Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_11953
- Subject:
- XM_024449004.1
- Aligned Length:
- 2014
- Identities:
- 1397
- Gaps:
- 590
Alignment
Query 1 ATGTTAATTGATGAAAGGTTACGATGTGAGCATCATAAAGCTAATTATCAGACACTGAAGGCTGAACACACAAG 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GTTGCAGAATGAACATGTAAAGTTACAAAATGAACTCAAGCACCTGTTTAATGAAAAGCAAACTCAGCAGGAAA 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 AACTTCA---GCTCCTGCTTGAAGAACTAAGAGGAGAATTAGTAGAGAAAACTAAAGATTTAGAAGAAATGAAA 219
| |.|||||.|| |.|.||||||| ||||..
Sbjct 1 ------ATGTGTTCCTGGTT----------------AGTCAGTAGAG---------------------ATGATG 31
Query 220 CTGCAGATATTAACTCCACAAAAATTGGAATTGCTAAGAGCCCAAATACAACAAGAATTAGAAACTCCAATGAG 293
|||||..|||| ||
Sbjct 32 CTGCACGTATT--CT----------------------------------------------------------- 44
Query 294 AGAACGTTTTAGGAATCTAGATGAAGAGGTAGAAAAGTATAGAGCTGTATATAATAAGCTTCGCTATGAACATA 367
|.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 45 ---------------------TCAGGAGGTAGAAAAGTATAGAGCTGTATATAATAAGCTTCGCTATGAACATA 97
Query 368 CATTTCTCAAGTCAGAATTTGAACACCAGAAGGAAGAGTATGCACGTATTTTAGATGAAGGAAAAATAAAATAT 441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 98 CATTTCTCAAGTCAGAATTTGAACACCAGAAGGAAGAGTATGCACGTATTTTAGATGAAGGAAAAATAAAATAT 171
Query 442 GAATCAGAGATTGCAAGACTGGAGGAAGATAAAGAAGAACTACGTAACCAGCTGCTTAATGTTGATCTCACAAA 515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 172 GAATCAGAGATTGCAAGACTGGAGGAAGATAAAGAAGAACTACGTAACCAGCTGCTTAATGTTGATCTCACAAA 245
Query 516 AGACAGCAAACGAGTGGAACAACTTGCTCGAGAAAAAGTCTATTTGTGTCAAAAATTAAAAGGTTTAGAGGCTG 589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 246 AGACAGCAAACGAGTGGAACAACTTGCTCGAGAAAAAGTCTATTTGTGTCAAAAATTAAAAGGTTTAGAGGCTG 319
Query 590 AAGTAGCGGAATTAAAGGCTGAAAAGGAGAATTCTGAGGCTCAGGTGGAAAATGCCCAAAGAATACAGGTGCGG 663
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 320 AAGTAGCGGAATTAAAGGCTGAAAAGGAGAATTCTGAGGCTCAGGTGGAAAATGCCCAAAGAATACAGGTGCGG 393
Query 664 CAGTTGGCTGAGATGCAGGCTACAGTCAGATCCCTGGAGGCTGAAAAACAATCAGCTAATTTACGGGCAGAACG 737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 394 CAGTTGGCTGAGATGCAGGCTACAGTCAGATCCCTGGAGGCTGAAAAACAATCAGCTAATTTACGGGCAGAACG 467
Query 738 CTTGGAAAAAGAGCTACAATCAAGCAGTGAACAAAATACCTTTTTAATTAATAAATTGCATAAAGCTGAACGAG 811
.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 468 TTTGGAAAAAGAGCTACAATCAAGCAGTGAACAAAATACCTTTTTAATTAATAAATTGCATAAAGCTGAACGAG 541
Query 812 AAATAAATACATTGTCCAGTAAAGTAAAAGAACTTAAACATTCAAACAAACTGGAAATAACAGACATCAAACTG 885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 AAATAAATACATTGTCCAGTAAAGTAAAAGAACTTAAACATTCAAACAAACTGGAAATAACAGACATCAAACTG 615
Query 886 GAGACAGCAAGAGCTAAGAGTGAGCTAGAAAGAGAAAGGAATAAGATTCAAAGTGAACTGGATGGATTACAGTC 959
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 616 GAGACAGCAAGAGCTAAGAGTGAGCTAGAAAGAGAAAGGAATAAGATTCAAAGTGAACTGGATGGATTACAGTC 689
Query 960 AGACAATGAAATTCTCAAAGCAGCTGTTGAACATCACAAAGTGCTCTTAGTAGAAAAGGATCGTGAATTAATAC 1033
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 690 AGACAATGAAATTCTCAAAGCAGCTGTTGAACATCACAAAGTGCTCTTAGTAGAAAAGGATCGTGAATTAATAC 763
Query 1034 GTAAAGTACAAGCTGCCAAAGAAGAAGGTTATCAAAAACTTGTGGTATTACAAGATGAAAAGTTAGAACTCGAG 1107
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 GTAAAGTACAAGCTGCCAAAGAAGAAGGTTATCAAAAACTTGTGGTATTACAAGATGAAAAGTTAGAACTCGAG 837
Query 1108 AACAGATTAGCAGATTTGGAGAAAATGAAAGTGGAACATGATGTCTGGAGGCAATCTGAAAAGGATCAGTATGA 1181
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 AACAGATTAGCAGATTTGGAGAAAATGAAAGTGGAACATGATGTCTGGAGGCAATCTGAAAAGGATCAGTATGA 911
Query 1182 AGAGAAATTGCGGGCTTCACAGATGGCAGAAGAGATCACCAGGAAGGAGCTTCAGAGTGTTAGGTTAAAACTTC 1255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 912 AGAGAAATTGCGGGCTTCACAGATGGCAGAAGAGATCACCAGGAAGGAGCTTCAGAGTGTTAGGTTAAAACTTC 985
Query 1256 AGCAACAAATTGTGACTATTGAAAATGCAGAGAAGGAAAAAAATGAAAATTCTGACCTAAAACAGCAAATCAGT 1329
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 986 AGCAACAAATTGTGACTATTGAAAATGCAGAGAAGGAAAAAAATGAAAATTCTGACCTAAAACAGCAAATCAGT 1059
Query 1330 AGTTTGCAGATCCAAGTGACTTCACTTGCACAGTCAGAGAATGACTTGCTGAATTCAAACCAAATGCTGAAGGA 1403
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1060 AGTTTGCAGATCCAAGTGACTTCACTTGCACAGTCAGAGAATGACTTGCTGAATTCAAACCAAATGCTGAAGGA 1133
Query 1404 AATGGTGGAGAGATTAAAACAAGAATGCCGAAATTTTAGAAGCCAAGCTGAAAAAGCGCAACTAGAAGCTGAAA 1477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 AATGGTGGAGAGATTAAAACAAGAATGCCGAAATTTTAGAAGCCAAGCTGAAAAAGCGCAACTAGAAGCTGAAA 1207
Query 1478 AGACATTGGAAGAGAAACAGATACAGTGGTTGGAAGAAAAGCATAAGCTTCATGAGCGTATCACAGACAGAGAA 1551
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1208 AGACATTGGAAGAGAAACAGATACAGTGGTTGGAAGAAAAGCATAAGCTTCATGAGCGTATCACAGACAGAGAA 1281
Query 1552 GAAAAGTACAATCAAGCTAAGGAGAAACTGCAGCGAGCTGCAATTGCCCAGAAAAAG---------CTTGA--- 1613
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||.|
Sbjct 1282 GAAAAGTACAATCAAGCTAAGGAGAAACTGCAGCGAGCTGCAATTGCCCAGAAAAAGAGAAAATCTCTTCATGA 1355
Query 1614 ------------------ACAGGA-----------TCTT----------------GAGTTGG------------ 1630
|||.|| |||| ||.||||
Sbjct 1356 AAACAAATTGAAAAGACTACAAGAGAAAGTAGAAGTCTTGGAGGCAAAGAAAGAAGAATTGGAAACAGAAAATC 1429
Query 1631 -----------------GATG-CCCTTCTG-TGACTGATAC-------------------------ATACAGAG 1660
.||| .||||.|| .|||| |||| ||||||||
Sbjct 1430 AGGTCTTAAATAGACAAAATGTTCCTTTTGAAGACT-ATACAAGGCTTCAAAAAAGACTAAAAGATATACAGAG 1502
Query 1661 A-----------------GAGTGTA-------TTCCCCCCA--CCCCCATTGAAGAGAG-ATCT---------- 1697
| .|||.|| ||||...|| ||.||| |.|| ||||
Sbjct 1503 AAGACATAATGAATTTCGAAGTCTAATTTTGGTTCCTAACATGCCTCCA------ACAGCATCTATCAATCCTG 1570
Query 1698 ----CTTGAAG--------------------------------------------------------------- 1704
|||..||
Sbjct 1571 TTAGCTTTCAGTCATCAGCCATGGTTCCAAGCATGGAACTACCATTTCCTCCTCATATGCAGGAGGAACAACAT 1644
Query 1705 -------------------------------------------------------------------------- 1704
Sbjct 1645 CAAAGGGAACTCTCTCTACTTCGCAAAAGACTAGAAGAACTGGAAACAACACAAAGAAAACAACTAGAGGAACT 1718
Query 1705 ---------------- 1704
Sbjct 1719 TGGATCTTCCGGAGAA 1734