Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15687
• Subject: NM_005135.2
• Aligned Length: 3359
• Identities: 2757
• Gaps: 592

Alignment

Query    1  -----------------------------------ATGAGTGAGATGTCTGGGGCCACCACTTCG--CTGGCAA  37
                                               | ||| |||      |||||..|..|||||  ||..|||
Sbjct    1  ATGCCACATTTTACTGTGACTAAGGTAGAGGACCCA-GAG-GAG------GGGGCAGCGGCTTCGATCTCTCAA  66

Query   38  ----CT-GTT--GCACTGGATCCACCCAGT----GACCGGACTTCTCACCCCCAGGATGTCATCGA------GG  94
                || |||  |||   ||  ||     |    |.|||||.|         |||||| |||  ||      .|
Sbjct   67  GAGCCTAGTTTAGCA---GA--CA-----TAAAAGCCCGGATT---------CAGGAT-TCA--GATGAACCAG  118

Query   95  ACCTGAGTCAGAACTCCATCACAGGGGAACACAGCCAACTGTTAGACGACGGACATAAGAAAGCTCGAAATGCT  168
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  119  ACCTGAGTCAGAACTCCATCACAGGGGAACACAGCCAACTGTTAGACGACGGACATAAGAAAGCTCGAAATGCT  192

Query  169  TATCTCAATAATTCCAATTATGAAGAAGGAGATGAATATTTTGATAAAAATTTGGCACTCTTTGAGGAAGAAAT  242
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  193  TATCTCAATAATTCCAATTATGAAGAAGGAGATGAATATTTTGATAAAAATTTGGCACTCTTTGAGGAAGAAAT  266

Query  243  GGACACCAGACCGAAGGTGTCTTCCCTCCTCAACCGCATGGCCAATTACACTAATCTGACTCAAGGAGCAAAGG  316
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  267  GGACACCAGACCGAAGGTGTCTTCCCTCCTCAACCGCATGGCCAATTACACTAATCTGACTCAAGGAGCAAAGG  340

Query  317  AACATGAAGAGGCAGAAAACATCACTGAAGGGAAAAAGAAGCCCACCAAGACCCCCCAAATGGGTACCTTCATG  390
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  341  AACATGAAGAGGCAGAAAACATCACTGAAGGGAAAAAGAAGCCCACCAAGACCCCCCAAATGGGTACCTTCATG  414

Query  391  GGTGTCTACCTCCCATGTCTACAAAATATTTTTGGAGTGATCCTTTTTTTACGCCTTACATGGGTGGTGGGCAC  464
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  415  GGTGTCTACCTCCCATGTCTACAAAATATTTTTGGAGTGATCCTTTTTTTACGCCTTACATGGGTGGTGGGCAC  488

Query  465  AGCTGGAGTTCTTCAGGCTTTTGCAATTGTCCTTATCTGCTGCTGCTGTACAATGTTGACTGCTATCTCCATGA  538
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  489  AGCTGGAGTTCTTCAGGCTTTTGCAATTGTCCTTATCTGCTGCTGCTGTACAATGTTGACTGCTATCTCCATGA  562

Query  539  GTGCCATTGCCACTAATGGAGTGGTGCCAGCTGGGGGCTCATACTTTATGATTTCCCGGGCACTGGGCCCAGAG  612
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  563  GTGCCATTGCCACTAATGGAGTGGTGCCAGCTGGGGGCTCATACTTTATGATTTCCCGGGCACTGGGCCCAGAG  636

Query  613  TTTGGTGGGGCTGTTGGCCTCTGCTTTTATCTTGGTACCACATTTGCAGCAGCCATGTACATCCTTGGTGCCAT  686
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  637  TTTGGTGGGGCTGTTGGCCTCTGCTTTTATCTTGGTACCACATTTGCAGCAGCCATGTACATCCTTGGTGCCAT  710

Query  687  TGAAATCTTTCTGGTCTATATCGTCCCCCGAGCTGCCATCTTTCACAGTGATGACGCACTCAAGGAATCAGCAG  760
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  711  TGAAATCTTTCTGGTCTATATCGTCCCCCGAGCTGCCATCTTTCACAGTGATGACGCACTCAAGGAATCAGCAG  784

Query  761  CCATGCTAAATAACATGCGTGTCTACGGCACAGCTTTCTTGGTCCTTATGGTATTAGTGGTATTTATCGGCGTA  834
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  785  CCATGCTAAATAACATGCGTGTCTACGGCACAGCTTTCTTGGTCCTTATGGTATTAGTGGTATTTATCGGCGTA  858

Query  835  CGCTATGTGAACAAGTTTGCCTCACTTTTCCTGGCCTGTGTCATTGTGTCCATCTTGGCCATCTATGCTGGAGC  908
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  859  CGCTATGTGAACAAGTTTGCCTCACTTTTCCTGGCCTGTGTCATTGTGTCCATCTTGGCCATCTATGCTGGAGC  932

Query  909  CATCAAGTCTTCTTTTGCTCCTCCACACTTCCCGGTCTGCATGCTGGGTAACCGCACCCTTTCATCAAGACACA  982
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  933  CATCAAGTCTTCTTTTGCTCCTCCACACTTCCCGGTCTGCATGCTGGGTAACCGCACCCTTTCATCAAGACACA  1006

Query  983  TTGACGTTTGCTCTAAGACCAAGGAAATTAACAACATGACAGTCCCATCAAAGTTATGGGGATTCTTCTGTAAC  1056
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1007  TTGACGTTTGCTCTAAGACCAAGGAAATTAACAACATGACAGTCCCATCAAAGTTATGGGGATTCTTCTGTAAC  1080

Query 1057  TCGAGTCAATTTTTCAATGCCACCTGTGATGAATACTTTGTTCACAATAACGTCACTTCAATCCAGGGCATTCC  1130
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081  TCGAGTCAATTTTTCAATGCCACCTGTGATGAATACTTTGTTCACAATAACGTCACTTCAATCCAGGGCATTCC  1154

Query 1131  TGGATTGGCTAGTGGTATAATTACAGAGAATCTTTGGAGTAATTACCTACCCAAGGGAGAGATCATCGAAAAGC  1204
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1155  TGGATTGGCTAGTGGTATAATTACAGAGAATCTTTGGAGTAATTACCTACCCAAGGGAGAGATCATCGAAAAGC  1228

Query 1205  CTTCAGCCAAATCTTCTGATGTCTTAGGCAGCTTAAACCATGAATATGTTCTTGTTGACATCACCACCTCCTTC  1278
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229  CTTCAGCCAAATCTTCTGATGTCTTAGGCAGCTTAAACCATGAATATGTTCTTGTTGACATCACCACCTCCTTC  1302

Query 1279  ACGCTTCTGGTGGGAATCTTCTTTCCCTCTGTTACAGGTATCATGGCTGGATCAAACAGATCTGGAGATCTGAA  1352
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303  ACGCTTCTGGTGGGAATCTTCTTTCCCTCTGTTACAGGTATCATGGCTGGATCAAACAGATCTGGAGATCTGAA  1376

Query 1353  AGATGCTCAGAAGTCTATTCCGATTGGTACTATCCTTGCCATCCTGACCACCTCCTTTGTTTTAGATTTAAGCA  1426
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
Sbjct 1377  AGATGCTCAGAAGTCTATTCCGATTGGTACTATCCTTGCCATCCTGACCACCTCCTTTGTTT---ATTTAAGCA  1447

Query 1427  ATGTTGTCCTTTTTGGTGCATGTATTGAAGGGGTTGTTCTCAGAGACAAGTTCGGTGATGCTGTGAAAGGTAAT  1500
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1448  ATGTTGTCCTTTTTGGTGCATGTATTGAAGGGGTTGTTCTCAGAGACAAGTTCGGTGATGCTGTGAAAGGTAAT  1521

Query 1501  TTGGTGGTAGGCACCTTATCTTGGCCATCCCCATGGGTGATTGTTATTGGCTCCTTCTTTTCAACATGTGGGGC  1574
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522  TTGGTGGTAGGCACCTTATCTTGGCCATCCCCATGGGTGATTGTTATTGGCTCCTTCTTTTCAACATGTGGGGC  1595

Query 1575  TGGACTTCAGAGCCTCACAGGTGCACCGAGGCTGCTACAAGCTATTGCCAAGGATAACATCATACCGTTTCTGA  1648
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1596  TGGACTTCAGAGCCTCACAGGTGCACCGAGGCTGCTACAAGCTATTGCCAAGGATAACATCATACCGTTTCTGA  1669

Query 1649  GGGTTTTTGGCCACAGCAAAGCCAATGGGGAACCTACCTGGGCTTTACTTCTAACTGCTGCCATTGCAGAGCTT  1722
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1670  GGGTTTTTGGCCACAGCAAAGCCAATGGGGAACCTACCTGGGCTTTACTTCTAACTGCTGCCATTGCAGAGCTT  1743

Query 1723  GGAATACTCATTGCCTCCCTGGATCTTGTGGCCCCAATTCTTTCCATGTTTTTTCTCATGTGTTACCTCTTTGT  1796
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1744  GGAATACTCATTGCCTCCCTGGATCTTGTGGCCCCAATTCTTTCCATGTTTTTTCTCATGTGTTACCTCTTTGT  1817

Query 1797  AAACTTGGCATGTGCCTTGCAAACATTACTTCGAACACCCAACTGGAGACCCCGATTCCGCTACTACCATTGGG  1870
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1818  AAACTTGGCATGTGCCTTGCAAACATTACTTCGAACACCCAACTGGAGACCCCGATTCCGCTACTACCATTGGG  1891

Query 1871  CCCTTTCTTTCATGGGAATGAGTATCTGTCTGGCTCTGATGTTCATTTCTTCCTGGTATTATGCCATTGTAGCC  1944
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1892  CCCTTTCTTTCATGGGAATGAGTATCTGTCTGGCTCTGATGTTCATTTCTTCCTGGTATTATGCCATTGTAGCC  1965

Query 1945  ATGGTAATAGCTGGTATGATCTACAAGTACATTGAATACCAAGGAGCTGAGAAAGAATGGGGTGATGGTATCCG  2018
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966  ATGGTAATAGCTGGTATGATCTACAAGTACATTGAATACCAAGGAGCTGAGAAAGAATGGGGTGATGGTATCCG  2039

Query 2019  TGGGCTGTCCCTCAGTGCAGCCCGGTTTGCTTTGCTTCGATTGGAGGAAGGACCTCCACACACTAAAAACTGGA  2092
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040  TGGGCTGTCCCTCAGTGCAGCCCGGTTTGCTTTGCTTCGATTGGAGGAAGGACCTCCACACACTAAAAACTGGA  2113

Query 2093  GGCCTCAGTTGCTTGTATTACTGAAACTAGATGAAGACTTACATGTCAAGCATCCTCGCCTCCTCACCTTTGCC  2166
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2114  GGCCTCAGTTGCTTGTATTACTGAAACTAGATGAAGACTTACATGTCAAGCATCCTCGCCTCCTCACCTTTGCC  2187

Query 2167  TCACAGCTCAAAGCAGGAAAAGGTCTCACTATTGTGGGCTCTGTCATCGTGGGGAACTTCCTAGAGAACTACGG  2240
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2188  TCACAGCTCAAAGCAGGAAAAGGTCTCACTATTGTGGGCTCTGTCATCGTGGGGAACTTCCTAGAGAACTACGG  2261

Query 2241  TGAAGCTTTAGCTGCTGAGCAGACCATAAAGCACCTAATGGAGGCAGAGAAGGTAAAAGGATTCTGCCAGCTGG  2314
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2262  TGAAGCTTTAGCTGCTGAGCAGACCATAAAGCACCTAATGGAGGCAGAGAAGGTAAAAGGATTCTGCCAGCTGG  2335

Query 2315  TGGTGGCCGCCAAGCTGAGGGAGGGCATTTCCCACCTCATCCAGTCATGTGGCCTTGGGGGCATGAAGCACAAC  2388
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336  TGGTGGCCGCCAAGCTGAGAGAGGGCATTTCCCACCTCATCCAGTCATGTGGCCTTGGGGGCATGAAGCACAAC  2409

Query 2389  ACGGTGGTGATGGGCTGGCCTAATGGCTGGCGTCAAAGCGAAGATGCCCGCGCTTGGAAGACTTTTATTGGCAC  2462
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2410  ACGGTGGTGATGGGCTGGCCTAATGGCTGGCGTCAAAGCGAAGATGCCCGCGCTTGGAAGACTTTTATTGGCAC  2483

Query 2463  AGTTCGAGTGACAACTGCTGCCCATCTTGCACTGCTGGTGGCTAAAAACATCTCCTTCTTTCCCAGCAATGTGG  2536
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2484  AGTTCGAGTGACAACTGCTGCCCATCTTGCACTGCTGGTGGCTAAAAACATCTCCTTCTTTCCCAGCAATGTGG  2557

Query 2537  AGCAATTTTCTGAGGGCAACATTGATGTGTGGTGGATTGTGCATGATGGGGGGATGCTTATGCTACTACCATTC  2610
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2558  AGCAATTTTCTGAGGGCAACATTGATGTGTGGTGGATTGTGCATGATGGGGGGATGCTTATGCTACTACCATTC  2631

Query 2611  CTACTGAAACAGCACAAGGTGTGGCGAAAGTGCAGCATACGGATCTTCACAGTAGCCCAATTAGAAGACAACAG  2684
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2632  CTACTGAAACAGCACAAGGTGTGGCGAAAGTGCAGCATACGGATCTTCACAGTAGCCCAATTAGAAGACAACAG  2705

Query 2685  TATCCAAATGAAGAAGGACCTAGCCACCTTCCTATATCACTTACGCATTGAGGCGGAGGTAGAAGTGGTGGAGA  2758
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2706  TATCCAAATGAAGAAGGACCTAGCCACCTTCCTATATCACTTACGCATTGAGGCGGAGGTAGAAGTGGTGGAGA  2779

Query 2759  TGGTGAGAAAGCTGAGTTTGAGATACAAGAGCATGACAGTGATATATCAGCATATACTTACGAGCGCACTT---  2829
            |                             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   
Sbjct 2780  T-----------------------------GCATGACAGTGATATATCAGCATATACTTACGAGCGCACTTTGA  2824

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 2825  TGATGGAACAAAGGTCCCAGATGCTCCGGCACATGCGGCTATCCAAAACAGAGCGAGACAGAGAGGCACAATTG  2898

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 2899  GTGAAAGACCGAAACTCAATGCTACGATTGACCAGCATTGGCTCTGATGAGGACGAAGAGACAGAAACCTATCA  2972

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 2973  GGAGAAGGTGCACATGACTTGGACAAAAGACAAGTACATGGCATCCCGGGGACAAAAAGCGAAGTCAATGGAAG  3046

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3047  GATTCCAGGACCTGCTTAACATGCGTCCGGACCAGTCCAATGTGAGGCGGATGCATACAGCAGTGAAACTCAAC  3120

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3121  GAGGTTATAGTTAACAAGTCCCATGAAGCAAAGCTGGTTTTATTGAATATGCCAGGGCCACCCCGAAACCCTGA  3194

Query 2830  --------------------------------------------------------------------------  2829
                                                                                      
Sbjct 3195  GGGTGATGAAAACTACATGGAGTTCCTAGAGGTGCTTACCGAGGGACTAGAGCGAGTCCTACTTGTCCGGGGTG  3268

Query 2830  -----------------------------  2829
                                         
Sbjct 3269  GTGGCAGTGAAGTGATCACCATTTATTCA  3297