Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_06106
Subject:
XR_374058.3
Aligned Length:
3264
Identities:
2298
Gaps:
743

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  TCGGATCCCCGAGGGGCGGGGGACCCGCGGCGCACGCAGTCGGGATATTCGGCTGCAGCCGCGAAGCCGGGGGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------ATGGGCAACCGCGGCATG  18
                                                                    ||||||||||||||||||
Sbjct   75  CAAGAGCCAGAGCAGGAGCGGCGGCCGGATCGCAGCCCGCCGGGCCCGCCGCAACCATGGGCAACCGCGGCATG  148

Query   19  GAAGATCTCATCCCGCTGGTCAACCGGCTGCAAGACGCCTTCTCTGCCATCGGCCAGAACGCGGACCTCGACCT  92
            |||||.||||||||||||||.||||||.|.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GAAGACCTCATCCCGCTGGTTAACCGGTTACAGGACGCCTTCTCCGCCATCGGCCAGAACGCGGACCTCGACCT  222

Query   93  GCCGCAGATCGCTGTGGTGGGCGGCCAGAGCGCCGGCAAGAGCTCGGTGCTCGAGAATTTCGTAGGCAGGGACT  166
            ||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct  223  GCCGCAGATCGCCGTGGTAGGCGGCCAGAGCGCCGGCAAGAGCTCGGTGCTGGAGAATTTCGTGGGCAGGGACT  296

Query  167  TCTTGCCTCGAGGATCTGGCATTGTCACCCGACGTCCCCTGGTCTTGCAGCTGGTCAATGCAACCACAGAATAT  240
            |||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.||||||||||.|||.|.||||||||||||
Sbjct  297  TCTTGCCCCGAGGATCTGGCATCGTCACCCGGCGTCCCCTGGTCCTGCAGCTGGTTAATTCTACCACAGAATAT  370

Query  241  GCCGAGTTCCTGCACTGCAAGGGAAAGAAATTCACCGACTTCGAGGAGGTGCGCCTTGAGATCGAGGCCGAGAC  314
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  371  GCCGAGTTCCTGCACTGCAAGGGGAAGAAATTCACCGACTTCGAGGAGGTGCGCCTGGAGATCGAGGCTGAGAC  444

Query  315  CGACAGGGTCACCGGCACCAACAAGGGCATCTCGCCGGTGCCTATCAACCTCCGCGTCTACTCGCCGCACGTGC  388
            |||..|.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.||.||||
Sbjct  445  CGATCGAGTCACCGGCACCAACAAGGGCATTTCGCCAGTGCCCATCAACCTGCGGGTCTACTCGCCCCATGTGC  518

Query  389  TGAACCTGACCCTGGTGGACCTGCCCGGAATGACCAAGGTCCCGGTGGGGGACCAACCTCCCGACATCGAGTTC  462
            ||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct  519  TGAACCTGACTCTAGTGGACCTGCCAGGAATGACCAAGGTCCCAGTTGGGGACCAACCTCCTGATATCGAGTTC  592

Query  463  CAGATCCGAGACATGCTTATGCAGTTTGTCACCAAGGAGAACTGCCTCATCCTGGCCGTGTCCCCCGCCAACTC  536
            ||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||
Sbjct  593  CAGATCCGGGACATGCTTATGCAGTTCGTCACTAAGGAGAACTGCCTTATCCTGGCTGTGTCCCCTGCCAACTC  666

Query  537  TGACCTGGCCAATTCTGACGCCCTCAAGGTCGCCAAGGAGGTGGACCCCCAGGGCCAGCGCACCATCGGGGTCA  610
            .||..|||||||.|||||.|||||||||.||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct  667  GGATTTGGCCAACTCTGATGCCCTCAAGATCGCTAAGGAGGTGGACCCCCAGGGTCAGCGCACCATTGGGGTCA  740

Query  611  TCACCAAGCTGGACCTGATGGACGAGGGCACAGATGCCCGTGATGTGCTGGAGAACAAGCTGCTCCCCCTGCGC  684
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.|||||||||||||||||..|||||
Sbjct  741  TCACCAAGTTGGACCTGATGGACGAGGGCACAGATGCGCGGGACGTGCTAGAGAACAAGCTGCTCCCTTTGCGC  814

Query  685  AGAGGCTACATTGGAGTGGTGAACCGGAGCCAGAAGGACATTGATGGCAAGAAGGACATTACCGCCGCCTTGGC  758
            |||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct  815  AGAGGTTACATCGGCGTGGTGAACCGGAGCCAGAAGGACATAGACGGCAAGAAGGACATCACAGCCGCCTTGGC  888

Query  759  TGCTGAACGAAAGTTCTTCCTCTCCCATCCATCTTATCGCCACTTGGCTGACCGTATGGGCACGCCCTACCTGC  832
            |||.||.||.||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||
Sbjct  889  TGCAGAGCGCAAATTCTTCCTCTCTCACCCATCCTACCGCCACTTGGCTGACCGCATGGGCACACCCTACCTGC  962

Query  833  AGAAGGTCCTCAATCAGCAACTGACGAACCACATCCGGGACACACTGCCGGGGCTGCGGAACAAGCTGCAGAGC  906
            ||||||||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGAAGGTCCTCAATCAGCAATTGACCAACCACATCCGGGACACACTGCCGGGACTTCGGAACAAGCTGCAGAGC  1036

Query  907  CAGCTACTGTCCATTGAGAAGGAGGTGGAGGAATACAAGAACTTCCGCCCTGATGACCCAGCTCGCAAGACCAA  980
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1037  CAGCTGCTGTCCATTGAGAAGGAGGTGGACGAGTACAAGAACTTCCGACCGGATGACCCAGCGCGCAAGACCAA  1110

Query  981  GGCCCTGCTGCAGATGGTCCAGCAGTTTGCCGTAGACTTTGAGAAGCGCATTGAGGGCTCAGGAGATCAGATCG  1054
            ||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.|
Sbjct 1111  GGCCCTGCTGCAGATGGTCCAGCAGTTTGCAGTGGACTTCGAGAAGCGCATCGAGGGTTCTGGAGACCAGATTG  1184

Query 1055  ACACCTACGAACTGTCAGGGGGAGCCCGCATTAACCGAATCTTCCACGAGCGCTTCCCTTTCGAGCTGGTCAAG  1128
            ||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||.||||||||.|||
Sbjct 1185  ACACTTACGAGCTGTCAGGTGGAGCCCGCATTAACCGGATCTTCCATGAACGCTTCCCCTTTGAGCTGGTTAAG  1258

Query 1129  ATGGAGTTTGATGAGAAGGAACTCCGAAGGGAGATCAGCTATGCTATCAAGAATATCCATGGCATTAGAACGGG  1202
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1259  ATGGAGTTTGATGAGAAGGAACTGCGAAGGGAGATCAGCTATGCTATCAAAAATATCCATGGCATCAGGACGGG  1332

Query 1203  GCTGTTTACCCCAGACATGGCCTTTGAGACCATTGTGAAAAAGCAGGTGAAGAAGATCCGAGAACCGTGTCTCA  1276
            .||.||.||.||.|||.|.||.|||||..|||..|||||||||||||||.|||||.||..|||.||..||.|||
Sbjct 1333  CCTCTTCACACCTGACCTCGCTTTTGAAGCCACAGTGAAAAAGCAGGTGCAGAAGCTCAAAGAGCCCAGTATCA  1406

Query 1277  AGTGTGTGGACATGGTTATCTCGGAGCTAA--TCAGCACCGTTAGACAGTGCACCAAGAAGCTCCAGCAGTACC  1348
            ||||||||||||||||..||...||.||.|  ||  ||||.|.|||.||||.|...|.|||||.|||||.||||
Sbjct 1407  AGTGTGTGGACATGGTAGTCAGTGAACTCACGTC--CACCATCAGAAAGTGTAGTGAAAAGCTGCAGCAATACC  1478

Query 1349  CGCGGCTACGGGAGGAGATGGAGCGCATCGTGACCACCCACATCCGGGAGCGCGAGGGCCGCACTAAGGAGCAG  1422
            ||||.||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 1479  CGCGTCTGCGGGAGGAGATGGAGCGAATTGTGACCACCCACATCCGGGAACGTGAGGGCCGCACCAAGGAGCAG  1552

Query 1423  GTCATGCTTCTCATCGATATCGAGCTGGCTTACATGAACACCAACCATGAGGACTTCATAGGCTTTGCCAATGC  1496
            |||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553  GTCATGCTTCTCATCGACATTGAGCTGGCTTACATGAATACCAACCACGAAGACTTCATAGGCTTTGCCAATGC  1626

Query 1497  TCAGCAGAGGAGCAACCAGATGAACAAGAAGAAGACTTCAGGGAACCAGGATGAGATTCTGGTCATCCGCAAGG  1570
            |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 1627  TCAGCAGAGAAGCAACCAGATGAACAAGAAGAAGACTTCAGGGAACCAGGATGAGATTCTGGTCATTCGAAAGG  1700

Query 1571  GCTGGCTGACTATCAATAATATTGGCATCATGAAAGGGGGCTCCAAGGAGTACTGGTTTGTGCTGACTGCTGAG  1644
            |.|||.||||.|||||.||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701  GGTGGTTGACCATCAACAACATCGGCATCATGAAGGGAGGCTCCAAGGAGTACTGGTTTGTGCTGACTGCTGAG  1774

Query 1645  AATCTGTCCTGGTACAAGGATTATGAGGAGAAAGAGAAGAAATACATGCTGTCTGTGGACAACCTCAAGCTGCG  1718
            |||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct 1775  AATCTGTCCTGGTACAAGGATGATGAGGAGAAAGAGAAGAAGTACATGCTGTCTGTGGACAATCTGAAGCTGCG  1848

Query 1719  GGACGTGGAGAAGGGCTTTATGTCGAGCAAGCATATCTTTGCCCTCTTTAACACGGAGCAGAGGAATGTCTACA  1792
            .||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1849  TGATGTGGAGAAGGGCTTCATGTCAAGCAAGCATATTTTTGCCCTCTTCAACACAGAGCAGAGGAATGTCTACA  1922

Query 1793  AGGATTATCGGCAGCTGGAGCTAGCCTGTGAGACACAGGAGGAGGTGGACAGCTGGAAGGCCTCCTTCCTGAGG  1866
            |||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1923  AGGATTACCGGCAGCTGGAACTGGCCTGTGAGACACAGGAGGAGGTGGACAGTTGGAAGGCTTCCTTCCTGAGG  1996

Query 1867  GCTGGCGTGTACCCTGAGCGTGTTGGGGACAAAGAGAAAGCCAGCGAGACCGAGGAGAATGGCTCCGACAGCTT  1940
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 1997  GCTGGCGTGTACCCTGAGCGTGTTGGGGACAAAGAGAAAGCCAGTGAGACCGAGGAGAACGGCTCTGACAGCTT  2070

Query 1941  CATGCATTCCATGGACCCACAGCTGGAACGGCAAGTGGAGACCATCCGGAATCTTGTGGACTCATACATGGCCA  2014
            ||||||.||.||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||||
Sbjct 2071  CATGCACTCGATGGACCCTCAGCTGGAGCGCCAGGTGGAGACCATCCGGAACCTGGTAGACTCGTACATGGCCA  2144

Query 2015  TTGTCAACAAGACCGTGAGGGACCTCATGCCCAAGACCATCATGCACCTCATGATTAACAATACCAAGGAGTTC  2088
            |||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.
Sbjct 2145  TTGTCAACAAGACTGTGCGGGACCTCATGCCCAAGACCATCATGCACCTCATGATCAACAACACCAAGGAGTTT  2218

Query 2089  ATCTTCTCGGAGCTGCTGGCCAACCTGTACTCGTGTGGGGACCAGAACACGCTGATGGAGGAGTCGGCGGAGCA  2162
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||
Sbjct 2219  ATCTTCTCTGAGCTGCTGGCCAACCTGTACTCTTGCGGGGACCAGAACACACTGATGGAAGAATCGGCCGAGCA  2292

Query 2163  GGCACAGCGGCGCGACGAGATGCTGCGCATGTACCACGCACTGAAGGAGGCGCTCAGCATCATCGGCGACATCA  2236
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct 2293  GGCTCAGCGGCGCGACGAGATGCTGCGCATGTACCACGCACTGAAGGAGGCGCTCAGTATTATCGGCGACATCA  2366

Query 2237  ACACGACCACCGTCAGCACGCCCATGCCCCCGCCCGTGGACGACTCCTGGCTGCAGGTGCAGAGCGTACCGGCC  2310
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      
Sbjct 2367  ACACGACCACCGTCAGCACGCCCATGCCCCCGCCCGTGGACGACTCCTGGCT----------------------  2418

Query 2311  GGACGCAGGTCGCCCACGTCCAGCCCCACGCCGCAGCGCCGAGCCCCCGCCGTGCCCCCAGCCCGGCCCGGGTC  2384
                ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2419  ----GCAGATCGCCCACGTCCAGCCCCACGCCGCAGCGCCGAGCCCCCGCCGTGCCCCCAGCCCGGCCCGGATC  2488

Query 2385  GCGGGGCCCTGCTCCTGGGCCTCCGCCTGCTGGGTCCGCCCTGGGGGGGGCGCCCCCCGTGCCCTCCAGGCCGG  2458
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2489  GCGGGGCCCTGCTCCTGGGCCTCCGCCTGCTGGATCCGCCCTGGGGGGGGCGCCCCCCGTGCCCTCCAGGCCGG  2562

Query 2459  GGGCTTCCCCTGACCCTTTCGGCCCTCCCCCTCAGGTGCCCTCGCGCCCCAACCGCGCCCCGCCCGGGGTCCCC  2532
            ||||||||||||||||.||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 2563  GGGCTTCCCCTGACCCCTTTGGCCCCCCTCCCCAGGTGCCCTCGCGCCCCAACCGCGCCCCGCCTGGGGTCCCC  2636

Query 2533  AGAATCACTATC----------AGT--------------GACCCC-----------------------------  2553
            ||    .|.|||          |||              ||.|||                             
Sbjct 2637  AG----CCGATCGGGTCAGGCAAGTCCGTCCCGTCCTGAGAGCCCCAGGCCCCCCTTCGACCTCTAACCAGATC  2706

Query 2554  --------------------------------------------------------------------------  2553
                                                                                      
Sbjct 2707  CCTCCTACTCCTCGGAGACCTCCCTTACCAAGCCTGCCTGGACAGCTGTTCTGTGACTTGACAGTGGCTCCCCC  2780

Query 2554  --------------------------------------------------------------------------  2553
                                                                                      
Sbjct 2781  GGCCCCAAAGCGTCCTATTCATCATCTGTGACTTAGTCTGTTGTAGTGGTGAGCTGACACATCCAGATGTGATG  2854

Query 2554  --------------------------------------------------------------------------  2553
                                                                                      
Sbjct 2855  TTGGTGAAAACTTGTGCCCCTCTGTGGTATTGCTCCTGCGACATTCTATAAATATCTATAAATATACCTATATA  2928

Query 2554  --------------------------------------------------------------------------  2553
                                                                                      
Sbjct 2929  TACATATATATACATATATATGGCTGACACAGCCTCGCCTGTAGTGTCAGAATCAACCACCATGCTGTCCTTGT  3002

Query 2554  --------------------------------------------------------------------------  2553
                                                                                      
Sbjct 3003  GGAGTCTTGTGGTCCAACAAGGGAACGCTGTCATCCTGACAACCCCCCCTCCAGTGTACCACCTCCAGTGAGCC  3076

Query 2554  --------------------------------------------------------------------------  2553
                                                                                      
Sbjct 3077  CCCCTGTCCTCCTGGCCTGTGAACAGCCATCCCCTTGGCCATCCCAACCCTGCAGCAAGGGGATGCTGCAGCAG  3150

Query 2554  --------------------------------------------------------------------------  2553
                                                                                      
Sbjct 3151  CAGCAGCTGTGCAGTTCTCTGGTAGCCACCAGTCTTGCTGTCTCTTGGCTGAGAATAAAACCCATTTCTGGATC  3224

Query 2554  --------  2553
                    
Sbjct 3225  ATGGGGAA  3232