Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15972
• Subject: NM_001045807.1
• Aligned Length: 2937
• Identities: 2478
• Gaps: 189

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAGGTCTGCGGGGCGGGAGCCTTTGCCGCGGCGGAGTCCAAGATGGCGGCGTGCGAGTCCGCTGTGTGAAAC  74

Query    1  ----------------------------------------------------------ATGAAGGGAAAAGAGC  16
                                                                      |||||.|||||.||||
Sbjct   75  GAGCGCGGGGTGGCGGGTTAGTCAGCTCCGCAGAGACGACCTCCGGCGACCCTCAACAATGAAAGGAAAGGAGC  148

Query   17  GCTCGCCAGTGAAGGCCAAACGCTCCCGTGGTGGTGAGGACTCGACTTCCCGCGGTGAGCGGAGCAAGAAGTTA  90
            |||||||.||.|||.||||.|||||||||||.|||||||||||.|.|||.||.||.||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCTCGCCGGTCAAGCCCAAGCGCTCCCGTGGCGGTGAGGACTCCAGTTCTCGTGGGGAGCGGAGCAAGAAGTTA  222

Query   91  GGGGGCTCTGGTGGCAGCAATGGGAGCAGCAGCGGAAAGACCGATAGCGGCGGTGGGTCGCGGCGGAGTCTCCA  164
            ||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||   ||||||||||||||.||.||
Sbjct  223  GGGGGCTCCGGCGGCAGCAATGGGAGCAGCAGCGGGAAGACGGACAGCGGC---GGGTCGCGGCGGAGCCTTCA  293

Query  165  CCTGGACAAGTCCAGCAGTCGAGGTGGCAGCCGCGAGTATGATACCGGTGGGGGCAGCTCCAGTAGCCGCTTGC  238
            .|||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  294  TCTGGACAAGTCCAGCAGCCGGGGCGGCAGCCGCGAGTACGAGACCGGCGGGGGCAGCTCCAGTAGCCGCTTGC  367

Query  239  ATAGTTATAGCTCCCCGAGCACCAAAAATTCTTCGGGCGGGGGCGAGTCGCGCAGCAGCTCCCGGGGTGGAGGC  312
            |.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  368  ACAGTTACAGCTCCCCGAGCACCAAAAATTCCTCAGGCGGGGGCGAGTCGCGCAGCAGCTCCCGGGGTGGAGGC  441

Query  313  GGGGAGTCACGTTCCTCTGGGGCCGCCTCCTCAGCTCCCGGCGGCGGGGACGGCGCGGAATACAAGACTCTGAA  386
            |||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||.|||.||||||||.|||||
Sbjct  442  GGGGAGTCACGTTCCTCCGGGGCCGCCTCCTCCGCGCCCGGCGGCGGGGACGGCGTGGAGTACAAGACCCTGAA  515

Query  387  GATAAGCGAGTTGGGGTCCCAGCTTAGTGACGAAGCGGTGGAGGACGGCCTGTTTCATGAGTTCAAACGCTTCG  460
            |||.||||||.|||||||||||||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  516  GATCAGCGAGCTGGGGTCCCAGCTGAGCGACGAGGCGGTGGAGGACGGGCTGTTTCACGAGTTCAAACGCTTCG  589

Query  461  GTGATGTAAGTGTGAAAATCAGTCATCTGTCGGGTTCTGGCAGCGGGGATGAGCGGGTAGCCTTTGTGAACTTC  534
            |||||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  590  GTGATGTAAGTGTCAAAATCAGTCACCTCTCAGGTTCTGGCAGCGGGGATGAGCGGGTAGCCTTTGTGAACTTC  663

Query  535  CGGCGGCCAGAGGACGCGCGGGCGGCCAAGCATGCCAGAGGCCGCCTGGTGCTCTATGACCGGCCTCTGAAGAT  608
            |||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  664  CGGAGGCCAGAGGACGCGAGGGCGGCCAAGCATGCCAGAGGCCGCCTGGTGCTCTATGACCGGCCTCTGAAGAT  737

Query  609  AGAAGCTGTGTATGTGAGCCGGCGCCGCAGCCGCTCCCCTTTAGACAAAGATACTTATCCTCCATCAGCCAGTG  682
            ||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||..|.||.|||.||||.|
Sbjct  738  AGAAGCCGTGTACGTGAGCCGGCGCCGCAGCCGCTCCCCGTTAGACAAAGATGCTTACGCCCCGTCATCCAGCG  811

Query  683  TGGTCGGGGCCTCTGTAGGTGGTCACCGGCACCCCCCTGGAGGTGGTGGAGGCCAGAGATCACTTTCCCCTGGT  756
            ||||||||.||||.||.|||.|.|||||||||.||||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||.
Sbjct  812  TGGTCGGGACCTCAGTCGGTAGCCACCGGCACGCCCCTGGAGGAGGGGGAGGTCAGAGGTCGCTTTCCCCTGGA  885

Query  757  GGCGCTGCTTTGGGATACAGAGACTACCGGCTGCAGCAGTTGGCTCTTGGCCGCCTGCCCCCTCCACCTCCGCC  830
            ||.||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||
Sbjct  886  GGTGCTGCTCTGGGATACAGAGACTACCGGTTGCAGCAGTTGGCCCTGGGCCGCCTGCCTCCTCCACCCCCGCC  959

Query  831  ACCATTGCCTCGAGACCTGGAGAGAGAAAGAGACTACCCGTTCTATGAGAGAGTGCGCCCTGCATACAGTCTTG  904
            |||||||||.|||||.|||||.||||||.|||||||.|||||||||||..|.||||||||.||.|||||.||.|
Sbjct  960  ACCATTGCCCCGAGAGCTGGAAAGAGAACGAGACTATCCGTTCTATGACCGGGTGCGCCCGGCCTACAGCCTGG  1033

Query  905  AGCCAAGGGTGGGAGCTGGAGCAGGTGCTGCTCCTTTCAGAGAAGTGGATGAGATTTCACCCGAGGATGATCAG  978
            ||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||
Sbjct 1034  AGCCGAGGGTGGGAGCTGGAGCAGGTGCGGCTCCTTTCCGAGAAGTGGATGAGATATCACCTGAGGACGATCAG  1107

Query  979  CGAGCTAACCGGACGCTCTTCTTGGGCAACCTAGACATCACTGTAACGGAGAGTGATTTAAGAAGGGCGTTTGA  1052
            ||.||.||||||||.||.||||||||||||.||||.||||||||.|||||.|.||||.|.||||||||.|||||
Sbjct 1108  CGTGCCAACCGGACACTTTTCTTGGGCAACTTAGATATCACTGTGACGGAAAATGATCTCAGAAGGGCTTTTGA  1181

Query 1053  TCGCTTTGGAGTCATCACAGAAGTAGATATCAAGAGGCCTTCTCGCGGCCAGACTAGTACTTACGGCTTTCTCA  1126
            |||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||||
Sbjct 1182  TCGTTTTGGAGTCATCACAGAAGTGGACATTAAGAGGCCTTCTCGAGGCCAGACCAGTACCTATGGCTTTCTCA  1255

Query 1127  AATTTGAGAACTTAGATATGTCTCACCGGGCCAAATTAGCAATGTCTGGCAAAATTATAATTCGGAATCCTATC  1200
            ||||||||||..||||.|||||||||.||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1256  AATTTGAGAATCTAGACATGTCTCACAGGGCCAAACTTGCAATGTCTGGCAAAATTATAATTCGGAATCCAATC  1329

Query 1201  AAAATTGGTTATGGTAAAGCTACACCCACCACCCGCCTCTGGGTGGGAGGCCTGGGACCTTGGGTTCCTCTTGC  1274
            ||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||.||.||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 1330  AAGATTGGTTATGGTAAAGCCACACCCACTACCCGACTTTGGGTGGGTGGTCTGGGACCCTGGGTGCCTCTTGC  1403

Query 1275  TGCCCTGGCACGAGAATTTGATCGATTTGGCACCATACGCACCATAGACTACCGAAAAGGTGATAGTTGGGCAT  1348
            |||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 1404  TGCCCTGGCACGAGAATTTGACCGATTTGGCACCATTCGAACCATAGACTACCGTAAAGGTGACAGTTGGGCAT  1477

Query 1349  ATATCCAGTATGAAAGCCTGGATGCAGCGCATGCTGCCTGGACCCATATGCGGGGCTTCCCTCTTGGTGGCCCA  1422
            ||||.|||||||||||..||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||||||
Sbjct 1478  ATATACAGTATGAAAGTTTGGATGCAGCTCATGCTGCCTGGACCCATATGCGTGGATTCCCACTTGGTGGCCCA  1551

Query 1423  GATCGACGCCTTAGAGTAGACTTTGCCGACACCGAACATCGTTACCAGCAGCAGTATCTGCAGCCTCTGCCCTT  1496
            |||||.|||||.||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 1552  GATCGTCGCCTCAGGGTAGACTTTGCAGACACAGAACATCGTTACCAGCAGCAATATCTTCAGCCTCTGCCCTT  1625

Query 1497  GACTCATTATGAGCTGGTGACAGATGCTTTTGGACATCGGGCACCAGACCCTTTGAGGGGTGCTCGGGATAGGA  1570
            |||.||.|||||.||.|||||.|||.|||||||||||.|.|||||.||||||||||||.||||||||||.||||
Sbjct 1626  GACCCACTATGAACTAGTGACGGATACTTTTGGACATAGAGCACCTGACCCTTTGAGGAGTGCTCGGGACAGGA  1699

Query 1571  CACCACCCTTACTATACAGAGATCGTGATAGGGACCTTTATCCTGACTCTGATTGGGTGCCACCCCCACCCCCA  1644
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.|||||||||||||||||.||.
Sbjct 1700  CACCACCCTTACTATACAGAGATCGTGATAGGGACCTTTATACTGATTCTGACTGGGTGCCACCCCCACCACCG  1773

Query 1645  GTCCGAGAACGCAGCACTCGGACTGCAGCTACTTCTGTGCCTGCTTACGAGCCACTGGATAGCCTAGATCGCAG  1718
            ||.|||||||||||..|||||.|||||.|||.|.||||..|||||||.||||||||.||||||.|.|||||.||
Sbjct 1774  GTTCGAGAACGCAGTGCTCGGGCTGCAACTAGTGCTGTCACTGCTTATGAGCCACTAGATAGCTTGGATCGAAG  1847

Query 1719  GCGGGATGGTTGGTCCTTGGACCGGGACAGAGGTGATCGAGATCTGCCCAGCAGCAGAGACCAGCCTAGGAAGC  1792
            |.|||||||.|||||..|||||.||||||||||||||||.||..|||||||||||||.||||||||.|||||||
Sbjct 1848  GAGGGATGGCTGGTCACTGGACAGGGACAGAGGTGATCGGGACTTGCCCAGCAGCAGGGACCAGCCAAGGAAGC  1921

Query 1793  GAAGGCTGCCTGAGGAGAGTGGAGGACGTCATCTGGATAGGTCTCCTGAGAGTGACCGCCCACGAAAA---CGT  1863
            ||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.||||||   |||
Sbjct 1922  GAAGGCTGCCTGAGGAAAGTGGAGGACGGCATCTTGATAGATCACCTGAGAGTGAACGGCCTCGAAAACAGCGT  1995

Query 1864  CACTGCGCTCCTTCTCCTGACCGCAGTCCAGAATTGAGCAGTAGCCGGGATCGTTACAACAGCGACAATGATCG  1937
            ||||||.||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||.|.|.|||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 1996  CACTGCACTCCTTCTCCTGACCGAAGTCCAGAACTGAGCAGTAACAGAGATCGCTACAACAGTGACAATGATCG  2069

Query 1938  ATCTTCCCGTCTT---CTCTTGGAAAGGCCCTCTCCAATCAGAGACAGACGAGGTAGTTTGGAGAAGAGCCAGG  2008
            |||.||.||||||   ||||||||||||.|.||.|||.|||||||.|||||.||.||||||||||||||||||.
Sbjct 2070  ATCATCTCGTCTTCTCCTCTTGGAAAGGTCTTCCCCAGTCAGAGATAGACGGGGCAGTTTGGAGAAGAGCCAGA  2143

Query 2009  GTGACAAGCGAGACCGTAAAAACTCTGCATCAGCTGAACGAGATAGGAAGCACCGGACAACTGCTCCCACTGAG  2082
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||.||||||||||.|||
Sbjct 2144  GCGACAAGCGAGACCGTAAAAACTCTGCATCAGCTGAACGGGATAGGAAGCATCGGACAGCTGCTCCCACAGAG  2217

Query 2083  GGAAAAAGCCCTCTGAAAAAAGAAGACCGCTCTGATGGGAGTGCACCTAGCACCAGCACTGCTTCCTCCAAGCT  2156
            |||||||.||||||||||||.||||||||.||||||||.|.||||||.||..||||||||.||||.||.||||.
Sbjct 2218  GGAAAAAACCCTCTGAAAAAGGAAGACCGATCTGATGGCAATGCACCCAGTGCCAGCACTTCTTCATCAAAGCA  2291

Query 2157  GAAGTCCCCGTCCCAGAAACAGGATGGGGGGACAGCCCCTGTGGCATCAGCCTCTCCCAAACTCTGTTTGGCCT  2230
            ||||.|.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||.||.||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2292  GAAGCCACCTTCCCAGAAACAGGATGGAGGGACAGCTCCTGTGGCAGCATCCTCTCCCAAACTCTGTTTGGCTT  2365

Query 2231  GGCAGGGCATGCTTCTACTGAAGAACAGCAACTTTCCTTCCAACATGCATCTGTTGCAGGGTGACCTCCAAGTG  2304
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2366  GGCAGGGCATGCTTCTACTGAAGAACAGCAACTTCCCTTCCAACATGCATCTGTTGCAGGGTGACCTCCAAGTT  2439

Query 2305  GCTAGTAGTCTTCTTGTGGAGGGTTCAACTGGAGGCAAAGTGGCCCAGCTCAAGATCACTCAGCGTCTCCGTTT  2378
            |||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2440  GCTAGCAGTCTACTTGTGGAGGGCTCAACTGGAGGCAAAGTGGCCCAACTCAAGATCACTCAGCGGCTCCGTTT  2513

Query 2379  GGACCAGCCCAAGTTGGATGAAGTAACTCGACGCATCAAAGTAGCAGGGCCCAATGGTTATGCCATTCTTTTGG  2452
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||..|||
Sbjct 2514  GGACCAACCCAAGTTGGATGAAGTAACTCGACGCATCAAAGTGGCAGGGCCTAATGGTTATGCCATTCTCCTGG  2587

Query 2453  CTGTGCCTGGAAGTTCTGACAGCCGGTCCTCCTCTTCCTCAGCTGCATCAGACACTGCCACTTCTACTCAGAGG  2526
            ||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||..||||||||||||||.|.||||||||||||
Sbjct 2588  CTGTACCTGGAAGTTCTGACAGCCGATCTTCCTCTTCCTCAGCCACATCAGACACTGCCGCCTCTACTCAGAGG  2661

Query 2527  CCACTTAGGAACCTTGTGTCCTATTTAAAGCAAAAGCAGGCAGCCGGGGTGATCAGCCTCCCTGTGGGGGGCAA  2600
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2662  CCACTTAGGAACCTTGTGTCCTATTTAAAGCAAAAGCAGGCAGCTGGGGTGATCAGCCTCCCTGTGGGAGGCAA  2735

Query 2601  CAAAGACAAGGAAAACACCGGGGTCCTTCATGCCTTCCCACCTTGTGAGTTCTCCCAGCAGTTCCTGGATTCCC  2674
            .|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2736  TAAAGACAAGGAAAACACCGGGGTTCTTCATGCCTTCCCACCTTGTGAGTTCTCTCAGCAGTTCCTGGATTCCC  2809

Query 2675  CTGCCAAGGCACTGGCCAAATCTGAAGAAGATTACCTGGTCATGATCATTGTCCGTGGGTTTGGTTTTCAGATA  2748
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||.|  
Sbjct 2810  CTGCCAAGGCACTGGCCAAATCTGAAGAAGATTACCTGGTCATGATCATTGTCCGTG-----------CAAA--  2870

Query 2749  GGAGTTAGGTATGAGAACAAGAAGAGAGAAAACTTGGCGCTGACCCTGTTA  2799
              |.|  |||    |||| ||..||                          
Sbjct 2871  --ACT--GGT----GAAC-AGCGGA--------------------------  2886