Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_03199
• Subject: XR_375539.1
• Aligned Length: 2619
• Identities: 1995
• Gaps: 289

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GACTATCAACATATTTTCAACTGGTCTGTTTCAGCGCTAGAACTTGGAATCTTATATCGTGAAGGGCAGCACAG  74

Query    1  ----------------------ATGGGAAATTATAAATCTAGACCAACCCAAACTTGTACTGATGAATGGAAGA  52
                                  |||||.|||||.|||||.|||||.||.||.||||||.|||||||||||||||
Sbjct   75  GAGGAAAGCAGACTTCTTTAAAATGGGGAATTACAAATCCAGACCGACACAGACTTGTTCTGATGAATGGAAGA  148

Query   53  AAAAAGTCAGTGAATCATATGTTATCACAATAGAAAGATTAGAAGATGACCTGCAGATCAAGGAAAAAGAACTG  126
            |.|||||.||||||||.||||.|||.|.|||||||||..|.||||||||||||||||||||.|||||.|||.|.
Sbjct  149  AGAAAGTTAGTGAATCTTATGCTATTATAATAGAAAGGCTGGAAGATGACCTGCAGATCAAAGAAAATGAATTT  222

Query  127  ACAGAACTAAGGAATATATTTGGCTCTGATGAAGCCTTCAGTAAAGTCAATTTAAATTACCGCACTGAAAATGG  200
            ..|||||||||..|.||.|||||||||||.||||||||||||.||||||.|||||||||||||||.||...|||
Sbjct  223  CAAGAACTAAGACACATCTTTGGCTCTGACGAAGCCTTCAGTGAAGTCAGTTTAAATTACCGCACAGAGCGTGG  296

Query  201  GCTGTCTCTACTTCATTTATGTTGCATTTGTGGAGGCAAGAAATCACATATTCGAACTCTTATGTTGAAAGGGC  274
            .|||||.|||||.||..|.||.||....||.||.|||||.||.||.|||||.||..|.||||||||.|||||||
Sbjct  297  CCTGTCCCTACTGCACCTCTGCTGTGCCTGCGGTGGCAACAAGTCGCATATCCGTGCCCTTATGTTAAAAGGGC  370

Query  275  TCCGCCCATCTCGACTGACAAGAAATGGATTTACAGCCTTGCATTTAGCAGTTTACAAGGATAATGC--AGAAT  346
            ||||.|||||..||||||||||||||||.|||.||||..||||.||.||.|||||||||||||  ||  .|||.
Sbjct  371  TCCGTCCATCCAGACTGACAAGAAATGGGTTTCCAGCTCTGCACTTGGCTGTTTACAAGGATA--GCCTGGAAC  442

Query  347  TGATCACTTCTCTGCTTCACAGTGGAGCTGATATACAGCAGGTTGGATACGGTGGCCTCACTGCCCTCCATATT  420
            |.||||||||.|||.|.||.||.|||||.|||.|.|||||.|..|||||.||.||||||||.||||||||.||.
Sbjct  443  TTATCACTTCACTGTTGCATAGCGGAGCAGATGTTCAGCAAGCGGGATATGGCGGCCTCACAGCCCTCCACATC  516

Query  421  GCTACAATAGCTGGCCACCTAGAGGCTGCTGATGTGCTGTTGCAACATGGAGCTAATGTCAATATTCAAGATGC  494
            |||.||||||||||.||||.||||||.|..||.||||||.||||.||||||||.|||||.||..||||||||||
Sbjct  517  GCTGCAATAGCTGGGCACCCAGAGGCCGTGGAAGTGCTGCTGCAGCATGGAGCCAATGTGAACGTTCAAGATGC  590

Query  495  AGTTTTTTTCACTCCATTGCATATTGCAGCGTACTATGGACATGAACAGGTAACTCGCCTTCTTTTGAAATTTG  568
            |||.||.|||||.|||.||||.||.|||||.||.||.||.||.||.||||||||..|..|.||||||||.||||
Sbjct  591  AGTCTTCTTCACCCCACTGCACATCGCAGCCTATTACGGGCACGAGCAGGTAACCAGTGTCCTTTTGAAGTTTG  664

Query  569  GTGCTGATGTAAATGTAAGTGGTGAAGTTGGAGATAGACCCCTCCACCTAGCATCTGCAAAAGGATTCTTGAAT  642
            |.||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.||.||.|||||.||.|||||||||||.|||||.||.
Sbjct  665  GAGCTGATGTCAATGTAAGCGGTGAAGTTGGAGACAGGCCTCTGCACCTGGCCTCTGCAAAAGGGTTCTTCAAC  738

Query  643  ATTGCAAAACTCTTGATGGAAGAAGGCAGCAAAGCAGATGTGAATGCTCAAGATAATGAAGACCATGTCCCACT  716
            ||||..||||||   .|||.||||||.|.||||||.||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||
Sbjct  739  ATTGTGAAACTC---CTGGTAGAAGGGAACAAAGCCGACGTGAACGCTCAGGACAATGAAGACCATGTCCCTCT  809

Query  717  CCATTTCTGTTCTCGATTTGGACACCATGATATAGTTAAGTATCTGCTGCAAAGTGATTTGGAAGTTCAACCTC  790
            .||.|||||||||||||||||||||||..|||||||.|..||..||||.||.|||||.|||||.|||||.||||
Sbjct  810  GCACTTCTGTTCTCGATTTGGACACCACAATATAGTGAGCTACTTGCTCCAGAGTGACTTGGAGGTTCAGCCTC  883

Query  791  ATGTTGTTAATATCTATGGAGATACCCCCTTACACCTGGCATGCTACAATGGCAAATTTGAAGTTGCCAAGGAA  864
            |.||..||||.||||||||.||.||.||.||.||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||
Sbjct  884  ACGTCATTAACATCTATGGTGACACTCCTTTGCACCTGGCGTGCTACAATGGAAATTTTGAAGTTGCCAAGGAA  957

Query  865  ATCATCCAAATATCAGGAACAGAAAGTCTGACTAAGGAAAACATCTTCAGTGAAACAGCTTTTCATAGTGCTTG  938
            ||..||||..||.|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct  958  ATTGTCCACGTAACAGGAACTGAAAGTCTGACTAAGGAAAACATCTTCAGTGAGACAGCTTTTCACAGTGCTTG  1031

Query  939  TACCTATGGCAAGAGCATTGACCTAGTCAAATTTCTTCTTGATCAGAATGTCATAAACATCAACCACCAAGGAA  1012
            ||||||||||||||.|||||||||.||||||||.||||||||||||||||...|.|||||.|||||.|.|||||
Sbjct 1032  TACCTATGGCAAGAACATTGACCTGGTCAAATTCCTTCTTGATCAGAATGCTGTGAACATTAACCATCGAGGAA  1105

Query 1013  GGGATGGGCACACTGGATTACACTCTGCTTGCTACCACGGTCACATTCGCCTGGTTCAGTTCTTACTGGATAAT  1086
            |.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1106  GAGATGGGCACACAGGATTACACTCTGCTTGCTACCATGGCCACATACGCCTGGTTCAGTTCCTACTGGATAAT  1179

Query 1087  GGAGCTGATATGAATCTAGTGGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAAAAGATGAGCAGACATGTTTGAT  1160
            ||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1180  GGTGCAGATATGAATCTAGTTGCTTGTGATCCCAGCAGGTCTAGTGGTGAAAAAGATGAGCAGACATGTTTGAT  1253

Query 1161  GTGGGCTTATGAAAAAGGGCATGATGCCATTGTCACACTCCTGAAGCATTATAAGAGACCACAAGATGAATTGC  1234
            ||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||..|||
Sbjct 1254  GTGGGCTTATGAGAAAGGACATGATGCCATTGTTACACTCCTGAAGCACTATAAGAGACCCCAGGATGAGCTGC  1327

Query 1235  CCTGTAATGAATATTCTCAGCCTGGAGGAGATGGCTCCTATGTGTCTGTTCCATCACCCTTGGGGAAGATTAAA  1308
            |.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1328  CATGTAACGAATATTCTCAGCCTGGAGGAGATGGCTCCTATGTGTCTGTCCCATCCCCCTTGGGGAAGATTAAA  1401

Query 1309  AGCATGACAAAAGAGAAGGCAGATATTCTCCTCCTAAGAGCTGGATTGCCTTCACATTTCCATCTTCAGCTCTC  1382
            ||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||.||||.|||.||.||.|.|||||||||.||||||||
Sbjct 1402  AGCATGACAAAAGAGAAGGCAGATGTTCTCCTCCTGAGGGCTGAATTACCCTCCCGTTTCCATCTGCAGCTCTC  1475

Query 1383  AGAAATTGAGTTCCATGAGATTATTGGCTCAGGTTCTTTTGGGAAAGTATATAAAGGACGATGCAGAAATAAAA  1456
            .||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1476  GGAAATTGAATTCCATGAGATTATCGGCTCAGGTTCTTTTGGGAAAGTCTATAAAGGGCGATGCAGAAATAAAA  1549

Query 1457  TAGTGGCTATAAAACGTTATCGAGCCAATACCTACTGCTCCAAGTCAGATGTGGATATGTTTTGCCGAGAGGTG  1530
            |||||||.||.|||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1550  TAGTGGCAATCAAACGATACCGAGCCAACACCTACTGCTCCAAGTCAGACGTGGATATGTTTTGCCGAGAAGTG  1623

Query 1531  TCCATTCTCTGCCAGCTCAATCATCCCTGCGTAATTCAGTTTGTGGGTGCTTGCTTGAATGATCCCAGCCAGTT  1604
            |||||.|||||||||||||||||.||||||||..||||||||||||||||.|||.||.||||.|||||||||||
Sbjct 1624  TCCATCCTCTGCCAGCTCAATCACCCCTGCGTGGTTCAGTTTGTGGGTGCCTGCCTGGATGACCCCAGCCAGTT  1697

Query 1605  TGCCATTGTCACTCAATACATATCAGGGGGTTCTCTGTTCTCCCTCCTTCATGAGCAGAAGAGGATTCTTGATT  1678
            ||||||||||||.||||||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|
Sbjct 1698  TGCCATTGTCACACAATACATTTCAGGAGGCTCTCTGTTCTCCCTGCTTCATGAACAGAAGAGAATTCTTGACT  1771

Query 1679  TGCAGTCTAAATTAATTATTGCAGTAGATGTTGCCAAAGGCATGGAGTACCTTCACAACCTGACACAGCCAATT  1752
            ||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||.|.||||.||||||||.
Sbjct 1772  TGCAGTCTAAATTAATCATTGCAGTAGACGTTGCCAAGGGCATGGAGTACCTGCACAGCTTGACCCAGCCAATC  1845

Query 1753  ATACATCGTGACTTGAACAGTCACAATATTCTTCTCTATGAGGATGGGCATGCTGTGGTGGCAGATTTTGGAGA  1826
            |||||.||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846  ATACACCGCGACCTGAACAGTCACAATATTCTTCTCTATGAGGACGGCCATGCTGTGGTGGCAGATTTTGGAGA  1919

Query 1827  ATCAAGATTTCTACAGTCTCTGGATGAAGACAACATGACAAAACAACCTGGGAACCTCCGTTGGATGGCTCCTG  1900
            ||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||.||.||||||||.||.|
Sbjct 1920  ATCAAGATTTCTGCAGTCCCTGGATGAAGACAACATGACAAAGCAGCCAGGGAACCTGCGCTGGATGGCCCCCG  1993

Query 1901  AGGTGTTCACGCAGTGCACTCGGTACACCATCAAAGCAGATGTCTTCAGCTATGCTCTGTGTCTGTGGGAAATT  1974
            ||||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||..|.
Sbjct 1994  AGGTGTTCACACAGTGCACGCGCTACACCATCAAGGCTGATGTCTTCAGTTACGCCCTGTGTCTGTGGGAGCTC  2067

Query 1975  CTCACTGGCGAAATTCCATTCGCTCATCTCAAGCCAGCGGCTGCGGCAGCAGACATGGCTTACCACCACATCAG  2048
            ||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 2068  CTCACTGGAGAAATTCCATTCGCTCATCTGAAGCCAGCCGCTGCAGCAGCAGATATGGCGTACCACCACATCAG  2141

Query 2049  ACCTCCCATTGGCTATTCCATTCCCAAGCCCATATCATCTCTGCTGATACGAGGGTGGAACGCATGTCCTGAAG  2122
            |||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||.||||
Sbjct 2142  ACCTCCCATCGGCTACTCCATCCCCAAGCCAATCTCATCTCTGCTGATGCGGGGCTGGAATGCATGTCCCGAAG  2215

Query 2123  GAAGACCCGAATTTTCTGAAGTTGTCATGAAGTTAGAAGAGTGTCTCTGCAACATTGAGCTGATGTCTCCTGCA  2196
            ||||||||||.||.||||||||.||.|.||||.|.||.|||||.||.||.|||.|.|||    ||||       
Sbjct 2216  GAAGACCCGAGTTCTCTGAAGTCGTTAGGAAGCTGGAGGAGTGCCTGTGTAACGTGGAG----TGTC-------  2278

Query 2197  TCAAGTAACAGCAGTGGGTCTCTCTCACCTTCTTCTTCTTCTGATTGCCTGGTGAACCGGGGAGGACCTGGCCG  2270
                           |||.|.|                                                    
Sbjct 2279  ---------------GGGACAC----------------------------------------------------  2285

Query 2271  GAGTCATGTGGCAGCATTAAGAAGTCGTTTCGAATTGGAATATGCTCTAAATGCAAGGTCCTATGCTGCTTTGT  2344
                                                                                      
Sbjct 2286  --------------------------------------------------------------------------  2285

Query 2345  CCCAAAGTGCTGGACAATATTCCTCTCAAGGTCTGTCTTTGGAGGAGATGAAAAGAAGTCTTCAATACACACCC  2418
                         |||.||.|||     |||.||||||||||||||.|||||.|||.||...||.||..||.|.
Sbjct 2286  -------------ACACTAATCC-----AGGCCTGTCTTTGGAGGAAATGAACAGAGGTGCCCAGTATTCAGCT  2341

Query 2419  ATTGACAAATATGGCTATGTATCCGATCCCATGAGCTCAATGCATTTTCATTCTTGCCGAAATAGTAGCAGCTT  2492
            .||||||||||||||||.||.||.||||||||||||.|.|||||..|.||.||..||||.||.|||.|||||||
Sbjct 2342  GTTGACAAATATGGCTACGTGTCTGATCCCATGAGCCCGATGCACCTCCACTCCCGCCGGAACAGTGGCAGCTT  2415

Query 2493  TGAGGACAGCAGC----------------  2505
            |||||||.|||.|                
Sbjct 2416  TGAGGACGGCAACTGACAGGTCTGACATA  2444