Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroad304_16053
• Subject: NM_001320316.1
• Aligned Length: 2314
• Identities: 2222
• Gaps: 86

Alignment

Query    1  ATGA------GCCACGCAGTAACCATCGAGGA--GCCCCAGGCC--CAGCCGCAGGTGTCTCAAACTCGGTACC  64
            ||||      | .|||  |||       ||||  |||.|||.||  |..||||    |||              
Sbjct    1  ATGATTTTCTG-TACG--GTA-------AGGACCGCCGCAGACCTTCCTCCGC----GTC--------------  46

Query   65  GGGAGAGGTCGCGGGCTGGGAGCCACATCTCCT---CCAATCGAGCGTATGATTTTCTGTACGATCCATTGTTT  135
                  .|||||                |||||   |||                       ||||||||||||
Sbjct   47  ------CGTCGC----------------CTCCTAGGCCA-----------------------GATCCATTGTTT  75

Query  136  ATTGTGTCAAGTGAGAAAGACCATACACAGGCAAATATCCAAGCTACCCTGATTCGCAGCAGACTGAGAAAAGT  209
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   76  ATTGTGTCAAGTGAGAAAGACCATACACAGGCAAATATCCAAGCTACCCTGATTCGCAGCAGACTGAGAAAAGT  149

Query  210  TCCCAGGTTTAAAACCATGTTCAGTAACCTGATCCATTATCCAAGATACTCTCTATATTGGAGCAAGTCAGATC  283
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  150  TCCCAGGTTTAAAACCATGTTCAGTAACCTGATCCATTATCCAAGATACTCTCTATATTGGAGCAAGTCAGATC  223

Query  284  CTGTCCCACCATTTATCAGTCGGGAATGGAAGGGACATAAGGAGAAACACAGAGAAGCCCTCCGGCAGCTCACC  357
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  224  CTGTCCCACCATTTATCAGTCGGGAATGGAAGGGACATAAGGAGAAACACAGAGAAGCCCTCCGGCAGCTCACC  297

Query  358  ACAACTGACGCTTCTTTTCAGATGCCTAAAGAAGTTTATGAAGATCCTGAAGTTACTGGAAAGAATCGCTATAA  431
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  298  ACAACTGACGCTTCTTTTCAGATGCCTAAAGAAGTTTATGAAGATCCTGAAGTTACTGGAAAGAATCGCTATAA  371

Query  432  ATACTTTGAAAGGCCTTTTCTCCCATTTTTTCAGCAGATGCCATTCAATGTTGTTTATGCCGTATCCAAGGCAG  505
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  372  ATACTTTGAAAGGCCTTTTCTCCCATTTTTTCAGCAGATGCCATTCAATGTTGTTTATGCCGTATCCAAGGCAG  445

Query  506  AACCATACACTTTTCCTCCTACTTCTACTAAGCACCTATCCATCCCTTCAAAGTCTACTGTGGGCACTCAGACT  579
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  446  AACCATACACTTTTCCTCCTACTTCTACTAAGCACCTATCCATCCCTTCAAAGTCTACTGTGGGCACTCAGACT  519

Query  580  GATTATCGGGATGCTGACGTTCAAACAGATCCATACTCTCCAGAATATGTAGTATGTCAGGACTCAATCCCTGA  653
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  520  GATTATCGGGATGCTGACGTTCAAACAGATCCATACTCTCCAGAATATGTAGTATGTCAGGACTCAATCCCTGA  593

Query  654  GCTCTTGACCCTGGCTACGCTTACTTGGGGTCGGGGTCTCCCAGCAGGACAAGCTGAGGTGGAGATGATAGAAA  727
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  594  GCTCTTGACCCTGGCTACGCTTACTTGGGGTCGGGGTCTCCCAGCAGGACAAGCTGAGGTGGAGATGATAGAAA  667

Query  728  GAGCCCGCGAGAAGCGTGCTTGGGAAGCCTCTCTCCCCGCTCTGAGTGACACCTCCCAGTTTGAGAAGAGGAGG  801
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  668  GAGCCCGCGAGAAGCGTGCTTGGGAAGCCTCTCTCCCCGCTCTGAGTGACACCTCCCAGTTTGAGAAGAGGAGG  741

Query  802  AAAATGATGAATGAAATGGAGAGGAAGGAGTGGGCCTTCAGAGAGCAGGAGATTGAAAAACTGCAGGAGATTCG  875
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  742  AAAATGATGAATGAAATGGAGAGGAAGGAGTGGGCCTTCAGAGAGCAGGAGATTGAAAAACTGCAGGAGATTCG  815

Query  876  CCTGGAAGTTCTAAAAGAGCTGTTGAGGAAGCGTGAAGAGAATCAGAATGAAGTGAATATGAAGCACTTGAATG  949
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  816  CCTGGAAGTTCTAAAAGAGCTGTTGAGGAAGCGTGAAGAGAATCAGAATGAAGTGAATATGAAGCACTTGAATG  889

Query  950  CCCGGTGGTCTAAACTGCAGGAGGGAAAAGAGGCAAAAATGGCAAAAATTCAGCGCACGCATGTATCAACAATC  1023
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  890  CCCGGTGGTCTAAACTGCAGGAGGGAAAAGAGGCAAAAATGGCAAAAATTCAGCGCACGCATGTATCAACAATC  963

Query 1024  AGAAAACTTGTAGGAAAGAGAAAGAATATAGAAGGGAAGTTGGAGAGAAGAAATATCATCAAGGATTATTCTGA  1097
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  964  AGAAAACTTGTAGGAAAGAGAAAGAATATAGAAGGGAAGTTGGAGAGAAGAAATATCATCAAGGATTATTCTGA  1037

Query 1098  TTATGCATCACAGGTCTATGGACCTCTGTCTCGTCTTGGGTGTTTCCCAGACAACAACTCAGAGGACTTTGTAG  1171
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1038  TTATGCATCACAGGTCTATGGACCTCTGTCTCGTCTTGGGTGTTTCCCAGACAACAACTCAGAGGACTTTGTAG  1111

Query 1172  TAAAAAACTACTATCTCAACACCTATGAAGGATTAGTGGAACTTGAGTCATGTCTCCCAGATTTTGTGACACAA  1245
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112  TAAAAAACTACTATCTCAACACCTATGAAGGATTAGTGGAACTTGAGTCATGTCTCCCAGATTTTGTGACACAA  1185

Query 1246  CCCCAAATCAGAGCTCCAAAACCTAAAGTCATTACCACCAAAGCTGGTTTTCTGAAGAGGGCAGCAAGGTTGGA  1319
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186  CCCCAAATCAGAGCTCCAAAACCTAAAGTCATTACCACCAAAGCTGGTTTTCTGAAGAGGGCAGCAAGGTTGGA  1259

Query 1320  CTATGAGTTGGCAGAGGTTCATAAGGCACTGTTGGATAAGAAGAATAAAGTTCTTGAAGTAAAGAAACCCCCTC  1393
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260  CTATGAGTTGGCAGAGGTTCATAAGGCACTGTTGGATAAGAAGAATAAAGTTCTTGAAGTAAAGAAACCCCCTC  1333

Query 1394  GCTTCCTTCAAAGAAACCCAATACCTCAACCTCGGCTTCCAACTCCAACCTTGGAAATGACGTCCAATGAAGAA  1467
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334  GCTTCCTTCAAAGAAACCCAATACCTCAACCTCGGCTTCCAACTCCAACCTTGGAAATGACGTCCAATGAAGAA  1407

Query 1468  GAAGAAATGGAAATGGCTGTGATCTACCTTCAAAAGTTACTCCGGGGCAGAGTCGTTCAGAACATGATGTTTGA  1541
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1408  GAAGAAATGGAAATGGCTGTGATCTACCTTCAAAAGTTACTCCGGGGCAGAGTCGTTCAGAACATGATGTTTGA  1481

Query 1542  AGGGAAAGAAAAGCGACTGGAGTTGATCCAGGAGTTGCGCACCTGCCACGCACTACAAGAAGATGAAAAGCTGG  1615
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1482  AGGGAAAGAAAAGCGACTGGAGTTGATCCAGGAGTTGCGCACCTGCCACGCACTACAAGAAGATGAAAAGCTGG  1555

Query 1616  TGAAAAAAGCCGAGAAGCAAGTGACCCTGGCCTTACAGCGGCAGAGGAACTTGCATGAGCACAAGGTGTCACTG  1689
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556  TGAAAAAAGCCGAGAAGCAAGTGACCCTGGCCTTACAGCGGCAGAGGAACTTGCATGAGCACAAGGTGTCACTG  1629

Query 1690  GTTGAAAACCATTTGGCCGGACTGGAAGGAAGGGCACTAGCAGACATGTTTGACTTCCTGTCCAAAGAGCTGGT  1763
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1630  GTTGAAAACCATTTGGCCGGACTGGAAGGAAGGGCACTAGCAGACATGTTTGACTTCCTGTCCAAAGAGCTGGT  1703

Query 1764  GAGACTGCAGGAGGAGAGGAGGATCCATGCCTTTGTCATGCTGGCTGAGCGCCAGCGGCGGGTACGAGAGGCTG  1837
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1704  GAGACTGCAGGAGGAGAGGAGGATCCATGCCTTTGTCATGCTGGCTGAGCGCCAGCGGCGGGTACGAGAGGCTG  1777

Query 1838  AAGAGAGTGGTCGGCGCCAGGTGGAAAAACAGCGCCTGCGGGAGGAGGACGAGATATTTAAGGAGGTGGTTAAA  1911
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1778  AAGAGAGTGGTCGGCGCCAGGTGGAAAAACAGCGCCTGCGGGAGGAGGACGAGATATTTAAGGAGGTGGTTAAA  1851

Query 1912  GTTCACCATAGTACTATAAGCTCCTACCTAGAAGACATAATACTGAATACCGAAGCGAATACTGCAGAAGAACA  1985
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852  GTTCACCATAGTACTATAAGCTCCTACCTAGAAGACATAATACTGAATACCGAAGCGAATACTGCAGAAGAACA  1925

Query 1986  AGCCAGGGCAGAAATAGAGAAGATGGCTGAGAAAATCAATGACATTGCTTATGAAATGGAAAGCCGCCGAACCT  2059
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1926  AGCCAGGGCAGAAATAGAGAAGATGGCTGAGAAAATCAATGACATTGCTTATGAAATGGAAAGCCGCCGAACCT  1999

Query 2060  ATCTTCAGTCAGAGGAGATTGTTGCTGAGTTGGTTTATAGTTTTCTGATCCCAGAGGTGCAAAAATACTTTGTC  2133
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2000  ATCTTCAGTCAGAGGAGATTGTTGCTGAGTTGGTTTATAGTTTTCTGATCCCAGAGGTGCAAAAATACTTTGTC  2073

Query 2134  AAAGAAAAAGTGAGGAACGCACAGCGGAAACATATTCTTGCAGCCCATCAGATCATCCACAGTTACACGGAAAG  2207
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2074  AAAGAAAAAGTGAGGAACGCACAGCGGAAACATATTCTTGCAGCCCATCAGATCATCCACAGTTACACGGAAAG  2147

Query 2208  CATGGTTCAAAAGAAATTAACTGAGGGAGAGCAAGATGAGGCCTCAAATGCTGCCATGTTACTTGAGAAAGAAA  2281
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2148  CATGGTTCAAAAGAAATTAACTGAGGGAGAGCAAGATGAGGCCTCAAATGCTGCCATGTTACTTGAGAAAGAAA  2221

Query 2282  CTCAAAATGAGAACAACAGC  2301
            ||||||||||||||||||||
Sbjct 2222  CTCAAAATGAGAACAACAGC  2241