Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000471117
• Subject: NM_001308328.1
• Aligned Length: 2438
• Identities: 1727
• Gaps: 410

Alignment

Query    1  ATGCCCCTGGCCGCCTACTGCTACCTGCGGGTCGTGGGCAAGGGGAGCTATGGAGAGGTGACGCTTGTGAAGCA  74
            |||||||.||||||.|||||||||.|||||||||||||||.|||.||.||.||.|||||||||||.||||||||
Sbjct    1  ATGCCCCAGGCCGCATACTGCTACATGCGGGTCGTGGGCAGGGGTAGTTACGGGGAGGTGACGCTCGTGAAGCA  74

Query   75  CCGGCGGGACGGCAAGCAGTATGTCATCAAAAAACTGAACCTCCGAAATGCCTCTAGCCGAGAGCGGCGAGCTG  148
            .|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct   75  TCGGCGAGACGGCAAGCAGTATGTCATCAAAAAGCTGAACCTCCGAAATGCCTCCAGCCGAGAGCGTCGAGCTG  148

Query  149  CTGAACAGGAAGCCCAGCTCTTGTCTCAGTTGAAGCATCCCAACATTGTCACCTACAAGGAGTCATGGGAAGGA  222
            ||||.||||||||.||||||.|.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||
Sbjct  149  CTGAGCAGGAAGCTCAGCTCCTATCTCAGTTGAAGCACCCCAACATTGTCACCTACAAAGAATCATGGGAGGGA  222

Query  223  GGAGATGGTCTGCTCTACATTGTCATGGGCTTCTGTGAAGGAGGTGATTTGTACCGAAAGCTCAAGGAGCAGAA  296
            |||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  223  GGAGACGGTCTGCTCTACATTGTCATGGGCTTCTGCGAAGGAGGTGATCTGTACCGGAAGCTCAAGGAGCAGAA  296

Query  297  AGGGCAGCTTCTGCCGGAGAATCAGGTGGTAGAGTGGTTTGTACAGATCGCCATGGCTTTGCAGTATTTACATG  370
            |||||||||||||||.||||.|||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  297  AGGGCAGCTTCTGCCTGAGAGTCAGGTGGTGGAGTGGTTTGTCCAGATCGCCATGGCCTTGCAGTATTTACATG  370

Query  371  AAAAACACATCCTTCATCGAGATCTGAAAACTCAAAATGTCTTCCTAACAAGAACAAACATCATCAAAGTAGGG  444
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  371  AGAAACACATCCTTCATCGAGATCTGAAAACTCAGAATGTCTTCTTAACAAGAACAAACATCATCAAAGTGGGG  444

Query  445  GACCTAGGAATTGCCCGAGTGTTGGAGAACCACTGTGACATGGCTAGCACCCTCATTGGCACACCCTACTACAT  518
            |||||||||||||||||.||.||.|||||.|||.||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  445  GACCTAGGAATTGCCCGCGTCTTAGAGAATCACGGTGACATGGCGAGCACCCTCATTGGCACACCCTATTACAT  518

Query  519  GAGCCCTGAATTGTTCTCAAACAAACCCTACAACTATAAGTCTGATGTTTGGGCTCTAGGATGCTGTGTCTATG  592
            |||||||||..|||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|.|||||||||||.||||
Sbjct  519  GAGCCCTGAGCTGTTCTCCAACAAACCCTACAACTATAAGTCGGATGTTTGGGCTTTGGGATGCTGTGTATATG  592

Query  593  AAATGGCCACCTTGAAGCATGCTTTCAATGCAAAAGATATGAATTCTTTAGTTTATCGGATTATTGAAGGAAAG  666
            |||||||||||.|||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAATGGCCACCCTGAAGCACGCTTTTAATGCAAAAGACATGAATTCTTTAGTTTATCGGATTATTGAAGGAAAG  666

Query  667  CTGCCAGCAATGCCAAGAGATTACAGCCCAGAGCTGGCAGGACCTGATAAGAACAATGCTGAGCAAAAGGCCTG  740
            .||||..|||||||||.||.|||||||.|||||||||| .||.||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  667  TTGCCGCCAATGCCAAAAGTTTACAGCACAGAGCTGGC-TGAGCTGATAAGAACAATGCTGAGCAGAAGGCCTG  739

Query  741  AAGAAAGGCCGTCTGTGAGGAGCATCCTGAGGCAGCCTTATATAAAGCGGCAAATCTCCTTCTTTTTGGAGGCC  814
            |.||.|||||.||||||.|||||||||||||||||||.||.|||||.|..||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct  740  AGGAGAGGCCCTCTGTGCGGAGCATCCTGAGGCAGCCCTACATAAAACACCACATCTCCTTGTTCTTGGAGGCC  813

Query  815  ACAAAGATAAAAACCTCCAAAAATAACATTAAAAATGGTGACTCTCA-ATCCAAGCCTTTTGCTACAGTGGTTT  887
            ||.|||..||||||.|||||||||||..|||||||..||||||| || |.||||||||.|||||.|.||.||||
Sbjct  814  ACCAAGGCAAAAACTTCCAAAAATAATGTTAAAAACTGTGACTC-CAGAGCCAAGCCTGTTGCTGCTGTAGTTT  886

Query  888  CTGGAGAGGCAGAATCAAATCATGAAGTAATCCACCCCCAACCACTCTCTTCTGAGGGCTCCCAGACAT-----  956
            |..||.|||.||||||||||..|||.||.||.|||..|||.||||.|||||||||||||||       |     
Sbjct  887  CCAGAAAGGAAGAATCAAATACTGACGTGATACACTACCAGCCACGCTCTTCTGAGGGCTC-------TGCTTT  953

Query  957  --ATATAATGGGTGAAGGCAAATGTTTGTCCCAGGAGAAACCCAG-GGCCTCTGGTCTCTTGAAGTCACCTGCC  1027
              ||.|.||||||||||..||||||||||||||.|||||| |||| ||.|..|||||.|||||..|||||.||.
Sbjct  954  GCATGTCATGGGTGAAGATAAATGTTTGTCCCAAGAGAAA-CCAGTGGACATTGGTCCCTTGAGATCACCGGCT  1026

Query 1028  AGTCTGAAAGCCCATACCTGCAAACAGGACTTGAGCAATACCACAGA---ACTAGCCACAATCAGTAGCGTAAA  1098
            |||||..|||.|||.||..|||||||.|||.|||.||||||....||   |...||||||||||||||..||||
Sbjct 1027  AGTCTTGAAGGCCACACTGGCAAACAAGACATGAACAATACTGGGGAGTCATGTGCCACAATCAGTAGGATAAA  1100

Query 1099  TATTGACATCTTACCTGCAAAAGGGAGGGATTCAGTGAGTGATGGCTTTGTTCAGGAGAATCAGCCAAGATATT  1172
            |||.||.||||||||||||.||.|||||||.||||.||..|.|||..|.||||||||||..||.|||..|.|..
Sbjct 1101  TATCGATATCTTACCTGCAGAAAGGAGGGACTCAGCGAACGCTGGTGTAGTTCAGGAGAGCCAACCACAACACG  1174

Query 1173  TGGATGCCTCTAATGAGTTAGGAGGTATATGCAGTATTTCTCAAGTGGAAG-AGGAGATGCTGCAGGACAACAC  1245
            ||||||||.||.||||..|||...||...||||||||||||||||    || ||||||.|||.||||.|||.||
Sbjct 1175  TGGATGCCGCTGATGAAGTAGACAGTCAGTGCAGTATTTCTCAAG----AGAAGGAGAGGCTACAGGGCAATAC  1244

Query 1246  TAAATCCAGTGCCCAGCCTGAAAACCTGATTCCCATGTGGTCCTCTGA-CATTGTCACTGGGGAAAAGAATGAA  1318
            .||.|||||||..|||||||.|||.||..||||||...|||||||||| ..|.||.| |||||||..||.||||
Sbjct 1245  CAAGTCCAGTGATCAGCCTGGAAATCTCCTTCCCAGACGGTCCTCTGATGGTGGTGA-TGGGGAAGGGAGTGAA  1317

Query 1319  CCAGTGAAGCCTCTGCAGCCC-CTAATCAAAGAACAAAAGCCAAAGGACCAGGATCAAGTTGCTGGTGAATGTA  1391
            |..||||||||..||.|.||| |.||| |||||.|||||||||   ||||||                      
Sbjct 1318  CTGGTGAAGCCATTGTATCCCTCAAAT-AAAGACCAAAAGCCA---GACCAG----------------------  1365

Query 1392  TTATAGAAAAACAGGGCAGAATCCACCCAGATTTACAGCCACACAACTCTGGGTCTGAACCTTCCCTGTCTCGA  1465
                                                                                      
Sbjct 1366  --------------------------------------------------------------------------  1365

Query 1466  CAGCGACGGCAAAAGAGGAGAGAACAGACTGAGCACAGAGGGGAAAAGAGACAGGTCCGCAGAGATCTCTTTGC  1539
                                                                                      
Sbjct 1366  --------------------------------------------------------------------------  1365

Query 1540  TTTCCAAGAGTCGCCTCCTCGATTTTTGCCTTCTCATCCCATTGTTGGGAAAGTGGATGTCACATCAACACAAA  1613
             ||||||||.|..||.|||||..|||||||||||.||||...|.||||||||||||||.|||.|.|||||||..
Sbjct 1366  -TTCCAAGAATTACCCCCTCGGCTTTTGCCTTCTTATCCTGGTATTGGGAAAGTGGATATCATAGCAACACAGC  1438

Query 1614  AAGAGGCTGAAAACCAACGTAGA---GTGGTCACTGGGTCTGTGAGCAGTTCAAGGAGCAG-TGAGATGTCATC  1683
            ||.|.|.||.|||||||.||.||   ||||   ||||||.|||.|.|||||||||||.||| |.| |...||||
Sbjct 1439  AAAATGATGGAAACCAAGGTGGACCTGTGG---CTGGGTGTGTAAACAGTTCAAGGACCAGCTCA-ACAGCATC  1508

Query 1684  ATCAAAGGATCGACCATTATCAGCCAGAGAGAGGAGGCGACTAAAGCAGTCACAGGAAGAAATG----------  1747
            |.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|||          
Sbjct 1509  AGCAAAGGATCGACCATTATCAGCCAGAGAGAGGAGACGGCTAAAGCAGTCACAGGAGGAGATGCTGCCCTCAG  1582

Query 1748  --------------------------------------------------------------------------  1747
                                                                                      
Sbjct 1583  GCCCTGCAGTTCAGAGAACTCCAAGTGCAGTTGAGCCACTGAAACCACAGGAAGAAGACCAACCCATCCCTGCC  1656

Query 1748  ------TCCTCTTC-------------------------------------AGG--AAAGGAAA-----CAGAT  1771
                  |.||||||                                     |||  ||||||.|     |.|||
Sbjct 1657  CAACGATTCTCTTCTGACTGCAGCATCACTCAGATGAATCACACACTCCCGAGGGAAAAGGAGAAGAGGCTGAT  1730

Query 1772  TCATTGTCTGTCTGAGGATGAGTTAAGTTCTTCTACAAGTTCAACTGATAAGTCAGATGGGGATTACGGGGAAG  1845
            .|||.|.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.|.||||.|
Sbjct 1731  GCATGGCCTGTCTGAGGATGAGTTAAGCTCTTCTACAAGCTCAACTGATAAGTCAGATGGGGATTCCAGGGAGG  1804

Query 1846  GGAAAGGTCAGACAAATGAAATTAATGCCTTGGTACAATTGATGACTCAGACCCTGAAACTGGATTCTAAAGAG  1919
            ||||..||||.|||||||||||.||.|.|||||||||..|||||||||||||.||||..|||||..||||.|||
Sbjct 1805  GGAAGAGTCATACAAATGAAATGAAAGACTTGGTACAGCTGATGACTCAGACTCTGAGGCTGGAAGCTAAGGAG  1878

Query 1920  AGCTGTGAAGATGTCCCGGTAGCAAACCCAGTGTCAGAATTCAAACTTCATCGGAAATATCGGGACACACTGAT  1993
            ||||||||||||.|||.|||...||||||||.|||||||||||.|||||||||.||.|||||.|||||.|||.|
Sbjct 1879  AGCTGTGAAGATCTCCAGGTCCTAAACCCAGGGTCAGAATTCAGACTTCATCGAAAGTATCGAGACACGCTGGT  1952

Query 1994  ACTTCATGGGAAGGTTGCAGAAGAGGCAGAGGAAATCCATTTTAAAGAGCTACCTTCAGCTATTATGCCAGGTT  2067
            .||||||||.|||||||||||||||   |.||||..|||.|.||..|||||.|||.|.|.|||.||.|||||||
Sbjct 1953  GCTTCATGGCAAGGTTGCAGAAGAG---GTGGAACCCCACTGTACGGAGCTGCCTACGGGTATCATACCAGGTT  2023

Query 2068  CTGAAAAGATCAGGAGACTAGTTGAAGTCTTGAGAACTGATGTAATTCGTGGCCTGGGAGTTCAGCTTTTAGAG  2141
            |||||||||||||||||.|.|||||||||||.|||.||||||||||.|..||||||||..||||.||.||||||
Sbjct 2024  CTGAAAAGATCAGGAGAATCGTTGAAGTCTTAAGAGCTGATGTAATCCAGGGCCTGGGGATTCAACTCTTAGAG  2097

Query 2142  CAGGTGTATGATCTTTTGGAGGAGGAGGATGAATTTGATAGAGAGG----------TGAGTGTCTCAT------  2199
            |||||||.|||||||||||..|||||.|||||.||.||.|||||||          .|||   |.|||      
Sbjct 2098  CAGGTGTTTGATCTTTTGGGAGAGGAAGATGAGTTGGAGAGAGAGGCACGATTACAGGAG---CACATGGGAGA  2168

Query 2200  TAACTGTAT-CAAGATGCTTA---TGTTATAG------------AATTTTT-------------------  2234
            .||  |||| |||    ||||   |||.|.||            |||||||                   
Sbjct 2169  CAA--GTATACAA----CTTACTGTGTGAAAGCTCGCCAATTGAAATTTTTTGAAGAAAATGTGAGTTTT  2232