Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_02460
• Subject: NM_001349236.2
• Aligned Length: 2109
• Identities: 1911
• Gaps: 198

Alignment

Query    1  ATGGCGGCAGCTACGGGGGATCCTGGACTCTCTAAACTGCAGTTTGCCCCTTTTAGTAGTGCCTTGGATGTTGG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCGGCAGCTACGGGGGATCCTGGACTCTCTAAACTGCAGTTTGCCCCTTTTAGTAGTGCCTTGGATGTTGG  74

Query   75  GTTTTGGCATGAGTTGACCCAGAAGAAGCTGAACGAGTATCGGCTGGATGAAGCTCCCAAGGACATTAAGGGTT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GTTTTGGCATGAGTTGACCCAGAAGAAGCTGAACGAGTATCGGCTGGATGAAGCTCCCAAGGACATTAAGGGTT  148

Query  149  ATTACTACAATGGTGACTCTGCTGGGCTGCCAGCTCGCTTAACATTGGAGTTCAGTGCTTTTGACATGAGTGCT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATTACTACAATGGTGACTCTGCTGGGCTGCCAGCTCGCTTAACATTGGAGTTCAGTGCTTTTGACATGAGTGCT  222

Query  223  CCCACCCCAGCCCGTTGCTGCCCAGCTATTGGAACACTGTATAACACCAACACACTCGAGTCTTTCAAGACTGC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CCCACCCCAGCCCGTTGCTGCCCAGCTATTGGAACACTGTATAACACCAACACACTCGAGTCTTTCAAGACTGC  296

Query  297  AGATAAGAAGCTCCTTTTGGAACAAGCAGCAAATGAGATATGGGAATCCATAAAATCAGGCACTGCTCTTGAAA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGATAAGAAGCTCCTTTTGGAACAAGCAGCAAATGAGATATGGGAATCCATAAAATCAGGCACTGCTCTTGAAA  370

Query  371  ACCCTGTACTCCTCAACAAGTTCCTCCTCTTGACATTTGCAGATCTAAAGAAGTACCACTTCTACTATTGGTTT  444
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                 
Sbjct  371  ACCCTGTACTCCTCAACAAGTTCCTCCTCTTGACATTTGCA---------------------------------  411

Query  445  TGCTATCCTGCCCTCTGTCTTCCAGAGAGTTTACCTCTCATTCAGGGGCCAGTGGGTTTGGATCAAAGGTTTTC  518
                                                                                      
Sbjct  412  --------------------------------------------------------------------------  411

Query  519  ACTAAAACAGATTGAAGCACTAGAGTGTGCATATGATAATCTTTGTCAAACAGAAGGAGTCACAGCTCTTCCTT  592
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  412  ----------ATTGAAGCACTAGAGTGTGCATATGATAATCTTTGTCAAACAGAAGGAGTCACAGCTCTTCCTT  475

Query  593  ACTTCTTAATCAAGTATGATGAGAACATGGTGCTGGTTTCCTTGCTTAAACACTACAGTGATTTCTTCCAAGGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  476  ACTTCTTAATCAAGTATGATGAGAACATGGTGCTGGTTTCCTTGCTTAAACACTACAGTGATTTCTTCCAAGGT  549

Query  667  CAAAGGACGAAGATAACAATTGGTGTATATGATCCCTGTAACTTAGCCCAGTACCCTGGATGGCCTTTGAGGAA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  550  CAAAGGACGAAGATAACAATTGGTGTATATGATCCCTGTAACTTAGCCCAGTACCCTGGATGGCCTTTGAGGAA  623

Query  741  TTTTTTGGTCCTAGCAGCCCACAGATGGAGTAGCAGTTTCCAGTCTGTTGAAGTTGTTTGCTTCCGTGACCGTA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  624  TTTTTTGGTCCTAGCAGCCCACAGATGGAGTAGCAGTTTCCAGTCTGTTGAAGTTGTTTGCTTCCGTGACCGTA  697

Query  815  CCATGCAGGGGGCGAGAGACGTTGCCCACAGCATCATCTTCGAAGTGAAGCTTCCAGAAATGGCATTTAGCCCA  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  698  CCATGCAGGGGGCGAGAGACGTTGCCCACAGCATCATCTTCGAAGTGAAGCTTCCAGAAATGGCATTTAGCCCA  771

Query  889  GATTGTCCTAAAGCAGTTGGATGGGAAAAGAACCAGAAAGGAGGCATGGGACCAAGGATGGTGAACCTCAGTGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  772  GATTGTCCTAAAGCAGTTGGATGGGAAAAGAACCAGAAAGGAGGCATGGGACCAAGGATGGTGAACCTCAGTGA  845

Query  963  ATGTATGGACCCTAAAAGGTTAGCTGAGTCATCAGTGGATCTAAATCTCAAACTGATGTGTTGGAGATTGGTTC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  846  ATGTATGGACCCTAAAAGGTTAGCTGAGTCATCAGTGGATCTAAATCTCAAACTGATGTGTTGGAGATTGGTTC  919

Query 1037  CTACTTTAGACTTGGACAAGGTTGTGTCTGTCAAATGTCTGCTGCTTGGAGCCGGCACCTTGGGTTGCAATGTA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  920  CTACTTTAGACTTGGACAAGGTTGTGTCTGTCAAATGTCTGCTGCTTGGAGCCGGCACCTTGGGTTGCAATGTA  993

Query 1111  GCTAGGACGTTGATGGGTTGGGGCGTGAGACACATCACATTTGTGGACAATGCCAAGATCTCCTACTCCAATCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  994  GCTAGGACGTTGATGGGTTGGGGCGTGAGACACATCACATTTGTGGACAATGCCAAGATCTCCTACTCCAATCC  1067

Query 1185  TGTGAGGCAGCCTCTCTATGAGTTTGAAGATTGCCTAGGGGGTGGTAAGCCCAAGGCTCTGGCAGCAGCGGACC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068  TGTGAGGCAGCCTCTCTATGAGTTTGAAGATTGCCTAGGGGGTGGTAAGCCCAAGGCTCTGGCAGCAGCGGACC  1141

Query 1259  GGCTCCAGAAAATATTCCCCGGTGTGAATGCCAGAGGATTCAACATGAGCATACCTATGCCTGGGCATCCAGTG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142  GGCTCCAGAAAATATTCCCCGGTGTGAATGCCAGAGGATTCAACATGAGCATACCTATGCCTGGGCATCCAGTG  1215

Query 1333  AACTTCTCCAGTGTCACTCTGGAGCAAGCCCGCAGAGATGTGGAGCAACTGGAGCAGCTCATCGAAAGCCATGA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216  AACTTCTCCAGTGTCACTCTGGAGCAAGCCCGCAGAGATGTGGAGCAACTGGAGCAGCTCATCGAAAGCCATGA  1289

Query 1407  TGTCGTCTTCCTATTGATGGACACCAGGGAGAGCCGGTGGCTTCCTGCCGTCATTGCTGCAAGCAAGAGAAAGC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290  TGTCGTCTTCCTATTGATGGACACCAGGGAGAGCCGGTGGCTTCCTGCCGTCATTGCTGCAAGCAAGAGAAAGC  1363

Query 1481  TGGTCATCAATGCTGCTTTGGGATTTGACACATTTGTTGTCATGAGACATGGTCTGAAGAAACCAAAGCAGCAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364  TGGTCATCAATGCTGCTTTGGGATTTGACACATTTGTTGTCATGAGACATGGTCTGAAGAAACCAAAGCAGCAA  1437

Query 1555  GGAGCTGGGGACTTGTGTCCAAACCACCCTGTGGCATCTGCTGACCTCCTGGGCTCATCGCTTTTTGCCAACAT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438  GGAGCTGGGGACTTGTGTCCAAACCACCCTGTGGCATCTGCTGACCTCCTGGGCTCATCGCTTTTTGCCAACAT  1511

Query 1629  CCCTGGTTACAAGCTTGGCTGCTACTTCTGCAATGATGTGGTGGCCCCAGGAGATTCAACCAGAGACCGGACCT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512  CCCTGGTTACAAGCTTGGCTGCTACTTCTGCAATGATGTGGTGGCCCCAGGAGATTCAACCAGAGACCGGACCT  1585

Query 1703  TGGACCAGCAGTGCACTGTGAGTCGTCCAGGACTGGCCGTGATTGCAGGAGCCCTGGCCGTGGAATTGATGGTA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586  TGGACCAGCAGTGCACTGTGAGTCGTCCAGGACTGGCCGTGATTGCAGGAGCCCTGGCCGTGGAATTGATGGTA  1659

Query 1777  TCTGTTTTGCAGCATCCAGAAGGGGGCTATGCCATTGCCAGCAGCAGTGACGATCGGATGAATGAGCCTCCAAC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1660  TCTGTTTTGCAGCATCCAGAAGGGGGCTATGCCATTGCCAGCAGCAGTGACGATCGGATGAATGAGCCTCCAAC  1733

Query 1851  CTCTCTTGGGCTTGTGCCTCACCAG-------------------------------------------------  1875
            |||||||||||||||||||||||||                                                 
Sbjct 1734  CTCTCTTGGGCTTGTGCCTCACCAGATCCGGGGATTTCTTTCACGGTTTGATAATGTCCTTCCCGTCAGCCTGG  1807

Query 1876  --------------------------------GTTCTTGATCAATATGAACGAGAAGGATTTAACTTCCTAGCC  1917
                                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1808  CATTTGACAAATGTACAGCTTGTTCTTCCAAAGTTCTTGATCAATATGAACGAGAAGGATTTAACTTCCTAGCC  1881

Query 1918  AAGGTGTTTAATTCTTCACATTCCTTCTTAGAAGACTTGACTGGTCTTACATTGCTGCATCAAGAAACCCAAGC  1991
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1882  AAGGTGTTTAATTCTTCACATTCCTTCTTAGAAGACTTGACTGGTCTTACATTGCTGCATCAAGAAACCCAAGC  1955

Query 1992  TGCTGAGATCTGGGACATGAGCGATGATGAGACCATC  2028
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1956  TGCTGAGATCTGGGACATGAGCGATGATGAGACCATC  1992