Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_14704
• Subject: NM_001037127.2
• Aligned Length: 2683
• Identities: 2293
• Gaps: 80

Alignment

Query    1  ATGAGAGAGCTCGTCAACATTCCACTGGTACATATTCTTACTCTGGTTGCCTTCAGCGGAACTGAGAAACTTCC  74
            |||||||||||.|||||||||||||||.||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGAGAGCTTGTCAACATTCCACTGTTACAGATGCTCACCCTGGTTGCCTTCAGCGGGACTGAGAAACTTCC  74

Query   75  AAAAGCTCCTGTCATCACCACTCCTCTTGAAACAGTGGATGCCTTAGTTGAAGAAGTGGCTACTTTCATGTGTG  148
            ||||||.||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct   75  AAAAGCCCCTGTCATCACCACGCCTCTTGAAACTGTAGATGCCTTGGTTGAAGAAGTAGCGACTTTCATGTGTG  148

Query  149  CAGTGGAATCCTACCCCCAGCCTGAGATTTCCTGGACTAGAAATAAAATTCTCATTAAACTCTTTGACACCCGG  222
            |.||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.
Sbjct  149  CCGTGGAATCCTACCCTCAGCCCGAGATTTCTTGGACCAGAAATAAAATTCTCATTAAGCTGTTTGACACCCGC  222

Query  223  TACAGCATCCGGGAGAATGGGCAGCTCCTCACCATCCTGAGTGTGGAAGACAGTGATGATGGCATTTACTGCTG  296
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  223  TACAGCATCCGGGAGAATGGTCAGCTCCTCACCATTCTGAGCGTGGAAGACAGTGATGATGGCATCTACTGCTG  296

Query  297  CACGGCCAACAATGGTGTGGGAGGAGCTGTGGAGAGTTGTGGAGCCCTGCAAGTGAAGATGAAACCTAAAATAA  370
            ||..|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CATAGCCAACAATGGAGTGGGAGGAGCCGTGGAGAGTTGTGGTGCCCTGCAAGTGAAGATGAAACCTAAAATAA  370

Query  371  CTCGCCCTCCCATAAATGTGAAAATAATAGAGGGATTAAAAGCAGTCCTACCATGTACTACAATGGGTAATCCC  444
            ||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||.||.||.|||||.||||||||.|||
Sbjct  371  CTCGTCCTCCCATTAATGTAAAAATAATAGAGGGATTGAAGGCAGTTCTGCCGTGCACTACGATGGGTAACCCC  444

Query  445  AAACCATCAGTGTCTTGGATAAAGGGAGACAGCCCTCTCAGGGAAAATTCCCGAATTGCAGTTCTTGAATCTGG  518
            ||||||||.|||||.|||||.|||||.||||...|||||||||||||||||.||||.|||||||||||||||||
Sbjct  445  AAACCATCTGTGTCCTGGATCAAGGGGGACAATGCTCTCAGGGAAAATTCCAGAATCGCAGTTCTTGAATCTGG  518

Query  519  GAGCTTGAGGATTCATAACGTACAAAAGGAAGATGCAGGACAGTATCGATGTGTGGCAAAAAACAGCCTCGGGA  592
            ||||||.|||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||.||.|
Sbjct  519  GAGCTTAAGGATCCATAATGTGCAAAAGGAAGATGCAGGACAGTACCGCTGTGTGGCCAAAAACAGCCTGGGCA  592

Query  593  CAGCATATTCCAAAGTGGTGAAGCTGGAAGTTGAG------------------------------GTTTTTGCC  636
            ||||.||.||||||.||||||||||||||||.|||                              ||||||||.
Sbjct  593  CAGCTTACTCCAAACTGGTGAAGCTGGAAGTGGAGGAAGACAGAGAACCTGAGCAGGACGCTAAAGTTTTTGCA  666

Query  637  AGGATCCTGCGGGCTCCTGAATCCCACAATGTCACCTTTGGCTCCTTTGTGACCCTGCACTGTACAGCAACAGG  710
            ||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|.|||.|||||||.|||
Sbjct  667  AGAATCCTGCGTGCTCCTGAATCCCACAATGTCACCTTTGGTTCCTTTGTAACCCTACGCTGCACAGCAATAGG  740

Query  711  CATTCCTGTCCCCACCATCACCTGGATTGAAAACGGAAATGCTGTTTCTTCTGGGTCCATTCAAGAGAGTGTGA  784
            |||.||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct  741  CATCCCTGTCCCCACCATCAGCTGGATTGAAAACGGAAATGCTGTTTCTTCAGGTTCCATTCAAGAGAGTGTGA  814

Query  785  AAGACCGAGTGATTGACTCAAGACTGCAGCTGTTTATCACCAAGCCAGGACTCTACACATGCATAGCTACCAAT  858
            |||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAGACCGAGTGATTGACTCAAGACTCCAGCTCTTCATCACAAAGCCAGGACTCTACACATGCATAGCTACCAAT  888

Query  859  AAGCATGGGGAGAAGTTCAGTACTGCCAAGGCTGCAGCCACCATCAGCATAG----------------------  910
            |||||.||.||.|||||||||||.||.||||||||||||||..|||||||||                      
Sbjct  889  AAGCACGGAGAAAAGTTCAGTACCGCAAAGGCTGCAGCCACTGTCAGCATAGCAGTCCCTCCTCCGTGGTTTTC  962

Query  911  -----------------------CAGAATGGAGTAAACCACAGAAAGATAACAAAGGCTACTGCGCCCAGTACA  961
                                   |||||||||||||..||||||||||.|.|.||||||||||.||||||||||
Sbjct  963  TATGGATACTTCTTTCCTATGGACAGAATGGAGTAAGTCACAGAAAGACAGCCAAGGCTACTGTGCCCAGTACA  1036

Query  962  GAGGGGAGGTGTGTAATGCAGTCCTGGCAAAAGATGCTCTTGTTTTTCTCAACACCTCCTATGCGGACCCTGAG  1035
            ||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||.||..|||||||||||||...||||||.|||
Sbjct 1037  GAGGGGAGGTGTGTGATGCAGTCCTGGCGAAAGATGCTCTTGTCTTCTTCAACACCTCCTACCGGGACCCCGAG  1110

Query 1036  GAGGCCCAAGAGCTACTGGTCCACACGGCCTGGAATGAACTGAAAGTAGTGAGCCCAGTCTGCCGGCCAGCTGC  1109
            ||.|||||.|||||.|||.|||||||.||.||||||||.|||||.|..|||||.|||.|.||||||||||||||
Sbjct 1111  GACGCCCAGGAGCTGCTGATCCACACTGCGTGGAATGAGCTGAAGGCTGTGAGTCCACTGTGCCGGCCAGCTGC  1184

Query 1110  TGAGGCTTTGTTGTGTAACCACATCTTCCAGGAGTGCAGTCCTGGAGTAGTGCCTACTCCTATTCCCATTTGCA  1183
            |||||||.||.|||||||||||.|||||||.||||||||.||||||||.||.||||||||.||.||||||||||
Sbjct 1185  TGAGGCTCTGCTGTGTAACCACCTCTTCCAAGAGTGCAGCCCTGGAGTGGTACCTACTCCCATGCCCATTTGCA  1258

Query 1184  GAGAGTACTGCTTGGCAGTAAAGGAGCTCTTCTGCGCAAAAGAATGGCTGGTAATGGAAGAGAAGACCCACAGA  1257
            |||||||||||.||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||.||.||||||||..|||.|||||.|.
Sbjct 1259  GAGAGTACTGCCTGGCGGTAAAGGAGCTCTTCTGTGCAAAGGAATGGCAGGCAATGGAAGGAAAGGCCCACCGG  1332

Query 1258  GGACTCTACAGATCCGAGATGCATTTGCTGTCC-GTGCCAGAATGCAGCAAGCTTCCCAGCATGCATTGGGACC  1330
            ||.|||||||||||.|.|||||||.|.|| ||| ||.|||||.|||||||||||||||||||||||..||||||
Sbjct 1333  GGCCTCTACAGATCTGGGATGCATCTCCT-TCCGGTACCAGAGTGCAGCAAGCTTCCCAGCATGCACCGGGACC  1405

Query 1331  CCACGGCCTGTGCCAGACTGCCACATCTAGATTATAACAAAGAAAACCTAAAAACATTCCCACCAATGACGTCC  1404
            ||||.|||||..|.|||||||||.||.||||||||||.|||||||||.|||.|||||||||..||||.||||||
Sbjct 1406  CCACAGCCTGCACAAGACTGCCATATTTAGATTATAAAAAAGAAAACATAACAACATTCCCGTCAATAACGTCC  1479

Query 1405  TCAAAGCCAAGTGTGGACATTCCAAATCTGCCTTCCTCCTCCTCTTCTTCCTTCTCTGTCTCACCTACATACTC  1478
            ||.|.|||.||.|.||||||||||||.||||||.|||||.||   ||||||||..|.|||||.|||.|.|||||
Sbjct 1480  TCCAGGCCGAGCGCGGACATTCCAAACCTGCCTGCCTCCACC---TCTTCCTTTGCCGTCTCGCCTGCGTACTC  1550

Query 1479  CATGACTGTAATAATCTCCATCATGTCCAGCTTTGCAATATTTGTGCTTCTTACCATAACTACTCTCTATTGCT  1552
            ||||||.||.||.|||||||||.|||||||||||||..|.||||..|||||.|||||..|||||||||||||||
Sbjct 1551  CATGACCGTCATCATCTCCATCGTGTCCAGCTTTGCCCTGTTTGCTCTTCTCACCATCGCTACTCTCTATTGCT  1624

Query 1553  GCCGAAGAAGAAAACAATGGAAAAATAAGAAAAGAGAATCAGCAGCAGTAACCCTCACCACACTGCCTTCTGAG  1626
            |||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||.||..|.||.||.|||||||||||..|||||||.|||
Sbjct 1625  GCCGAAGGAGGAAAGAATGGAAAAATAAGAAAAGAGAGTCGACCGCGGTGACCCTCACCACGTTGCCTTCCGAG  1698

Query 1627  CTCTTACTAGATAGACTTCATCCCAACCCCATGTACCAGAGGATGCCGCTCCTTCTGAACCCCAAATTGCTCAG  1700
            |||.|.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||||
Sbjct 1699  CTCCTGCTGGATAGGCTCCATCCCAACCCCATGTACCAGAGGATGCCACTCCTTCTGAATCCTAAGTTGCTCAG  1772

Query 1701  CCTGGAGTATCCAAGGAATAACATTGAATATGTGAGAGACATCGGAGAGGGAGCGTTTGGAAGGGTGTTTCAAG  1774
            ||||||||||||.||||||||||||||.|||||..||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||||
Sbjct 1773  CCTGGAGTATCCGAGGAATAACATTGAGTATGTCCGAGACATCGGAGAGGGGGCGTTTGGAAGAGTCTTCCAAG  1846

Query 1775  CAAGGGCACCAGGCTTACTTCCCTATGAACCTTTCACTATGGTGGCAGTAAAGATGCTCAAAGAAGAAGCCTCG  1848
            |||||||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.|||||.|||||.
Sbjct 1847  CAAGGGCCCCTGGCTTGCTGCCTTATGAACCTTTCACTATGGTGGCCGTGAAGATGCTTAAGGAAGAGGCCTCT  1920

Query 1849  GCAGATATGCAAGCGGACTTTCAGAGGGAGGCAGCCCTCATGGCAGAATTTGACAACCCTAACATTGTGAAGCT  1922
            |||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 1921  GCAGACATGCAAGCGGACTTTCAGAGGGAGGCGGCCCTCATGGCAGAGTTTGACAACCCCAACATTGTGAAACT  1994

Query 1923  ATTAGGAGTGTGTGCTGTCGGGAAGCCAATGTGCCTGCTCTTTGAATACATGGCCTATGGTGACCTCAATGAGT  1996
            .|||||.||||||||.||.||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1995  CTTAGGTGTGTGTGCCGTTGGGAAGCCGATGTGTCTGCTCTTTGAATATATGGCCTATGGTGACCTCAATGAGT  2068

Query 1997  TCCTCCGCAGCATGTCCCCTCACACCGTGTGCAGCCTCAGTCACAGTGACTTGTCTATGAGGGCTCAGGTCTCC  2070
            |||||||.||.||||||||.|||||.||.|||||||||||.|||||||||.||||.|.||||||||.|||.||.
Sbjct 2069  TCCTCCGAAGTATGTCCCCGCACACTGTTTGCAGCCTCAGCCACAGTGACCTGTCCACGAGGGCTCGGGTGTCT  2142

Query 2071  AGCCCTGGGCCCCCACCCCTCTCCTGTGCTGAGCAGCTTTGCATTGCCAGGCAGGTGGCAGCTGGCATGGCTTA  2144
            ||||||||.||.|||||.||.||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2143  AGCCCTGGTCCTCCACCACTGTCCTGTGCAGAACAGCTCTGCATTGCCAGGCAGGTGGCAGCTGGCATGGCCTA  2216

Query 2145  CCTCTCAGAACGTAAGTTTGTTCACCGAGATTTAGCCACCAGGAACTGCCTGGTGGGCGAGAACATGGTGGTGA  2218
            |||.|||||.||.||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||.|||||||||||
Sbjct 2217  CCTTTCAGAGCGCAAGTTTGTCCACCGGGACTTAGCTACCAGGAACTGCCTGGTTGGGGAGACCATGGTGGTGA  2290

Query 2219  AAATTGCCGACTTTGGCCTCTCCAGGAACATCTACTCAGCAGACTACTACAAAGCTAATGAAAACGACGCTATC  2292
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||.|||.|||.|||||.|||
Sbjct 2291  AAATTGCAGACTTTGGCCTCTCCAGGAACATCTATTCCGCAGACTACTACAAAGCTGATGGAAATGACGCCATC  2364

Query 2293  CCTATCCGTTGGATGCCACCAGAGTCCATTTTTTATAACCGCTACACTACAGAGTCTGATGTGTGGGCCTATGG  2366
            ||||||||.||||||||.||.|||||.||.||.||.|||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||
Sbjct 2365  CCTATCCGCTGGATGCCGCCCGAGTCTATCTTCTACAACCGCTACACCACTGAGTCGGATGTATGGGCCTATGG  2438

Query 2367  CGTGGTCCTCTGGGAGATCTTCTCCTATGGCCTGCAGCCCTACTATGGGATGGCCCATGAGGAGGTCATTTACT  2440
            .|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2439  TGTGGTCCTCTGGGAGATCTTCTCCTATGGGCTGCAGCCCTACTATGGAATGGCCCACGAGGAGGTCATTTACT  2512

Query 2441  ACGTGCGAGATGGCAACATCCTCTCCTGCCCTGAGAACTGCCCCGTGGAGCTGTACAATCTCATGCGTCTATGT  2514
            |.|||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||.||||||||.||||||||.||.|||
Sbjct 2513  ATGTGAGAGATGGCAACATCCTCGCCTGCCCTGAGAACTGCCCCTTGGAACTGTACAACCTCATGCGCCTGTGT  2586

Query 2515  TGGAGCAAGCTGCCTGCAGACAGACCCAGTTTCACCAGTATTCACCGAATTCTGGAACGCATGTGTGAGAGGGC  2588
            |||||||||||||||||.||.||||||||.|||..||||||.|||.|.||.|||.|.||||||||.|||||.||
Sbjct 2587  TGGAGCAAGCTGCCTGCTGATAGACCCAGCTTCTGCAGTATCCACAGGATCCTGCAGCGCATGTGCGAGAGAGC  2660

Query 2589  AGAGGGAACTGTGAGTGTC  2607
            |||||||||.|||.|||||
Sbjct 2661  AGAGGGAACGGTGGGTGTC  2679