Nucleotide Global Alignment

Description

Query:
ccsbBroad304_13606
Subject:
XM_011247998.2
Aligned Length:
3354
Identities:
2879
Gaps:
171

Alignment

Query    1  ATGGTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTACAGGTTTCGAGATTTGCTGCTAGGGGACCA  74
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTACAGATTCCGGGATTTGCTGCTAGGGGACCA  74

Query   75  AGGATGGCAAAACGACGACAGGGTACAAGTTGAATTCTATATGAATGAAAATACATTTAAAGAAAGACTAAAAT  148
            |||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||.|||||.
Sbjct   75  AGGCTGGCAAAATGATGACAGGGTCCAAGTTGAATTCTACATGAACGAAAACACATTTAAAGAGAGATTAAAAC  148

Query  149  TATTTTTCATAAAAAACCAGAGATCAAGTCTAAGGATACGCCTGTTCAATTTTTCTCTCAAATTACTAAGCTGC  222
            |.||||||||||||||||||.|||||||||||||.||.|||.|||||||.|||||.||.||.||..||||||||
Sbjct  149  TGTTTTTCATAAAAAACCAGCGATCAAGTCTAAGAATCCGCTTGTTCAACTTTTCCCTGAAGTTGTTAAGCTGC  222

Query  223  TTATTATACATAATCCGAGTACTACTAGAAAACCCTTCACAAGGAAATGAATGGTCTCATATCTTTTGGGTGAA  296
            ||||||||.||.|||||.||..|.||.||.||.||.|||||.||||.||||||||||||.||.||||||||.||
Sbjct  223  TTATTATATATTATCCGTGTGTTGCTTGAGAAACCGTCACAGGGAAGTGAATGGTCTCACATATTTTGGGTTAA  296

Query  297  CAGAAGTCTACCTTTGTGGGGCTTACAGGTTTCAGTGGCATTGATAAGTCTGTTTGAAACAATATTACTTGGTT  370
            |.|||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||.|.|||||||
Sbjct  297  CCGAAGTCTACCTTTATGGGGTTTACAGGTCTCAGTGGCATTGATAAGTCTATTTGAAACAATACTCCTTGGTT  370

Query  371  ATCTTAGTTATAAGGGAAACATCTGGGAACAGATTTTACGAATACCCTTCATCTTGGAAATAATTAATGCAGTT  444
            ||||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.
Sbjct  371  ATCTCAGTTATAAGGGAAATATCTGGGAGCAGATTTTACGAATTCCATTCATCTTGGAAATAATCAATGCAGTC  444

Query  445  CCCTTCATTATCTCAATATTCTGGCCTTCCTTAAGGAATCTATTTGTCCCAGTCTTTCTGAACTGTTGGCTTGC  518
            ||||||||.|||||||||||||||||..|||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||
Sbjct  445  CCCTTCATCATCTCAATATTCTGGCCCACCTTAAGAAATCTATTTGTTCCAGTTTTTCTAAATTGTTGGCTTGC  518

Query  519  CAAACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTACACAGAGCCATTCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATC  592
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CAAACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTCCATAGAGCCATTCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATC  592

Query  593  AAGTTTTGATTTTAATATCTACATTACTATGCCTTATCTTCACCTGCATTTGTGGGATCCAACATCTGGAACGA  666
            |||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct  593  AAGTTTTGATTTTGATATCTACTTTACTATGCCTTATCTTCACTTGCATTTGTGGGATTCAGCATCTAGAACGA  666

Query  667  ATAGGAAAGAAGCTGAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATTGTGACGTTTTCTACTGTGGGCTTCGGGGA  740
            ||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct  667  ATTGGCAAGAAGCTCAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATTGTGACATTTTCTACTGTGGGCTTTGGGGA  740

Query  741  TGTCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTTTTTGTAGTTGCTATGATTTGTGTTGCTCTTGTGGTTCTACCCA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.|||||.||.||.||.|
Sbjct  741  TGTCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTCTTTGTCGTTGCTATGATCTGCGTTGCCCTTGTAGTACTCCCTA  814

Query  815  TACAGTTTGAACAGCTGGCTTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGTCAGGAGGAAACTATAGTCGACATAGAGCT  888
            ||||||||||||||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct  815  TACAGTTTGAACAGTTGGCCTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGTCAGGAGGAAACTACAGTCGACACAGAGCT  888

Query  889  CAAACTGAAAAGCATGTCGTCCTGTGTGTCAGCTCACTGAAGATTGATTTACTTATGGATTTTTTAAATGAATT  962
            ||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||..||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.||
Sbjct  889  CAGACAGAGAAGCATGTTGTCCTGTGTGTCAGCTCCTTGAAGATTGACTTACTTATGGATTTTCTAAATGAGTT  962

Query  963  CTATGCTCATCCTAGGCTCCAGGATTATTATGTGGTGATTTTGTGTCCTACTGAAATGGATGTACAGGTTCGAA  1036
            ||||||.|||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.||.|||||.|
Sbjct  963  CTATGCGCATCCAAGACTACAGGATTATTACGTGGTGATTTTGTGTCCCACGGAGATGGATGTGCAAGTTCGGA  1036

Query 1037  GGGTACTGCAGATTCCAATGTGGTCCCAACGAGTTATCTACCTTCAAGGTTCAGCCCTTAAAGATCAAGACCTA  1110
            |.|||||.||||||||||||||||||||..||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.
Sbjct 1037  GAGTACTACAGATTCCAATGTGGTCCCAGAGAGTGATCTACCTTCAAGGCTCTGCCCTTAAAGACCAGGATCTC  1110

Query 1111  TTGAGAGCAAAGATGGATGACGCTGAGGCCTGTTTTATTCTCAGTAGCCGTTGTGAAGTGGATAGGACATCATC  1184
            .||||||||||||||||..|.||||||||||||||.|||.|.||||||||.||.|||||||||||.||.|||||
Sbjct 1111  CTGAGAGCAAAGATGGACAATGCTGAGGCCTGTTTCATTTTGAGTAGCCGCTGCGAAGTGGATAGAACCTCATC  1184

Query 1185  TGATCACCAAACAATTTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGCTCCAAATTGTCCTTTGTATGTCCAGATAT  1258
            |||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||.|||||||
Sbjct 1185  TGATCACCAAACAATCTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGCCCCAAATTGTCCTCTGTATGTTCAGATAT  1258

Query 1259  TAAAGCCTGAAAATAAATTTCACATCAAATTTGCTGATCATGTTGTTTGTGAAGAAGAGTTTAAATACGCCATG  1332
            ||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1259  TAAAACCAGAAAACAAATTCCACATCAAATTTGCAGATCATGTTGTTTGTGAAGAAGAGTTTAAGTACGCCATG  1332

Query 1333  TTAGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTTATTACACTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCAAGA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||    
Sbjct 1333  TTAGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTCATTACACTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGC----  1402

Query 1407  AGGCCAGCAATCGCCAGAACAATGGCAGAAGATGTACGGTAGATGCTCCGGGAATGAAGTCTACCACATTGTTT  1480
                                                                                      
Sbjct 1403  --------------------------------------------------------------------------  1402

Query 1481  TGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGAAAGAGTTTTACATATGCCTCTTTCCATGCACACAAAAAG  1554
                                                                                    ||
Sbjct 1403  ------------------------------------------------------------------------AG  1404

Query 1555  TTTGGCGTCTGCTTGATTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAACATTTTGCTGAATCCAGGTCCTCGATACAT  1628
            |||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405  TTTGGTGTCTGCTTGGTTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAACATTTTGCTGAATCCAGGTCCTCGATACAT  1478

Query 1629  TATGAATTCTACAGACATATGCTTTTATATTAATATTACCAAAGAAGAGAATTCAGCATTTAAAAACCAAGACC  1702
            |||||||.||.||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||
Sbjct 1479  TATGAATGCTTCAGACATATGTTTTTATATTAATATTACCAAAGAAGAAAATTCAGCATTTAAGAATCAAGACC  1552

Query 1703  AGCAGAGAAAAAGCAATGTGTCCAGGTCGTTTTATCATGGACCTTCCAGATTACCTGTACATAGCATAATTGCC  1776
            |.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.||||||
Sbjct 1553  AACAGAGAAAAAGTAATGTGTCAAGGTCATTTTATCATGGGCCTTCCAGATTGCCTGTCCACAGCATCATTGCC  1626

Query 1777  AGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGATACAAGCTGTAGATCAGCAAGTGGCCCTACCCTGTCTCTTCC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||.||.||||||||||.||||||.|||||||
Sbjct 1627  AGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGACACAAGCTGCAGAGCAACAAGTGGCCCCACCCTGGCTCTTCC  1700

Query 1851  TACAGAGGGAAGCAAAGAAATAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGTTTTAGAGGTTGCAGATACATCATCGATTC  1924
            |.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||
Sbjct 1701  TTCAGAGGGAGGCAAAGAATTAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGTTTTAGAGGTGGCAGATACATCATCAATTC  1774

Query 1925  AAACATGTGATCTTCTAAGTGACCAATCAGAAGATGAAACTACACCAGATGAAGAAATGTCTTCAAACTTAGAG  1998
            |||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||..||||||||.||||||
Sbjct 1775  AAACATGCGATCTCCTAAGTGACCAGTCCGAAGATGAAACTACACCAGATGAAGAAACATCTTCAAATTTAGAG  1848

Query 1999  TATGCTAAAGGTTACCCACCTTATTCTCCATATATAGGAAGTTCACCCACTTTTTGTCATCTCCTTCATGAAAA  2072
            |||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1849  TATGCCAAAGGCTACCCACCTTATTCCCCATACATAGGAAGTTCACCTACTTTTTGTCACCTACTTCAAGAAAA  1922

Query 2073  AGTACCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAACATAACTACTATGAGGATGCAAAAGCCTATGGAT  2146
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1923  AGTGCCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAGCATAACTACTATGAGGACGCAAAAGCCTATGGAT  1996

Query 2147  TCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATGGATTATATAACTTTATTGTTCCTCTCAGG  2220
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||.||||||||.|||||||||
Sbjct 1997  TCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATGGACTATATAATTTTATTGTACCTCTCAGG  2070

Query 2221  GCATATTATAGACCAAAGAAAGAACTTAATCCCATAGTACTGCTATTGGATAACCCCCTAGATGACTTACTCAG  2294
            ||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 2071  GCATATTATAGACCAAAGAAAGAATTAAATCCCATAGTTCTGCTATTGGATAACCCCCTAGATGATTTGCTCAG  2144

Query 2295  GTGTGGAGTGACTTTTGCTGCTAATATGGTGGTTGTGGATAAAGAGAGCACCATGAGTGCCGAGGAAGACTACA  2368
            ||||||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 2145  GTGTGGAGTGACCTTTGCTGCCAACATGGTGGTGGTGGACAAAGAAAGCACCATGAGTGCAGAGGAAGACTACA  2218

Query 2369  TGGCAGATGCCAAAACCATTGTGAACGTGCAGACACTCTTCAGGTTGTTTTCCAGTCTCAGTATTATCACAGAG  2442
            |||||||||||||.||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||
Sbjct 2219  TGGCAGATGCCAAGACGATTGTGAATGTGCAGACTCTGTTCAGGTTGTTTTCAAGTCTCAGTATCATCACTGAG  2292

Query 2443  CTAACTCACCCCGCCAACATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAAGACTGTTACTCTCTTGCTCTTTCAAAACT  2516
            ||.||.||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||
Sbjct 2293  CTTACGCATCCAGCAAATATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAGGATTGTTACTCTCTCGCGCTTTCAAAACT  2366

Query 2517  GGAAAAGAAAGAACGGGAGAGAGGCTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTGCCTTTTGCTGCTGGGAGGGTGT  2590
            |||||||||||||.|.||..||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||
Sbjct 2367  GGAAAAGAAAGAAAGAGAACGAGGTTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTGCCTTTTGCTGCGGGAAGAGTGT  2440

Query 2591  TTAGCATCAGTATGTTGGACACTCTGCTGTATCAGTCATTTGTGAAGGATTATATGATTTCTATCACGAGACTT  2664
            |.||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 2441  TCAGCATCAGTATGTTAGACACCCTTCTTTATCAGTCATTTGTGAAAGATTATATGATTTCTATCACCAGACTT  2514

Query 2665  CTGTTGGGACTGGACACTACACCAGGATCTGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAATCACTGCAGATGACTTATGGAT  2738
            ||.||||||||||||||.|.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||
Sbjct 2515  CTTTTGGGACTGGACACCATACCAGGATCGGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAATCACTGAAGATGACTTGTGGAT  2588

Query 2739  CAGAACTTATGCCAGACTTTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTTCCCATTGGAATCTACAGGACTG  2812
            ||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.|
Sbjct 2589  CAGAACGTATGCCAGACTCTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTTCCCATCGGGATCTACAGAACAG  2662

Query 2813  AGTCTCAGAAACTTACTACATCTGAG---------------------TCTCAAATATCTATCAGTGTAGAAGAG  2865
            |.|||||||||||.||.|||||||||                     |||||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct 2663  AATCTCAGAAACTAACGACATCTGAGTCTCGAGAAATAGGATCTCAATCTCAAATATCCATTAGTGTGGAAGAG  2736

Query 2866  TGGGAAGACACCAAAGACTCCAAAGAACAAGGGCACCACCGCAGCAACCACCGCAACTCAACATCCAGTGACCA  2939
            |||||||||||||||||...||||||.|.||||||||||||||||...||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct 2737  TGGGAAGACACCAAAGATGTCAAAGACCCAGGGCACCACCGCAGCCTTCACCGCAACTCAACGTCTAGTGACCA  2810

Query 2940  GTCGGACCATCCCTTGCTGCGGAGAAAAAGCATGCAGTGGGCCCGAAGACTGAGCAGAAAAGGCCCAAAACACT  3013
            ||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||.||||
Sbjct 2811  GTCGGACCATCCCTTGCTGCGGAGGAAGAGCATGCAGTGGGCCCGAAGGCTGAGCAGAAAAGGGCCGAAGCACT  2884

Query 3014  CTGGTAAAACAGCTGAAAAAATAACCCAGCAGCGACTGAACCTCTACAGGAGGTCAGAAAGACAAGAGCTTGCT  3087
            ||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||.||||.||.||||||||.|||||||||
Sbjct 2885  CTGGTAAAACTGCAGAAAAAATAACTCAACAGCGACTGAACCTCTACCGGAGATCCGAAAGACAGGAGCTTGCT  2958

Query 3088  GAACTTGTGAAAAATAGAATGAAACACTTGGGTCTTTCTACAGTGGGATATGATGAAATGAATGATCATCAAAG  3161
            ||||||||||||||.||||||||||||.||||.||.||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2959  GAACTTGTGAAAAACAGAATGAAACACCTGGGCCTCTCGACGGTGGGCTACGATGAAATGAATGATCATCAGAG  3032

Query 3162  TACCCTCTCCTACATCCTGATTAACCCATCTCCAGATACCAGAATAGAGCTGAATGATGTTGTATACTTAATTC  3235
            .|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.|||||..|.||||||||||||||||||||.||.||.|
Sbjct 3033  CACCCTGTCCTACATCCTGATTAATCCGTCTCCAGACACCAGGCTTGAGCTGAATGATGTTGTATATTTGATCC  3106

Query 3236  GACCAGATCCACTGGCCTACCTTCCAAACAGTGAGCCCAGTCGAAGAAACAGCATCTGCAATGTCACTGGTCAA  3309
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||.|.|.|||||||||||||||||.|.|||.||||
Sbjct 3107  GACCAGATCCACTGTCCTACCTTCCAAACAGTGAACCCAGTAGGAAAAACAGCATCTGCAATGCCGCTGTTCAA  3180

Query 3310  GATTCTCGGGAGGAAACTCAACTC  3333
            ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3181  GATTCTCGGGAGGAAACTCAACTC  3204