTCGAGTCAATTTTTCAATGCCACCT  1213

Query 1082  GTGATGAATACTTTGTTCACAATAACGTCACTTCAATCCAGGGCATTCCTGGATTGGCTAGTGGTATAATTACA  1155
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1214  GTGATGAATACTTTGTTCACAATAACGTCACTTCAATCCAGGGCATTCCTGGATTGGCTAGTGGTATAATTACA  1287

Query 1156  GAGAATCTTTGGAGTAATTACCTACCCAAGGGAGAGATCATCGAAAAGCCTTCAGCCAAATCTTCTGATGTCTT  1229
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1288  GAGAATCTTTGGAGTAATTACCTACCCAAGGGAGAGATCATCGAAAAGCCTTCAGCCAAATCTTCTGATGTCTT  1361

Query 1230  AGGCAGCTTAAACCATGAATATGTTCTTGTTGACATCACCACCTCCTTCACGCTTCTGGTGGGAATCTTCTTTC  1303
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1362  AGGCAGCTTAAACCATGAATATGTTCTTGTTGACATCACCACCTCCTTCACGCTTCTGGTGGGAATCTTCTTTC  1435

Query 1304  CCTCTGTTACAGGTATCATGGCTGGATCAAACAGATCTGGAGATCTGAAAGATGCTCAGAAGTCTATTCCGATT  1377
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1436  CCTCTGTTACAGGTATCATGGCTGGATCAAACAGATCTGGAGATCTGAAAGATGCTCAGAAGTCTATTCCGATT  1509

Query 1378  GGTACTATCCTTGCCATCCTGACCACCTCCTTTGTTTTAGATTTAAGCAATGTTGTCCTTTTTGGTGCATGTAT  1451
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1510  GGTACTATCCTTGCCATCCTGACCACCTCCTTTGTTT---ATTTAAGCAATGTTGTCCTTTTTGGTGCATGTAT  1580

Query 1452  TGAAGGGGTTGTTCTCAGAGACAAGTTCGGTGATGCTGTGAAAGGTAATTTGGTGGTAGGCACCTTATCTTGGC  1525
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581  TGAAGGGGTTGTTCTCAGAGACAAGTTCGGTGATGCTGTGAAAGGTAATTTGGTGGTAGGCACCTTATCTTGGC  1654

Query 1526  CATCCCCATGGGTGATTGTTATTGGCTCCTTCTTTTCAACATGTGGGGCTGGACTTCAGAGCCTCACAGGTGCA  1599
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1655  CATCCCCATGGGTGATTGTTATTGGCTCCTTCTTTTCAACATGTGGGGCTGGACTTCAGAGCCTCACAGGTGCA  1728

Query 1600  CCGAGGCTGCTACAAGCTATTGCCAAGGATAACATCATACCGTTTCTGAGGGTTTTTGGCCACAGCAAAGCCAA  1673
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1729  CCGAGGCTGCTACAAGCTATTGCCAAGGATAACATCATACCGTTTCTGAGGGTTTTTGGCCACAGCAAAGCCAA  1802

Query 1674  TGGGGAACCTACCTGGGCTTTACTTCTAACTGCTGCCATTGCAGAGCTTGGAATACTCATTGCCTCCCTGGATC  1747
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803  TGGGGAACCTACCTGGGCTTTACTTCTAACTGCTGCCATTGCAGAGCTTGGAATACTCATTGCCTCCCTGGATC  1876

Query 1748  TTGTGGCCCCAATTCTTTCCATGTTTTTTCTCATGTGTTACCTCTTTGTAAACTTGGCATGTGCCTTGCAAACA  1821
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1877  TTGTGGCCCCAATTCTTTCCATGTTTTTTCTCATGTGTTACCTCTTTGTAAACTTGGCATGTGCCTTGCAAACA  1950

Query 1822  TTACTTCGAACACCCAACTGGAGACCCCGATTCCGCTACTACCATTGGGCCCTTTCTTTCATGGGAATGAGTAT  1895
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1951  TTACTTCGAACACCCAACTGGAGACCCCGATTCCGCTACTACCATTGGGCCCTTTCTTTCATGGGAATGAGTAT  2024

Query 1896  CTGTCTGGCTCTGATGTTCATTTCTTCCTGGTATTATGCCATTGTAGCCATGGTAATAGCTGGTATGATCTACA  1969
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025  CTGTCTGGCTCTGATGTTCATTTCTTCCTGGTATTATGCCATTGTAGCCATGGTAATAGCTGGTATGATCTACA  2098

Query 1970  AGTACATTGAATACCAAGGAGCTGAGAAAGAATGGGGTGATGGTATCCGTGGGCTGTCCCTCAGTGCAGCCCGG  2043
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099  AGTACATTGAATACCAAGGAGCTGAGAAAGAATGGGGTGATGGTATCCGTGGGCTGTCCCTCAGTGCAGCCCGG  2172

Query 2044  TTTGCTTTGCTTCGATTGGAGGAAGGACCTCCACACACTAAAAACTGGAGGCCTCAGTTGCTTGTATTACTGAA  2117
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2173  TTTGCTTTGCTTCGATTGGAGGAAGGACCTCCACACACTAAAAACTGGAGGCCTCAGTTGCTTGTATTACTGAA  2246

Query 2118  ACTAGATGAAGACTTACATGTCAAGCATCCTCGCCTCCTCACCTTTGCCTCACAGCTCAAAGCAGGAAAAGGTC  2191
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2247  ACTAGATGAAGACTTACATGTCAAGCATCCTCGCCTCCTCACCTTTGCCTCACAGCTCAAAGCAGGAAAAGGTC  2320

Query 2192  TCACTATTGTGGGCTCTGTCATCGTGGGGAACTTCCTAGAGAACTACGGTGAAGCTTTAGCTGCTGAGCAGACC  2265
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2321  TCACTATTGTGGGCTCTGTCATCGTGGGGAACTTCCTAGAGAACTACGGTGAAGCTTTAGCTGCTGAGCAGACC  2394

Query 2266  ATAAAGCACCTAATGGAGGCAGAGAAGGTAAAAGGATTCTGCCAGCTGGTGGTGGCCGCCAAGCTGAGGGAGGG  2339
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2395  ATAAAGCACCTAATGGAGGCAGAGAAGGTAAAAGGATTCTGCCAGCTGGTGGTGGCCGCCAAGCTGAGAGAGGG  2468

Query 2340  CATTTCCCACCTCATCCAGTCATGTGGCCTTGGGGGCATGAAGCACAACACGGTGGTGATGGGCTGGCCTAATG  2413
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2469  CATTTCCCACCTCATCCAGTCATGTGGCCTTGGGGGCATGAAGCACAACACGGTGGTGATGGGCTGGCCTAATG  2542

Query 2414  GCTGGCGTCAAAGCGAAGATGCCCGCGCTTGGAAGACTTTTATTGGCACAGTTCGAGTGACAACTGCTGCCCAT  2487
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2543  GCTGGCGTCAAAGCGAAGATGCCCGCGCTTGGAAGACTTTTATTGGCACAGTTCGAGTGACAACTGCTGCCCAT  2616

Query 2488  CTTGCACTGCTGGTGGCTAAAAACATCTCCTTCTTTCCCAGCAATGTGGAGCAATTTTCTGAGGGCAACATTGA  2561
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2617  CTTGCACTGCTGGTGGCTAAAAACATCTCCTTCTTTCCCAGCAATGTGGAGCAATTTTCTGAGGGCAACATTGA  2690

Query 2562  TGTGTGGTGGATTGTGCATGATGGGGGGATGCTTATGCTACTACCATTCCTACTGAAACAGCACAAGGTGTGGC  2635
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2691  TGTGTGGTGGATTGTGCATGATGGGGGGATGCTTATGCTACTACCATTCCTACTGAAACAGCACAAGGTGTGGC  2764

Query 2636  GAAAGTGCAGCATACGGATCTTCACAGTAGCCCAATTAGAAGACAACAGTATCCAAATGAAGAAGGACCTAGCC  2709
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2765  GAAAGTGCAGCATACGGATCTTCACAGTAGCCCAATTAGAAGACAACAGTATCCAAATGAAGAAGGACCTAGCC  2838

Query 2710  ACCTTCCTATATCACTTACGCATTGAGGCGGAGGTAGAAGTGGTGGAGATGGTGAGAAAGCTGAGTTTGAGATA  2783
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                        
Sbjct 2839  ACCTTCCTATATCACTTACGCATTGAGGCGGAGGTAGAAGTGGTGGAGAT------------------------  2888

Query 2784  CAAGAGCATGACAGTGATATATCAGCATATACTTACGAGCGCACTT----------------------------  2829
                 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                            
Sbjct 2889  -----GCATGACAGTGATATATCAGCATATACTTACGAGCGCACTTTGATGATGGAACAAAGGTCCCAGATGCT  2957

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 2958  CCGGCACATGCGGCTATCCAAAACAGAGCGAGACAGAGAGGCACAATTGGTGAAAGACCGAAACTCAATGCTAC  3031

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3032  GATTGACCAGCATTGGCTCTGATGAGGACGAAGAGACAGAAACCTATCAGGAGAAGGTGCACATGACTTGGACA  3105

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3106  AAAGACAAGTACATGGCATCCCGGGGACAAAAAGCGAAGTCAATGGAAGGATTCCAGGACCTGCTTAACATGCG  3179

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3180  TCCGGACCAGTCCAATGTGAGGCGGATGCATACAGCAGTGAAACTCAACGAGGTTATAGTTAACAAGTCCCATG  3253

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3254  AAGCAAAGCTGGTTTTATTGAATATGCCAGGGCCACCCCGAAACCCTGAGGGTGATGAAAACTACATGGAGTTC  3327

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3328  CTAGAGGTGCTTACCGAGGGACTAGAGCGAGTCCTACTTGTCCGGGGTGGTGGCAGTGAAGTGATCACCATTTA  3401

Query 2830  ----  2829
                
Sbjct 3402  TTCA  3405