Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_06106
- Subject:
- XR_374058.3
- Aligned Length:
- 3264
- Identities:
- 2298
- Gaps:
- 743
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 TCGGATCCCCGAGGGGCGGGGGACCCGCGGCGCACGCAGTCGGGATATTCGGCTGCAGCCGCGAAGCCGGGGGC 74
Query 1 --------------------------------------------------------ATGGGCAACCGCGGCATG 18
||||||||||||||||||
Sbjct 75 CAAGAGCCAGAGCAGGAGCGGCGGCCGGATCGCAGCCCGCCGGGCCCGCCGCAACCATGGGCAACCGCGGCATG 148
Query 19 GAAGATCTCATCCCGCTGGTCAACCGGCTGCAAGACGCCTTCTCTGCCATCGGCCAGAACGCGGACCTCGACCT 92
|||||.||||||||||||||.||||||.|.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 GAAGACCTCATCCCGCTGGTTAACCGGTTACAGGACGCCTTCTCCGCCATCGGCCAGAACGCGGACCTCGACCT 222
Query 93 GCCGCAGATCGCTGTGGTGGGCGGCCAGAGCGCCGGCAAGAGCTCGGTGCTCGAGAATTTCGTAGGCAGGGACT 166
||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct 223 GCCGCAGATCGCCGTGGTAGGCGGCCAGAGCGCCGGCAAGAGCTCGGTGCTGGAGAATTTCGTGGGCAGGGACT 296
Query 167 TCTTGCCTCGAGGATCTGGCATTGTCACCCGACGTCCCCTGGTCTTGCAGCTGGTCAATGCAACCACAGAATAT 240
|||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.||||||||||.|||.|.||||||||||||
Sbjct 297 TCTTGCCCCGAGGATCTGGCATCGTCACCCGGCGTCCCCTGGTCCTGCAGCTGGTTAATTCTACCACAGAATAT 370
Query 241 GCCGAGTTCCTGCACTGCAAGGGAAAGAAATTCACCGACTTCGAGGAGGTGCGCCTTGAGATCGAGGCCGAGAC 314
|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 371 GCCGAGTTCCTGCACTGCAAGGGGAAGAAATTCACCGACTTCGAGGAGGTGCGCCTGGAGATCGAGGCTGAGAC 444
Query 315 CGACAGGGTCACCGGCACCAACAAGGGCATCTCGCCGGTGCCTATCAACCTCCGCGTCTACTCGCCGCACGTGC 388
|||..|.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.||.||||
Sbjct 445 CGATCGAGTCACCGGCACCAACAAGGGCATTTCGCCAGTGCCCATCAACCTGCGGGTCTACTCGCCCCATGTGC 518
Query 389 TGAACCTGACCCTGGTGGACCTGCCCGGAATGACCAAGGTCCCGGTGGGGGACCAACCTCCCGACATCGAGTTC 462
||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 519 TGAACCTGACTCTAGTGGACCTGCCAGGAATGACCAAGGTCCCAGTTGGGGACCAACCTCCTGATATCGAGTTC 592
Query 463 CAGATCCGAGACATGCTTATGCAGTTTGTCACCAAGGAGAACTGCCTCATCCTGGCCGTGTCCCCCGCCAACTC 536
||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||
Sbjct 593 CAGATCCGGGACATGCTTATGCAGTTCGTCACTAAGGAGAACTGCCTTATCCTGGCTGTGTCCCCTGCCAACTC 666
Query 537 TGACCTGGCCAATTCTGACGCCCTCAAGGTCGCCAAGGAGGTGGACCCCCAGGGCCAGCGCACCATCGGGGTCA 610
.||..|||||||.|||||.|||||||||.||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct 667 GGATTTGGCCAACTCTGATGCCCTCAAGATCGCTAAGGAGGTGGACCCCCAGGGTCAGCGCACCATTGGGGTCA 740
Query 611 TCACCAAGCTGGACCTGATGGACGAGGGCACAGATGCCCGTGATGTGCTGGAGAACAAGCTGCTCCCCCTGCGC 684
||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||||||||||||||..|||||
Sbjct 741 TCACCAAGTTGGACCTGATGGACGAGGGCACAGATGCGCGGGACGTGCTAGAGAACAAGCTGCTCCCTTTGCGC 814
Query 685 AGAGGCTACATTGGAGTGGTGAACCGGAGCCAGAAGGACATTGATGGCAAGAAGGACATTACCGCCGCCTTGGC 758
|||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct 815 AGAGGTTACATCGGCGTGGTGAACCGGAGCCAGAAGGACATAGACGGCAAGAAGGACATCACAGCCGCCTTGGC 888
Query 759 TGCTGAACGAAAGTTCTTCCTCTCCCATCCATCTTATCGCCACTTGGCTGACCGTATGGGCACGCCCTACCTGC 832
|||.||.||.||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct 889 TGCAGAGCGCAAATTCTTCCTCTCTCACCCATCCTACCGCCACTTGGCTGACCGCATGGGCACACCCTACCTGC 962
Query 833 AGAAGGTCCTCAATCAGCAACTGACGAACCACATCCGGGACACACTGCCGGGGCTGCGGAACAAGCTGCAGAGC 906
||||||||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||
Sbjct 963 AGAAGGTCCTCAATCAGCAATTGACCAACCACATCCGGGACACACTGCCGGGACTTCGGAACAAGCTGCAGAGC 1036
Query 907 CAGCTACTGTCCATTGAGAAGGAGGTGGAGGAATACAAGAACTTCCGCCCTGATGACCCAGCTCGCAAGACCAA 980
|||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1037 CAGCTGCTGTCCATTGAGAAGGAGGTGGACGAGTACAAGAACTTCCGACCGGATGACCCAGCGCGCAAGACCAA 1110
Query 981 GGCCCTGCTGCAGATGGTCCAGCAGTTTGCCGTAGACTTTGAGAAGCGCATTGAGGGCTCAGGAGATCAGATCG 1054
||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.|
Sbjct 1111 GGCCCTGCTGCAGATGGTCCAGCAGTTTGCAGTGGACTTCGAGAAGCGCATCGAGGGTTCTGGAGACCAGATTG 1184
Query 1055 ACACCTACGAACTGTCAGGGGGAGCCCGCATTAACCGAATCTTCCACGAGCGCTTCCCTTTCGAGCTGGTCAAG 1128
||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||.||||||||.|||
Sbjct 1185 ACACTTACGAGCTGTCAGGTGGAGCCCGCATTAACCGGATCTTCCATGAACGCTTCCCCTTTGAGCTGGTTAAG 1258
Query 1129 ATGGAGTTTGATGAGAAGGAACTCCGAAGGGAGATCAGCTATGCTATCAAGAATATCCATGGCATTAGAACGGG 1202
|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1259 ATGGAGTTTGATGAGAAGGAACTGCGAAGGGAGATCAGCTATGCTATCAAAAATATCCATGGCATCAGGACGGG 1332
Query 1203 GCTGTTTACCCCAGACATGGCCTTTGAGACCATTGTGAAAAAGCAGGTGAAGAAGATCCGAGAACCGTGTCTCA 1276
.||.||.||.||.|||.|.||.|||||..|||..|||||||||||||||.|||||.||..|||.||..||.|||
Sbjct 1333 CCTCTTCACACCTGACCTCGCTTTTGAAGCCACAGTGAAAAAGCAGGTGCAGAAGCTCAAAGAGCCCAGTATCA 1406
Query 1277 AGTGTGTGGACATGGTTATCTCGGAGCTAA--TCAGCACCGTTAGACAGTGCACCAAGAAGCTCCAGCAGTACC 1348
||||||||||||||||..||...||.||.| || ||||.|.|||.||||.|...|.|||||.|||||.||||
Sbjct 1407 AGTGTGTGGACATGGTAGTCAGTGAACTCACGTC--CACCATCAGAAAGTGTAGTGAAAAGCTGCAGCAATACC 1478
Query 1349 CGCGGCTACGGGAGGAGATGGAGCGCATCGTGACCACCCACATCCGGGAGCGCGAGGGCCGCACTAAGGAGCAG 1422
||||.||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 1479 CGCGTCTGCGGGAGGAGATGGAGCGAATTGTGACCACCCACATCCGGGAACGTGAGGGCCGCACCAAGGAGCAG 1552
Query 1423 GTCATGCTTCTCATCGATATCGAGCTGGCTTACATGAACACCAACCATGAGGACTTCATAGGCTTTGCCAATGC 1496
|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553 GTCATGCTTCTCATCGACATTGAGCTGGCTTACATGAATACCAACCACGAAGACTTCATAGGCTTTGCCAATGC 1626
Query 1497 TCAGCAGAGGAGCAACCAGATGAACAAGAAGAAGACTTCAGGGAACCAGGATGAGATTCTGGTCATCCGCAAGG 1570
|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 1627 TCAGCAGAGAAGCAACCAGATGAACAAGAAGAAGACTTCAGGGAACCAGGATGAGATTCTGGTCATTCGAAAGG 1700
Query 1571 GCTGGCTGACTATCAATAATATTGGCATCATGAAAGGGGGCTCCAAGGAGTACTGGTTTGTGCTGACTGCTGAG 1644
|.|||.||||.|||||.||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701 GGTGGTTGACCATCAACAACATCGGCATCATGAAGGGAGGCTCCAAGGAGTACTGGTTTGTGCTGACTGCTGAG 1774
Query 1645 AATCTGTCCTGGTACAAGGATTATGAGGAGAAAGAGAAGAAATACATGCTGTCTGTGGACAACCTCAAGCTGCG 1718
|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct 1775 AATCTGTCCTGGTACAAGGATGATGAGGAGAAAGAGAAGAAGTACATGCTGTCTGTGGACAATCTGAAGCTGCG 1848
Query 1719 GGACGTGGAGAAGGGCTTTATGTCGAGCAAGCATATCTTTGCCCTCTTTAACACGGAGCAGAGGAATGTCTACA 1792
.||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1849 TGATGTGGAGAAGGGCTTCATGTCAAGCAAGCATATTTTTGCCCTCTTCAACACAGAGCAGAGGAATGTCTACA 1922
Query 1793 AGGATTATCGGCAGCTGGAGCTAGCCTGTGAGACACAGGAGGAGGTGGACAGCTGGAAGGCCTCCTTCCTGAGG 1866
|||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1923 AGGATTACCGGCAGCTGGAACTGGCCTGTGAGACACAGGAGGAGGTGGACAGTTGGAAGGCTTCCTTCCTGAGG 1996
Query 1867 GCTGGCGTGTACCCTGAGCGTGTTGGGGACAAAGAGAAAGCCAGCGAGACCGAGGAGAATGGCTCCGACAGCTT 1940
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 1997 GCTGGCGTGTACCCTGAGCGTGTTGGGGACAAAGAGAAAGCCAGTGAGACCGAGGAGAACGGCTCTGACAGCTT 2070
Query 1941 CATGCATTCCATGGACCCACAGCTGGAACGGCAAGTGGAGACCATCCGGAATCTTGTGGACTCATACATGGCCA 2014
||||||.||.||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||||
Sbjct 2071 CATGCACTCGATGGACCCTCAGCTGGAGCGCCAGGTGGAGACCATCCGGAACCTGGTAGACTCGTACATGGCCA 2144
Query 2015 TTGTCAACAAGACCGTGAGGGACCTCATGCCCAAGACCATCATGCACCTCATGATTAACAATACCAAGGAGTTC 2088
|||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.
Sbjct 2145 TTGTCAACAAGACTGTGCGGGACCTCATGCCCAAGACCATCATGCACCTCATGATCAACAACACCAAGGAGTTT 2218
Query 2089 ATCTTCTCGGAGCTGCTGGCCAACCTGTACTCGTGTGGGGACCAGAACACGCTGATGGAGGAGTCGGCGGAGCA 2162
||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||
Sbjct 2219 ATCTTCTCTGAGCTGCTGGCCAACCTGTACTCTTGCGGGGACCAGAACACACTGATGGAAGAATCGGCCGAGCA 2292
Query 2163 GGCACAGCGGCGCGACGAGATGCTGCGCATGTACCACGCACTGAAGGAGGCGCTCAGCATCATCGGCGACATCA 2236
|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct 2293 GGCTCAGCGGCGCGACGAGATGCTGCGCATGTACCACGCACTGAAGGAGGCGCTCAGTATTATCGGCGACATCA 2366
Query 2237 ACACGACCACCGTCAGCACGCCCATGCCCCCGCCCGTGGACGACTCCTGGCTGCAGGTGCAGAGCGTACCGGCC 2310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2367 ACACGACCACCGTCAGCACGCCCATGCCCCCGCCCGTGGACGACTCCTGGCT---------------------- 2418
Query 2311 GGACGCAGGTCGCCCACGTCCAGCCCCACGCCGCAGCGCCGAGCCCCCGCCGTGCCCCCAGCCCGGCCCGGGTC 2384
||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2419 ----GCAGATCGCCCACGTCCAGCCCCACGCCGCAGCGCCGAGCCCCCGCCGTGCCCCCAGCCCGGCCCGGATC 2488
Query 2385 GCGGGGCCCTGCTCCTGGGCCTCCGCCTGCTGGGTCCGCCCTGGGGGGGGCGCCCCCCGTGCCCTCCAGGCCGG 2458
|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2489 GCGGGGCCCTGCTCCTGGGCCTCCGCCTGCTGGATCCGCCCTGGGGGGGGCGCCCCCCGTGCCCTCCAGGCCGG 2562
Query 2459 GGGCTTCCCCTGACCCTTTCGGCCCTCCCCCTCAGGTGCCCTCGCGCCCCAACCGCGCCCCGCCCGGGGTCCCC 2532
||||||||||||||||.||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 2563 GGGCTTCCCCTGACCCCTTTGGCCCCCCTCCCCAGGTGCCCTCGCGCCCCAACCGCGCCCCGCCTGGGGTCCCC 2636
Query 2533 AGAATCACTATC----------AGT--------------GACCCC----------------------------- 2553
|| .|.||| ||| ||.|||
Sbjct 2637 AG----CCGATCGGGTCAGGCAAGTCCGTCCCGTCCTGAGAGCCCCAGGCCCCCCTTCGACCTCTAACCAGATC 2706
Query 2554 -------------------------------------------------------------------------- 2553
Sbjct 2707 CCTCCTACTCCTCGGAGACCTCCCTTACCAAGCCTGCCTGGACAGCTGTTCTGTGACTTGACAGTGGCTCCCCC 2780
Query 2554 -------------------------------------------------------------------------- 2553
Sbjct 2781 GGCCCCAAAGCGTCCTATTCATCATCTGTGACTTAGTCTGTTGTAGTGGTGAGCTGACACATCCAGATGTGATG 2854
Query 2554 -------------------------------------------------------------------------- 2553
Sbjct 2855 TTGGTGAAAACTTGTGCCCCTCTGTGGTATTGCTCCTGCGACATTCTATAAATATCTATAAATATACCTATATA 2928
Query 2554 -------------------------------------------------------------------------- 2553
Sbjct 2929 TACATATATATACATATATATGGCTGACACAGCCTCGCCTGTAGTGTCAGAATCAACCACCATGCTGTCCTTGT 3002
Query 2554 -------------------------------------------------------------------------- 2553
Sbjct 3003 GGAGTCTTGTGGTCCAACAAGGGAACGCTGTCATCCTGACAACCCCCCCTCCAGTGTACCACCTCCAGTGAGCC 3076
Query 2554 -------------------------------------------------------------------------- 2553
Sbjct 3077 CCCCTGTCCTCCTGGCCTGTGAACAGCCATCCCCTTGGCCATCCCAACCCTGCAGCAAGGGGATGCTGCAGCAG 3150
Query 2554 -------------------------------------------------------------------------- 2553
Sbjct 3151 CAGCAGCTGTGCAGTTCTCTGGTAGCCACCAGTCTTGCTGTCTCTTGGCTGAGAATAAAACCCATTTCTGGATC 3224
Query 2554 -------- 2553
Sbjct 3225 ATGGGGAA 3232