Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11342
• Subject: NM_009823.1
• Aligned Length: 1842
• Identities: 1591
• Gaps: 63

Alignment

Query    1  ATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTCGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCATTGGCCTCCCA  74
                         |||.|||      .||||       ||||         ||.|.|||       ||||.|||
Sbjct    1  -------------ATGGTGG------GCGTC-------CCTG---------GAGCGGCC-------GCCTTCCA  32

Query   75  ACGTGCTGGGATTACAGTTGGTCCTGAGAAAAGGGTGCCAGCGATGCCTGGATCGCCTGTGGAAGTGAAGATAC  148
            ||               |||||..||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   33  AC---------------TTGGTTGTGAGAAAAGGGTGCCAGCAATGCCTGGATCGCCTGTGGAAGTGAAGATAC  91

Query  149  AGTCCAGATCCTCACCTCCCACCATGCCACCCCTCCCACCAATAAATCCTGGAGGACCGAGGCCAGTGTCCTTC  222
            ||||.||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct   92  AGTCAAGATCCTCACCTCCCATCATGCCACCCCTCCCACCAATAAATCCTGGAGGACCGAGGCCAGTGTCCTTT  165

Query  223  ACTCCTACTGCATTAAGCAATGGCATCAACCATTCTCCTCCTACCCTGAATGGTGCCCCATCACCGCCACAGAG  296
            ||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct  166  ACTCCTACAGCATTAAGCAATGGCATCAACCATTCCCCTCCTACCCTGAATGGTGCCCCATCGCCACCACAGAG  239

Query  297  ATTCAGCAATGGTCCTGCCTCCTCCACATCATCTGCACTCACAAATCAGCAATTGCCAGCCACTTGTGGTGCTC  370
            ||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||..||||.||.|||||||||||||
Sbjct  240  ATTCAGCAATGGGCCTGCCTCCTCCACATCGTCAGCACTAACGAATCAACAGCTGCCGGCTACTTGTGGTGCTC  313

Query  371  GACAACTCAGCAAGTTGAAACGCTTTCTTACCACTCTGCAACAGTTTGGCAATGACATCTCCCCTGAGATTGGG  444
            |.||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||.||.
Sbjct  314  GGCAGCTCAGCAAGTTGAAACGCTTCCTCACCACTCTGCAGCAGTTTGGCAATGATATCTCACCTGAGATCGGC  387

Query  445  GAGAAGGTGCGGACTCTTGTTCTTGCACTGGTGAACTCAACAGTGACAATTGAGGAATTCCACTGTAAGCTCCA  518
            ||||||||.||||||||.|||||.||..||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||.||||||||
Sbjct  388  GAGAAGGTTCGGACTCTCGTTCTAGCCTTGGTGAACTCAACAGTAACAATTGAAGAATTCCATTGCAAGCTCCA  461

Query  519  AGAAGCCACAAACTTTCCCCTTCGTCCTTTTGTGATTCCATTTCTCAAGGCCAACCTGCCCCTGCTGCAGCGGG  592
            .||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  462  GGAGGCCACAAACTTTCCTCTTCGTCCATTTGTGATTCCATTTCTCAAGGCCAACCTGCCCCTGCTGCAGCGAG  535

Query  593  AACTGCTGCACTGCGCTCGGGCGGCCAAGCAGACCCCATCCCAGTACCTGGCTCAGCACGAACACCTTCTGCTC  666
            |||||||||||||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||
Sbjct  536  AACTGCTGCACTGTGCCCGGGCTGCCAAGCAGACCCCGTCCCAGTACCTGGCCCAGCATGAGCACCTTCTGCTC  609

Query  667  AACACAAGCATTGCATCGCCTGCTGACTCGTCAGAGTTGCTCATGGAGGTGCACGGAAATGGGAAGAGGCCCAG  740
            |||||.||.||.|||||.|||||||||||.||.||..|||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||
Sbjct  610  AACACCAGTATCGCATCTCCTGCTGACTCTTCTGAACTGCTCATGGAGGTTCATGGAAATGGAAAGAGGCCCAG  683

Query  741  TCCAGAGAGGAGAGAAGAGAATAGTTTTGATAGAGACACAATTGCTCCTGAGCCTCCTGCCAAGAGAGTATGTA  814
            |||.||.|||||.||.|||||||.||||||.|||||.|||.||.|||||||.||.||||||||||||||.||||
Sbjct  684  TCCGGAAAGGAGGGACGAGAATAATTTTGAAAGAGATACAGTTCCTCCTGAACCGCCTGCCAAGAGAGTGTGTA  757

Query  815  CCATCAGCCCTGCTCCTCGGCACAGTCCTGCTCTCACTGTGCCCCTCATGAATCCTGGGGGCCAATTCCATCCT  888
            |.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct  758  CTATCAGCCCTGCTCCTCGGCACAGTCCCGCCCTCACTGTTCCCCTTATGAATCCTGGGGGCCAGTTCCATCCT  831

Query  889  ACCCCTCCACCTCTTCAGCATTACACCTTAGAGGATATTGCAACTTCTCACCTGTATCGGGAACCCAACAAGAT  962
            ||.||.||||||||||||||.||.||..||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  832  ACTCCACCACCTCTTCAGCACTATACACTAGAAGACATTGCAACTTCTCACCTGTATCGGGAACCAAACAAGAT  905

Query  963  GCTAGAGCATCGAGAAGTTCGTGATAGACACCACAGTCTTGGTCTAAATGGAGGCTATCAAGATGAGTTGGTAG  1036
            ||||||.||.||||||||||||||.||.|||||||.||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  906  GCTAGAACACCGAGAAGTTCGTGAGAGGCACCACAATCTTAGTCTCAATGGAGGCTATCAAGATGAGTTGGTAG  979

Query 1037  ATCATCGTTTGACAGAAAGGGAATGGGCTGATGAATGGAAACATCTTGACCATGCGCTGAATTGCATTATGGAA  1110
            |.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  980  ACCACCGTTTGACAGAAAGGGAGTGGGCTGATGAATGGAAACACCTTGACCATGCACTGAATTGCATTATGGAA  1053

Query 1111  ATGGTAGAGAAAACAAGGCGCTCTATGGCAGTTCTGCGGCGCTGTCAGGAATCAGATCGTGAAGAACTCAACTA  1184
            ||||||||||||||.||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1054  ATGGTAGAGAAAACTAGGCGCTCCATGGCAGTTCTGAGGCGCTGTCAGGAATCTGACCGTGAAGAACTCAACTA  1127

Query 1185  CTGGAAAAGACGGTACAATGAAAACACAGAGCTGAGGAAAACGGGGACCGAGTTGGTCTCCAGGCAGCACAGCC  1258
            .||||||.|.||||..||||||||.||||||.||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1128  TTGGAAACGGCGGTTTAATGAAAATACAGAGTTGAGGAAAACTGGGACTGAGTTGGTCTCTAGGCAGCACAGCC  1201

Query 1259  CTGGGAGTGCAGATTCTCTCAGCAATGATTCTCAGAGAGAGTTCAACAGCAGGCCAGGTACAGGATACGTACCT  1332
            ||||||||.||||||||||||||||.|||||||||.|.||.||.|.|||.||.||||..||||||||.||.|||
Sbjct 1202  CTGGGAGTACAGATTCTCTCAGCAACGATTCTCAGCGGGAATTTACCAGTAGACCAGCAACAGGATATGTGCCT  1275

Query 1333  GTGGAGTTTTGGAAAAAAACAGAAGAAGCTGTGAATAAGGTGAAAATTCAGGCCATGTCAGAAGTACAGAAGGC  1406
            ||||||||||||||.|||||   ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1276  GTGGAGTTTTGGAAGAAAAC---AGAAGCCGTGAATAAGGTGAAAATTCAGGCCATGTCAGAGGTACAGAAGGC  1346

Query 1407  CGTCGCTGAGGCAGAGCAGAAAGCCTTTGAAGTGATTGCAACAGAGAGAGCACGAATGGAGCAAACCATAGCGG  1480
            .||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct 1347  TGTAGCTGAGGCAGAGCAAAAAGCCTTTGAAGTGATTGCAACGGAGAGAGCTCGAATGGAGCAGACCATAGCGG  1420

Query 1481  ATGTCAAGCGGCAGGCCGCAGAGGATGCTTTCCTCGTCATCAATGAGCAAGAGGAGTCCACGGAGAACTGCTGG  1554
            |||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct 1421  ATGTCAAACGGCAGGCTGCAGAAGATGCTTTCCTGGTCATCAATGAGCAAGAAGAGTCCACAGAGAACTGCTGG  1494

Query 1555  AACTGTGGCCGCAAAGCCAGCGAGACATGCAGTGGCTGCAATATCGCGCGATACTGTGGCTCTTTCTGCCAGCA  1628
            |||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||.||.|||||.|||||.|||||||||||
Sbjct 1495  AACTGTGGCCGAAAAGCCAGTGAGACGTGCAGTGGCTGCAACATTGCTCGCTACTGCGGCTCCTTCTGCCAGCA  1568

Query 1629  CAAGGACTGGGAGCGGCACCACCGCCTCTGTGGTCAGAACCTGCATGGCCAGAGCCCCCACGGCCAGGGCCGGC  1702
            .||||||||||||||||||||||||||||||||.||||..||.||||||||.||.||||||.|||||.||.|||
Sbjct 1569  TAAGGACTGGGAGCGGCACCACCGCCTCTGTGGCCAGAGTCTACATGGCCACAGTCCCCACAGCCAGAGCAGGC  1642

Query 1703  CGCTGCTTCCTGTAGGCAGGGGCTCCTCTGCCAGGTCCGCCGACTGCAGCGTGCCCAGCCCAGCCCTCGACAAG  1776
            |.|||||.||||.|||..||||   |||.||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1643  CACTGCTCCCTGGAGGGCGGGG---CTCAGCCAGGTCTGCTGACTGCAGTGTGCCCAGCCCAGCCCTGGACAAG  1713

Query 1777  ACCTCGGCAACCACATCGCGTTCCTCAACACCTGCTTCTGTGACAGCTATCGACACCAACGGACTC  1842
            |||||.||.|||||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||.||..|||||||.|||
Sbjct 1714  ACCTCAGCTACCACCTCACGGTCCTCAACACCTGCCTCTGTGACAGCCATTGATGCCAACGGGCTC  1779