Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000476145
• Subject: XM_011535797.2
• Aligned Length: 2838
• Identities: 2505
• Gaps: 333

Alignment

Query    1  ATGGAGAGCTTCCACACCAGATTTAGTGCCTGGACACCTTTTAGCAACAAGTCATTAAATAGACAGCTCTTTCA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGAAAGAGTGGCTCTTATAAGTCATTGGTTTGACCTCTGGACTAACAAGCAACGTCAAGAATTCTTATTCGCAA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TTTTTTTAAGATGCACTAAATCACAATTAAGGTTTGTCCAAGACTGGTTTTCAGAAAGGATGCAAGTGGCCAAA  222
                                                                       |||||||||||||||
Sbjct    1  -----------------------------------------------------------ATGCAAGTGGCCAAA  15

Query  223  GTGGACTTCTCTACAGTGTTACCACGCTTCATTTCTCTATATATCTTTTCCTTTTTGAGTCCGAAAGATTTGTG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   16  GTGGACTTCTCTACAGTGTTACCACGCTTCATTTCTCTATATATCTTTTCCTTTTTGAGTCCGAAAGATTTGTG  89

Query  297  TGCCGCTGCCCAAGTCAGCTGGCCCTGGAAGTTTTTAACTGAACAGGATTGCTTATGGATGCCCAAATGCGTTA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   90  TGCCGCTGCCCAAGTCAGCTGGCCCTGGAAGTTTTTAACTGAACAGGATTGCTTATGGATGCCCAAATGCGTTA  163

Query  371  AGTTCGGATGGTTTCTGCCCTATACTCCAACAGATAATGAGTATGGTGCTTGGAAGCGCCATTACATTGCTTGT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  164  AGTTCGGATGGTTTCTGCCCTATACTCCAACAGATAATGAGTATGGTGCTTGGAAGCGCCATTACATTGCTTGT  237

Query  445  GTGTCCCACTTAGACTGGCTGACACCTAGGGAGGCTGCTGCTACTTATGGGACGCTGAATGAACCCAAAACAGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  238  GTGTCCCACTTAGACTGGCTGACACCTAGGGAGGCTGCTGCTACTTATGGGACGCTGAATGAACCCAAAACAGA  311

Query  519  AGATGAGGAACTACTGGAGAGACAAAGAGAAAAGTGCCTGAGGAAAAGAATTTGGGAGAAAATTGCACTACGTA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  312  AGATGAGGAACTACTGGAGAGACAAAGAGAAAAGTGCCTGAGGAAAAGAATTTGGGAGAAAATTGCACTACGTA  385

Query  593  AGAAGGAGTTATTCAAAGTTCGACCCCCTTGGGTGAGTGGAACTTGCTGCTCTAGCGTGCTAAAGCCCAGATGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  386  AGAAGGAGTTATTCAAAGTTCGACCCCCTTGGGTGAGTGGAACTTGCTGCTCTAGCGTGCTAAAGCCCAGATGC  459

Query  667  CAACCACGCCTCTCCCAGACTGTAAGGGAGCGAGTGGGATTACATGAAGCTTTGGAGAAACAGCTTGTTTTGAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  460  CAACCACGCCTCTCCCAGACTGTAAGGGAGCGAGTGGGATTACATGAAGCTTTGGAGAAACAGCTTGTTTTGAC  533

Query  741  ATCGTTAGAAACCTTGCCCAAGCGAAGCAATATTTCTGGAAGCCATTCCTACCCTTTATTATCAAAGAAAAATT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  534  ATCGTTAGAAACCTTGCCCAAGCGAAGCAATATTTCTGGAAGCCATTCCTACCCTTTATTATCAAAGAAAAATT  607

Query  815  GGCATGGAGTTCATAAAAATGATGACAGATCTTCATATGCTCTCCGGCCACACTTCATGTTAATATCATCCCGG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  608  GGCATGGAGTTCATAAAAATGATGACAGATCTTCATATGCTCTCCGGCCACACTTCATGTTAATATCATCCCGG  681

Query  889  ATTCCTGCGTATGAGATGGTGATGGAGAGTGTGAAGGCTGGTGTTGTTTCTGTGGTATATGAACACAGCGTAAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  682  ATTCCTGCGTATGAGATGGTGATGGAGAGTGTGAAGGCTGGTGTTGTTTCTGTGGTATATGAACACAGCGTAAC  755

Query  963  CTTGGAAAGCCTTCTGTATCTTATAGAAAAAGCTCTGGATGGGCAGAAGGCACAGAGCATCGGAATATTTAGCG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  756  CTTGGAAAGCCTTCTGTATCTTATAGAAAAAGCTCTGGATGGGCAGAAGGCACAGAGCATCGGAATATTTAGCG  829

Query 1037  ATGGAGACAGCAGAGAAATCAATTTACTCCAAGGCTATAAAATTGGTGTTAAAAATTTACTGAGGCCTGAAGTG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  830  ATGGAGACAGCAGAGAAATCAATTTACTCCAAGGCTATAAAATTGGTGTTAAAAATTTACTGAGGCCTGAAGTG  903

Query 1111  AGAGATTTCTGGGAGAAATTAGGAAGCTATGTGGCCACTGAAGAAGAAGGGGGTCACGTGGACTTCTTCGTGCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  904  AGAGATTTCTGGGAGAAATTAGGAAGCTATGTGGCCACTGAAGAAGAAGGGGGTCACGTGGACTTCTTCGTGCC  977

Query 1185  CCTTGGAGCATCAGAGGCAGGAATTGAAGTTCTTTCCCAGCTGTCTCAACTAACTGGCACGTTCTTTACGGCCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  978  CCTTGGAGCATCAGAGGCAGGAATTGAAGTTCTTTCCCAGCTGTCTCAACTAACTGGCACGTTCTTTACGGCCC  1051

Query 1259  CCACTGGGATTGCAACTGGCTCTTACCAGCACATTCTTAGTGATTGGCTGGGATCCCAATGGGGAAAGGCCCCC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052  CCACTGGGATTGCAACTGGCTCTTACCAGCACATTCTTAGTGATTGGCTGGGATCCCAATGGGGAAAGGCCCCC  1125

Query 1333  TCTTCCATCTACTTCTGCGAATCGAAGCTACAGACGTGGTCCAGCTTCACAGACTTCCTAGAAGAAACCTTGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1126  TCTTCCATCTACTTCTGCGAATCGAAGCTACAGACGTGGTCCAGCTTCACAGACTTCCTAGAAGAAACCTTGAA  1199

Query 1407  AACAGTAAGGAAGCAGCTGTATCCTTTCTTCAAGGAACTGCAGAAGAGCATCAGTGGCAGGATGATAGGGCAGT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200  AACAGTAAGGAAGCAGCTGTATCCTTTCTTCAAGGAACTGCAGAAGAGCATCAGTGGCAGGATGATAGGGCAGT  1273

Query 1481  TTATGTTTGACACCATGGGTATGACCAACATTCTAAACAACCAAGATACTGCGCAAGCTCTGGCAGATGGATTG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274  TTATGTTTGACACCATGGGTATGACCAACATTCTAAACAACCAAGATACTGCGCAAGCTCTGGCAGATGGATTG  1347

Query 1555  ATGGAGTTGTCAAAAGAAGATTCT--------------------------------------------------  1578
            ||||||||||||||||||||||||                                                  
Sbjct 1348  ATGGAGTTGTCAAAAGAAGATTCTGACAAACCTCTGGAATTTTTGTCGTATTTTCTGCTGAAGAAATGTGGCAA  1421

Query 1579  --------------------------------------------------------------------------  1578
                                                                                      
Sbjct 1422  AAAGATCAAAGATGTTGAAGGAAATGTTATTCCAACAAAATGTGACCCAAAGACAACATTCAGTTTATTCATGA  1495

Query 1579  --GAAAGAAATGTTGTAGAAGACAATTCTTGGGACACAAAGTCCAGGCTCAGCAAAAATGATTTAAATTTTGAA  1650
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1496  AGGAAAGAAATGTTGTAGAAGACAATTCTTGGGACACAAAGTCCAGGCTCAGCAAAAATGATTTAAATTTTGAA  1569

Query 1651  GCACTGATTAATCTGGAGAGAATACTCCAGAAGGACTCAGCAGAAAAGCGAGCTAGAGTTGTCAGAGAACTCTT  1724
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1570  GCACTGATTAATCTGGAGAGAATACTCCAGAAGGACTCAGCAGAAAAGCGAGCTAGAGTTGTCAGAGAACTCTT  1643

Query 1725  ACAGAGTGAGAGAAAATACGTGCAGATACTGGAAATTGTGAGAGATGTTTATGTCGCACCACTGAAAGCAGCAT  1798
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1644  ACAGAGTGAGAGAAAATACGTGCAGATACTGGAAATTGTGAGAGATGTTTATGTCGCACCACTGAAAGCAGCAT  1717

Query 1799  TGTCATCAAACAGAGCGATTCTGAGTGCTGCCAATATCCAGATCATTTTCTGTGACATTCTACAGATTTTAAGT  1872
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1718  TGTCATCAAACAGAGCGATTCTGAGTGCTGCCAATATCCAGATCATTTTCTGTGACATTCTACAGATTTTAAGT  1791

Query 1873  CTCAACAGGCAGTTTCTAGATAACCTGAGAGACAGACTGCAGGAATGGGGCCCAGCTCACTGTGTGGGAGAAAT  1946
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792  CTCAACAGGCAGTTTCTAGATAACCTGAGAGACAGACTGCAGGAATGGGGCCCAGCTCACTGTGTGGGAGAAAT  1865

Query 1947  AGTCACGAAGTTTGGAAGCCAGTTAAACACATATACCAATTTCTTCAACAATTACCCTGTCATTCTGAAAACTA  2020
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866  AGTCACGAAGTTTGGAAGCCAGTTAAACACATATACCAATTTCTTCAACAATTACCCTGTCATTCTGAAAACTA  1939

Query 2021  TTGAGAAGTGCAGAGAAATGATACCAGCATTCCGAACTTTCCTGAAGAGGCATGATAAGACCATTGTTACCAAA  2094
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1940  TTGAGAAGTGCAGAGAAATGATACCAGCATTCCGAACTTTCCTGAAGAGGCATGATAAGACCATTGTTACCAAA  2013

Query 2095  ATGCTGAGCCTGCCAGAGCTGCTGCTGTACCCATCCCGAAGATTTGAAGAATACCTTAATCTTCTCTACGCTGT  2168
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2014  ATGCTGAGCCTGCCAGAGCTGCTGCTGTACCCATCCCGAAGATTTGAAGAATACCTTAATCTTCTCTACGCTGT  2087

Query 2169  CAGGCTTCATACCCCTGCAGAGCATGTTGACCGTGGGGACTTGACCACTGCAATTGACCAAATCAAAAAATATA  2242
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2088  CAGGCTTCATACCCCTGCAGAGCATGTTGACCGTGGGGACTTGACCACTGCAATTGACCAAATCAAAAAATATA  2161

Query 2243  AAGGTTATATAGATCAGATGAAGCAAAACATCACTATGAAGGATCATCTGTCAGATATACAGAGAATCATCTGG  2316
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2162  AAGGTTATATAGATCAGATGAAGCAAAACATCACTATGAAGGATCATCTGTCAGATATACAGAGAATCATCTGG  2235

Query 2317  GGATGCCCTACTCTATCAGAAGTAAACAGATATCTGATTAGGGTACAAGATGTAGCCCAACTTCATTGCTGTGA  2390
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2236  GGATGCCCTACTCTATCAGAAGTAAACAGATATCTGATTAGGGTACAAGATGTAGCCCAACTTCATTGCTGTGA  2309

Query 2391  TGAAGAAATAAGTTTCTCTTTAAGGCTCTATGAACACATCCATGATCTCAGCCTTTTCCTCTTCAATGATGCCC  2464
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2310  TGAAGAAATAAGTTTCTCTTTAAGGCTCTATGAACACATCCATGATCTCAGCCTTTTCCTCTTCAATGATGCCC  2383

Query 2465  TGCTCGTTTCTAGTCGGGGCACATCTCACACTCCATTTGAGAGGACTTCAAAAACAACCTACCAGTTCATTGCA  2538
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2384  TGCTCGTTTCTAGTCGGGGCACATCTCACACTCCATTTGAGAGGACTTCAAAAACAACCTACCAGTTCATTGCA  2457

Query 2539  TCAGTGGCCCTTCATCGGTTACTCATAGAAAATATTCCAGATTCCAAGTATGTCAAGAATGCATTTATTCTTCA  2612
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458  TCAGTGGCCCTTCATCGGTTACTCATAGAAAATATTCCAGATTCCAAGTATGTCAAGAATGCATTTATTCTTCA  2531

Query 2613  GGGTCCAAAATATAAATGGATTTGTGCTACAGAAATAGAGGATGATAAGTTCCTATGGCTGTCAGTACTTCGAA  2686
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2532  GGGTCCAAAATATAAATGGATTTGTGCTACAGAAATAGAGGATGATAAGTTCCTATGGCTGTCAGTACTTCGAA  2605

Query 2687  ATGCAATCAAAAGCAGTATGGAGAAG  2712
            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2606  ATGCAATCAAAAGCAGTATGGAGAAG  2631