Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000477850
• Subject: XM_011542038.2
• Aligned Length: 2928
• Identities: 2295
• Gaps: 633

Alignment

Query    1  ATGGAAAAGCAAAAGCCCTTTGCATTGTTCGTACCACCGAGATCAAGCAGCAGTCAGGTGTCTGCGGTGAAACC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TCAGACCCTGGGAGGCGATTCCACTTTCTTCAAGAGTTTCAACAAATGTACTGAAGATGATTTTGAGTTTCCAT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TTGCAAAGACTAATCTCTCCAAAAATGGGGAAAACATTGATTCAGATCCTGCTTTACAAAAAGTTAATTTCTTG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CCCGTGCTTGAGCAGGTTGGTAATTCTGACTGTCACTATCAGGAAGGACTAAAAGACTCTGATTTGGAGAATTC  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  AGAGGGATTGAGCAGAGTGTATTCAAAACTGTATAAGGAGGCTGAAAAGATAAAAAAATGGAAAGTAAGTACAG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  AAGCTGAACTGAGACAGAAAGAAAGTAAGTTGCAAGAAAACAGAAAGATAATTGAAGCACAGCGAAAAGCCATT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  CAGGAACTGCAATTTGGAAATGAAAAAGTAAGTTTGAAATTAGAAGAAGGAATACAAGAAAATAAAGATTTAAT  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  AAAAGAGAATAATGCCACAAGGCATTTATGTAATCTACTCAAAGAAACCTGTGCTAGATCTGCAGAAAAGACAA  592
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  593  AGAAATATGAATATGAACGGGAAGAAACCAGGCAAGTTTATATGGATCTAAATAATAACATTGAGAAAATGATA  666
                                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -----------------------------------------ATGGATCTAAATAATAACATTGAGAAAATGATA  33

Query  667  ACAGCTTTTGAGGAACTTCGTGTGCAAGCTGAGAATTCCAGACTGGAAATGCATTTTAAGTTAAAGGAAGATTA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   34  ACAGCTTTTGAGGAACTTCGTGTGCAAGCTGAGAATTCCAGACTGGAAATGCATTTTAAGTTAAAGGAAGATTA  107

Query  741  TGAAAAAATCCAACACCTTGAACAAGAATACAAGAAGGAAATAAATGACAAGGAAAAGCAGGTATCACTACTAT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  108  TGAAAAAATCCAACACCTTGAACAAGAATACAAGAAGGAAATAAATGACAAGGAAAAGCAGGTATCACTACTAT  181

Query  815  TGATCCAAATCACTGAGAAAGAAAATAAAATGAAAGATTTAACATTTCTGCTAGAGGAATCCAGAGATAAAGTT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  182  TGATCCAAATCACTGAGAAAGAAAATAAAATGAAAGATTTAACATTTCTGCTAGAGGAATCCAGAGATAAAGTT  255

Query  889  AATCAATTAGAGGAAAAGACAAAATTACAGAGTGAAAACTTAAAACAATCAATTGAGAAACAGCATCATTTGAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  256  AATCAATTAGAGGAAAAGACAAAATTACAGAGTGAAAACTTAAAACAATCAATTGAGAAACAGCATCATTTGAC  329

Query  963  TAAAGAACTAGAAGATATTAAAGTGTCATTACAAAGAAGTGTGAGTACTCAAAAGGCTTTAGAGGAAGATTTAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  330  TAAAGAACTAGAAGATATTAAAGTGTCATTACAAAGAAGTGTGAGTACTCAAAAGGCTTTAGAGGAAGATTTAC  403

Query 1037  AGATAGCAACAAAAACAATTTGTCAGCTAACTGAAGAAAAAGAAACTCAAATGGAAGAATCTAATAAAGCTAGA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  404  AGATAGCAACAAAAACAATTTGTCAGCTAACTGAAGAAAAAGAAACTCAAATGGAAGAATCTAATAAAGCTAGA  477

Query 1111  GCTGCTCATTCGTTTGTGGTTACTGAATTTGAAACTACTGTCTGCAGCTTGGAAGAATTATTGAGAACAGAACA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  478  GCTGCTCATTCGTTTGTGGTTACTGAATTTGAAACTACTGTCTGCAGCTTGGAAGAATTATTGAGAACAGAACA  551

Query 1185  GCAAAGATTGGAAAAAAATGAAGATCAATTGAAAATACTTACCATGGAGCTTCAAAAGAAATCAAGTGAGCTGG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  552  GCAAAGATTGGAAAAAAATGAAGATCAATTGAAAATACTTACCATGGAGCTTCAAAAGAAATCAAGTGAGCTGG  625

Query 1259  AAGAGATGACTAAGCTTACAAATAACAAAGAAGTAGAACTTGAAGAATTGAAAAAAGTCTTGGGAGAAAAGGAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  626  AAGAGATGACTAAGCTTACAAATAACAAAGAAGTAGAACTTGAAGAATTGAAAAAAGTCTTGGGAGAAAAGGAA  699

Query 1333  ACACTTTTATATGAAAATAAACAATTTGAGAAGATTGCTGAAGAATTAAAAGGAACAGAACAAGAACTAATTGG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  700  ACACTTTTATATGAAAATAAACAATTTGAGAAGATTGCTGAAGAATTAAAAGGAACAGAACAAGAACTAATTGG  773

Query 1407  TCTTCTCCAAGCCAGAGAGAAAGAAGTACATGATTTGGAAATACAGTTAACTGCCATTACCACAAGTGAACAGT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  774  TCTTCTCCAAGCCAGAGAGAAAGAAGTACATGATTTGGAAATACAGTTAACTGCCATTACCACAAGTGAACAGT  847

Query 1481  ATTATTCAAAAGAGGTTAAAGATCTAAAAACTGAGCTTGAAAACGAGAAGCTTAAGAATACTGAATTAACTTCA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  848  ATTATTCAAAAGAGGTTAAAGATCTAAAAACTGAGCTTGAAAACGAGAAGCTTAAGAATACTGAATTAACTTCA  921

Query 1555  CACTGCAACAAGCTTTCACTAGAAAACAAAGAGCTCACACAGGAAACAAGTGATATGACCCTAGAACTCAAGAA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  922  CACTGCAACAAGCTTTCACTAGAAAACAAAGAGCTCACACAGGAAACAAGTGATATGACCCTAGAACTCAAGAA  995

Query 1629  TCAGCAAGAAGATATTAATAATAACAAAAAGCAAGAAGAAAGGATGTTGAAACAAATAGAAAATCTTCAAGAAA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  996  TCAGCAAGAAGATATTAATAATAACAAAAAGCAAGAAGAAAGGATGTTGAAACAAATAGAAAATCTTCAAGAAA  1069

Query 1703  CAGAAACCCAATTAAGAAATGAACTAGAATATGTGAGAGAAGAGCTAAAACAGAAAAGAGATGAAGTTAAATGT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1070  CAGAAACCCAATTAAGAAATGAACTAGAATATGTGAGAGAAGAGCTAAAACAGAAAAGAGATGAAGTTAAATGT  1143

Query 1777  AAATTGGACAAGAGTGAAGAAAATTGTAACAATTTAAGGAAACAAGTTGAAAATAAAAACAAGTATATTGAAGA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144  AAATTGGACAAGAGTGAAGAAAATTGTAACAATTTAAGGAAACAAGTTGAAAATAAAAACAAGTATATTGAAGA  1217

Query 1851  ACTTCAGCAGGAGAATAAGGCCTTGAAAAAAAAAGGTACAGCAGAAAGCAAGCAACTGAATGTTTATGAGATAA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1218  ACTTCAGCAGGAGAATAAGGCCTTGAAAAAAAAAGGTACAGCAGAAAGCAAGCAACTGAATGTTTATGAGATAA  1291

Query 1925  AGGTCAATAAATTAGAGTTAGAACTAGAAAGTGCCAAACAGAAATTTGGAGAAATCACAGACACCTATCAGAAA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292  AGGTCAATAAATTAGAGTTAGAACTAGAAAGTGCCAAACAGAAATTTGGAGAAATCACAGACACCTATCAGAAA  1365

Query 1999  GAAATTGAGGACAAAAAGATATCAGAAGAAAATCTTTTGGAAGAGGTTGAGAAAGCAAAAGTAATAGCTGATGA  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366  GAAATTGAGGACAAAAAGATATCAGAAGAAAATCTTTTGGAAGAGGTTGAGAAAGCAAAAGTAATAGCTGATGA  1439

Query 2073  AGCAGTAAAATTACAGAAAGAAATTGATAAGCGATGTCAACATAAAATAGCTGAAATGGTAGCACTTATGGAAA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440  AGCAGTAAAATTACAGAAAGAAATTGATAAGCGATGTCAACATAAAATAGCTGAAATGGTAGCACTTATGGAAA  1513

Query 2147  AACATAAGCACCAATATGATAAGATCATTGAAGAAAGAGACTCAGAATTAGGACTTTATAAGAGCAAAGAACAA  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1514  AACATAAGCACCAATATGATAAGATCATTGAAGAAAGAGACTCAGAATTAGGACTTTATAAGAGCAAAGAACAA  1587

Query 2221  GAACAGTCATCACTGAGAGCATCTTTGGAGATTGAACTATCCAATCTCAAAGCTGAACTTTTGTCTGTTAAGAA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1588  GAACAGTCATCACTGAGAGCATCTTTGGAGATTGAACTATCCAATCTCAAAGCTGAACTTTTGTCTGTTAAGAA  1661

Query 2295  GCAACTTGAAATAGAAAGAGAAGAGAAGGAAAAACTCAAAAGAGAGGCAAAAGAAAACACAGCTACTCTTAAAG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1662  GCAACTTGAAATAGAAAGAGAAGAGAAGGAAAAACTCAAAAGAGAGGCAAAAGAAAACACAGCTACTCTTAAAG  1735

Query 2369  AAAAAAAAGACAAGAAAACACAAACATTTTTATTGGAAACACCTGAAATTTATTGGAAATTGGATTCTAAAGCA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1736  AAAAAAAAGACAAGAAAACACAAACATTTTTATTGGAAACACCTGAAATTTATTGGAAATTGGATTCTAAAGCA  1809

Query 2443  GTTCCTTCACAAACTGTATCTCGAAATTTCACATCAGTTGATCATGGCATATCCAAAGATAAAAGAGACTATCT  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1810  GTTCCTTCACAAACTGTATCTCGAAATTTCACATCAGTTGATCATGGCATATCCAAAGATAAAAGAGACTATCT  1883

Query 2517  GTGGACATCTGCCAAAAATACTTTATCTACACCATTGCCAAAGGCATATACAGTGAAGACACCAACAAAACCAA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1884  GTGGACATCTGCCAAAAATACTTTATCTACACCATTGCCAAAGGCATATACAGTGAAGACACCAACAAAACCAA  1957

Query 2591  AACTACAGCAAAGAGAAAACTTGAATATACCCATTGAAGAAAGTAAAAAAAAGAGAAAAATGGCCTTTGAATTT  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1958  AACTACAGCAAAGAGAAAACTTGAATATACCCATTGAAGAAAGTAAAAAAAAGAGAAAAATGGCCTTTGAATTT  2031

Query 2665  GATATTAATTCAGATAGTTCAGAAACTACTGATCTTTTGAGCATGGTTTCAGAAGAAGAGACATTGAAAACACT  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032  GATATTAATTCAGATAGTTCAGAAACTACTGATCTTTTGAGCATGGTTTCAGAAGAAGAGACATTGAAAACACT  2105

Query 2739  GTATAGGAACAATAATCCACCAGCTTCTCATCTTTGTGTCAAAACACCAAAAAAGGCCCCTTCATCTCTAACAA  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2106  GTATAGGAACAATAATCCACCAGCTTCTCATCTTTGTGTCAAAACACCAAAAAAGGCCCCTTCATCTCTAACAA  2179

Query 2813  CCCCTGGATCTACACTGAAGTTTGGAGCTATAAGAAAAATGCGGGAGGACCGTTGGGCTGTAATTGCTAAAATG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2180  CCCCTGGATCTACACTGAAGTTTGGAGCTATAAGAAAAATGCGGGAGGACCGTTGGGCTGTAATTGCTAAAATG  2253

Query 2887  GATAGAAAAAAAAAACTAAAAGAAGCTGAAAAGTTATTTGTT  2928
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2254  GATAGAAAAAAAAAACTAAAAGAAGCTGAAAAGTTATTTGTT  2295