Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_07177
- Subject:
- XM_017027233.1
- Aligned Length:
- 2131
- Identities:
- 1480
- Gaps:
- 464
Alignment
Query 1 ATGACCACGTTCAAGGAGGCAATGACCTTCAAGGACGTGGCTGTGGTCTTCACTGAGGAAGAGCTGGGGCTGCT 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GGACCTTGCTCAGAGGAAGCTGTATCGAGATGTGATGCTGGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGT-GGGACAT 147
|||||.|||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1 ----------------------------------ATGCTAGAGAACTTCAGGAACCTGCTCTCAGTAGGGA-AT 39
Query 148 CAAGCATTCCACAGGGATACTTTCCACTTCCTAAGGGAA-GAAAAGATTTGGATGATGAAGACAGCAATCCAAA 220
|||.||||||||...|||||||||||||| ||.|||||| ||||||.||||||.||||||||||.|||.|||||
Sbjct 40 CAACCATTCCACCAAGATACTTTCCACTT-CTTAGGGAAGGAAAAGTTTTGGAAGATGAAGACAACAAGCCAAA 112
Query 221 GGGAAGGGAATTCAGGAGACAAGATCCAAACTGAGATGGAGACTGTTTCAGAAGCAGGAACACATCAAGAGTGG 294
|.||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct 113 GAGAAGGGAATTCAGGAGGCAAGATCCAAATTGAGATGGAGACTGTTCCAGAAGCAGGACCACATGAAGAGTGG 186
Query 295 TCCTTCCAGCAAATCTGGGAAAAAATTGCAAGTGATTTAACCAGGTCTCAAGACTTGGTGATAAATAGCTCTCA 368
||||..||||||||.||||||.|||||||||||||..||||||||||||||.|||...|.|..||.||||||||
Sbjct 187 TCCTGTCAGCAAATATGGGAACAAATTGCAAGTGACCTAACCAGGTCTCAAAACTCCATAAGGAACAGCTCTCA 260
Query 369 GTTCTCCAAAGAAGGTGATTTCCCCTGCCAGACTGAGGCAGGACTATCTGTAATTCAC--ACAAGACAGAAATC 440
|||||.|||||||||||||.||||||||||||.|||||||.||||||||.|||.|||| .|| |||||||.|
Sbjct 261 GTTCTTCAAAGAAGGTGATGTCCCCTGCCAGATTGAGGCAAGACTATCTATAAGTCACGTGCA--ACAGAAACC 332
Query 441 TTCCCAGGGCAATGGATATAAACCATCCTTCAGTGATGTCTCCCTCTTTGATTTTCATCAACAATTACACTCAG 514
||.||...|.||||.||.|||||..||||||||||||||.||..||||||||.||||||||||||.||||||||
Sbjct 333 TTACCGTTGTAATGAATGTAAACAGTCCTTCAGTGATGTTTCTGTCTTTGATCTTCATCAACAATCACACTCAG 406
Query 515 GAGAGAAATCTCATACGTGTGATGAGTGTGGAAAGAACTTTTGTTACATCTCAGCCCTTCGTATTCATCAGAGA 588
||||||||||||||||.||||.||||||||||||.|.|||.|||||||.|.|||||||||.|||||||||||||
Sbjct 407 GAGAGAAATCTCATACATGTGGTGAGTGTGGAAAAAGCTTCTGTTACAGCCCAGCCCTTCATATTCATCAGAGA 480
Query 589 GTCCACATGGGAGAGAAATGCTATAAGTGTGACGTGTGTGGTAAGGAATTCAGTCAGAGTTCACATCTGCAAAC 662
|||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|.||||||.||||||||||||||
Sbjct 481 GTCCATATGGGAGAAAAATGCTATAAGTGTGATGTGTGTGGTAAGGAATTTAATCAGAGCTCACATCTGCAAAC 554
Query 663 TCATCAGAGAGTCCACACTGGAGAGAAACCGTTCAAATGTGTGGAATGTGGGAAAGGCTTCAGTCGTAGATCAG 736
|||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||.|.|||||||||||||||||..|.|||||||||
Sbjct 555 TCATCAGAGAGTCCATACTGGAGAGAAACCATTCAAATGTGGGCAATGTGGGAAAGGCTTCCATAGTAGATCAG 628
Query 737 CACTTAATGTTCATCACAAATTACACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGCGGGAAGGCCTTCATT 810
||||||||||||||..||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 629 CACTTAATGTTCATTGCAAATTGCACACAGGAGAGAAACCTTATAATTGTGAGGAATGTGGGAAAGCCTTCATT 702
Query 811 CACGATTCCCAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCATACGGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAA 884
||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 CATGATTCACAGCTTCAAGAACATCAGAGAATCCATACTGGGGAGAAGCCATTCAAATGTGATATATGTGGTAA 776
Query 885 GAGCTTCTGTGGTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACGGCAGAGAAACCATTCCGATGTGATA 958
|||||||.|||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||.|||||||||.|||||||||
Sbjct 777 GAGCTTCCGTGTTAGATCAAGACTTAATAGGCATTCCATGGTTCACACAGGAGAAAAACCATTCAGATGTGATA 850
Query 959 CGTGTGATAAGAGCTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATCGCATGATCCACACAGGAGAGAAACCATAC 1032
|.||||..||||.|||||||||||||||||||||||||||||||..||||.||||||.||.||||||.||||||
Sbjct 851 CATGTGGCAAGAACTTTCGTCAGAGATCAGCACTTAATAGTCATTCCATGGTCCACATAGAAGAGAAGCCATAC 924
Query 1033 AAATGTGAGGAGTGTGGAAAAGGCTTTATTTGTAGGCGAGATCTTTATACGCATCATATGGTCCACACGGGAGA 1106
|||||||||.|.||||||||||||||.|||||||||||||||.|||.||.||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 925 AAATGTGAGCAATGTGGAAAAGGCTTCATTTGTAGGCGAGATTTTTGTAAGCATCAGATGGTCCACACAGGAGA 998
Query 1107 AAAGCCATATAATTGTAAAGAGTGTGGGAAGAGCTTCAGATGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGCGAGTCC 1180
.||.|||||||||||||||||.||||||||||.||||||||||.||||.|||||||||||.|||||||.|||||
Sbjct 999 GAAACCATATAATTGTAAAGAATGTGGGAAGACCTTCAGATGGTCCTCATGTCTTTTGAACCATCAGCAAGTCC 1072
Query 1181 ACAGTGGAGAAAAACCATTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAAGGATTTTACACAAATTCACAATGCTATTCCCAC 1254
||||||||.|||||.|.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||.|.|.|.||||||.
Sbjct 1073 ACAGTGGACAAAAATCCTTCAAATGTGAAGAATGTGGGAAGGGATTTTATACAAATTCACGACGATCTTCCCAT 1146
Query 1255 CAGAGATCCCATAGTGGAGAAAAACCATACAAATGTGTGGAGTGTGGGAAGGGCTACAAAAGGAGGTTGGATCT 1328
|||||||||||.|.|||||||||.|||||.||.||||.|||||||||.||||.|||.|||||||||||||||||
Sbjct 1147 CAGAGATCCCACAATGGAGAAAAGCCATATAACTGTGAGGAGTGTGGTAAGGACTATAAAAGGAGGTTGGATCT 1220
Query 1329 TGACTTTCACCAGCGCGTCCATACAGGAGAGAAACTGTATAATTGTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTAGTCGGG 1402
|||.|||||||||.|.|||||.||.||.||||.||..||||||||||||||||||||.|||||||||.|..|||
Sbjct 1221 TGAGTTTCACCAGAGGGTCCACACGGGTGAGAGACCCTATAATTGTAAGGAATGTGGCAAGAGCTTTGGCTGGG 1294
Query 1403 CCCCATGTCTTTTGAAACATGAGAGACTCCACAGTGGAGAAAAACCATTCCAATGTGAAGAGTGTGGGAAGAGA 1476
||.|.|||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||.|||.||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1295 CCTCCTGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGGGAAAAACCTTTCAAATGTGAAGAGTGTGGAAAGAGA 1368
Query 1477 TTTACTCAAAATTCACATCTTCATTCCCATCAGAGAGTTCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGAGAAGTG 1550
||||||||.|.||||||.||||||||||||||||.|...||.|||||||||||||.|||||||||||||.||||
Sbjct 1369 TTTACTCAGAGTTCACAACTTCATTCCCATCAGACATGCCATACTGGAGAAAAGCTATACAAATGTGAGCAGTG 1442
Query 1551 TGGAAAGGGCTACAATAGTAAGTTTAATCTTGATATGCACCAGAAGGTCCACACAGGAGAGAGACCATACAATT 1624
||..|||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||||.|||||||...||||||.||||.||.||||
Sbjct 1443 TGAGAAGGGGTACAACAGTAAATTTAATCTTGACATGCACCAGAGGGTCCACGGGGGAGAGCGACCCTATAATT 1516
Query 1625 GTAAGGAATGTGGGAAGAGCTTTGGCTGGGCCTCGTGTCTTTTGAAACATCAGAGACTGCACAGTGGAGAAAAA 1698
|||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.
Sbjct 1517 GTAAGGAATGTGGAAAGAGCTTTGGCTGGGCTTCATGTCTTTTGAAACATCAGAGACTCCACAGTGGAGAAAAG 1590
Query 1699 CCATTCAAATGTGAAGAGTGTGGGAAAAGATTTACTCAGAATTCACAGCTTCATTCTCATCA--AAG----AGT 1766
|||||.||||.|| |||||||||||.||||.|||||||||||||||||||||||..||||| ||| .||
Sbjct 1591 CCATTGAAATCTG--GAGTGTGGGAAGAGATCTACTCAGAATTCACAGCTTCATTTACATCAGTAAGTCTATGT 1662
Query 1767 GCACACTGGAGAAAAGCCATACAAATGTGATGAGTGTGGGAAGGGCTTCAGCTGGTCCTCAACTCGTCTGACCC 1840
| ||||||||||||||
Sbjct 1663 G------GGAGAAAAGCCATA----------------------------------------------------- 1677
Query 1841 ATCAGAGACGCCACAGCAGAGAAACACCTCTCAAATGTGAGCAGCATGGGAAGAACATTGTACAGAATTCATTC 1914
Sbjct 1678 -------------------------------------------------------------------------- 1677
Query 1915 TCTAAAGTGCAAGAAAAAGTTCACAGTGTAGAAAAGCCATACAAATGTGAGGACTGTGGGAAGGGCTACAACAG 1988
Sbjct 1678 -------------------------------------------------------------------------- 1677
Query 1989 GCGCTTGAATCTTGATATGCATCAGAGGGTCCACATGGGAGAGAAAACATGGAAGTGTAGGGAGTGTGATATGT 2062
Sbjct 1678 -------------------------------------------------------------------------- 1677
Query 2063 GCTTTAGTCAGGCCTCAAGCCTTCGACTTCATCAGAATGTTCATGTTGGAGAAAAACCT 2121
Sbjct 1678 ----------------------------------------------------------- 1677