Construct: sgRNA BRDN0001162198

Construct Description:

Construct Type:
sgRNA
Other Identifiers:
n/a
DNA Barcode:
TCGGGTGAATATGTATGACA

Original Target:

Taxon:
Homo sapiens (human)
Gene:
HIPK2 (28996)
Gene Description:
n/a
CRISPR Mechanism
CRISPRko

Vector Information:

Vector Backbone:
pXPR_003
Pol II Cassette 1:
EF1A-PuroR
Pol II Cassette 2:
n/a
Selection Marker:
PuroR
Visible Reporter:
n/a
Epitope Tag:
n/a

Additional Information:

Addgene ID:
76751

Gene matches for this target sequence (CRISPRko, PAM=NGG, human):

Reference Sequence Chromosome Cut Position Match Strand Match Gene Match Sequence PAM Seq. Mismatches[?] CFD Score[?] Match Tier[?]
1 NC_000007.14 7 139620508 - HIPK2 NNNGGTGAATATGTATGACA NGG 0 1.0 Tier I
2 NC_000012.12 12 122801333 - CCDC62 NNNGGTGAATATGGATGACA NCG 2 0.0 Tier I
3 NC_000001.11 1 65868044 + PDE4B NNNGGTAAATATGTAAGACA NGG 2 0.9091 Tier II
4 NC_000006.12 6 72643991 + KCNQ5 NNNGGTGGATATGTATGACA NGG 1 0.7333 Tier II
5 NC_000011.10 11 14643031 + PSMA1 NNNGGCGGATATGTATGACA NGG 2 0.6667 Tier II
6 NC_000016.10 16 29803692 - KIF22 NNNGGAGAATATGAATGACA NGG 2 0.5365 Tier II
7 NC_000022.11 22 30187212 - HORMAD2 NNNAGTTAATATGTATGACA NGG 2 0.5143 Tier II
8 NC_000001.11 1 35075132 - ZMYM1 NNNGGTCATTATGTATGACA NGG 2 0.4125 Tier II
9 NC_000018.10 18 27168677 + CHST9 NNNGTTGAATATGTAAGACA NGG 2 0.2727 Tier II
10 NC_000023.11 X 112070384 - TRPC5 NNNGGGGAATATGTATGAAA NGG 2 0.2449 Tier II
11 NC_000013.11 13 23795992 - MIPEP NNNTGTGTATATGTATGACA NGG 2 0.1558 Tier II
12 NC_000009.12 9 112125988 - SUSD1 NNNGGTGAATATGCATGAAA NGG 2 0.1224 Tier II
13 NC_000011.10 11 16039097 + SOX6 NNNGGTAAATATGTATGACA NGA 2 0.0694 Tier II
14 NC_000001.11 1 92576174 + EVI5 NNNGGTAAATATGTATGACA NGT 2 0.0161 Tier II
15 NC_000022.11 22 40194109 + TNRC6B NNNGGTGAATATGCATGACA NTG 2 0.0111 Tier II
16 NC_000003.12 3 47076784 + SETD2 NNNGGTGAATATGTATGAGA NGA 2 0.0087 Tier II
17 NC_000003.12 3 192171680 - FGF12 NNNGGTGAATATGTCTGACA NGT 2 0.0044 Tier II
18 NC_000004.12 4 153549775 - TMEM131L NNNGGTGAATTTGGATGACA NGG 2 0.0 Tier II
19 NC_000013.11 13 65862311 - LOC105370241 NNNGGCAAATATGTATGACA NGG 2 0.9091 Tier III
20 NC_000015.10 15 34783070 + GJD2-DT NNNGCTAAATATGTATGACA NGG 2 0.7857 Tier III
21 NC_000006.12 6 72643991 + KCNQ5-IT1 NNNGGTGGATATGTATGACA NGG 1 0.7333 Tier III
22 NC_000020.11 20 49347527 - LOC105372649 NNNGGCGAATGTGTATGACA NGG 2 0.5909 Tier III
23 NC_000022.11 22 30187212 - LOC105372988 NNNAGTTAATATGTATGACA NGG 2 0.5143 Tier III
24 NC_000004.12 4 14586172 - LINC00504 NNNGGTAAATATGTATCACA NGG 2 0.2353 Tier III
25 NC_000011.10 11 4195860 - LINC02749 NNNTGTGTATATGTATGACA NGG 2 0.1558 Tier III
26 NC_000014.9 14 44028569 + LINC02307 NNNGTTGAATATGTATGACA NAG 2 0.0778 Tier III
27 NC_000011.10 11 16039097 + LOC105376572 NNNGGTAAATATGTATGACA NGA 2 0.0694 Tier III
28 NC_000005.10 5 12690233 - LINC01194 NNNGGTGAATATGTATGACT NTG 2 0.0234 Tier III
29 NC_000001.11 1 92576174 + LOC107985727 NNNGGTAAATATGTATGACA NGT 2 0.0161 Tier III
30 NC_000016.10 16 59933527 - LINC02141 NNNGGTGAATCTGTATGACA NGC 2 0.0089 Tier III
31 NC_000016.10 16 59933527 - LOC105371300 NNNGGTGAATCTGTATGACA NGC 2 0.0089 Tier III
Download CSV

Gene matches for this target sequence (CRISPRko, PAM=NGG, mouse):

Reference Sequence Chromosome Cut Position Match Strand Match Gene Match Sequence PAM Seq. Mismatches[?] CFD Score[?] Match Tier[?]
1 NC_000072.6 6 38737465 - Hipk2 NNNGGTGAATATGTATGACA NAG 1 0.2593 Tier I
2 NC_000072.6 6 87277052 + Antxr1 NNNGGTAAATATGTAAGACA NGG 2 0.9091 Tier II
3 NC_000071.6 5 96763376 - Fras1 NNNAATGAATATGTATGACA NGG 2 0.78 Tier II
4 NC_000068.7 2 10471510 + Sfmbt2 NNNGGAGATTATGTATGACA NGG 2 0.52 Tier II
5 NC_000076.6 10 27412431 - Lama2 NNNAGTGAATATGTATGGCA NGG 2 0.36 Tier II
6 NC_000072.6 6 8729685 + Ica1 NNNTGTGAATATATATGACA NGG 2 0.3357 Tier II
7 NC_000070.6 4 139364036 - Emc1 NNNGGTGAAGATGTGTGACA NGG 2 0.325 Tier II
8 NC_000082.6 16 44526509 - Boc NNNGGGGAATATGTATGTCA NGG 2 0.2857 Tier II
9 NC_000068.7 2 124262751 + Sema6d NNNGATGAATATGTATCACA NGG 2 0.2039 Tier II
10 NC_000069.6 3 76108623 - Fstl5 NNNGATGAATATGTATCACA NGG 2 0.2039 Tier II
11 NC_000067.6 1 139327671 - Crb1 NNNGGTGAATATATTTGACA NGG 2 0.1846 Tier II
12 NC_000068.7 2 60679547 - Itgb6 NNNGGTGAAAATGTATGCCA NGG 2 0.1633 Tier II
13 NC_000068.7 2 7389596 + Celf2 NNNGGTGACTATGTATCACA NGG 2 0.1345 Tier II
14 NC_000079.6 13 53245299 + Ror2 NNNGGTGAATATGTGTGCCA NGG 2 0.1238 Tier II
15 NC_000072.6 6 136128553 - Grin2b NNNGGTGAATATGTTTGATA NGG 2 0.0923 Tier II
16 NC_000086.7 X 92564634 - Mageb18 NNNGGTGGATATGTATGACA NGA 2 0.0509 Tier II
17 NC_000081.6 15 22590108 - Cdh18 NNNGGTGAATATGTATGAGA NTG 2 0.0049 Tier II
18 NC_000069.6 3 21781457 + 7530428D23Rik NNNGGAGAATATGTGTGACA NGG 2 0.5633 Tier III
19 NC_000078.6 12 88286247 - Gm7104 NNNGGTGAAGATGTAGGACA NGG 2 0.1731 Tier III
20 NC_000073.6 7 138523524 - Gm30751 NNNGGTGAATATCTATGGCA NGG 2 0.1684 Tier III
Download CSV

Other clones with same target sequence:

(none)