Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_00049
• Subject: NM_001308450.1
• Aligned Length: 1561
• Identities: 1222
• Gaps: 158

Alignment

Query    1  ATGTTGCGCGCTG---------CCGCCCGCTTCGGGCCCCGCCTGGGCCGCCGCCTCTTGTCAGCCGCCGCCAC  65
            |||.|||||||.|         |.|.||||..|||.||.||||||   .|||||||.|||||.|||||||||| 
Sbjct    1  ATGCTGCGCGCCGCACTCACCACTGTCCGCCGCGGACCGCGCCTG---AGCCGCCTGTTGTCCGCCGCCGCCA-  70

Query   66  CCAG-GCCGTGCCTGCCCCCAACCAGCAGCCCGAGGTCTTCTGCAACCAGATTTTCATAAACAATGAATGGCAC  138
            |||| ||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||
Sbjct   71  CCAGCGCGGTGCCAGCCCCCAACCATCAGCCTGAGGTCTTCTGCAACCAGATCTTCATTAACAATGAGTGGCAC  144

Query  139  GATGCCGTCAGCAGGAAAACATTCCCCACCGTCAATCCGTCCACTGGAGAGGTCATCTGTCAGGTAGCTGAAGG  212
            ||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||.|||||.||.|||||
Sbjct  145  GACGCCGTCAGCAGGAAAACATTTCCCACCGTCAACCCTTCCACAGGGGAGGTCATCTGCCAGGTGGCCGAAGG  218

Query  213  GGACAAGGAAGATGTGGACAAGGCAGTGAAGGCCGCCCGGGCCGCCTTCCAGCTGGGCTCACCTTGGCGCCGCA  286
            |.|||||||.||.||.|||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||.||||||||||
Sbjct  219  GAACAAGGAGGACGTAGACAAGGCAGTGAAGGCTGCTCGTGCAGCCTTCCAGCTGGGCTCGCCCTGGCGCCGCA  292

Query  287  TGGACGCATCACACAGGGGCCGGCTGCTGAACCGCCTGGCCGATCTGATCGAGCGGGACCGGACCTACCTGGCG  360
            ||||.|||||..||.|||||||||||.||.||||..||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct  293  TGGATGCATCTGACCGGGGCCGGCTGTTGTACCGATTGGCGGATCTCATTGAACGGGACCGGACCTACCTAGCG  366

Query  361  GCCTTGGAGACCCTGGACAATGGCAAGCCCTATGTCATCTCCTACCTGGTGGATTTGGACATGGTCCTCAAATG  434
            ||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  367  GCCTTGGAGACCCTGGACAACGGCAAGCCTTATGTCATCTCGTACCTGGTGGATTTGGACATGGTCCTGAAATG  440

Query  435  TCTCCGGTATTATGCCGGCTGGGCTGATAAGTACCACGGGAAAACCATCCCCATTGACGGAGACTTCTTCAGCT  508
            ||||||.|||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||
Sbjct  441  TCTCCGCTATTACGCTGGCTGGGCTGACAAGTACCATGGGAAAACCATTCCCATCGACGGCGACTTCTTCAGCT  514

Query  509  ACACACGCCATGAACCTGTGGGGGTGTGCGGGCAGATCATTCCGTGGAATTTCCCGCTCCTGATGCAAGCATGG  582
            |.||.||||||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  515  ATACCCGCCATGAGCCTGTGGGCGTGTGTGGACAGATCATTCCGTGGAACTTCCCGCTCCTGATGCAAGCATGG  588

Query  583  AAGCTGGGCCCAGCCTTGGCAACTGGAAACGTGGTTGTGATGAAGGTAGCTGAGCAGACACCCCTCACCGCCCT  656
            ||.||||||||||||.|||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||
Sbjct  589  AAACTGGGCCCAGCCCTGGCAACCGGGAACGTGGTGGTGATGAAGGTGGCCGAGCAGACACCGCTCACCGCGCT  662

Query  657  CTATGTGGCCAACCTGATCAAGGAGGCTGGCTTTCCCCCTGGTGTGGTCAACATTGTGCCTGGATTTGGCCCCA  730
            |||.|||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.||.||.|||||.|||||.|
Sbjct  663  CTACGTGGCCAACTTGATCAAGGAGGCAGGCTTTCCCCCTGGCGTGGTCAATATCGTTCCCGGATTCGGCCCTA  736

Query  731  CGGCTGGGGCCGCCATTGCCTCCCATGAGGATGTGGACAAAGTGGCATTCACAGGCTCCACTGAGATTGGCCGC  804
            |.||.|||||.|||||.||.||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||.|||.||||.|.|
Sbjct  737  CCGCCGGGGCTGCCATCGCATCCCATGAGGGTGTGGACAAAGTGGCGTTCACAGGCTCCACGGAGGTTGGTCAC  810

Query  805  GTAATCCAGGTTGCTGCTGGGAGCAGCAACCTCAAGAGAGTGACCTTGGAGCTGGGGGGGAAGAGCCCCAACAT  878
            .||||||||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.|||.|||||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct  811  CTAATCCAGGTGGCCGCCGGGAGCAGCAACCTCAAGAGAGTAACCCTGGAGCTGGGGGGAAAGAGTCCCAACAT  884

Query  879  CATCATGTCAGATGCCGATATGGATTGGGCCGTGGAACAGGCCCACTTCGCCCTGTTCTTCAACCAGGGCCAGT  952
            |||||||||.||.||.||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  885  CATCATGTCCGACGCTGACATGGACTGGGCTGTGGAGCAGGCCCACTTTGCCCTGTTCTTCAACCAGGGCCAGT  958

Query  953  GCTGCTGTGCCGGCTCCCGGACCTTCGTGCAGGAGGACATCTATGATGAGTTTGTGGAGCGGAGCGTTGCCCGG  1026
            |||||||.||.||||||||||||||||||||||||.|..|.|||||.||.||.|||||.||.|||||.||.|||
Sbjct  959  GCTGCTGCGCAGGCTCCCGGACCTTCGTGCAGGAGAATGTGTATGACGAATTCGTGGAACGCAGCGTGGCTCGG  1032

Query 1027  GCCAAGTCTCGGGTGGTCGGGAACCCCTTTGATAGCAAGACCGAGCAGGGGCCGCAGGTGGATGAAACTCAGTT  1100
            |||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||..|||.|||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1033  GCCAAGTCTCGGGTGGTGGGGAACCCCTTCGACAGCCGGACGGAGCAGGGGCCTCAGGTGGATGAAACTCAGTT  1106

Query 1101  TAAGAAGATCCTCGGCTACATCAACACGGGGAAGCAAGAGGGGGCGAAGCTGCTGTGTGGTGGGGGCATTGCTG  1174
            ||||||||||||||||||||||||..||||..|.|||||.|||||||||||||||||||||||||||..|||.|
Sbjct 1107  TAAGAAGATCCTCGGCTACATCAAATCGGGACAACAAGAAGGGGCGAAGCTGCTGTGTGGTGGGGGCGCTGCCG  1180

Query 1175  CTGACCGTGGTTACTTCATCCAGCCCACTGTGTTTGGAGATGTGCAGGATGGCATGACCATCGCCAAGGAGGAG  1248
            |.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||.||..|.||.|||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1181  CGGACCGTGGCTACTTTATCCAGCCCACCGTGTTCGGGGACGTAAAAGACGGCATGACCATTGCCAAGGAGGAG  1254

Query 1249  ATCTTCGGGCCAGTGATGCAGATCCTGAAGTTCAAGACCATAGAGGAGGTTGTTGGGAGAGCCAACAATTCCAC  1322
            |||||.||.|||||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||.|.|||||..||||.|.
Sbjct 1255  ATCTTTGGACCAGTGATGCAAATCCTCAAATTCAAGACCATCGAGGAGGTTGTGGGGCGGGCCAATGATTCTAA  1328

Query 1323  GTACGGGCTGGCCGCAGCTGTCTTCACAAAGGATTTGGACAAGGCCAATTACCTGTCCCAGGCCCTCCAGGCGG  1396
            |||.||||||||.||.||.||||||||||||||..||||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.|
Sbjct 1329  GTATGGGCTGGCAGCCGCCGTCTTCACAAAGGACCTGGATAAAGCCAATTACCTGTCCCAAGCTCTGCAGGCTG  1402

Query 1397  GCACTGTGTGGGTCAACTGCTATGATGTGTTTGGAGCCCAGTCACCCTTTGGTGGCTACAAGATGTCGGGGAGT  1470
            |||||||||||                                                               
Sbjct 1403  GCACTGTGTGG---------------------------------------------------------------  1413

Query 1471  GGCCGGGAGTTGGGCGAGTACGGGCTGCAGGCATACACTGAAGTGAAAACTGTCACAGTCAAAGTGCCTCAGAA  1544
                                                                                      
Sbjct 1414  --------------------------------------------------------------------------  1413

Query 1545  GAACTCA  1551
                   
Sbjct 1414  -------  1413