Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06606
• Subject: NM_001037128.1
• Aligned Length: 2638
• Identities: 2068
• Gaps: 293

Alignment

Query    1  ATGAGAGAGCTCGTCAACATTCCACTGGTACATATTCTTACTCTGGTTGCCTTCAGCGGAACTGAGAAACTTCC  74
            |||||||||||.|||||||||||||||.||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGAGAGCTTGTCAACATTCCACTGTTACAGATGCTCACCCTGGTTGCCTTCAGCGGGACTGAGAAACTTCC  74

Query   75  AAAAGCTCCTGTCATCACCACTCCTCTTGAAACAGTGGATGCCTTAGTTGAAGAAGTGGCTACTTTCATGTGTG  148
            ||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct   75  AAAAGCCCCTGTCATCACCACGCCTCTTGAAACTGTAGATGCCTTGGTTGAAGAAGTAGCGACTTTCATGTGTG  148

Query  149  CAGTGGAATCCTACCCCCAGCCTGAGATTTCCTGGACTAGAAATAAAATTCTCATTAAACTCTTTGACACCCGG  222
            |.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.
Sbjct  149  CCGTGGAATCCTACCCTCAGCCCGAGATTTCTTGGACCAGAAATAAAATTCTCATTAAGCTGTTTGACACCCGC  222

Query  223  TACAGCATCCGGGAGAATGGGCAGCTCCTCACCATCCTGAGTGTGGAAGACAGTGATGATGGCATTTACTGCTG  296
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  223  TACAGCATCCGGGAGAATGGTCAGCTCCTCACCATTCTGAGCGTGGAAGACAGTGATGATGGCATCTACTGCTG  296

Query  297  CACGGCCAACAATGGTGTGGGAGGAGCTGTGGAGAGTTGTGGAGCCCTGCAAGTGAAGATGAAACCTAAAATAA  370
            ||..|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CATAGCCAACAATGGAGTGGGAGGAGCCGTGGAGAGTTGTGGTGCCCTGCAAGTGAAGATGAAACCTAAAATAA  370

Query  371  CTCGTCCTCCCATAAATGTGAAAATAATAGAAGGATTAAAAGCAGTCCTACCATGTACTACAATGGGTAATCCC  444
            |||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||.||.||.|||||.||||||||.|||
Sbjct  371  CTCGTCCTCCCATTAATGTAAAAATAATAGAGGGATTGAAGGCAGTTCTGCCGTGCACTACGATGGGTAACCCC  444

Query  445  AAACCATCAGTGTCTTGGATAAAGGGAGACAGCCCTCTCAGGGAAAATTCCCGAATTGCAGTTCTTGAATCTGG  518
            ||||||||.|||||.|||||.|||||.||||...|||||||||||||||||.||||.|||||||||||||||||
Sbjct  445  AAACCATCTGTGTCCTGGATCAAGGGGGACAATGCTCTCAGGGAAAATTCCAGAATCGCAGTTCTTGAATCTGG  518

Query  519  GAGCTTGAGGATTCATAACGTACAAAAGGAAGATGCAGGACAGTATCGATGTGTGGCAAAAAACAGCCTCGGGA  592
            ||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.|
Sbjct  519  GAGCTTAAGGATCCATAATGTGCAAAAGGAAGATGCAGGACAGTACCGCTGTGTGGCCAAAAACAGCCTGGGCA  592

Query  593  CAGCATATTCCAAAGTGGTGAAGCTGGAAGTTGAGGAAGAAAGTGAACCCGAACAAGATACTAAAGTTTTTGCC  666
            ||||.||.||||||.||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||.||.||..|||||||||||||.
Sbjct  593  CAGCTTACTCCAAACTGGTGAAGCTGGAAGTGGAGGAAGACAGAGAACCTGAGCAGGACGCTAAAGTTTTTGCA  666

Query  667  AGGATCCTGCGGGCTCCTGAATCCCACAATGTCACCTTTGGCTCCTTTGTGACCCTGCACTGTACAGCAACAGG  740
            ||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|.|||.|||||||.|||
Sbjct  667  AGAATCCTGCGTGCTCCTGAATCCCACAATGTCACCTTTGGTTCCTTTGTAACCCTACGCTGCACAGCAATAGG  740

Query  741  CATTCCTGTCCCCACCATCACCTGGATTGAAAACGGAAATGCTGTTTCTTCTGGGTCCATTCAAGAGAGTGTGA  814
            |||.||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct  741  CATCCCTGTCCCCACCATCAGCTGGATTGAAAACGGAAATGCTGTTTCTTCAGGTTCCATTCAAGAGAGTGTGA  814

Query  815  AAGACCGAGTGATTGACTCAAGACTGCAGCTGTTTATCACCAAGCCAGGACTCTACACATGCATAGCTACCAAT  888
            |||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAGACCGAGTGATTGACTCAAGACTCCAGCTCTTCATCACAAAGCCAGGACTCTACACATGCATAGCTACCAAT  888

Query  889  AAGCATGGGGAGAAGTTCAGTACTGCCAAGGCTGCAGCCACCATCAGCATAGCAGAATGG--------------  948
            |||||.||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||..|||||||||||||||||              
Sbjct  889  AAGCACGGAGAAAAGTTCAGTACCGCAAAGGCTGCAGCCACTGTCAGCATAGCAGAATGGAGTAAGTCACAGAA  962

Query  949  --------------------------------------------------------------------------  948
                                                                                      
Sbjct  963  AGACAGCCAAGGCTACTGTGCCCAGTACAGAGGGGAGGTGTGTGATGCAGTCCTGGCGAAAGATGCTCTTGTCT  1036

Query  949  --------------------------------------------------------------------------  948
                                                                                      
Sbjct 1037  TCTTCAACACCTCCTACCGGGACCCCGAGGACGCCCAGGAGCTGCTGATCCACACTGCGTGGAATGAGCTGAAG  1110

Query  949  --------------------------------------------------------------------------  948
                                                                                      
Sbjct 1111  GCTGTGAGTCCACTGTGCCGGCCAGCTGCTGAGGCTCTGCTGTGTAACCACCTCTTCCAAGAGTGCAGCCCTGG  1184

Query  949  ----------------------------AGAGAGTACTGCTTGGCAGTAAAGGAGCTCTTCTGCGCAAAAGAAT  994
                                        ||||||||||||.||||.|||||||||||||||||.|||||.||||
Sbjct 1185  AGTGGTACCTACTCCCATGCCCATTTGCAGAGAGTACTGCCTGGCGGTAAAGGAGCTCTTCTGTGCAAAGGAAT  1258

Query  995  GGCTGGTAATGGAAGAGAAGACCCACAGAGGACTCTACAGATCCGAGATGCATTTGCTGTCC-GTGCCAGAATG  1067
            |||.||.||||||||..|||.|||||.|.||.|||||||||||.|.|||||||.|.|| ||| ||.|||||.||
Sbjct 1259  GGCAGGCAATGGAAGGAAAGGCCCACCGGGGCCTCTACAGATCTGGGATGCATCTCCT-TCCGGTACCAGAGTG  1331

Query 1068  CAGCAAGCTTCCCAGCATGCATTGGGACCCCACGGCCTGTGCCAGACTGCCACATCTAG---------------  1126
            |||||||||||||||||||||..||||||||||.|||||..|.|||||||||.||.|||               
Sbjct 1332  CAGCAAGCTTCCCAGCATGCACCGGGACCCCACAGCCTGCACAAGACTGCCATATTTAGATTATAAAAAAGAAA  1405

Query 1127  ---------CATTCCCACCAATGACGTCCTCAAAGCCAAGTGTGGACATTCCAAATCTGCCTTCCTCCTCCTCT  1191
                     |||||||..||||.||||||||.|.|||.||.|.||||||||||||.||||||.|||||.||   
Sbjct 1406  ACATAACAACATTCCCGTCAATAACGTCCTCCAGGCCGAGCGCGGACATTCCAAACCTGCCTGCCTCCACC---  1476

Query 1192  TCTTCCTTCTCTGTCTCACCTACATACTCCATGACTGTAATAATCTCCATCATGTCCAGCTTTGCAATATTTGT  1265
            ||||||||..|.|||||.|||.|.|||||||||||.||.||.|||||||||.|||||||||||||..|.||||.
Sbjct 1477  TCTTCCTTTGCCGTCTCGCCTGCGTACTCCATGACCGTCATCATCTCCATCGTGTCCAGCTTTGCCCTGTTTGC  1550

Query 1266  GCTTCTTACCATAACTACTCTCTATTGCTGCCGAAGAAGAAAACAATGGAAAAATAAGAAAAGAGAATCAGCAG  1339
            .|||||.|||||..||||||||||||||||||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||.||..|.|
Sbjct 1551  TCTTCTCACCATCGCTACTCTCTATTGCTGCCGAAGGAGGAAAGAATGGAAAAATAAGAAAAGAGAGTCGACCG  1624

Query 1340  CAGTAACCCTCACCACACTGCCTTCTGAGCTCTTACTAGATAGACTTCATCCCAACCCCATGTACCAGAGGATG  1413
            |.||.|||||||||||..|||||||.||||||.|.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625  CGGTGACCCTCACCACGTTGCCTTCCGAGCTCCTGCTGGATAGGCTCCATCCCAACCCCATGTACCAGAGGATG  1698

Query 1414  CCGCTCCTTCTGAACCCCAAATTGCTCAGCCTGGAGTATCCAAGGAATAACATTGAATATGTGAGAGACATCGG  1487
            ||.|||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||..||||||||||
Sbjct 1699  CCACTCCTTCTGAATCCTAAGTTGCTCAGCCTGGAGTATCCGAGGAATAACATTGAGTATGTCCGAGACATCGG  1772

Query 1488  AGAGGGAGCGTTTGGAAGGGTGTTTCAAGCAAGGGCACCAGGCTTACTTCCCTATGAACCTTTCACTATGGTGG  1561
            ||||||.|||||||||||.||.||.|||||||||||.||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1773  AGAGGGGGCGTTTGGAAGAGTCTTCCAAGCAAGGGCCCCTGGCTTGCTGCCTTATGAACCTTTCACTATGGTGG  1846

Query 1562  CAGTAAAGATGCTCAAAGAAGAAGCCTCGGCAGATATGCAAGCGGACTTTCAGAGGGAGGCAGCCCTCATGGCA  1635
            |.||.||||||||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1847  CCGTGAAGATGCTTAAGGAAGAGGCCTCTGCAGACATGCAAGCGGACTTTCAGAGGGAGGCGGCCCTCATGGCA  1920

Query 1636  GAATTTGACAACCCTAACATTGTGAAGCTATTAGGAGTGTGTGCTGTCGGGAAGCCAATGTGCCTGCTCTTTGA  1709
            ||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||
Sbjct 1921  GAGTTTGACAACCCCAACATTGTGAAACTCTTAGGTGTGTGTGCCGTTGGGAAGCCGATGTGTCTGCTCTTTGA  1994

Query 1710  ATACATGGCCTATGGTGACCTCAATGAGTTCCTCCGCAGCATGTCCCCTCACACCGTGTGCAGCCTCAGTCACA  1783
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.||||
Sbjct 1995  ATATATGGCCTATGGTGACCTCAATGAGTTCCTCCGAAGTATGTCCCCGCACACTGTTTGCAGCCTCAGCCACA  2068

Query 1784  GTGACTTGTCTATGAGGGCTCAGGTCTCCAGCCCTGGGCCCCCACCCCTCTCCTGTGCTGAGCAGCTTTGCATT  1857
            |||||.||||.|.||||||||.|||.||.||||||||.||.|||||.||.||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct 2069  GTGACCTGTCCACGAGGGCTCGGGTGTCTAGCCCTGGTCCTCCACCACTGTCCTGTGCAGAACAGCTCTGCATT  2142

Query 1858  GCCAGGCAGGTGGCAGCTGGCATGGCTTACCTCTCAGAACGTAAGTTTGTTCACCGAGATTTAGCCACCAGGAA  1931
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||.||.|||||.||||||||
Sbjct 2143  GCCAGGCAGGTGGCAGCTGGCATGGCCTACCTTTCAGAGCGCAAGTTTGTCCACCGGGACTTAGCTACCAGGAA  2216

Query 1932  CTGCCTGGTGGGCGAGAACATGGTGGTGAAAATTGCCGACTTTGGCCTCTCCAGGAACATCTACTCAGCAGACT  2005
            |||||||||.||.||||.||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 2217  CTGCCTGGTTGGGGAGACCATGGTGGTGAAAATTGCAGACTTTGGCCTCTCCAGGAACATCTATTCCGCAGACT  2290

Query 2006  ACTACAAAGCTAATGAAAACGACGCTATCCCTATCCGTTGGATGCCACCAGAGTCCATTTTTTATAACCGCTAC  2079
            |||||||||||.|||.|||.|||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||.||.||.||.|||||||||
Sbjct 2291  ACTACAAAGCTGATGGAAATGACGCCATCCCTATCCGCTGGATGCCGCCCGAGTCTATCTTCTACAACCGCTAC  2364

Query 2080  ACTACAGAGTCTGATGTGTGGGCCTATGGCGTGGTCCTCTGGGAGATCTTCTCCTATGGCCTGCAGCCCTACTA  2153
            ||.||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2365  ACCACTGAGTCGGATGTATGGGCCTATGGTGTGGTCCTCTGGGAGATCTTCTCCTATGGGCTGCAGCCCTACTA  2438

Query 2154  TGGGATGGCCCATGAGGAGGTCATTTACTACGTGCGAGATGGCAACATCCTCTCCTGCCCTGAGAACTGCCCCG  2227
            |||.||||||||.|||||||||||||||||.|||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 2439  TGGAATGGCCCACGAGGAGGTCATTTACTATGTGAGAGATGGCAACATCCTCGCCTGCCCTGAGAACTGCCCCT  2512

Query 2228  TGGAGCTGTACAATCTCATGCGTCTATGTTGGAGCAAGCTGCCTGCAGACAGACCCAGTTTCACCAGTATTCAC  2301
            ||||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||..||||||.|||
Sbjct 2513  TGGAACTGTACAACCTCATGCGCCTGTGTTGGAGCAAGCTGCCTGCTGATAGACCCAGCTTCTGCAGTATCCAC  2586

Query 2302  CGAATTCTGGAACGCATGTGTGAGAGGGCAGAGGGAACTGTGAGTGTC  2349
            .|.||.|||.|.||||||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||
Sbjct 2587  AGGATCCTGCAGCGCATGTGCGAGAGAGCAGAGGGAACGGTGGGTGTC  2634