Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_13606
- Subject:
- XM_017001181.1
- Aligned Length:
- 3426
- Identities:
- 2158
- Gaps:
- 1263
Alignment
Query 1 ATGGTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTACAGGTTTCGAGATTTGCTGCTAGGGGACCA 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 AGGATGGCAAAACGACGACAGGGTACAAGTTGAATTCTATATGAATGAAAATACATTTAAAGAAAGACTAAAAT 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 TATTTTTCATAAAAAACCAGAGATCAAGTCTAAGGATACGCCTGTTCAATTTTTCTCTCAAATTACTAAGCTGC 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 TTATTATACATAATCCGAGTACTACTAGAAAACCCTTCACAAGGAAATGAATGGTCTCATATCTTTTGGGTGAA 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 CAGAAGTCTACCTTTGTGGGGCTTACAGGTTTCAGTGGCATTGATAAGTCTGTTTGAAACAATATTACTTGGTT 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 ATCTTAGTTATAAGGGAAACATCTGGGAACAGATTTTACGAATACCCTTCATCTTGGAAATAATTAATGCAGTT 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 CCCTTCATTATCTCAATATTCTGGCCTTCCTTAAGGAATCTATTTGTCCCAGTCTTTCTGAACTGTTGGCTTGC 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 CAAACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTACACAGAGCCATTCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATC 592
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 593 AAGTTTTGATTTTAATATCTACATTACTATGCCTTATCTTCACCTGCATTTGTGGGATCCAACATCTGGAACGA 666
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 667 ATAGGAAAGAAGCTGAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATTGTGACGTTTTCTACTGTGGGCTTCGGGGA 740
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 741 TGTCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTTTTTGTAGTTGCTATGATTTGTGTTGCTCTTGTGGTTCTACCCA 814
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 815 TACAGTTTGAACAGCTGGCTTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGTCAGGAGGAAACTATAGTCGACATAGAGCT 888
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 889 CAAACTGAAAAGCATGTCGTCCTGTGTGTCAGCTCACTGAAGATTGATTTACTTATGGATTTTTTAAATGAATT 962
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 963 CTATGCTCATCCTAGGCTCCAGGATTATTATGTGGTGATTTTGTGTCCTACTGAAATGGATGTACAGGTTCGAA 1036
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 1037 GGGTACTGCAGATTCCAATGTGGTCCCAACGAGTTATCTACCTTCAAGGTTCAGCCCTTAAAGATCAAGACCTA 1110
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 1111 TTGAGAGCAAAGATGGATGACGCTGAGGCCTGTTTTATTCTCAGTAGCCGTTGTGAAGTGGATAGGACATCATC 1184
|| |||.|.|| ||||
Sbjct 1 ------------------------------------AT-----------GTTTTCAA--------GACA----- 14
Query 1185 TGATCACCAAACAATTTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGCTCCAAATTGTCCTTTGTATGTCCAGATAT 1258
.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 15 GGATCACCAAACAATTTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGCTCCAAATTGTCCTTTGTATGTCCAGATAT 88
Query 1259 TAAAGCCTGAAAATAAATTTCACATCAAATTTGCTGATCATGTTGTTTGTGAAGAAGAGTTTAAATACGCCATG 1332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 89 TAAAGCCTGAAAATAAATTTCACATCAAATTTGCTGATCATGTTGTTTGTGAAGAAGAGTTTAAATACGCCATG 162
Query 1333 TTAGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTTATTACACTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCAAGA 1406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 163 TTAGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTTATTACACTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCAAGA 236
Query 1407 AGGCCAGCAATCGCCAGAACAATGGCAGAAGATGTACGGTAGATGCTCCGGGAATGAAGTCTACCACATTGTTT 1480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 AGGCCAGCAATCGCCAGAACAATGGCAGAAGATGTACGGTAGATGCTCCGGGAATGAAGTCTACCACATTGTTT 310
Query 1481 TGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGAAAGAGTTTTACATATGCCTCTTTCCATGCACACAAAAAG 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 311 TGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGAAAGAGTTTTACATATGCCTCTTTCCATGCACACAAAAAG 384
Query 1555 TTTGGCGTCTGCTTGATTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAACATTTTGCTGAATCCAGGTCCTCGATACAT 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 385 TTTGGCGTCTGCTTGATTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAACATTTTGCTGAATCCAGGTCCTCGATACAT 458
Query 1629 TATGAATTCTACAGACATATGCTTTTATATTAATATTACCAAAGAAGAGAATTCAGCATTTAAAAACCAAGACC 1702
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 459 TATGAATTCTACAGACATATGCTTTTATATTAATATTACCAAAGAAGAGAATTCAGCATTTAAAAACCAAGACC 532
Query 1703 AGCAGAGAAAAAGCAATGTGTCCAGGTCGTTTTATCATGGACCTTCCAGATTACCTGTACATAGCATAATTGCC 1776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 533 AGCAGAGAAAAAGCAATGTGTCCAGGTCGTTTTATCATGGACCTTCCAGATTACCTGTACATAGCATAATTGCC 606
Query 1777 AGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGATACAAGCTGTAGATCAGCAAGTGGCCCTACCCTGTCTCTTCC 1850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 607 AGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGATACAAGCTGTAGATCAGCAAGTGGCCCTACCCTGTCTCTTCC 680
Query 1851 TACAGAGGGAAGCAAAGAAATAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGTTTTAGAGGTTGCAGATACATCATCGATTC 1924
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 TACAGAGGGAAGCAAAGAAATAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGTTTTAGAGGTTGCAGATACATCATCGATTC 754
Query 1925 AAACATGTGATCTTCTAAGTGACCAATCAGAAGATGAAACTACACCAGATGAAGAAATGTCTTCAAACTTAGAG 1998
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 755 AAACATGTGATCTTCTAAGTGACCAATCAGAAGATGAAACTACACCAGATGAAGAAATGTCTTCAAACTTAGAG 828
Query 1999 TATGCTAAAGGTTACCCACCTTATTCTCCATATATAGGAAGTTCACCCACTTTTTGTCATCTCCTTCATGAAAA 2072
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 829 TATGCTAAAGGTTACCCACCTTATTCTCCATATATAGGAAGTTCACCCACTTTTTGTCATCTCCTTCATGAAAA 902
Query 2073 AGTACCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAACATAACTACTATGAGGATGCAAAAGCCTATGGAT 2146
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 AGTACCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAACATAACTACTATGAGGATGCAAAAGCCTATGGAT 976
Query 2147 TCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATGGATTATATAACTTTATTGTTCCTCTCAGG 2220
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 977 TCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATGGATTATATAACTTTATTGTTCCTCTCAGG 1050
Query 2221 GCATATTATAGACCAAAGAAAGAACTTAATCCCATAGTACTGCTATTGGATAACCC------------------ 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1051 GCATATTATAGACCAAAGAAAGAACTTAATCCCATAGTACTGCTATTGGATAACCCGCCAGATATGCATTTTCT 1124
Query 2277 ------------------------------------------------------CCTAGATGACTTACTCAGGT 2296
||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 GGATGCAATCTGTTGGTTTCCAATGGTTTACTACATGGTGGGCTCTATTGACAACCTAGATGACTTACTCAGGT 1198
Query 2297 GTGGAGTGACTTTTGCTGCTAATATGGTGGTTGTGGATAAAGAGAGCACCATGAGTGCCGAGGAAGACTACATG 2370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 GTGGAGTGACTTTTGCTGCTAATATGGTGGTTGTGGATAAAGAGAGCACCATGAGTGCCGAGGAAGACTACATG 1272
Query 2371 GCAGATGCCAAAACCATTGTGAACGTGCAGACACTCTTCAGGTTGTTTTCCAGTCTCAGTATTATCACAGAGCT 2444
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1273 GCAGATGCCAAAACCATTGTGAACGTGCAGACACTCTTCAGGTTGTTTTCCAGTCTCAGTATTATCACAGAGCT 1346
Query 2445 AACTCACCCCGCCAACATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAAGACTGTTACTCTCTTGCTCTTTCAAAACTGG 2518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1347 AACTCACCCCGCCAACATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAAGACTGTTACTCTCTTGCTCTTTCAAAACTGG 1420
Query 2519 AAAAGAAAGAACGGGAGAGAGGCTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTGCCTTTTGCTGCTGGGAGGGTGTTT 2592
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1421 AAAAGAAAGAACGGGAGAGAGGCTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTGCCTTTTGCTGCTGGGAGGGTGTTT 1494
Query 2593 AGCATCAGTATGTTGGACACTCTGCTGTATCAGTCATTTGTGAAGGATTATATGATTTCTATCACGAGACTTCT 2666
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 AGCATCAGTATGTTGGACACTCTGCTGTATCAGTCATTTGTGAAGGATTATATGATTTCTATCACGAGACTTCT 1568
Query 2667 GTTGGGACTGGACACTACACCAGGATCTGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAATCACTGCAGATGACTTATGGATCA 2740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1569 GTTGGGACTGGACACTACACCAGGATCTGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAATCACTGCAGATGACTTATGGATCA 1642
Query 2741 GAACTTATGCCAGACTTTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTTCCCATTGGAATCTACAGGACTGAG 2814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1643 GAACTTATGCCAGACTTTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTTCCCATTGGAATCTACAGGACTGAG 1716
Query 2815 TCTCAGAAACTTACTACATCTGAG---------------------TCTCAAATATCTATCAGTGTAGAAGAGTG 2867
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1717 TCTCAGAAACTTACTACATCTGAGTCTCGAAAAATAGCATCACAATCTCAAATATCTATCAGTGTAGAAGAGTG 1790
Query 2868 GGAAGACACCAAAGACTCCAAAGAACAAGGGCACCACCGCAGCAACCACCGCAACTCAACATCCAGTGACCAGT 2941
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1791 GGAAGACACCAAAGACTCCAAAGAACAAGGGCACCACCGCAGCAACCACCGCAACTCAACATCCAGTGATCAGT 1864
Query 2942 CGGACCATCCCTTGCTGCGGAGAAAAAGCATGCAGTGGGCCCGAAGACTGAGCAGAAAAGGCCCAAAACACTCT 3015
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1865 CGGACCATCCCTTGCTGCGGAGAAAAAGCATGCAGTGGGCCCGAAGACTGAGCAGAAAAGGCCCAAAACACTCT 1938
Query 3016 GGTAAAACAGCTGAAAAAATAACCCAGCAGCGACTGAACCTCTACAGGAGGTCAGAAAGACAAGAGCTTGCTGA 3089
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1939 GGTAAAACAGCTGAAAAAATAACCCAGCAGCGACTGAACCTCTACAGGAGGTCAGAAAGACAAGAGCTTGCTGA 2012
Query 3090 ACTTGTGAAAAATAGAATGAAACACTTGGGTCTTTCTACAGTGGGATATGATGAAATGAATGATCATCAAAGTA 3163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2013 ACTTGTGAAAAATAGAATGAAACACTTGGGTCTTTCTACAGTGGGATATGATGAAATGAATGATCATCAAAGTA 2086
Query 3164 CCCTCTCCTACATCCTGATTAACCCATCTCCAGATACCAGAATAGAGCTGAATGATGTTGTATACTTAATTCGA 3237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2087 CCCTCTCCTACATCCTGATTAACCCATCTCCAGATACCAGAATAGAGCTGAATGATGTTGTATACTTAATTCGA 2160
Query 3238 CCAGATCCACTGGCCTACCTTCCAAACAGTGAGCCCAGTCGAAGAAACAGCATCTGCAATGTCACTGGTCAAGA 3311
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 CCAGATCCACTGGCCTACCTTCCAAACAGTGAGCCCAGTCGAAGAAACAGCATCTGCAATGTCACTGGTCAAGA 2234
Query 3312 TTCTCGGGAGGAAACTCAACTC 3333
|||||||||||||||||||||.
Sbjct 2235 TTCTCGGGAGGAAACTCAACTT 2256
