Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14638
• Subject: NM_001079909.2
• Aligned Length: 2467
• Identities: 1970
• Gaps: 275

Alignment

Query    1  ATGTGGAGCTGGAAGTGCCTCCTCTTCTGGGCTGTGCTGGTCACAGCCACACTCTGCACCGCTAGGCCGTCCCC  74
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||..||||
Sbjct    1  ATGTGGGGCTGGAAGTGCCTCCTCTTCTGGGCTGTGCTGGTCACAGCCACTCTCTGCACTGCCAGGCCAGCCCC  74

Query   75  GACCTTGCCTGAACAAGCCCAGCCCTGGGGAGCCCCTGTGGAAGTGGAGTCCTTCCTGGTCCACCCCGGTGACC  148
            .||||||||||||||                                                           
Sbjct   75  AACCTTGCCTGAACA-----------------------------------------------------------  89

Query  149  TGCTGCAGCTTCGCTGTCGGCTGCGGGACGATGTGCAGAGCATCAACTGGCTGCGGGACGGGGTGCAGCTGGCG  222
                                                                                      
Sbjct   90  --------------------------------------------------------------------------  89

Query  223  GAAAGCAACCGCACCCGCATCACAGGGGAGGAGGTGGAGGTGCAGGACTCCGTGCCCGCAGACTCCGGCCTCTA  296
                                                                                      
Sbjct   90  --------------------------------------------------------------------------  89

Query  297  TGCTTGCGTAACCAGCAGCCCCTCGGGCAGTGACACCACCTACTTCTCCGTCAATGTTTCAGATGCTCTCCCCT  370
                                                                        ||||||.|||||.|
Sbjct   90  ------------------------------------------------------------AGATGCACTCCCAT  103

Query  371  CCTCGGAGGATGATGATGATGATGATGACTCCTCTTCAGAGGAGAAAGAAACAGATAACACCAAACCAAAC---  441
            |||||||.||||||||.||.||.|||||||||||.||.|||||||||||.||.||.|||||||||||||||   
Sbjct  104  CCTCGGAAGATGATGACGACGACGATGACTCCTCCTCGGAGGAGAAAGAGACGGACAACACCAAACCAAACCGT  177

Query  442  ---CCCGTAGCTCCATATTGGACATCCCCAGAAAAGATGGAAAAGAAATTGCATGCAGTGCCGGCTGCCAAGAC  512
               ||.||||||||.||.||||||||||||||.||.|||||.||||||.|||||||.|||||.|||||||||||
Sbjct  178  AGGCCTGTAGCTCCCTACTGGACATCCCCAGAGAAAATGGAGAAGAAACTGCATGCGGTGCCCGCTGCCAAGAC  251

Query  513  AGTGAAGTTCAAATGCCCTTCCAGTGGGACCCCAAACCCCACACTGCGCTGGTTGAAAAATGGCAAAGAATTCA  586
            .|||||||||||.|||||.||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct  252  GGTGAAGTTCAAGTGCCCGTCGAGTGGGACACCCAACCCCACTCTGCGCTGGTTGAAAAATGGCAAAGAGTTTA  325

Query  587  AACCTGACCACAGAATTGGAGGCTACAAGGTCCGTTATGCCACCTGGAGCATCATAATGGACTCTGTGGTGCCC  660
            |.|||||||||.|||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct  326  AGCCTGACCACCGAATTGGAGGCTACAAGGTTCGCTATGCCACCTGGAGCATCATAATGGATTCTGTGGTGCCT  399

Query  661  TCTGACAAGGGCAACTACACCTGCATTGTGGAGAATGAGTACGGCAGCATCAACCACACATACCAGCTGGATGT  734
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.||.||
Sbjct  400  TCTGACAAGGGCAACTACACCTGCATCGTGGAGAATGAGTATGGGAGCATCAACCACACCTACCAGCTTGACGT  473

Query  735  CGTGGAGCGGTCCCCTCACCGGCCCATCCTGCAAGCAGGGTTGCCCGCCAACAAAACAGTGGCCCTGGGTAGCA  808
            ||||||.||.||.||.|||||.||||||||.||.||||||.||||.||||||||.||||||||||||||.||||
Sbjct  474  CGTGGAACGATCTCCGCACCGACCCATCCTTCAGGCAGGGCTGCCTGCCAACAAGACAGTGGCCCTGGGCAGCA  547

Query  809  ACGTGGAGTTCATGTGTAAGGTGTACAGTGACCCGCAGCCGCACATCCAGTGGCTAAAGCACATCGAGGTGAAT  882
            |.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.
Sbjct  548  ATGTGGAGTTCATGTGTAAGGTGTACAGCGATCCGCAGCCTCACATTCAGTGGCTGAAGCACATCGAGGTGAAC  621

Query  883  GGGAGCAAGATTGGCCCAGACAACCTGCCTTATGTCCAGATCTTGAAGACTGCTGGAGTTAATACCACCGACAA  956
            |||||.|||||.||.|||||||||.||||.||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  622  GGGAGTAAGATCGGGCCAGACAACTTGCCGTATGTCCAGATCCTGAAGACTGCTGGAGTTAATACCACCGACAA  695

Query  957  AGAGATGGAGGTGCTTCACTTAAGAAATGTCTCCTTTGAGGACGCAGGGGAGTATACGTGCTTGGCGGGTAACT  1030
            .||.||||||||||||||..||.|.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  696  GGAAATGGAGGTGCTTCATCTACGGAATGTCTCCTTTGAGGATGCGGGGGAGTATACGTGCTTGGCGGGTAACT  769

Query 1031  CTATCGGACTCTCCCATCACTCTGCATGGTTGACCGTTCTGGAAGCCCTGGAAGAGAGGCCGGCAGTGATGACC  1104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||
Sbjct  770  CTATCGGACTCTCCCATCACTCTGCATGGTTGACCGTTCTGGAAGCCCTGGAAGAGAGACCAGCTGTGATGACC  843

Query 1105  TCGCCCCTGTACCTGGAGATCATCATCTATTGCACAGGGGCCTTCCTCATCTCCTGCATGGTGGGGTCGGTCAT  1178
            ||.||.||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||.||||.||.|||||
Sbjct  844  TCACCGCTCTACCTGGAGATCATTATCTACTGCACCGGGGCCTTCCTGATCTCCTGCATGTTGGGCTCTGTCAT  917

Query 1179  CGTCTACAAGATGAAGAGTGGTACCAAGAAGAGTGACTTCCACAGCCAGATGGCTGTGCACAAGCTGGCCAAGA  1252
            |.||||.|||||||||||.||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  918  CATCTATAAGATGAAGAGCGGCACCAAGAAGAGCGACTTCCATAGCCAGATGGCTGTGCACAAGCTGGCCAAGA  991

Query 1253  GCATCCCTCTGCGCAGACAGGTAACAGTGTCTGCTGACTCCAGTGCATCCATGAACTCTGGGGTTCTTCTGGTT  1326
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  992  GCATCCCTCTGCGCAGACAGGTAACAGTGTCAGCTGACTCCAGTGCATCCATGAACTCTGGGGTTCTCCTGGTT  1065

Query 1327  CGGCCATCACGGCTCTCCTCCAGTGGGACTCCCATGCTAGCAGGGGTCTCTGAGTATGAGCTTCCCGAAGACCC  1400
            |||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||.|||||.||.||||||||.||.||.||.||
Sbjct 1066  CGGCCCTCACGGCTCTCCTCCAGCGGGACCCCCATGCTGGCTGGAGTCTCCGAATATGAGCTCCCTGAGGATCC  1139

Query 1401  TCGCTGGGAGCTGCCTCGGGACAGACTGGTCTTAGGCAAACCCCTGGGAGAGGGCTGCTTTGGGCAGGTGGTGT  1474
            .||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1140  CCGCTGGGAGCTGCCACGAGACAGACTGGTCTTAGGCAAACCACTTGGCGAGGGCTGCTTCGGGCAGGTGGTGT  1213

Query 1475  TGGCAGAGGCTATCGGGCTGGACAAGGACAAACCCAACCGTGTGACCAAAGTGGCTGTGAAGATGTTGAAGTCG  1548
            ||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.
Sbjct 1214  TGGCTGAGGCCATCGGGCTGGATAAGGACAAACCCAACCGTGTGACCAAAGTGGCCGTGAAGATGTTGAAGTCC  1287

Query 1549  GACGCAACAGAGAAAGACTTGTCAGACCTGATCTCAGAAATGGAGATGATGAAGATGATCGGGAAGCATAAGAA  1622
            ||||||||.|||||.|||.||||.||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||
Sbjct 1288  GACGCAACGGAGAAGGACCTGTCGGATCTGATCTCGGAGATGGAGATGATGAAAATGATTGGGAAGCACAAGAA  1361

Query 1623  TATCATCAACCTGCTGGGGGCCTGCACGCAGGATGGTCC-CTTGTATGTCATCGTGGAGTATGCCTCCAAGGGC  1695
            ||||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||||| ||| ||||||||.||||||||.||||||||.|||
Sbjct 1362  TATCATCAACCTTCTGGGAGCGTGCACACAGGATGGTCCTCTT-TATGTCATTGTGGAGTACGCCTCCAAAGGC  1434

Query 1696  AACCTGCGGGAGTACCTGCAGGCCCGGAGGCCCCCAGGGCTGGAATACTGCTACAACCCCAGCCACAACCCAGA  1769
            ||.||.||||||||.||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 1435  AATCTCCGGGAGTATCTACAGGCCCGGAGGCCTCCTGGGCTGGAGTACTGCTATAACCCCAGCCACAACCCCGA  1508

Query 1770  GGAGCAGCTCTCCTCCAAGGACCTGGTGTCCTGCGCCTACCAGGTGGCCCGAGGCATGGAGTATCTGGCCTCCA  1843
            |||.|||||.||.|||||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 1509  GGAACAGCTGTCTTCCAAAGATCTGGTATCCTGTGCCTATCAGGTGGCTCGGGGCATGGAGTATCTTGCCTCTA  1582

Query 1844  AGAAGTGCATACACCGAGACCTGGCAGCCAGGAATGTCCTGGTGACAGAGGACAATGTGATGAAGATAGCAGAC  1917
            |||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||.||||||||.||||||
Sbjct 1583  AGAAGTGTATACACCGAGACCTGGCTGCTAGGAACGTCCTGGTGACCGAGGATAACGTAATGAAGATCGCAGAC  1656

Query 1918  TTTGGCCTCGCACGGGACATTCACCACATCGACTACTATAAAAAGACAACCAACGGCCGACTGCCTGTGAAGTG  1991
            ||||||.|.||.||.||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1657  TTTGGCTTAGCTCGAGACATTCATCATATCGACTACTACAAGAAAACCACCAACGGCCGGCTGCCTGTGAAGTG  1730

Query 1992  GATGGCACCCGAGGCATTATTTGACCGGATCTACACCCACCAGAGTGATGTGTGGTCTTTCGGGGTGCTCCTGT  2065
            ||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.||||||.|||
Sbjct 1731  GATGGCCCCTGAGGCGTTGTTTGACCGGATCTACACACACCAGAGCGATGTGTGGTCTTTTGGAGTGCTCTTGT  1804

Query 2066  GGGAGATCTTCACTCTGGGCGGCTCCCCATACCCCGGTGTGCCTGTGGAGGAACTTTTCAAGCTGCTGAAGGAG  2139
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805  GGGAGATCTTCACTCTGGGTGGCTCCCCATACCCCGGTGTGCCTGTGGAGGAACTTTTCAAGCTGCTGAAGGAG  1878

Query 2140  GGTCACCGCATGGACAAGCCCAGTAACTGCACCAACGAGCTGTACATGATGATGCGGGACTGCTGGCATGCAGT  2213
            |||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879  GGTCATCGAATGGACAAGCCCAGTAACTGTACCAATGAGCTGTACATGATGATGCGGGACTGCTGGCATGCAGT  1952

Query 2214  GCCCTCACAGAGACCCACCTTCAAGCAGCTGGTGGAAGACCTGGACCGCATCGTGGCCTTGACCTCCAACCAGG  2287
            ||||||.||||||||.||.|||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1953  GCCCTCTCAGAGACCTACGTTCAAGCAGTTGGTGGAAGACCTGGACCGCATTGTGGCCTTGACCTCCAACCAGG  2026

Query 2288  AGTACCTGGACCTGTCCATGCCCCTGGACCAGTACTCCCCCAGCTTTCCCGACACCCGGAGCTCTACGTGCTCC  2361
            ||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||||||
Sbjct 2027  AGTATCTGGACCTGTCCATACCGCTGGACCAGTACTCACCCAGCTTTCCCGACACACGGAGCTCCACCTGCTCC  2100

Query 2362  TCAGGGGAGGATTCCGTCTTCTCTCATGAGCCGCTGCCCGAGGAGCCCTGCCTGCCCCGACACCCAGCCCAGCT  2435
            |||||||||||.||.||||||||||||||||||.|.||.|||||||||||.|||||.||||||||..|||||||
Sbjct 2101  TCAGGGGAGGACTCTGTCTTCTCTCATGAGCCGTTACCTGAGGAGCCCTGTCTGCCTCGACACCCCACCCAGCT  2174

Query 2436  TGCCAATGGCGGACTCAAACGCCGC  2460
            ||||||..|.|||||||||||.|||
Sbjct 2175  TGCCAACAGTGGACTCAAACGGCGC  2199