Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_06992
• Subject: NM_009271.3
• Aligned Length: 1720
• Identities: 1320
• Gaps: 222

Alignment

Query    1  ATGGGTAGCAACAAGAGCAAGCCCAAGGATGCCAGCCAGCGGCGCCGCAGCCTGGAGCCCGCCGAGAACGTGCA  74
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|.||.||||||||
Sbjct    1  ATGGGCAGCAACAAGAGCAAGCCCAAGGACGCCAGCCAGCGGCGCCGCAGCCTGGAGCCCTCGGAAAACGTGCA  74

Query   75  CGGCGCTGGC-GGGGGCGCTTTCCCCGCCTCGCAGACCCCCAGCAAGCCAGCCTCGGCCGACGGCCACCGCGGC  147
            |||    ||| ||||||||.|||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.
Sbjct   75  CGG----GGCAGGGGGCGCCTTCCCGGCCTCACAGACACCGAGCAAGCCCGCCTCCGCCGACGGCCACCGCGGG  144

Query  148  CCCAGCGCGGCCTTCG---CCCCCGCGGCCGCCGAGCCCAAGCTGTTCGGAGGCTTCAACTCCTCGGACACCGT  218
            ||||||||.|||||||   |.||||||   ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  145  CCCAGCGCCGCCTTCGTGCCGCCCGCG---GCCGAGCCCAAGCTCTTCGGAGGCTTCAACTCCTCGGACACCGT  215

Query  219  CACCTCCCCGCAGAGGGCGGGCCCGCTGGCCGGTGGAGTGACCACCTTTGTGGCCCTCTATGACTATGAGTCTA  292
            |||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||..
Sbjct  216  CACCTCCCCGCAGAGGGCGGGGCCTCTGGCAGGTGGGGTGACCACCTTTGTGGCCCTCTATGACTATGAGTCAC  289

Query  293  GGACGGAGACAGACCTGTCCTTCAAGAAAGGCGAGCGGCTCCAGATTGTCAACAACAC----------------  350
            ||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||                
Sbjct  290  GGACAGAGACTGACCTGTCCTTCAAGAAAGGGGAGCGGCTGCAGATTGTCAATAACACGAGGAAGGTGGATGTC  363

Query  351  --AGAGGGAGACTGGTGGCTGGCCCACTCGCTCAGCACAGGACAGACAGGCTACATCCCCAGCAACTACGTGGC  422
              |||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct  364  AGAGAGGGAGACTGGTGGCTGGCACACTCGCTGAGCACGGGACAGACCGGTTACATCCCCAGCAACTATGTGGC  437

Query  423  GCCCTCCGACTCCATCCAGGCTGAGGAGTGGTATTTTGGCAAGATCACCAGACGGGAGTCAGAGCGGTTACTGC  496
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||.|.||||
Sbjct  438  GCCCTCCGACTCCATCCAGGCTGAGGAGTGGTACTTTGGCAAGATCACTAGACGGGAATCAGAGCGGCTGCTGC  511

Query  497  TCAATGCAGAGAACCCGAGAGGGACCTTCCTCGTGCGAGAAAGTGAGACCACGAAAGGTGCCTACTGCCTCTCA  570
            ||||.||.|||||||||||||||||||||||||||.|.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct  512  TCAACGCCGAGAACCCGAGAGGGACCTTCCTCGTGAGGGAGAGTGAGACCACAAAAGGTGCCTACTGCCTCTCT  585

Query  571  GTGTCTGACTTCGACAACGCCAAGGGCCTCAACGTGAAGCACTACAAGATCCGCAAGCTGGACAGCGGCGGCTT  644
            ||.||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  586  GTATCCGACTTCGACAATGCCAAGGGCCTAAATGTGAAACACTACAAGATCCGCAAGCTGGACAGCGGCGGTTT  659

Query  645  CTACATCACCTCCCGCACCCAGTTCAACAGCCTGCAGCAGCTGGTGGCCTACTACTCCAAACACGCCGATGGCC  718
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct  660  CTACATCACCTCCCGCACCCAGTTCAACAGCCTGCAGCAGCTCGTGGCTTACTACTCCAAACATGCTGATGGCC  733

Query  719  TGTGCCACCGCCTCACCACCGTGTGCCCCACGTCCAAGCCGCAGACTCAGGGCCTGGCCAAGGATGCCTGGGAG  792
            ||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||.|||||.|||||..|||||||||||||.||||||
Sbjct  734  TGTGTCACCGCCTCACTACCGTATGTCCCACATCCAAGCCTCAGACCCAGGGATTGGCCAAGGATGCGTGGGAG  807

Query  793  ATCCCTCGGGAGTCGCTGCGGCTGGAGGTCAAGCTGGGCCAGGGCTGCTTTGGCGAGGTGTGGATGGGGACCTG  866
            |||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct  808  ATCCCCCGGGAGTCCCTGCGGCTGGAGGTCAAGCTGGGCCAGGGTTGCTTCGGAGAGGTGTGGATGGGGACCTG  881

Query  867  GAACGGTACCACCAGGGTGGCCATCAAAACCCTGAAGCCTGGCACGATGTCTCCAGAGGCCTTCCTGCAGGAGG  940
            ||||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  882  GAACGGCACCACGAGGGTTGCCATCAAAACTCTGAAGCCAGGCACCATGTCCCCAGAGGCCTTCCTGCAGGAGG  955

Query  941  CCCAGGTCATGAAGAAGCTGAGGCATGAGAAGCTGGTGCAGTTGTATGCTGTGGTTTCAGAGGAGCCCATTTAC  1014
            ||||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||.|||||||||||||.||.||.||.|||||||||
Sbjct  956  CCCAAGTCATGAAGAAACTGAGGCACGAGAAACTGGTGCAGCTGTATGCTGTGGTGTCGGAAGAACCCATTTAC  1029

Query 1015  ATCGTCACGGAGTACATGAGCAAGGGGAGTTTGCTGGACTTTCTCAAGGGGGAGACAGGCAAGTACCTGCGGCT  1088
            ||.||.||.||||||||||.||||||||||.||||||||||||||||||||||.||.|||||.||..|||||||
Sbjct 1030  ATTGTGACAGAGTACATGAACAAGGGGAGTCTGCTGGACTTTCTCAAGGGGGAAACGGGCAAATATTTGCGGCT  1103

Query 1089  GCCTCAGCTGGTGGACATGGCTGCTCAGATCGCCTCAGGCATGGCGTACGTGGAGCGGATGAACTACGTCCACC  1162
            .||.|||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.||||
Sbjct 1104  ACCCCAGCTGGTGGACATGTCTGCTCAGATCGCTTCAGGCATGGCCTATGTGGAGCGGATGAACTATGTGCACC  1177

Query 1163  GGGACCTTCGTGCAGCCAACATCCTGGTGGGAGAGAACCTGGTGTGCAAAGTGGCCGACTTTGGGCTGGCTCGG  1236
            ||||||||||.||.|||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||
Sbjct 1178  GGGACCTTCGAGCCGCCAATATCCTAGTAGGGGAGAACCTGGTGTGCAAAGTGGCCGACTTTGGGTTGGCCCGG  1251

Query 1237  CTCTTAG------ACGAACCACACATGGAGTTAAGGACATGCAAGGTGTC-GATTCCACAAACTAGTGCA-AGT  1302
            |||.|||      ||||| .|||||          |.|..||||||||.| .||||| |.|.|.||||.| .|.
Sbjct 1252  CTCATAGAAGACAACGAA-TACACA----------GCCCGGCAAGGTGCCAAATTCC-CCATCAAGTGGACCGC  1313

Query 1303  TCCAGAACCTGCCCTATA-------TTTGAAATCAGCATCTAGTAGGAACAGGGGTCTTTCTAGATCTTGTAAA  1369
            .||.|||.||||.||.||       |      |||.||||.|||.|||...|.||||.||...|||..||   .
Sbjct 1314  CCCTGAAGCTGCTCTGTACGGCAGGT------TCACCATCAAGTCGGATGTGTGGTCCTTTGGGATTCTG---C  1378

Query 1370  TGATTAAAGAAAAATAAAGGTTCC-AGCGCATCAGAAAGGACGCAAAAGGTAGGAACCCATAACAAGAAGA--G  1440
            |||                   || |||.||.||..||||                          |||||  |
Sbjct 1379  TGA-------------------CCGAGCTCACCACTAAGG--------------------------GAAGAGTG  1407

Query 1441  CCAACCTAT------ATGG----CCGAAA--------AAAA-------------TACCGGAGTGC---------  1474
            |   |||||      ||||    |||..|        |..|             ||||||| |||         
Sbjct 1408  C---CCTATCCTGGGATGGTGAACCGTGAGGTTCTGGACCAGGTGGAGCGGGGCTACCGGA-TGCCTTGTCCCC  1477

Query 1475  ----GCGCCC-------------GCCCTCATGTG--AGATAAGTTGGAAGGAACCAGAGGAACGACCCATTGGA  1529
                |.||||             |.|||.|||||  ||....|..|||||||.||.|||||.||.||||     
Sbjct 1478  CCGAGTGCCCCGAGTCCCTGCATGACCTTATGTGCCAGTGCTGGCGGAAGGAGCCCGAGGAGCGGCCCA-----  1546

Query 1530  AGATTACCAGTCTTCGGTTAGTAGAAATGCA----TTC----AAAACCCCT---CATCC--------------C  1578
                      .|||||   |||  |..||||    |||    ||.||..||   |.|||              |
Sbjct 1547  ----------CCTTCG---AGT--ACCTGCAGGCCTTCCTGGAAGACTACTTTACGTCCACTGAGCCACAGTAC  1605

Query 1579  AAGCGATGGG-GAACCTC  1595
            .|||...||| ||||||.
Sbjct 1606  CAGCCCGGGGAGAACCTA  1623