Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroad304_14748
- Subject:
- NM_001287135.2
- Aligned Length:
- 1420
- Identities:
- 1319
- Gaps:
- 83
Alignment
Query 1 ------------------------------------AT--GCACG--------GTT-------ACTTTG----- 16
|| |||.| ||| ||||||
Sbjct 1 ATGTGTGACCTCATTGAGCCGCAGCCGGCCGAGAAGATCGGCAAGATGAAGAAGTTGCGGAGAACTTTGTCGGA 74
Query 17 --------GCTGCAATGCTGCTGCAGAGCCCGGTTACTCTGCCTTCG-TGGGAACTCCACAGATATGTGTCACA 81
|..|||.|||| .||.||| ..|.|.||.|..||||.| || ||||||||||||||
Sbjct 75 GAGTTTCAGTCGCATTGCT-TTGAAGA--AAGATGACACCACCTTTGATG----------AGATATGTGTCACA 135
Query 82 AAGATGTCTACACGGAACTGCCAGGGAATGGACTCAGTGATCAAACCCCTGGACACAATTCCTGAGGATAAAAA 155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 136 AAGATGTCTACACGGAACTGCCAGGGAATGGACTCAGTGATCAAACCCCTGGACACAATTCCTGAGGATAAAAA 209
Query 156 AGTCAGAGTTCAGAGGACACAGAGCACTTTTGACCCATTTGAGAAACCAGCTAATCAAGTAAAGAGGGTGCATT 229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 210 AGTCAGAGTTCAGAGGACACAGAGCACTTTTGACCCATTTGAGAAACCAGCTAATCAAGTAAAGAGGGTGCATT 283
Query 230 CTGAGAACAATGCTTGCATTAACTTTAAGACCTCCTCCACTGGCAAAGAGTCACCTAAAGTTAGGCGGCACTCC 303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 284 CTGAGAACAATGCTTGCATTAACTTTAAGACCTCCTCCACTGGCAAAGAGTCACCTAAAGTTAGGCGGCACTCC 357
Query 304 AGCCCCAGCTCGCCAACAAGTCCCAAATTTGGAAAAGCTGACTCATATGAAAAGCTGGAAAAACTAGGGGAAGG 377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 AGCCCCAGCTCGCCAACAAGTCCCAAATTTGGAAAAGCTGACTCATATGAAAAGCTGGAAAAACTAGGGGAAGG 431
Query 378 ATCTTATGCTACAGTATACAAAGGGAAAAGCAAGGTAAATGGGAAGTTGGTAGCTCTGAAGGTGATCAGGCTGC 451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 432 ATCTTATGCTACAGTATACAAAGGGAAAAGCAAGGTAAATGGGAAGTTGGTAGCTCTGAAGGTGATCAGGCTGC 505
Query 452 AGGAAGAAGAAGGGACACCTTTCACAGCTATCAGGGAAGCTTCTCTTTTAAAAGGACTAAAACATGCTAACATA 525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 506 AGGAAGAAGAAGGGACACCTTTCACAGCTATCAGGGAAGCTTCTCTTTTAAAAGGACTAAAACATGCTAACATA 579
Query 526 GTGCTACTTCATGACATCATCCATACCAAGGAGACGCTGACACTTGTGTTTGAATATGTGCACACTGATTTATG 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 580 GTGCTACTTCATGACATCATCCATACCAAGGAGACGCTGACACTTGTGTTTGAATATGTGCACACTGATTTATG 653
Query 600 TCAGTACATGGACAAGCACCCTGGGGGGCTGCATCCAGATAATGTGAAGTTGTTTTTATTTCAGTTGCTGCGAG 673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 TCAGTACATGGACAAGCACCCTGGGGGGCTGCATCCAGATAATGTGAAGTTGTTTTTATTTCAGTTGCTGCGAG 727
Query 674 GTCTGTCTTACATCCACCAGCGTTATATTTTGCACAGAGACCTGAAACCACAGAACNTTCTGATCANTGACACG 747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||
Sbjct 728 GTCTGTCTTACATCCACCAGCGTTATATTTTGCACAGAGACCTGAAACCACAGAACCTTCTGATCAGTGACACG 801
Query 748 GGGGNNTTAAAGCTGGCAGATTTCGGTCTTGCAAGAGCAAAATCCGTCCCTAGCCACACATACTCCAACGAAGT 821
||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 GGGGAGTTAAAGCTGGCAGATTTCGGTCTTGCAAGAGCAAAATCCGTCCCTAGCCACACATACTCCAACGAAGT 875
Query 822 GGTTACCTTGTGGTACAGACCTCCAGATGTCCTTCTAGGCTCAACAGAATATTCCACCTGCCTTGACATGTGGG 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 876 GGTTACCTTGTGGTACAGACCTCCAGATGTCCTTCTAGGCTCAACAGAATATTCCACCTGCCTTGACATGTGGG 949
Query 896 GAGTAGGTTGCATCTTTGTTGAAATGATCCAAGGAGTTGCTGCTTTTCCAGGAATGAAAGACATTCAGGATCAA 969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 950 GAGTAGGTTGCATCTTTGTTGAAATGATCCAAGGAGTTGCTGCTTTTCCAGGAATGAAAGACATTCAGGATCAA 1023
Query 970 CTTGAACGAATATTTCTGGTTCTTGGAACACCAAATGAGGACACATGGCCTGGAGTTCATTCTTTACCACATTT 1043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 CTTGAACGAATATTTCTGGTTCTTGGAACACCAAATGAGGACACATGGCCTGGAGTTCATTCTTTACCACATTT 1097
Query 1044 TAAGCCAGAACGCTTTACCCTGTACAGCTCTAAAAACCTTAGACAAGCATGGAATAAGCTCAGCTATGTGAACC 1117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1098 TAAGCCAGAACGCTTTACCCTGTACAGCTCTAAAAACCTTAGACAAGCATGGAATAAGCTCAGCTATGTGAACC 1171
Query 1118 ATGCAGAGGACCTGGCCTCCAAGCTCCTACAATGTTCCCCAAAGAACAGACTGTCGGCACAGGCTGCCTTGAGC 1191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1172 ATGCAGAGGACCTGGCCTCCAAGCTCCTACAATGTTCCCCAAAGAACAGACTGTCGGCACAGGCTGCCTTGAGC 1245
Query 1192 CACGAGTATTTTAGTGACCTGCCGCCACGGCTATGGGAACTCACCGACATGTCTTCTATTTTTACTGTCCCAAA 1265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 CACGAGTATTTTAGTGACCTGCCGCCACGGCTATGGGAACTCACCGACATGTCTTCTATTTTTACTGTCCCAAA 1319
Query 1266 TGTGAGATTGCAACCAGAAGCTGGAGAAAGCATGCGGGCCTTTGGGAAAAACAATAGTTATGGCAAAAGTCTAT 1339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TGTGAGATTGCAACCAGAAGCTGGAGAAAGCATGCGGGCCTTTGGGAAAAACAATAGTTATGGCAAAAGTCTAT 1393
Query 1340 CAAACAGCAAG--- 1350
|||||||||||
Sbjct 1394 CAAACAGCAAGCAC 1407