Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_07648
• Subject: NM_001256426.1
• Aligned Length: 2202
• Identities: 1459
• Gaps: 741

Alignment

Query    1  ATGAGCAACTACAGTGTGTCACTGGTTGGCCCAGCTCCTTGGGGTTTCCGGCTGCAGGGCGGTAAGGATTTCAA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGCAACTACAGTGTGTCACTGGTTGGCCCAGCTCCTTGGGGTTTCCGGCTGCAGGGCGGTAAGGATTTCAA  74

Query   75  CATGCCTCTGACAATCTCTAGTCTAAAAGATGGCGGCAAGGCAGCCCAGGCAAATGTAAGAATAGGCGATGTGG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CATGCCTCTGACAATCTCTAGTCTAAAAGATGGCGGCAAGGCAGCCCAGGCAAATGTAAGAATAGGCGATGTGG  148

Query  149  TTCTCAGCATTGATGGAATAAATGCACAAGGAATGACTCATCTTGAAGCCCAGAATAAGATTAAGGGTTGTACA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TTCTCAGCATTGATGGAATAAATGCACAAGGAATGACTCATCTTGAAGCCCAGAATAAGATTAAGGGTTGTACA  222

Query  223  GGCTCTTTGAATATGACTCTGCAAAGAGCATCTGCTGCACCCAAGCCTGAGCCGGTTCCTGTTCAAAAGGGAGA  296
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
Sbjct  223  GGCTCTTTGAATATGACTCTGCAAAGAGCATCTGCTGCACCCAAGCCTGAGCCGGTTCCTGTTCAAA-------  289

Query  297  ACCTAAAGAAGTAGTTAAACCTGTGCCCATTACATCTCCTGCTGTGTCCAAAGTCACTTCCACAAACAACATGG  370
                                                                                      
Sbjct  290  --------------------------------------------------------------------------  289

Query  371  CCTACAATAAGGCACCACGGCCTTTTGGTTCTGTGTCTTCACCAAAAGTCACATCCATCCCATCACCATCGTCT  444
                                                                                      
Sbjct  290  --------------------------------------------------------------------------  289

Query  445  GCCTTCACCCCAGCCCATGCGACCACCTCATCACATGCTTCCCCTTCACCCGTGGCTGCCGTCACTCCTCCCCT  518
                                                                                      
Sbjct  290  --------------------------------------------------------------------------  289

Query  519  GTTCGCTGCATCTGGACTGCATGCTAATGCCAATCTTAGTGCTGACCAGTCTCCATCTGCACTGAGCGCTGGTA  592
                                                                                      
Sbjct  290  --------------------------------------------------------------------------  289

Query  593  AAACTGCAGTTAATGTCCCACGGCAGCCCACAGTCACCAGCGTGTGTTCCGAGACTTCTCAGGAGCTAGCAGAG  666
                                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  290  ------------------------AGCCCACAGTCACCAGCGTGTGTTCCGAGACTTCTCAGGAGCTAGCAGAG  339

Query  667  GGACAGAGAAGAGGATCCCAGGGTGACAGTAAACAGCAAAATG------------------GCCCACCAAGAAA  722
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||||
Sbjct  340  GGACAGAGAAGAGGATCCCAGGGTGACAGTAAACAGCAAAATGGGAAAATCCCACCTAAACGCCCACCAAGAAA  413

Query  723  ACACATTGTGGAGCGCTATACAGAGTTTTATCATGTACCCACTCACAGTGATGCCAGCAAGAAGAGACTGATTG  796
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  414  ACACATTGTGGAGCGCTATACAGAGTTTTATCATGTACCCACTCACAGTGATGCCAGCAAGAAGAGACTGATTG  487

Query  797  AGGATACTGAAGACTGGCGTCCAAGGACTGGAACAACTCAGTCTCGCTCTTTCCGAATCCTTGCCCAGATCACT  870
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  488  AGGATACTGAAGACTGGCGTCCAAGGACTGGAACAACTCAGTCTCGCTCTTTCCGAATCCTTGCCCAGATCACT  561

Query  871  GGGACTGAACATTTGAAAGAATCTGAAGCCGATAATACAAAGAAGGCAAA------------------------  920
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                        
Sbjct  562  GGGACTGAACATTTGAAAGAATCTGAAGCCGATAATACAAAGAAGGCAAAGTTTGACAGTGCTCTGGAAGACCT  635

Query  921  --------------------------------------------------------------------------  920
                                                                                      
Sbjct  636  ACCTAAGAGTGGACCTCACCCTCCTGCAACTCCTCAGGTGTTAACTATTGGTAGCCAAGTGGCCACACTTTCTA  709

Query  921  --------------------------------------------------------------------------  920
                                                                                      
Sbjct  710  AAGTAGCAACTACTTATTCTAGTTTAAGCAGCTCCACAGGAAATGTGGAAGATTCTTTCGAAGGTTTTCGAAAC  783

Query  921  --------------------------------------------------------------------------  920
                                                                                      
Sbjct  784  TTTTCTACCTTCTCTTCTCCTGCTAGATATAGTGCTGCAGTTCTGAGCAGCGCAGCTGCTACTGTGTCTGCTGT  857

Query  921  --------------------------------------------------------------------------  920
                                                                                      
Sbjct  858  TATTGCTACAAAAACCAGGCTCTACACTCCTGAAAGATATCACTCACTCCTGGATGCACTTTGCATCAGCCCTG  931

Query  921  --------------------------------------------------------------------------  920
                                                                                      
Sbjct  932  TCTCCAAGCCTTTAGCTTTTTCCTATCTGCAGTCCTCAAGGAAATCAACTGGCTCTATCCATGTTAAGAAAACA  1005

Query  921  --TAACTCTCAGGAGCCTTCTCCGCAGTTGGCTTCCTCGGTAGCTTCCACACGGAGCATGCCCGAGAGCCTGGA  992
              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006  AGTAACTCTCAGGAGCCTTCTCCGCAGTTGGCTTCCTCGGTAGCTTCCACACGGAGCATGCCCGAGAGCCTGGA  1079

Query  993  CAGCCCAACCTCTGGCAGACCAGGGGTTACCAGCCTCACAACTGCAGCTGCCTTCAAGCCTGTAGGATCCACTG  1066
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080  CAGCCCAACCTCTGGCAGACCAGGGGTTACCAGCCTCACAACTGCAGCTGCCTTCAAGCCTGTAGGATCCACTG  1153

Query 1067  GCGTCATCAAGTCACCAAGCTGGCAACGGCCAAACCAAGGAGTACCTTCCACTGGAAGAATCTCAAACAGCGCT  1140
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1154  GCGTCATCAAGTCACCAAGCTGGCAACGGCCAAACCAAGGAGTACCTTCCACTGGAAGAATCTCAAACAGCGCT  1227

Query 1141  GCTTACTCAGGATCAGTGGCACCAGCCAACTCAGCTTTGGGACAAACCCAGCCAAGTGACCAGGACACTTTAGT  1214
            .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1228  ACTTACTCAGGATCAGTGGCACCAGCCAACTCAGCTTTGGGACAAACCCAGCCAAGTGACCAGGACACTTTAGT  1301

Query 1215  GCAAAGAGCTGAGCACATTCCAGCAGGGAAACGAACTCCGATGTGCGCCCATTGTAACCAGGTCATCAGAGGAC  1288
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1302  GCAAAGAGCTGAGCACATTCCAGCAGGGAAACGAACTCCGATGTGCGCCCATTGTAACCAGGTCATCAGAGGAC  1375

Query 1289  CATTCTTAGTGGCACTGGGGAAATCTTGGCACCCAGAAGAATTCAACTGCGCTCACTGCAAAAATACAATGGCC  1362
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376  CATTCTTAGTGGCACTGGGGAAATCTTGGCACCCAGAAGAATTCAACTGCGCTCACTGCAAAAATACAATGGCC  1449

Query 1363  TACATTGGATTTGTAGAGGAGAAAGGAGCCCTGTATTGTGAGCTGTGCTATGAGAAATTCTTTGCCCCTGAATG  1436
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450  TACATTGGATTTGTAGAGGAGAAAGGAGCCCTGTATTGTGAGCTGTGCTATGAGAAATTCTTTGCCCCTGAATG  1523

Query 1437  TGGTCGATGCCAAAGGAAGATCCTTGGAGAAGTCATCAATGCGTTGAAACAAACTTGGCATGTTTCCTGTTTTG  1510
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524  TGGTCGATGCCAAAGGAAGATCCTTGGAGAAGTCATCAGTGCGTTGAAACAAACTTGGCATGTTTCCTGTTTTG  1597

Query 1511  TGTGTGTAGCCTGTGGAAAGCCCATTCGGAACAATGTTTTTCACTTGGAGGATGGTGAACCCTACTGTGAGACT  1584
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598  TGTGTGTAGCCTGTGGAAAGCCCATTCGGAACAATGTTTTTCACTTGGAGGATGGTGAACCCTACTGTGAGACT  1671

Query 1585  GATTATTATGCCCTCTTTGGTACTATATGCCATGGATGTGAATTTCCCATAGAAGCTGGTGACATGTTCCTGGA  1658
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672  GATTATTATGCCCTCTTTGGTACTATATGCCATGGATGTGAATTTCCCATAGAAGCTGGTGACATGTTCCTGGA  1745

Query 1659  AGCTCTGGGCTACACCTGGCATGACACTTGCTTTGTATGCTCAGTGTGTTGTGAAAGTTTGGAAGGTCAGACCT  1732
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746  AGCTCTGGGCTACACCTGGCATGACACTTGCTTTGTATGCTCAGTGTGTTGTGAAAGTTTGGAAGGTCAGACCT  1819

Query 1733  TTTTCTCCAAGAAGGACAAGCCCCTGTGTAAGAAACATGCTCATTCTGTGAATTTT  1788
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820  TTTTCTCCAAGAAGGACAAGCCCCTGTGTAAGAAACATGCTCATTCTGTGAATTTT  1875