Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14578
• Subject: NM_001260.3
• Aligned Length: 1416
• Identities: 1210
• Gaps: 112

Alignment

Query    1  ATGGACTATGACTTTAAAGTGAAGCTGAGCAGCGAGCGGGAGCGGGTCGAGGACCTGTTTGAATACGAGGGCTG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGACTATGACTTTAAAGTGAAGCTGAGCAGCGAGCGGGAGCGGGTCGAGGACCTGTTTGAATACGAGGGCTG  74

Query   75  CAAAGTTGGCCGAGGCACTTATGGTCACGTCTACAAAGCCAAGAGGAAAGATGGGAAGGATGATAAAGACTATG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CAAAGTTGGCCGAGGCACTTATGGTCACGTCTACAAAGCCAAGAGGAAAGATGGGAAGGATGATAAAGACTATG  148

Query  149  CTTTAAAACAAATAGAAGGAACTGGGATCTCTATGTCGGCATGTAGAGAAATAGCATTACTTCGAGAGCTTAAG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTTTAAAACAAATAGAAGGAACTGGGATCTCTATGTCGGCATGTAGAGAAATAGCATTACTTCGAGAGCTTAAG  222

Query  223  CATCCAAACGTCATTTCTCTTCAAAAGGTGTTTCTGTCTCATGCTGATAGGAAGGTGTGGCTTCTGTTTGACTA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CATCCAAACGTCATTTCTCTTCAAAAGGTGTTTCTGTCTCATGCTGATAGGAAGGTGTGGCTTCTGTTTGACTA  296

Query  297  TGCTGAACATGACCTCTGGCATATAATCAAGTTTCACAGAGCTTCTAAAGCAAACAAGAAGCCAGTTCAGTTAC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGCTGAACATGACCTCTGGCATATAATCAAGTTTCACAGAGCTTCTAAAGCAAACAAGAAGCCAGTTCAGTTAC  370

Query  371  CTCGGGGAATGGTGAAGTCACTATTATATCAGATCCTAGATGGTATTCACTACCTGCATGCTAACTGGGTGTTG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTCGGGGAATGGTGAAGTCACTATTATATCAGATCCTAGATGGTATTCACTACCTGCATGCTAACTGGGTGTTG  444

Query  445  CACAGAGATTTGAAACCTGCTAATATTTTAGTTATGGGTGAAGGTCCTGAGCGAGGAAGAGTAAAAATTGCTGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CACAGAGATTTGAAACCTGCTAATATTTTAGTTATGGGTGAAGGTCCTGAGCGAGGAAGAGTAAAAATTGCTGA  518

Query  519  CATGGGCTTTGCCCGATTATTTAATTCACCTTTGAAGCCTTTAGCAGATTTGGATCCAGTGGTTGTTACATTCT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CATGGGCTTTGCCCGATTATTTAATTCACCTTTGAAGCCTTTAGCAGATTTGGATCCAGTGGTTGTTACATTCT  592

Query  593  GGTACCGAGCCCCTGAACTACTTCTTGGAGCAAGGCATTATACCAAAGCTATTGATATTTGGGCTCTCGACAGC  666
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|...|.
Sbjct  593  GGTACCGAGCCCCTGAACTACTTCTTGGAGCAAGGCATTATACCAAAGCTATTGATATTTGGGCTATAGGGTGT  666

Query  667  ATA----CAGCATGAA-TGCTAACGCTAATGGAC-------TCAC-GTCGACATGCCGTCGCAAGG-CATC--A  724
            |||    ||    ||| |.||||||..|  |.||       |||| |||||||.|        ||| ||||  |
Sbjct  667  ATATTTGCA----GAACTACTAACGTCA--GAACCAATATTTCACTGTCGACAAG--------AGGACATCAAA  726

Query  725  ACTAGT-ATCTATA----CATGA-CAGCT-GAC-GAA---TCAGTAT----GGATT--CTGCAGTAGATGTAGA  781
            |||||| |||..||    ||||| ||||| ||| |||   |||.|.|    |||||  ||||   ||||..|||
Sbjct  727  ACTAGTAATCCTTATCACCATGACCAGCTGGACAGAATATTCAATGTAATGGGATTTCCTGC---AGATAAAGA  797

Query  782  TT------------AAAAGATGCCTG-ACAT--CACAT--ATGAGA---TTCAGA--GAATACGTATACCAACT  833
            ||            |||||||||||| ||||  .||||  ||||.|   ||||||  .||||||||||||||||
Sbjct  798  TTGGGAAGATATAAAAAAGATGCCTGAACATTCAACATTAATGAAAGATTTCAGAAGAAATACGTATACCAACT  871

Query  834  GCAGCC-TATCAAGTATATG--AAAACATAAAGTT-AACCAGATAGTAAAGCATT-CACTTGC-TCAGAAGCTG  901
            |||||| |||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct  872  GCAGCCTTATCAAGTATATGGAAAAACATAAAGTTAAACCAGATAGTAAAGCATTCCACTTGCTTCAGAAGCTG  945

Query  902  CTTACCAT-GACCCAATAAAGCGAA-TACCTCAG-ACA-GCTATGCAGGACCCCTATTTC-TAG-AGAC---CA  966
            |||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||   |.
Sbjct  946  CTTACCATGGACCCAATAAAGCGAATTACCTCAGAACAGGCTATGCAGGACCCCTATTTCTTAGAAGACCCACT  1019

Query  967  TTCTACATCAGACGTTTTTGCCGG-TGTCAAATCC--TTCCCAAAACGGGAATTTT--ACCGAAG-AGGACCTG  1034
            |.|||||||||||||||||||||| ||||||||||  |.|||||||||.|||||||  ||.|||| ||.|||||
Sbjct 1020  TCCTACATCAGACGTTTTTGCCGGTTGTCAAATCCCTTACCCAAAACGAGAATTTTTAACGGAAGAAGAACCTG  1093

Query 1035  ATGGCAAAGG-GACCAAAA----CAGGCGCCACAGGAAGGCCATTACCAACA-TAAAGGAACTGGCCCCCCCGG  1102
            |||.|||||| |||.||||    |||..||..|||.|.|||.||.||| ||| |||.||||||||||.|||.||
Sbjct 1094  ATGACAAAGGAGACAAAAAGAACCAGCAGCAGCAGCAGGGCAATAACC-ACACTAATGGAACTGGCCACCCAGG  1166

Query 1103  GAATCCAGGCCGCCGTTCCCCCCCGGGGCCCCCGGTGAAGGAAATGAGAAGTGTTCCTCCTTCCCATACCTTCG  1176
            |||||.||.|.||.||..|.|.|.|||.||||||.|||||.||.|||||..||||||||||.||..|||| ||.
Sbjct 1167  GAATCAAGACAGCAGTCACACACAGGGACCCCCGTTGAAGAAAGTGAGAGTTGTTCCTCCTACCACTACC-TCA  1239

Query 1177  GGGGGAC-TATCCAGGCCTTCGGCCATTAGGGGTTCCATTCC-CCTGCCGCCTATTCCCACCCCGGGCCCAGCC  1248
            ||.|||| ||||..|.|||..|.|.||.| |.||||||.||| |.|||.||||| |||||.|||.||.|||..|
Sbjct 1240  GGTGGACTTATCATGACCTCAGACTATCA-GCGTTCCAATCCACATGCTGCCTA-TCCCAACCCTGGACCAAGC  1311

Query 1249  CCTTCCCA-CCGCAGAGCCGCCAGGGATAATTCAG-TACCTTCCCA-CCGCCTTCCCCAG-ACTCCCCTTCGGC  1318
            .|.||.|| |||||||||.||..||||| |.|||| |||| ||||| |.||| |||.||| ||||.|.|..|.|
Sbjct 1312  ACATCACAGCCGCAGAGCAGCATGGGAT-ACTCAGCTACC-TCCCAGCAGCC-TCCACAGTACTCACATCAGAC  1382

Query 1319  CCATTGGGAA  1328
            .|||.||.|.
Sbjct 1383  ACATCGGTAC  1392