Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07185
• Subject: NM_001308217.1
• Aligned Length: 1281
• Identities: 1037
• Gaps: 189

Alignment

Query    1  ATGCAAGTCTCCATAGCCTGCACAG----AGCACAATTTGAAGAGTCGGA-----------------ATGGTGA  53
            ||||..|      .||||.|.||||    |||       |..|||||.||                 |.|.|.|
Sbjct    1  ATGCTGG------CAGCCCGGACAGGGGCAGC-------GGGGAGTCAGATCTCAGAGGAGAACACCAAGTTAA  61

Query   54  GGACCGAC----------TTCTG-AGCAAG------CAGAGCTCC----ACCGCC-CCCAATGTGGTAAA---C  102
            |||  |||          ||||| ||||.|      ||.|.||||    |..||| |..||...|.||||   .
Sbjct   62  GGA--GACAGTCTGGGTTTTCTGTAGCAGGGAAAGACAAATCTCCCAAGAAAGCCTCAGAAAACGCTAAAGACA  133

Query  103  GCAGCC---------CGGGCCAAATTCCGCAC-GGTCGCTATCATC----------GCGCGCAGCCTGGGGACG  156
            ||||||         |.||..|||..|.||.| ||.||| .|||.|          |||||.||  |||.||.|
Sbjct  134  GCAGCCTTAGTCCCTCAGGGGAAAGCCAGCTCAGGGCGC-GTCAACTGGCTCTGCTGCGCGAAG--TGGAGATG  204

Query  157  TTCACG--CCT-CAGCATC----ACATTTCTCTCAAAGAG---TCCACCG-CAAAGCA-GACTGGCATGAAATA  218
            ..|..|  ||| .||| ||    ||.|.||   ||..|||   .|||||| |  .||| .||.||||||....|
Sbjct  205  AACTGGTACCTAAAGC-TCTGCGACCTGTC---CAGCGAGCACACCACCGTC--TGCACCACAGGCATGCCGCA  272

Query  219  TAGGAATCTTGGAAAATCAGGACTCAGAGTTTCTTGCTTGGGTCTTGGAACATGGGTGACATTTGGAGGTCAAA  292
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  273  CAGGAATCTTGGAAAATCAGGACTCAGAGTTTCTTGCTTGGGTCTTGGAACATGGGTGACATTTGGAGGTCAAA  346

Query  293  TTTCAGATGAGGTTGCTGAACGGCTGATGACCATCGCCTATGAAAGTGGTGTTAACCTCTTTGATACTGCCGAA  366
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  347  TTTCAGATGAGGTTGCTGAACGGCTGATGACCATCGCCTATGAAAGTGGTGTTAACCTCTTTGATACTGCCGAA  420

Query  367  GTCTATGCTGCTGGAAAGGCTGAAGTGATTCTGGGGAGCATCATCAAGAAGAAAGGCTGGAGGAGGTCCAGTCT  440
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  421  GTCTATGCTGCTGGAAAGGCTGAAGTGATTCTGGGGAGCATCATCAAGAAGAAAGGCTGGAGGAGGTCCAGTCT  494

Query  441  GGTCATAACAACCAAACTCTACTGGGGTGGAAAAGCTGAAACAGAAAGAGGGCTGTCAAGAAAGCATATTATTG  514
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct  495  GGTCATAACAACCAAACTCTACTGGGGTGGAAAAGCTGAAACAGAAAGAGGGCTGTCAAGAAAGCATATTATT-  567

Query  515  AAGGATTGAAGGGCTCCCTCCAGAGGCTGCAGCTCGAGTATGTGGATGTGGTCTTTGCAAATCGACCGGACAGT  588
                                                                                      
Sbjct  568  --------------------------------------------------------------------------  567

Query  589  AACACTCCCATGGAAGAAATTGTCCGAGCCATGACACATGTGATAAACCAAGGCATGGCGATGTACTGGGGCAC  662
                        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  568  ------------GAAGAAATTGTCCGAGCCATGACACATGTGATAAACCAAGGCATGGCGATGTACTGGGGCAC  629

Query  663  CTCGAGATGGAGTGCTATGGAGATCATGGAAGCCTATTCTGTAGCAAGACAGTTCAATATGATCCCACCGGTCT  736
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  630  CTCGAGATGGAGTGCTATGGAGATCATGGAAGCCTATTCTGTAGCAAGACAGTTCAATATGATCCCACCGGTCT  703

Query  737  GTGAACAAGCTGAGTACCATCTTTTCCAGAGAGAGAAAGTGGAGGTCCAGCTGCCAGAGCTCTACCACAAAATA  810
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  704  GTGAACAAGCTGAGTACCATCTTTTCCAGAGAGAGAAAGTGGAGGTCCAGCTGCCAGAGCTCTACCACAAAATA  777

Query  811  GGTGTTGGCGCAATGACATGGTCTCCACTTGCCTGTGGAATCATCTCAGGAAAATACGGAAACGGGGTGCCTGA  884
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  778  GGTGTTGGCGCAATGACATGGTCTCCACTTGCCTGTGGAATCATCTCAGGAAAATACGGAAACGGGGTGCCTGA  851

Query  885  AAGTTCCAGGGCTTCACTGAAGTGCTACCAGTGGTTGAAAGAAAGAATTGTAAGTGAAGAAGGGAGAAAACAGC  958
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  852  AAGTTCCAGGGCTTCACTGAAGTGCTACCAGTGGTTGAAAGAAAGAATTGTAAGTGAAGAAGGGAGAAAACAGC  925

Query  959  AAAACAAGCTAAAAGACCTTTCCCCAATTGCGGAGCGTCTGGGATGCACACTACCTCAGCTAGCTGTTGCGTGG  1032
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  926  AAAACAAGCTAAAAGACCTTTCCCCAATTGCGGAGCGTCTGGGATGCACACTACCTCAGCTAGCTGTTGCGTGG  999

Query 1033  TGCCTGAGAAACGAAGGTGTGAGTTCTGTGCTCCTGGGATCATCCACTCCTGAACAACTCATTGAAAACCTTGG  1106
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1000  TGCCTGAGAAATGAAGGTGTGAGTTCTGTGCTCCTGGGATCATCCACTCCTGAACAACTCATTGAAAACCTTGG  1073

Query 1107  TGCCATTCAGGTTCTCCCAAAGATGACATCACATGTGGTAAATGAGATTGATAACATACTGCGCAACAAGCCCT  1180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074  TGCCATTCAGGTTCTCCCAAAGATGACATCACATGTGGTAAATGAGATTGATAACATACTGCGCAACAAGCCCT  1147

Query 1181  ACAGCAAGAAGGACTATAGATCA  1203
            |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1148  ACAGCAAGAAGGACTATAGATCA  1170