Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_11945
• Subject: NM_001363463.1
• Aligned Length: 1344
• Identities: 930
• Gaps: 276

Alignment

Query    1  ATGGACAGCAACAATTTCTTAGGCAATTGTGGTGTGGGAGAAAGGGAAGGGAGAGTGGCATCCGCACTGGTTGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TCGTCGTCATTACAGGTTCATTCATGGCATTGGACGATCCGGTGATATTTCTGCTGTGCAACCAAAAGCTGCAG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GCTCTAGCCTTTTGAACAAAATTACCAATTCTTTGGTCCTGGACATTATAAAGCTGGCTGGTGTCCATACAGTA  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GCCAACTGCTTTGTAGTTCCTATGGCAACTGGTATGAGTCTAACTCTGTGTTTCTTAACATTACGACACAAAAG  296
                                 |||||||||||.|||||||||||..||||||||.|.|||.|||||||||||||
Sbjct    1  ---------------------ATGGCAACTGGGATGAGTCTAACCTTGTGTTTCCTGACACTACGACACAAAAG  53

Query  297  ACCAAAGGCAAAGTATATTATATGGCCACGAATAGACCAGAAGTCCTGCTTTAAATCCATGATCACTGCAGGTT  370
            |||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||
Sbjct   54  ACCAAAGGCCAAGTATATCATATGGCCACGGATAGACCAGAAGTCCTGCTTTAAGTCCATGGTCACTGCAGGTT  127

Query  371  TTGAGCCTGTGGTGATAGAAAATGTTTTGGAAGGTGACGAGCTGCGTACAGACCTGAAAGCAGTGGAGGCTAAA  444
            ||||.||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  128  TTGAACCCGTGGTAATAGAAAACGTATTGGAAGGTGATGAGCTGCGCACAGACCTGAAAGCCGTGGAGGCTAAA  201

Query  445  GTCCAGGAACTTGGGCCTGATTGCATTCTGTGTATTCATTCTACTACATCCTGTTTTGCTCCAAGGGTGCCTGA  518
            .|||||||.||.|||||.||...|||.|||||..||||||||||.|||.||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct  202  ATCCAGGAGCTCGGGCCGGAGCACATCCTGTGCCTTCATTCTACCACAGCCTGCTTTGCTCCAAGGGTGCCCGA  275

Query  519  TAGATTAGAAGAACTGGCTGTGATTTGTGCTAATTATGACATTCCACATATAGTTAATAATGCTTATGGAGTGC  592
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.||.||.|||||||||.|.|
Sbjct  276  TAGATTAGAAGAACTGGCTGTGATTTGTGCTAATTATGACATTCCACATGTAGTCAACAACGCTTATGGATTAC  349

Query  593  AGTCTTCAAAGTGTATGCATCTCATTCAGCAGGGGGCTCGAGTTGGTAGAATAGATGCTTTTGTTCAGAGCTTG  666
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct  350  AGTCTTCAAAGTGCATGCATCTCATTCAGCAGGGGGCTCGGGTTGGTAGAATTGATGCTTTCGTTCAGAGCTTG  423

Query  667  GACAAAAATTTTATGGTTCCAGTAGGTGGTGCTATAATTGCTGGCTTTAATGATTCATTCATTCAGGAAATCAG  740
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|.|||||||||||.|||||
Sbjct  424  GACAAAAATTTTATGGTTCCAGTAGGTGGTGCTATAATTGCTGGCTTTAATGAGCCCTTCATTCAGGACATCAG  497

Query  741  CAAGATGTATCCAGGAAGAGCTTCAGCTTCACCTTCTTTAGATGTCCTTATTACTTTATTGTCACTTGGATCAA  814
            |||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.|||||.|||||.||.||.||..|||||||.||.|..|
Sbjct  498  CAAGATGTATCCAGGAAGAGCCTCAGCCTCGCCGTCCTTAGACGTCCTCATCACCTTGCTGTCACTGGGCTGCA  571

Query  815  ATGGCTATAAGAAGCTACTAAAAGAAAGAAAGGAAATGTTT-TCATATTTGTCCAACCAAATAAAGAAGTTGTC  887
            .||||||.|.||||||..|.||.||.||||||||||||||| || |||||.||||.||||.|||||||||||.|
Sbjct  572  GTGGCTACAGGAAGCTGTTGAAGGAGAGAAAGGAAATGTTTGTC-TATTTATCCACCCAACTAAAGAAGTTGGC  644

Query  888  AGAAGCCTACAATGAAAGACTGTTGCATACACCTCACAATCCCATATCTTTAGCTATGACACTTAAAACACTAG  961
            |||.|||.|||||||||||||..|.||.|||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||..|||
Sbjct  645  AGAGGCCCACAATGAAAGACTACTACAGACACCTCACAACCCTATATCCTTAGCTATGACACTTAAGACGATAG  718

Query  962  ATGAACACCGTGACAAAGCTGTCACTCAGCTTGGCTCGATGCTTTTTACCAGACAGGTTTCTGGAGCCAGGGTT  1035
            |||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||.|
Sbjct  719  ATGGACACCATGACAAAGCTGTCACTCAGCTTGGCTCAATGCTTTTTACCAGACAAGTGTCTGGAGCCAGGGCT  792

Query 1036  GTGCCTCTTGGGTCCATGCAAACTGTGAGTGGCTATACTTTCAGAGGCTTTATGTCACATACAAATAATTACCC  1109
            ||||||||||||..|.|||||||||||||||||.|||||||..|||||||.|||||.|||.||.||||||||||
Sbjct  793  GTGCCTCTTGGGAACGTGCAAACTGTGAGTGGCCATACTTTTCGAGGCTTCATGTCCCATGCAGATAATTACCC  866

Query 1110  TTGTGCTTACCTCAATGCTGCATCAGCCATCGGAATGAAGATGCAGGATGTGGACCTGTTCATAAAGAGACTTG  1183
            .|||||||||||||||||.|||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  867  CTGTGCTTACCTCAATGCGGCAGCAGCCATCGGGATGAAGATGCAGGATGTGGACCTGTTCATAAAGAGACTTG  940

Query 1184  ACAGGTGTTTAAAGGCAGTAAGAAAAGAACGAAGTAAAGAGAGTGATGACAATTATG----------------A  1241
            |||.|||.|||||...||||||.|||||||..|.||.||..||||       ||.||                |
Sbjct  941  ACAAGTGCTTAAACATAGTAAGGAAAGAACAGACTAGAGCAAGTG-------TTGTGTCTGGAGCTGACCGCAA  1007

Query 1242  CAAAACTGAAGATGTGGATATTGAAGAAATGGCTTTAAAACTAGATAATGTACTTCTTGACACAT----ACCAG  1311
            ||||.|||||||||.|||.|||||.|||||||||||.|||||.|||.|.||.|||...|    ||    .||||
Sbjct 1008  CAAAGCTGAAGATGCGGACATTGAGGAAATGGCTTTGAAACTGGATGACGTGCTTGGGG----ATGTGGGCCAG  1077

Query 1312  GATGCTTCTTCA  1323
            |...||.||..|
Sbjct 1078  GGCCCTGCTCTA  1089