Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000467973
• Subject: XM_006500455.3
• Aligned Length: 3103
• Identities: 2378
• Gaps: 407

Alignment

Query    1  ATGCATCGGAAAAAGGTGGATAACCGAATCCGGATTCTCATTGAGAATGGAGTAGCTGAGCGGCAAAGATCTCT  74
            |||.|||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||
Sbjct    1  ATGAATCGGAAGAAGGTGGATAACCGAATTCGAATTCTCATTGAGAATGGCGTAGCTGAGCGGCAGAGGTCTCT  74

Query   75  CTTTGTTGTAGTTGGGGATCGAGGAAAAGATCAGGTGGTAATACTTCATCACATGTTATCCAAAGCAACTGTGA  148
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||||
Sbjct   75  TTTTGTTGTAGTTGGGGATCGAGGAAAAGATCAGGTGGTTATTCTTCATCATATGTTGTCCAAGGCAACTGTGA  148

Query  149  AGGCTCGGCCTTCAGTGCTGTGGTGTTATAAGAAAGAGCTGGGGTTTAGCAGTCACCGGAAGAAAAGAATGCGA  222
            ||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||.
Sbjct  149  AGGCTCGGCCCTCAGTCCTGTGGTGTTATAAGAAAGAGCTGGGATTTAGCAGTCACCGGAAGAAGAGGATGCGG  222

Query  223  CAGCTGCAGAAGAAAATAAAGAATGGAACACTGAACATAAAGCAGGACGACCCCTTTGAACTCTTCATAGCAGC  296
            |||||.||||||||||||||||.|||.||..|||||.|||||||.||.|||||||||||.||.||..|||||||
Sbjct  223  CAGCTACAGAAGAAAATAAAGAGTGGGACCTTGAACTTAAAGCAAGATGACCCCTTTGAGCTTTTTGTAGCAGC  296

Query  297  CACAAACATTCGCTACTGCTACTACAACGAGACCCACAAGATCCTGGGCAATACCTTCGGCATGTGTGTGCTGC  370
            |||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct  297  CACAAACATTCGCTACTGCTACTACAATGAAACCCACAAGATTCTGGGCAATACTTTCGGCATGTGTGTCCTCC  370

Query  371  AGGATTTTGAAGCCTTAACTCCAAACTTGCTGGCCAGGACTGTAGAAACAGTGGAAGGTGGTGGGCTAGTGGTC  444
            |||||||||||||.||||||||.||||||.|||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||
Sbjct  371  AGGATTTTGAAGCGTTAACTCCGAACTTGTTGGCCAGAACTGTAGAAACAGTAGAAGGTGGTGGACTGGTGGTC  444

Query  445  ATCCTCCTACGGACCATGAACTCACTCAAGCAATTGTACACAGTGACTATGGATGTGCATTCCAGGTACAGAAC  518
            ||||||||.||||||||||||||.||.|||||..|||||||..||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  445  ATCCTCCTGCGGACCATGAACTCGCTTAAGCAGCTGTACACGATGACTATGGATGTGCATTCCAGGTACAGGAC  518

Query  519  TGAGGCCCATCAGGATGTGGTGGGAAGATTTAATGAAAGGTTTATTCTGTCTCTGGCCTCTTGTAAGAAGTGTC  592
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGAGGCCCATCAGGACGTGGTGGGAAGATTTAACGAGAGGTTTATTCTCTCTCTGGCCTCTTGTAAGAAGTGTC  592

Query  593  TCGTCATTGATGACCAGCTCAACATCCTGCCCATCTCCTCCCACGTTGCCACCATGGAGGCCCTGCCTCCCCAG  666
            |.||||||||.||.||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||.|||.||.|||.|.|||||.|||
Sbjct  593  TGGTCATTGACGATCAGCTCGACATCCTGCCCATCTCCTCCCACGTGGCCAGCATTGAAGCCTTACCTCCTCAG  666

Query  667  ACTCCGGATGAGAGTCTTGGTCCTTCTGATCTGGAGCTGAGGGAGTTGAAGGAGAGCTTGCAGGACACCCAGCC  740
            .|.||||||||||.|||..|||||.|||.||||||||||..|||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct  667  GCCCCGGATGAGAATCTCAGTCCTGCTGCTCTGGAGCTGCTGGAGTTGAAAGAGAGCTTGCAGGACACTCAGCC  740

Query  741  TGTGGGTGTGTTGGTGGACTGCTGTAAGACTCTAGACCAGGCCAAAGCTGTCTTGAAATTTATCGAGGGCATCT  814
            .||||||||..|||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||
Sbjct  741  CGTGGGTGTTCTGGTGGACTGCTGCAAGACCCTGGACCAGGCCAAAGCTGTCTTGAAATTCATTGAGGGGATCT  814

Query  815  CTGAAAAGACCCTGAGGAGTACTGTTGCACTCACAGCTGCTCGAGGACGGGGAAAATCTGCAGCCCTGGGATTG  888
            |.||.|||||.||.|||||||||||.||.|||||.|||||.||||||.||||.||.|||||.||||||||..||
Sbjct  815  CGGAGAAGACTCTAAGGAGTACTGTAGCCCTCACCGCTGCCCGAGGAAGGGGCAAGTCTGCGGCCCTGGGCCTG  888

Query  889  GCGATTGCTGGGGCGGTGGCATTTGGGTACTCCAATATCTTTGTTACCTCCCCAAGCCCTGATAACCTCCATAC  962
            ||.||.|||||.||.||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct  889  GCTATCGCTGGAGCAGTGGCATTCGGGTATTCCAATATTTTTGTTACCTCCCCAAGCCCGGATAACCTCCACAC  962

Query  963  TCTGTTTGAATTTGTATTTAAAGGATTTGATGCTCTGCAATATCAGGAACATCTGGATTATGAGATTATCCAGT  1036
            .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||.|.||||
Sbjct  963  GCTGTTTGAATTTGTATTTAAAGGATTTGATGCTCTGCAGTATCAGGAGCATCTGGATTATGAGATTGTACAGT  1036

Query 1037  CTCTAAATCCTGAATTTAACAAAGCAGTGATCAGAGTGAATGTATTTCGAGAACACAGGCAGACTATTCAGTAT  1110
            |.||.||.||.||.|||||.|||||.||||||||.||.|||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.
Sbjct 1037  CGCTGAACCCCGAGTTTAATAAAGCGGTGATCAGGGTCAATGTGTTCCGAGAGCACAGACAGACTATTCAGTAC  1110

Query 1111  ATACATCCTGCAGATGCTGTGAAGCTGGGCCAGGCTGAACTAGTTGTGATTGATGAAGCTGCCGCCATCCCCCT  1184
            ||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1111  ATCCACCCTGCAGATGCTGTGAAACTGGGCCAGGCTGAGCTGGTTGTGATAGATGAAGCTGCCGCTATTCCCCT  1184

Query 1185  CCCCTTGGTGAAGAGCCTACTTGGCCCCTACCTTGTTTTCATGGCATCCACCATCAATGGCTATGAGGGCACTG  1258
            ||||.|||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct 1185  CCCCCTGGTGAAGAGCCTGCTTGGGCCCTACCTGGTTTTCATGGCATCTACTATCAATGGCTACGAGGGCACTG  1258

Query 1259  GCCGGTCACTGTCCCTCAAGCTAATTCAGCAGCTCCGTCAACAGAGCGCCCAGAGCCAGGTCAGCACCACTGCT  1332
            ||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GCCGGTCACTGTCCCTCAAGCTCATTCAACAACTCCGTCAGCAGAGTGCCCAGAGCCAGGTCAGCACCACTGCT  1332

Query 1333  GAGAATAAGACCACGACGACAGCCAGATTGGCATCAGCGCGGACACTGCATGAGGTTTCCCTCCAGGAGTCAAT  1406
            |||||.||||||||.||||||||||||.||||.|||||.||.||..|||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1333  GAGAACAAGACCACAACGACAGCCAGACTGGCCTCAGCTCGAACCTTGCATGAGGTTTCCCTCCAAGAGTCAAT  1406

Query 1407  CCGATACGCCCCTGGGGATGCAGTGGAGAAGTGGCTGAATGACTTGCTGTGCCTGGATTGCCTCAACATCACTC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1407  CCGATACGCCCCTGGGGATGCAGTGGAGAAGTGGCTTAATGACCTGCTGTGCCTGGATTGCCTCAACATCACCC  1480

Query 1481  GGATAGTCTCAGGCTGCCCCTTGCCTGAAGCTTGTGAACTGTACTATGTTAATAGAGATACCCTCTTTTGCTAC  1554
            |.||.||.||.|||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GCATCGTTTCCGGCTGCCCCTTGCCTGAGGCCTGTGAGCTCTACTATGTTAACAGAGATACCCTCTTTTGCTAC  1554

Query 1555  CACAAGGCCTCTGAAGTTTTCCTCCAACGGCTTATGGCCCTCTACGTGGCTTCTCACTACAAGAACTCTCCCAA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 1555  CACAAGGCCTCTGAAGTTTTCCTCCAGCGGCTCATGGCTCTCTATGTGGCTTCTCATTACAAGAACTCTCCCAA  1628

Query 1629  TGATCTCCAGATGCTCTCCGATGCACCTGCTCACCATCTCTTCTGCCTTCTGCCTCCTGTGCCCCCCACCCAGA  1702
            .||.||.|||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CGACCTGCAGATGCTCTCAGACGCTCCTGCTCACCACCTCTTCTGCCTCCTGCCACCTGTGCCCCCCACCCAGA  1702

Query 1703  ATGCCCTTCCAGAAGTGCTTGCTGTTATCCAGGTGTGCCTTGAAGGGGAGATTTCTCGCCAGTCCATCTTGAAC  1776
            |||||||.||.|||||||||||.|||.||||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||.
Sbjct 1703  ATGCCCTGCCTGAAGTGCTTGCAGTTGTCCAGGTGTGCCTTGAGGGAGAGATTTCTCGTCAGTCCATTTTGAAT  1776

Query 1777  AGTCTGTCTCGAGGCAAGAAGGCTTCAGGGGACCTGATTCCATGGACAGTGTCAGAACAGTTCCAAGATCCAGA  1850
            ||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 1777  AGCCTCTCTCGAGGCAAGAAGGCTTCTGGGGACCTGATTCCATGGACAGTGTCGGAACAGTTTCAAGATCCAGA  1850

Query 1851  CTTTGGTGGTCTGTCTGGTGGAAGGGTCGTTCGCATTGCTGTTCACCCAGATTATCAAGGGATGGGCTATGGCA  1924
            ||||||.||.||.|||||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1851  CTTTGGAGGCCTTTCTGGTGGACGGGTTGTTCGAATTGCTGTTCACCCAGATTATCAAGGGATGGGATATGGCA  1924

Query 1925  GCCGTGCTCTGCAGCTGCTGCAGATGTACTATGAAGGCAGGTTTCCTTGTCTGGAGGAAAAGGTCCTTGAGACA  1998
            ||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||.|||.|||||||||||||||||.|||.|.||||||
Sbjct 1925  GCCGAGCGCTGCAGCTGCTGCAGATGTATTATGAAGGCAAGTTCCCTTGTCTGGAGGAAAAAGTCTTGGAGACA  1998

Query 1999  CCACAGGAAATTCACACCGTAAGCAGCGAGGCTGTCAGCTTGTTGGAAGAGGTCATCACTCCCCGGAAGGACCT  2072
            |||||.|||||.|.||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||
Sbjct 1999  CCACAAGAAATCCGCACCGTGAGCAGTGAGGCTGTCAGCTTGTTGGAAGAAGTTATTACTCCCCGGAAGGATCT  2072

Query 2073  GCCTCCTTTACTCCTCAAATTGAATGAGAGGCCTGCCGAACGCCTGGATTACCTGGGTGTTTCCTATGGCTTGA  2146
            |||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||..|||
Sbjct 2073  GCCCCCCTTGCTCCTCAAGTTGAATGAGAGGCCTGCAGAGCGCCTGGATTACCTGGGGGTTTCCTATGGGCTGA  2146

Query 2147  CCCCCAGGCTCCTCAAGTTCTGGAAACGAGCTGGATTTGTTCCTGTTTATCTGAGACAGACCCCGAATGACCTG  2220
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||.||.||||||
Sbjct 2147  CCCCCAGGCTTCTCAAGTTCTGGAAACGAGCTGGATTTGTTCCTGTCTATTTGAGACAGACCCCAAACGACCTG  2220

Query 2221  ACCGGAGAGCACTCGTGCATCATGCTGAAGACGCTCACTGATGAGGATGAGGCTGACCAGGGAGGCTGGCTTGC  2294
            ||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||..|.|||||||||||||||||.|||||||..|||||.||
Sbjct 2221  ACTGGGGAACACTCGTGCATTATGCTGAAGACGCTGGCCGATGAGGATGAGGCTGAGCAGGGAGCTTGGCTGGC  2294

Query 2295  AGCCTTCTGGAAAGATTTCCGACGGCGGTTCCTAGCCTTGCTCTCCTACCAGTTCAGTACCTTCTCTCCTTCCC  2368
            |||.||.|||||||||||||||.|.||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||||||||||||.|||
Sbjct 2295  AGCATTTTGGAAAGATTTCCGAAGACGGTTCCTGGCCTTGCTGTCATACCAGTTCAGCACCTTCTCTCCTGCCC  2368

Query 2369  TGGCTCTGAACATCATTCAGAACAGGAACATGGGGAAGCCAGCCCAGCCTGCCCTGAGCCGGGAGGAGCTGGAA  2442
            ||.||||||||||||||||||||||||||.|.|..|||.||||||.|||.|||||..||||||||.|.|||||.
Sbjct 2369  TGTCTCTGAACATCATTCAGAACAGGAACGTAGCCAAGTCAGCCCTGCCAGCCCTAGGCCGGGAGCATCTGGAG  2442

Query 2443  GCACTCTTCCTCCCCTATGACCTGAAGCGGCTGGAGATGTATTCACGGAATATGGTGGACTATCACCTCATCAT  2516
            |||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||.|||||.|||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 2443  GCACTTTTCCTTCCCTATGACCTGAAGCGTCTAGAGATGTACTCTCGGAACATGGTCGATTACCACCTCATCAT  2516

Query 2517  GGACATGATCCCGGCCATCTCTCGCATCTATTTCCTGAACCAGCTGGGGGACCTGGCCCTGTCTGCGGCTCAGT  2590
            |||..|.|||||.|||||.||.|||.|.||.||||||||||||||.||.||||||.|||||||.||.||.||||
Sbjct 2517  GGATCTTATCCCAGCCATTTCCCGCTTGTACTTCCTGAACCAGCTAGGAGACCTGTCCCTGTCGGCTGCCCAGT  2590

Query 2591  CGGCTCTTCTCTTGGGGATTGGCCTGCAGCATAAGTCTGTGGACCAGCTGGA-------AAAGGAGATTGAGCT  2657
            ||||           .||  |||..|||        .||||     ||||.|       .|||.|||.|  |||
Sbjct 2591  CGGC-----------CGA--GGCGAGCA--------ATGTG-----GCTGTATTGTTAGCAAGCAGACT--GCT  2636

Query 2658  GCCCTCGGGCCAGTTGATGGGACTTTTCAACCGGATCA-----TCC--GCAAAGTTGTGAAGCTATTTAATGAA  2724
            .|.|                    |||.||||    ||     |||  ||.|..||||.|..|||         
Sbjct 2637  ACAC--------------------TTTGAACC----CACACTCTCCCTGCCACCTTGTCACCCTA---------  2677

Query 2725  GTTCAGGAAAAGGCCATTGAGGAGCAGATGGTGGC-AGC----------GAAGGATGTGG---TCATGGAGCCC  2784
              .|||   |||||||                ||| |.|          ||...||||||   |..||      
Sbjct 2678  --CCAG---AAGGCCA----------------GGCTATCCTGCACTCCGGATATATGTGGTTTTTTTG------  2724

Query 2785  ACGATGAAGACCCTCAGTGACGACCTAGATGAAGCAGCAAAGGAATTTCAGGAGAAACACAAGAAGGAAGTAGG  2858
                                                                                      
Sbjct 2725  --------------------------------------------------------------------------  2724

Query 2859  GAAGCTGAAGAGCATGGACCTCTCTGAATACATAATCCGTGGGGACGATGAAGAGTGGAATGAAGTTTTGAACA  2932
                                                                                      
Sbjct 2725  --------------------------------------------------------------------------  2724

Query 2933  AAGCTGGGCCGAACGCCTCGATCATCAGCCTGAAAAGTGACAAGAAAAGGAAGTTAGAGGCCAAACAAGAACCC  3006
                                                                                      
Sbjct 2725  --------------------------------------------------------------------------  2724

Query 3007  AAACAGAGCAAGAAGTTGAAGAACAGAGAGACAAAGAACAAAAAAGATATGAAACTGAAGCGGAAGAAA  3075
                                                                                 
Sbjct 2725  ---------------------------------------------------------------------  2724