Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000469087
• Subject: XM_017027233.1
• Aligned Length: 2131
• Identities: 1480
• Gaps: 464

Alignment

Query    1  ATGACCACGTTCAAGGAGGCAATGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAAGAGCTGGGGCTGCT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGACCTTGCTCAGAGGAAGCTGTATCGAGATGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGT-GGGACAT  147
                                              |||||.|||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct    1  ----------------------------------ATGCTAGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTAGGGA-AT  39

Query  148  CAAGCATTCCACAGGGATACTTTCCACTTCCTAAGGGAA-GAAAAGATTTGGATGATGAAGACAGCAATCCAAA  220
            |||.||||||||...|||||||||||||| ||.|||||| ||||||.||||||.||||||||||.|||.|||||
Sbjct   40  CAACCATTCCACCAAGATACTTTCCACTT-CTTAGGGAAGGAAAAGTTTTGGAAGATGAAGACAACAAGCCAAA  112

Query  221  GGGAAGGGAATTCAGGAGACAAGATCCAAACTGAGATGGAGACTGTTTCAGAAGCAGGAACACATCAAGAGTGG  294
            |.||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct  113  GAGAAGGGAATTCAGGAGGCAAGATCCAAATTGAGATGGAGACTGTTCCAGAAGCAGGACCACATGAAGAGTGG  186

Query  295  TCCTTCCAGCAAATCTGGGAAAAAATTGCAAGTGATTTAACCAGGTCTCAAGACTTGGTGATAAATAGCTCTCA  368
            ||||..||||||||.||||||.|||||||||||||..||||||||||||||.|||...|.|..||.||||||||
Sbjct  187  TCCTGTCAGCAAATATGGGAACAAATTGCAAGTGACCTAACCAGGTCTCAAAACTCCATAAGGAACAGCTCTCA  260

Query  369  GTTCTCCAAAGAAGGTGATTTCCCCTGCCAGACTGAGGCAGGACTATCTGTAATTCAC--ACAAGACAGAAATC  440
            |||||.|||||||||||||.||||||||||||.|||||||.||||||||.|||.||||  .||  |||||||.|
Sbjct  261  GTTCTTCAAAGAAGGTGATGTCCCCTGCCAGATTGAGGCAAGACTATCTATAAGTCACGTGCA--ACAGAAACC  332

Query  441  TTCCCAGGGCAATGGATATAAACCATCCTTCAGTGATGTCTCCCTCTTTGATTTTCATCAACAATTACACTCAG  514
            ||.||...|.||||.||.|||||..||||||||||||||.||..||||||||.||||||||||||.||||||||
Sbjct  333  TTACCGTTGTAATGAATGTAAACAGTCCTTCAGTGATGTTTCTGTCTTTGATCTTCATCAACAATCACACTCAG  406

Query  515  GAGAGAAATCTCATACGTGTGATGAGTGTGGAAAGAACTTTTGTTACATCTCAGCCCTTCGTATTCATCAGAGA  588
            ||||||||||||||||.||||.||||||||||||.|.|||.|||||||.|.|||||||||.|||||||||||||
Sbjct  407  GAGAGAAATCTCATACATGTGGTGAGTGTGGAAAAAGCTTCTGTTACAGCCCAGCCCTTCATATTCATCAGAGA  480

Query  589  GTCCACATGGGAGAGAAATGCTATAAGTGTGACGTGTGTGGTAAGGAATTCAGTCAGAGTTCACATCTGCAAAC  662
            |||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|.||||||.||||||||||||||
Sbjct  481  GTCCATATGGGAGAAAAATGCTATAAGTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTTAATCAGAGCTCACATCTGCAAAC  554

Query  663  TCATCAGAGAGTCCACACTGGAGAGAAACCGTTCAAATGTGTGGAATGTGGGAAAGGCTTCAGTCGTAGATCAG  736
            |||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||.|.|||||||||||||||||..|.|||||||||
Sbjct  555  TCATCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGGGCAATGTGGGAAAGGCTTCCATAGTAGATCAG  628

Query  737  CACTTAATGTTCATCACAAATTACACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGCGGGAAGGCCTTCATT  810
            ||||||||||||||..||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct  629  CACTTAATGTTCATTGCAAATTGCACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGTGGGAAAGCCTTCATT  702

Query  811  CACGATTCCCAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCATACGGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAA  884
            ||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  703  CATGATTCACAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAA  776

Query  885  GAGCTTCTGTGGTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACGGCAGAGAAACCATTCCGATGTGATA  958
            |||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||.|||||||||.|||||||||
Sbjct  777  GAGCTTCCGTGTTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACAGGAGAAAAACCATTCAGATGTGATA  850

Query  959  CGTGTGATAAGAGCTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATCGCATGATCCACACAGGAGAGAAACCATAC  1032
            |.||||..||||.|||||||||||||||||||||||||||||||..||||.||||||.||.||||||.||||||
Sbjct  851  CATGTGGCAAGAACTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATTCCATGGTCCACATAGAAGAGAAGCCATAC  924

Query 1033  AAATGTGAGGAGTGTGGAAAAGGCTTTATTTGTAGGCGAGATCTTTATACGCATCATATGGTCCACACGGGAGA  1106
            |||||||||.|.||||||||||||||.|||||||||||||||.|||.||.||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  925  AAATGTGAGCAATGTGGAAAAGGCTTCATTTGTAGGCGAGATTTTTGTAAGCATCAGATGGTCCACACAGGAGA  998

Query 1107  AAAGCCATATAATTGTAAAGAGTGTGGGAAGAGCTTCAGATGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGCGAGTCC  1180
            .||.|||||||||||||||||.||||||||||.||||||||||.||||.|||||||||||.|||||||.|||||
Sbjct  999  GAAACCATATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGACCTTCAGATGGTCCTCATGTCTTTTGAACCATCAGCAAGTCC  1072

Query 1181  ACAGTGGAGAAAAACCATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAAGGATTTTACACAAATTCACAATGCTATTCCCAC  1254
            ||||||||.|||||.|.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||.|.|.|.||||||.
Sbjct 1073  ACAGTGGACAAAAATCCTTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACGACGATCTTCCCAT  1146

Query 1255  CAGAGATCCCATAGTGGAGAAAAACCATACAAATGTGTGGAGTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCT  1328
            |||||||||||.|.|||||||||.|||||.||.||||.|||||||||.||||.|||.|||||||||||||||||
Sbjct 1147  CAGAGATCCCACAATGGAGAAAAGCCATATAACTGTGAGGAGTGTGGTAAGGACTATAAAAGGAGGTTGGATCT  1220

Query 1329  TGACTTTCACCAGCGCGTCCATACAGGAGAGAAACTGTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTAGTCGGG  1402
            |||.|||||||||.|.|||||.||.||.||||.||..||||||||||||||||||||.|||||||||.|..|||
Sbjct 1221  TGAGTTTCACCAGAGGGTCCACACGGGTGAGAGACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGCAAGAGCTTTGGCTGGG  1294

Query 1403  CCCCATGTCTTTTGAAACATGAGAGACTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCCAATGTGAAGAGTGTGGGAAGAGA  1476
            ||.|.|||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||.|||.||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1295  CCTCCTGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGGGAAAAACCTTTCAAATGTGAAGAGTGTGGAAAGAGA  1368

Query 1477  TTTACTCAAAATTCACATCTTCATTCCCATCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGAGAAGTG  1550
            ||||||||.|.||||||.||||||||||||||||.|...||.|||||||||||||.|||||||||||||.||||
Sbjct 1369  TTTACTCAGAGTTCACAACTTCATTCCCATCAGACATGCCATACTGGAGAAAAGCTATACAAATGTGAGCAGTG  1442

Query 1551  TGGAAAGGGCTACAATAGTAAGTTTAATCTTGATATGCACCAGAAGGTCCACACAGGAGAGAGACCATACAATT  1624
            ||..|||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||||.|||||||...||||||.||||.||.||||
Sbjct 1443  TGAGAAGGGGTACAACAGTAAATTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACGGGGGAGAGCGACCCTATAATT  1516

Query 1625  GTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTGGCTGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGAGACTGCACAGTGGAGAAAAA  1698
            |||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.
Sbjct 1517  GTAAGGAATGTGGAAAGAGCTTTGGCTGGGCTTCATGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGAGAAAAG  1590

Query 1699  CCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAAAGATTTACTCAGAATTCACAGCTTCATTCTCATCA--AAG----AGT  1766
            |||||.||||.||  |||||||||||.||||.|||||||||||||||||||||||..|||||  |||    .||
Sbjct 1591  CCATTGAAATCTG--GAGTGTGGGAAGAGATCTACTCAGAATTCACAGCTTCATTTACATCAGTAAGTCTATGT  1662

Query 1767  GCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGATGAGTGTGGGAAGGGCTTCAGCTGGTCCTCAACTCGTCTGACCC  1840
            |      ||||||||||||||                                                     
Sbjct 1663  G------GGAGAAAAGCCATA-----------------------------------------------------  1677

Query 1841  ATCAGAGACGCCACAGCAGAGAAACACCTCTCAAATGTGAGCAGCATGGGAAGAACATTGTACAGAATTCATTC  1914
                                                                                      
Sbjct 1678  --------------------------------------------------------------------------  1677

Query 1915  TCTAAAGTGCAAGAAAAAGTTCACAGTGTAGAAAAGCCATACAAATGTGAGGACTGTGGGAAGGGCTACAACAG  1988
                                                                                      
Sbjct 1678  --------------------------------------------------------------------------  1677

Query 1989  GCGCTTGAATCTTGATATGCATCAGAGGGTCCACATGGGAGAGAAAACATGGAAGTGTAGGGAGTGTGATATGT  2062
                                                                                      
Sbjct 1678  --------------------------------------------------------------------------  1677

Query 2063  GCTTTAGTCAGGCCTCAAGCCTTCGACTTCATCAGAATGTTCATGTTGGAGAAAAACCT  2121
                                                                       
Sbjct 1678  -----------------------------------------------------------  1677