Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_15774
• Subject: NM_001199812.1
• Aligned Length: 2847
• Identities: 2809
• Gaps: 24

Alignment

Query    1  ATGGCGTCAAACTCAACTAAGTCTTTCCTGGCAGATGCCGGCTATGGCGAACAGGAACTGGATGCCAACTCTGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGTCAAACTCAACTAAGTCTTTCCTGGCAGATGCCGGCTATGGCGAACAGGAACTGGATGCCAACTCTGC  74

Query   75  CCTTATGGAATTGGACAAAGGCCTAAGATCTGGCAAACTTGGTGAACAGTGTGAAGCAGTTGTTCGCTTTCCCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCTTATGGAATTGGACAAAGGCCTAAGATCTGGCAAACTTGGTGAACAGTGTGAAGCAGTTGTTCGCTTTCCCA  148

Query  149  GACTTTTTCAGAAGTATCCATTCCCTATTCTTATCAATTCTGCATTCCTAAAGTTAGCTGATGTTTTCAGAGTT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GACTTTTTCAGAAGTATCCATTCCCTATTCTTATCAATTCTGCATTCCTAAAGTTAGCTGATGTTTTCAGAGTT  222

Query  223  GGAAATAATTTCCTGAGGCTATGTGTTCTTAAAGTTACCCAACAAAGTGAGAAACATTTGGAGAAGATTCTAAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GGAAATAATTTCCTGAGGCTATGTGTTCTTAAAGTTACCCAACAAAGTGAGAAACATTTGGAGAAGATTCTAAA  296

Query  297  TGTGGATGAATTTGTGAAGAGAATTTTTTCTGTGATTCATAGTAATGATCCTGTGGCAAGAGCCATCACCCTCC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGTGGATGAATTTGTGAAGAGAATTTTTTCTGTGATTCATAGTAATGATCCTGTGGCAAGAGCCATCACCCTCC  370

Query  371  GGATGTTGGGAAGTCTGGCATCAATAATTCCTGAGAGGAAGAATGCTCATCATAGTATTCGTCAGAGTTTAGAT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GGATGTTGGGAAGTCTGGCATCAATAATTCCTGAGAGGAAGAATGCTCATCATAGTATTCGTCAGAGTTTAGAT  444

Query  445  TCACATGATAATGTAGAAGTTGAAGCTGCTGTTTTTGCTGCTGCAAACTTCTCTGCACAGTCAAAGGATTTTGC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TCACATGATAATGTAGAAGTTGAAGCTGCTGTTTTTGCTGCTGCAAACTTCTCTGCACAGTCAAAGGATTTTGC  518

Query  519  TGTAGGAATCTGTAACAAAATCAGTGAAATGATTCAAGGTTTAGCGACACCAGTAGACTTGAAGCTAAAATTGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGTAGGAATCTGTAACAAAATCAGTGAAATGATTCAAGGTTTAGCGACACCAGTAGACTTGAAGCTAAAATTGA  592

Query  593  TACCCATTCTACAGCACATGCACCATGATGCAATCTTGGCTTCCAGTGCTCGTCAGCTTTTACAACAGCTGGTC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TACCCATTCTACAGCACATGCACCATGATGCAATCTTGGCTTCCAGTGCTCGTCAGCTTTTACAACAGCTGGTC  666

Query  667  ACATCCTATCCGTCCACCAAAATGGTGATTGTGTCTTTGCACACTTTCACTCTGCTTGCAGCGTCATCTTTGGT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACATCCTATCCGTCCACCAAAATGGTGATTGTGTCTTTGCACACTTTCACTCTGCTTGCAGCGTCATCTTTGGT  740

Query  741  TGATACACCTAAGCAGATTCAGCTTCTGTTGCAGTATTTGAAGAATGATCCCAGGAAGGCAGTAAAGAGACTTG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGATACACCTAAGCAGATTCAGCTTCTGTTGCAGTATTTGAAGAATGATCCCAGGAAGGCAGTAAAGAGACTTG  814

Query  815  CTATTCAAGATCTGAAATTACTTGCTAATAAAACACCACATACTTGGAGTAGGGAGAATATTCAGGCACTTTGT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTATTCAAGATCTGAAATTACTTGCTAATAAAACACCACATACTTGGAGTAGGGAGAATATTCAGGCACTTTGT  888

Query  889  GAGTGTGCCCTCCAGACTCCTTATGACAGCTTAAAACTAGGGATGTTGTCTGTCCTTTCCACACTATCAGGGAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GAGTGTGCCCTCCAGACTCCTTATGACAGCTTAAAACTAGGGATGTTGTCTGTCCTTTCCACACTATCAGGGAC  962

Query  963  CATCGCCATCAAACATTACTTCAGTATAGTTCCAGGAAATGTGAGTTCTTCTCCCAGATCTTCTGATTTAGTCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CATCGCCATCAAACATTACTTCAGTATAGTTCCAGGAAATGTGAGTTCTTCTCCCAGATCTTCTGATTTAGTCA  1036

Query 1037  AATTAGCCCAAGAGTGCTGTTACCATAATAACAGGGGCATTGCAGCTCATGGAGTTAGAGTCCTAACTAATATA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AATTAGCCCAAGAGTGCTGTTACCATAATAACAGGGGCATTGCAGCTCATGGAGTTAGAGTCCTAACTAATATA  1110

Query 1111  ACTGTTTCTTGTCAAGAAAAGGATCTTTTGGCACTGGAACAAGATGCTGTCTTTGGCCTGGAATCCCTACTGGT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  ACTGTTTCTTGTCAAGAAAAGGATCTTTTGGCACTGGAACAAGATGCTGTCTTTGGCCTGGAATCCCTACTGGT  1184

Query 1185  ACTTTGTAGTCAAGATGATAGTCCAGGTGCTCAGGCCACTTTAAAGATTGCTCTAAACTGTATGGTGAAGTTGG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ACTTTGTAGTCAAGATGATAGTCCAGGTGCTCAGGCCACTTTAAAGATTGCTCTAAACTGTATGGTGAAGTTGG  1258

Query 1259  CCAAGGGCAGGCCCCGTCTTAGCCAGTCAGTAGTTGAGACCTTGTTGACTCAATTGCACAGTGCTCAAGACGCT  1332
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCAAGGGCAGGCCCCATCTTAGCCAGTCAGTAGTTGAGACCTTGTTGACTCAATTGCACAGTGCTCAAGACGCT  1332

Query 1333  GCCCGGATTTTGATGTGCCATTGCCTGGCAGCCATTGCCATGCAACTGCCGGTGCTGGGTGATGGGATGCTTGG  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  GCCCGGATTTTGATGTGCCATTGCCTGGCAGCCATTGCCATGCAACTGCCGGTGCTGGGTGATGGGATGCTTGG  1406

Query 1407  TGACCTCATGGAGCTGTACAAGGTGATTGGACGATCAGCCACAGACAAGCAACAAGAACTTCTGGTGAGTTTGG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGACCTCATGGAGCTGTACAAGGTGATTGGACGATCAGCCACAGACAAGCAACAAGAACTTCTGGTGAGTTTGG  1480

Query 1481  CTACTGTGATTTTTGTTGCAAGTCAGAAGGCATTGTCTGTGGAAAGTAAGGCAGTAATTAAGCAGCAGCTTGAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CTACTGTGATTTTTGTTGCAAGTCAGAAGGCATTGTCTGTGGAAAGTAAGGCAGTAATTAAGCAGCAGCTTGAA  1554

Query 1555  AGTGTCTCCAATGGATGGACTGTATACCGTATTGCCAGACAGGCTTCCAGAATGGGTAATCATGACATGGCCAA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AGTGTCTCCAATGGATGGACTGTATACCGTATTGCCAGACAGGCTTCCAGAATGGGTAATCATGACATGGCCAA  1628

Query 1629  AGAGCTTTATCAGAGTTTGCTGACTCAGGTTGCCTCAGAACATTTCTACTTCTGGCTAAATAGTTTGAAGGAGT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AGAGCTTTATCAGAGTTTGCTGACTCAGGTTGCCTCAGAACATTTCTACTTCTGGCTAAATAGTTTGAAGGAGT  1702

Query 1703  TTTCACATGCAGAACAGTGTCTCACTGGGTTGCAAGAGGAAAATTATAGTTCAGCACTTTCTTGCATTGCTGAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TTTCACATGCAGAACAGTGTCTCACTGGGTTGCAAGAGGAAAATTATAGTTCAGCACTTTCTTGCATTGCTGAA  1776

Query 1777  TCTTTAAAATTCTATCACAAAGGGATTGCTTCCTTAACAGCAGCTAGTACACCACTGAATCCTTTAAGCTTTCA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TCTTTAAAATTCTATCACAAAGGGATTGCTTCCTTAACAGCAGCTAGTACACCACTGAATCCTTTAAGCTTTCA  1850

Query 1851  GTGTGAATTTGTAAAACTCAGGATTGACCTTTTACAAGCCTTCTCTCAACTTATCTGTACTTGTAATAGCCTGA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GTGTGAATTTGTAAAACTCAGGATTGACCTTTTACAAGCCTTCTCTCAACTTATCTGTACTTGTAATAGCCTGA  1924

Query 1925  AGACAAGCCCACCACCTGCAATTGCCACAACAATTGCCATGACCTTAGGAAATGACCTCCAGAGGTGTGGTCGC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGACAAGCCCACCACCTGCAATTGCCACAACAATTGCCATGACCTTAGGAAATGACCTCCAGAGGTGTGGTCGC  1998

Query 1999  ATCTCCAATCAGATGAAACAGTCCATGGAAGAATTTCGAAGCCTTGCTTCTCGATATGGAGATCTTTACCAGGC  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ATCTCCAATCAGATGAAACAGTCCATGGAAGAATTTCGAAGCCTTGCTTCTCGATATGGAGATCTTTACCAGGC  2072

Query 2073  ATCTTTTGATGCTGACTCAGCAACTTTGAGGAATGTTGAACTACAGCAGCAGAGCTGTTTACTGATATCTCATG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  ATCTTTTGATGCTGACTCAGCAACTTTGAGGAATGTTGAACTACAGCAGCAGAGCTGTTTACTGATATCTCATG  2146

Query 2147  CAATAGAAGCCCTGATTTTGGATCCAGAATCAGCAAGTTTCCAGGAATATGGATCTACTGGAACAGCCCATGCT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CAATAGAAGCCCTGATTTTGGATCCAGAATCAGCAAGTTTCCAGGAATATGGATCTACTGGAACAGCCCATGCT  2220

Query 2221  GATAGTGAATATGAAAGAAGAATGATGTCTGTATATAATCATGTCTTGGAGGAGCACACAGCATGCCTCTGCAA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ..||.||..||   |||
Sbjct 2221  GATAGTGAATATGAAAGAAGAATGATGTCTGTATATAATCATGTCTTGGAGGAG---GTAGAATCACT---CAA  2288

Query 2295  TGCCATCATTGCTTTGCTGAAAGTTCCCC---TTTCTTTCCAGAGATATTTTTTCCAGAAACTACAGTCTACCA  2365
            |               |.||||..|.|||   ||||||....||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2289  T---------------CGGAAATATACCCCTGTTTCTTATATGAGATATTTTTTCCAGAAACTACAGTCTACCA  2347

Query 2366  GCATCAAGCTTGCTCTGTCACCATCGCCCCGGAATCCTGCAGAGCCCATTGCTGTCCAGAATAACCAGCAGCTG  2439
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2348  GCATCAAGCTTGCTCTGTCACCATCGCCCCGGAATCCTGCAGAGCCCATTGCTGTCCAGAATAACCAGCAGCTG  2421

Query 2440  GCGCTAAAGGTAGAGGGAGTGGTTCAGCACGGATCTAAACCAGGACTCTTCCGCAAAATTCAGTCTGTCTGTCT  2513
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2422  GCGCTAAAGGTAGAGGGAGTGGTTCAGCACGGATCTAAACCAGGACTCTTCCGCAAAATTCAGTCTGTCTGTCT  2495

Query 2514  GAATGTTTCTTCCACACTGCAGAGTAAATCTGGACAAGACTACAAGATACCCATTGACAACATGACCAATGAGA  2587
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2496  GAATGTTTCTTCCACACTGCAGAGTAAATCTGGACAAGACTACAAGATACCCATTGACAACATGACCAATGAGA  2569

Query 2588  TGGAGCAAAGGGTTGAACCTCATAATGATTACTTCAGTACTCAATTTCTGTTGAACTTTGCTATCCTTGGAACA  2661
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2570  TGGAGCAAAGGGTTGAACCTCATAATGATTACTTCAGTACTCAATTTCTGTTGAACTTTGCTATCCTTGGAACA  2643

Query 2662  CACAACATTACAGTGGAATCTTCTGTGAAAGATGCCAATGGTATAGTATGGAAGACTGGTCCCAGAACTACCAT  2735
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2644  CACAACATTACAGTGGAATCTTCTGTGAAAGATGCCAATGGTATAGTATGGAAGACTGGTCCCAGAACTACCAT  2717

Query 2736  ATTTGTAAAATCCCTGGAAGACCCTTATTCCCAGCAAATTCGCTTACAACAGCAGCAAGCCCAGCAGCCATTAC  2809
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2718  ATTTGTAAAATCCCTGGAAGACCCTTATTCCCAGCAAATTCGCTTACAACAGCAGCAAGCCCAGCAGCCATTAC  2791

Query 2810  AGCAGCAGCAGCAACGCAATGCCTACACACGGTTT  2844
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2792  AGCAGCAGCAGCAACGCAATGCCTACACACGGTTT  2826