Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14622
• Subject: NM_001346897.2
• Aligned Length: 3856
• Identities: 2740
• Gaps: 934

Alignment

Query    1  ATGCGACCCTCCGGGACGGCCGGGGCAGCGCTCCTGGCGCTGCTGGCTGCGCTCTGCCCGGCGAGTCGGGCTCT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCGACCCTCCGGGACGGCCGGGGCAGCGCTCCTGGCGCTGCTGGCTGCGCTCTGCCCGGCGAGTCGGGCTCT  74

Query   75  GGAGGAAAAGAAAGTTTGCCAAGGCACGAGTAACAAGCTCACGCAGTTGGGCACTTTTGAAGATCATTTTCTCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GGAGGAAAAGAAAGTTTGCCAAGGCACGAGTAACAAGCTCACGCAGTTGGGCACTTTTGAAGATCATTTTCTCA  148

Query  149  GCCTCCAGAGGATGTTCAATAACTGTGAGGTGGTCCTTGGGAATTTGGAAATTACCTATGTGCAGAGGAATTAT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCCTCCAGAGGATGTTCAATAACTGTGAGGTGGTCCTTGGGAATTTGGAAATTACCTATGTGCAGAGGAATTAT  222

Query  223  GATCTTTCCTTCTTAAAGACCATCCAGGAGGTGGCTGGTTATGTCCTCATTGCCCTCAACACAGTGGAGCGAAT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GATCTTTCCTTCTTAAAGACCATCCAGGAGGTGGCTGGTTATGTCCTCATTGCCCTCAACACAGTGGAGCGAAT  296

Query  297  TCCTTTGGAAAACCTGCAGATCATCAGAGGAAATATGTACTACGAAAATTCCTATGCCTTAGCAGTCTTATCTA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TCCTTTGGAAAACCTGCAGATCATCAGAGGAAATATGTACTACGAAAATTCCTATGCCTTAGCAGTCTTATCTA  370

Query  371  ACTATGATGCAAATAAAACCGGACTGAAGGAGCTGCCCATGAGAAATTTACAGGAAATCCTGCATGGCGCCGTG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
Sbjct  371  ACTATGATGCAAATAAAACCGGACTGAAGGAGCTGCCCATGAGAAATTTACAGG--------------------  424

Query  445  CGGTTCAGCAACAACCCTGCCCTGTGCAACGTGGAGAGCATCCAGTGGCGGGACATAGTCAGCAGTGACTTTCT  518
                                                                                      
Sbjct  425  --------------------------------------------------------------------------  424

Query  519  CAGCAACATGTCGATGGACTTCCAGAACCACCTGGGCAGCTGCCAAAAGTGTGATCCAAGCTGTCCCAATGGGA  592
                                                     |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  425  -----------------------------------------GCCAAAAGTGTGATCCAAGCTGTCCCAATGGGA  457

Query  593  GCTGCTGGGGTGCAGGAGAGGAGAACTGCCAGAAACTGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAGTGCTCCGGGCGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  458  GCTGCTGGGGTGCAGGAGAGGAGAACTGCCAGAAACTGACCAAAATCATCTGTGCCCAGCAGTGCTCCGGGCGC  531

Query  667  TGCCGTGGCAAGTCCCCCAGTGACTGCTGCCACAACCAGTGTGCTGCAGGCTGCACAGGCCCCCGGGAGAGCGA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  532  TGCCGTGGCAAGTCCCCCAGTGACTGCTGCCACAACCAGTGTGCTGCAGGCTGCACAGGCCCCCGGGAGAGCGA  605

Query  741  CTGCCTGGTCTGCCGCAAATTCCGAGACGAAGCCACGTGCAAGGACACCTGCCCCCCACTCATGCTCTACAACC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  606  CTGCCTGGTCTGCCGCAAATTCCGAGACGAAGCCACGTGCAAGGACACCTGCCCCCCACTCATGCTCTACAACC  679

Query  815  CCACCACGTACCAGATGGATGTGAACCCCGAGGGCAAATACAGCTTTGGTGCCACCTGCGTGAAGAAGTGTCCC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  680  CCACCACGTACCAGATGGATGTGAACCCCGAGGGCAAATACAGCTTTGGTGCCACCTGCGTGAAGAAGTGTCCC  753

Query  889  CGTAATTATGTGGTGACAGATCACGGCTCGTGCGTCCGAGCCTGTGGGGCCGACAGCTATGAGATGGAGGAAGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  754  CGTAATTATGTGGTGACAGATCACGGCTCGTGCGTCCGAGCCTGTGGGGCCGACAGCTATGAGATGGAGGAAGA  827

Query  963  CGGCGTCCGCACTAGTACGACGTTATAAGGTCGCCCGGGGGCA----GTGTATACGACCATTGGGACGAATCTG  1032
            |||||||||||...|||.||.||...||||  |||..|..|||    ||||| |||           ||||..|
Sbjct  828  CGGCGTCCGCAAGTGTAAGAAGTGCGAAGG--GCCTTGCCGCAAAGTGTGTA-ACG-----------GAATAGG  887

Query 1033  TTGTAAATGGT---TTCAAA------------ATAGCTGCT-CTAATATGGAAA---TTAAGA-----------  1076
            |    |.||||   ||.|||            |||..|||| |.||||| .|||   ||.|.|           
Sbjct  888  T----ATTGGTGAATTTAAAGACTCACTCTCCATAAATGCTACGAATAT-TAAACACTTCAAAAACTGCACCTC  956

Query 1077  -----------------------GGCCGG---------GGGG-------------------CCTC-----GGTC  1094
                                   .|||||         ||||                   ||||     |.||
Sbjct  957  CATCAGTGGCGATCTCCACATCCTGCCGGTGGCATTTAGGGGTGACTCCTTCACACATACTCCTCCTCTGGATC  1030

Query 1095  TA-AG--------TATAATAAAAACATGATCCGCCGTACAGCGGAGAA-----AGGG--------------GG-  1139
            .| ||        |||..|.||||         |||||.||    |||     ||||              || 
Sbjct 1031  CACAGGAACTGGATATTCTGAAAA---------CCGTAAAG----GAAATCACAGGGTTTTTGCTGATTCAGGC  1091

Query 1140  --GGACTGGA--------GGAGTTAGATGGC---GGG----TAAGGGAGT----CGGGGCGGGA----------  1182
              ||.|||.|        |||..|..|||.|   |.|    ||  |.|.|    ||.|||.|||          
Sbjct 1092  TTGGCCTGAAAACAGGACGGACCTCCATGCCTTTGAGAACCTA--GAAATCATACGCGGCAGGACCAAGCAACA  1163

Query 1183  --------------TAGCTAG-----AGCCAGACAGATAAGATACATTGAGAGTTTGGACAATCCACAACT--A  1235
                          |.|| ||     ||||.|| |.||||.|| |.|||.||.|    ||..|||    ||  |
Sbjct 1164  TGGTCAGTTTTCTCTTGC-AGTCGTCAGCCTGA-ACATAACAT-CCTTGGGATT----ACGCTCC----CTCAA  1226

Query 1236  GAATGCCGTGAAAAAAATGATTTATGTGTG-----------------AAATTTGTGATGCTATTGCTTTATTTG  1292
            |        ||.|.||.||||..|..||||                 |||||||   |||||          ||
Sbjct 1227  G--------GAGATAAGTGATGGAGATGTGATAATTTCAGGAAACAAAAATTTG---TGCTA----------TG  1279

Query 1293  TAACCATTATAAGCTGCAATAAACAAGTT-----CCTC---TCACTCTGTGATATTCATTTCTTTGCAAGTTAT  1358
            .||..|..||||.|||.||.|||| .|||     ||||   |||      ||.|..||         ||.||||
Sbjct 1280  CAAATACAATAAACTGGAAAAAAC-TGTTTGGGACCTCCGGTCA------GAAAACCA---------AAATTAT  1337

Query 1359  AAATA------GTGAATAATAAGATG-------ACA----TGAACTACTATACGTACTGCT----AGAGATTTT  1411
            ||..|      ||||  ||..||.||       |||    .|..||.|.||.|.|..||||    .|||     
Sbjct 1338  AAGCAACAGAGGTGA--AAACAGCTGCAAGGCCACAGGCCAGGTCTGCCATGCCTTGTGCTCCCCCGAG-----  1404

Query 1412  CCAGACTGACTAAAAGGGTCTG------AGGGA-----TCTCTAGTTACCAGA--GTCACACAA--CAG-----  1465
               |.||| ||   .|||.|.|      |||||     ||||   ||.||.||  ||||..|.|  |||     
Sbjct 1405  ---GGCTG-CT---GGGGCCCGGAGCCCAGGGACTGCGTCTC---TTGCCGGAATGTCAGCCGAGGCAGGGAAT  1468

Query 1466  ACGGGCACA----CA--CTACTAGA-----AGCACTCAAGGCAAGCTTTATTGAG----------GCTTAAGCA  1518
            .||.|.|||    ||  ||.||.||     |||   |||||.|  .|||.|.|||          ||.||  ||
Sbjct 1469  GCGTGGACAAGTGCAACCTTCTGGAGGGTGAGC---CAAGGGA--GTTTGTGGAGAACTCTGAGTGCATA--CA  1535

Query 1519  GTGGGTTCCCTAGTTAGCCAGAGAGCTCCCAGGCTCAG------------ATCTGGTCTA--------ACCAGA  1572
            |||    ||      |.||||||   |.||.|.|||||            |.|||..| |        ||||||
Sbjct 1536  GTG----CC------ACCCAGAG---TGCCTGCCTCAGGCCATGAACATCACCTGCAC-AGGACGGGGACCAGA  1595

Query 1573  GAGACCCGTTTATGTATCGAGCTAGGCACTTAAATACAATATCTTTG--------CAATGCGGCAATTC-----  1633
            .| ||       ||||||.|| |..||.|   |.||||      |||        ||.||||.|||..|     
Sbjct 1596  CA-AC-------TGTATCCAG-TGTGCCC---ACTACA------TTGACGGCCCCCACTGCGTCAAGACCTGCC  1651

Query 1634  -------AGTGGTTCGTCCAATCCATGTCAG--------ACCC--GTCTGTTGCCTTCCTAATAAGGCA-----  1685
                   |||             ||||..||        ||||  |||||         .||..|.|||     
Sbjct 1652  CGGCAGGAGT-------------CATGGGAGAAAACAACACCCTGGTCTG---------GAAGTACGCAGACGC  1703

Query 1686  ---CGAT-CGTACCACCTGACTTCCA-CCAATCGGC--------ATGCACGGTGCTTTTTCTCTC----CTTGT  1742
               |.|| .||.|||||||  |.||| ||||.|.||        ||||||.|.||         |    |||| 
Sbjct 1704  CGGCCATGTGTGCCACCTG--TGCCATCCAAACTGCACCTACGGATGCACTGGGC---------CAGGTCTTG-  1765

Query 1743  AAGGCAAGTTG-CTAACTCATCGTTACCATGTTGC--AAGACTACAAGTTTATTGCATAAGACTACATT---AA  1810
            |||||    || |.|||..||.|          ||  ||||  .|..||..||.||         ||.|   |.
Sbjct 1766  AAGGC----TGTCCAACGAATGG----------GCCTAAGA--TCCCGTCCATCGC---------CACTGGGAT  1814

Query 1811  GCTTGCAGCTCCAGCTTTTGTTCCCGTTAGTGAGGGTAAATGCGCGCTGGCGTTTCCGGCCTATTCATGCGAAG  1884
            |.|.|..|| ||..||.|||.|.|.|.|.|||           ||.||||.|.|  ||||||.|||||||||||
Sbjct 1815  GGTGGGGGC-CCTCCTCTTGCTGCTGGTGGTG-----------GCCCTGGGGAT--CGGCCTCTTCATGCGAAG  1874

Query 1885  GCGCCACATCGTTCGGAAGCGCACGCTGCGGAGGCTGCTGCAGGAGAGGGAGCTTGTGGAGCCTCTTACACCCA  1958
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1875  GCGCCACATCGTTCGGAAGCGCACGCTGCGGAGGCTGCTGCAGGAGAGGGAGCTTGTGGAGCCTCTTACACCCA  1948

Query 1959  GTGGAGAAGCTCCCAACCAAGCTCTCTTGAGGATCTTGAAGGAAACTGAATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGGGC  2032
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1949  GTGGAGAAGCTCCCAACCAAGCTCTCTTGAGGATCTTGAAGGAAACTGAATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGGGC  2022

Query 2033  TCCGGTGCGTTCGGCACGGTGTATAAGGGACTCTGGATCCCAGAAGGTGAGAAAGTTAAAATTCCCGTCGCTAT  2106
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2023  TCCGGTGCGTTCGGCACGGTGTATAAGGGACTCTGGATCCCAGAAGGTGAGAAAGTTAAAATTCCCGTCGCTAT  2096

Query 2107  CAAGGAATTAAGAGAAGCAACATCTCCGAAAGCCAACAAGGAAATCCTCGATGAAGCCTACGTGATGGCCAGCG  2180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097  CAAGGAATTAAGAGAAGCAACATCTCCGAAAGCCAACAAGGAAATCCTCGATGAAGCCTACGTGATGGCCAGCG  2170

Query 2181  TGGACAACCCCCACGTGTGCCGCCTGCTGGGCATCTGCCTCACCTCCACCGTGCAGCTCATCACGCAGCTCATG  2254
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2171  TGGACAACCCCCACGTGTGCCGCCTGCTGGGCATCTGCCTCACCTCCACCGTGCAGCTCATCACGCAGCTCATG  2244

Query 2255  CCCTTCGGCTGCCTCCTGGACTATGTCCGGGAACACAAAGACAATATTGGCTCCCAGTACCTGCTCAACTGGTG  2328
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245  CCCTTCGGCTGCCTCCTGGACTATGTCCGGGAACACAAAGACAATATTGGCTCCCAGTACCTGCTCAACTGGTG  2318

Query 2329  TGTGCAGATCGCAAAGGGCATGAACTACTTGGAGGACCGTCGCTTGGTGCACCGCGACCTGGCAGCCAGGAACG  2402
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2319  TGTGCAGATCGCAAAGGGCATGAACTACTTGGAGGACCGTCGCTTGGTGCACCGCGACCTGGCAGCCAGGAACG  2392

Query 2403  TACTGGTGAAAACACCGCAGCATGTCAAGATCACAGATTTTGGGCTGGCCAAACTGCTGGGTGCGGAAGAGAAA  2476
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393  TACTGGTGAAAACACCGCAGCATGTCAAGATCACAGATTTTGGGCTGGCCAAACTGCTGGGTGCGGAAGAGAAA  2466

Query 2477  GAATACCATGCAGAAGGAGGCAAAGTGCCTATCAAGTGGATGGCATTGGAATCAATTTTACACAGAATCTATAC  2550
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2467  GAATACCATGCAGAAGGAGGCAAAGTGCCTATCAAGTGGATGGCATTGGAATCAATTTTACACAGAATCTATAC  2540

Query 2551  CCACCAGAGTGATGTCTGGAGCTACGGGGTGACCGTTTGGGAGTTGATGACCTTTGGATCCAAGCCATATGACG  2624
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2541  CCACCAGAGTGATGTCTGGAGCTACGGGGTGACTGTTTGGGAGTTGATGACCTTTGGATCCAAGCCATATGACG  2614

Query 2625  GAATCCCTGCCAGCGAGATCTCCTCCATCCTGGAGAAAGGAGAACGCCTCCCTCAGCCACCCATATGTACCATC  2698
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2615  GAATCCCTGCCAGCGAGATCTCCTCCATCCTGGAGAAAGGAGAACGCCTCCCTCAGCCACCCATATGTACCATC  2688

Query 2699  GATGTCTACATGATCATGGTCAAGTGCTGGATGATAGACGCAGATAGTCGCCCAAAGTTCCGTGAGTTGATCAT  2772
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2689  GATGTCTACATGATCATGGTCAAGTGCTGGATGATAGACGCAGATAGTCGCCCAAAGTTCCGTGAGTTGATCAT  2762

Query 2773  CGAATTCTCCAAAATGGCCCGAGACCCCCAGCGCTACCTTGTCATTCAGGGGGATGAAAGAATGCATTTGCCAA  2846
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2763  CGAATTCTCCAAAATGGCCCGAGACCCCCAGCGCTACCTTGTCATTCAGGGGGATGAAAGAATGCATTTGCCAA  2836

Query 2847  GTCCTACAGACTCCAACTTCTACCGTGCCCTGATGGATGAAGAAGACATGGACGACGTGGTGGATGCCGACGAG  2920
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2837  GTCCTACAGACTCCAACTTCTACCGTGCCCTGATGGATGAAGAAGACATGGACGACGTGGTGGATGCCGACGAG  2910

Query 2921  TACCTCATCCCACAGCAGGGCTTCTTCAGCAGCCCCTCCACGTCACGGACTCCCCTCCTGAGCTCTCTGAGTGC  2994
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2911  TACCTCATCCCACAGCAGGGCTTCTTCAGCAGCCCCTCCACGTCACGGACTCCCCTCCTGAGCTCTCTGAGTGC  2984

Query 2995  AACCAGCAACAATTCCACCGTGGCTTGCATTGATAGAAATGGGCTGCAAAGCTGTCCCATCAAGGAAGACAGCT  3068
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2985  AACCAGCAACAATTCCACCGTGGCTTGCATTGATAGAAATGGGCTGCAAAGCTGTCCCATCAAGGAAGACAGCT  3058

Query 3069  TCTTGCAGCGATACAGCTCAGACCCCACAGGCGCCTTGACTGAGGACAGCATAGACGACACCTTCCTCCCAGTG  3142
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3059  TCTTGCAGCGATACAGCTCAGACCCCACAGGCGCCTTGACTGAGGACAGCATAGACGACACCTTCCTCCCAGTG  3132

Query 3143  CCTGAATACATAAACCAGTCCGTTCCCAAAAGGCCCGCTGGCTCTGTGCAGAA----TCCTGTCTATCACAATC  3212
            ||||             ||..|                ||||| |||...|||    ||||| ||         
Sbjct 3133  CCTG-------------GTGAG----------------TGGCT-TGTCTGGAAACAGTCCTG-CT---------  3166

Query 3213  AGCCTCTGAACC-CCGCGCCCAGCAGAGACCCACACTACCAGGACCCCCACAGCACTGCAGTGGGCAACCCCGA  3285
              ||||  |||| ||.|                         |||||.|.|||||  ||||          |.|
Sbjct 3167  --CCTC--AACCTCCTC-------------------------GACCCACTCAGCA--GCAG----------CCA  3199

Query 3286  GTATCTCAACACTGTCCAGCCCACCTGTG-----TCAACAGCACAT-TCGACAGCCCTGCCCACTGGGCCCAGA  3353
            ||.||    ||.||||||..|||  .|||     ||  |||  ||| ||.|.||           |||    ||
Sbjct 3200  GTCTC----CAGTGTCCAAGCCA--GGTGCTCCCTC--CAG--CATCTCCAGAG-----------GGG----GA  3248

Query 3354  AA----GGCAGCCACCAAATTAGCCTGGACAACCCTGACTACCAGCAGGACTTCTTTCCCAAGGAAGCCAAGCC  3423
            ||    |||||       |||.||  .||||           |||                             
Sbjct 3249  AACAGTGGCAG-------ATTTGC--AGACA-----------CAG-----------------------------  3273

Query 3424  AAATGGCATCTTTAAGGGCTCCACAGCTGAAAATGCAGAATACCTAAGGGTCGCGCCACAAAGCAGTGAATTTA  3497
                                                                                      
Sbjct 3274  --------------------------------------------------------------------------  3273

Query 3498  TTGGAGCA  3505
                    
Sbjct 3274  --------  3273