Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_02816
• Subject: NM_001321962.2
• Aligned Length: 1398
• Identities: 1149
• Gaps: 246

Alignment

Query    1  ATGGGCTGGATCACAGAAGATCTTATTAGACGGAATGCTGAACACAACGACTGTGTCATTTTTTCCCTGGAGGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  ACTCTCGTTGCATCAGCAAGAAATAGAAAGACTAGAACACATTGATAAATGGTGCCGGGATTTAAAAATTCTCT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  ATCTTCAAAATAATCTTATTGGGAAAATTGAAAATGTTAGCAAACTCAAGAAACTTGAATATTTGAATTTAGCT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TTAAACAACATTGAAAAAATAGAAAACTTGGAAGGATGTGAAGAGCTGGCAAAACTTGACCTGACTGTGAATTT  296
                              ||.|    ..||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ------------------ATGG----GCTGGA--GATGTGAAGAGCTGGCAAAACTTGACCTGACTGTGAATTT  50

Query  297  CATTGGAGAGCTGAGCAGCATTAAAAACTTGCAGCACAATATCCATCTGAAGGAGCTCTTTCTCATGGGGAACC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   51  CATTGGAGAGCTGAGCAGCATTAAAAACTTGCAGCACAATATCCATCTGAAGGAGCTCTTTCTCATGGGGAACC  124

Query  371  CATGTGCTTCCTTTGACCACTATAGGGAGTTCGTGGTAGCAACTCTTCCACAATTAAAGTGGTTGGATGGTAAA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  125  CATGTGCTTCCTTTGACCACTATAGGGAGTTCGTGGTAGCAACTCTTCCACAATTAAAGTGGTTGGATGGTAAA  198

Query  445  GAAATAGAGCCTTCAGAAAGGATTAAGGCATTGCAGGACTATTCAGTAATTGAACCACAAATCAGAGAGCAGGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  199  GAAATAGAGCCTTCAGAAAGGATTAAGGCATTGCAGGACTATTCAGTAATTGAACCACAAATCAGAGAGCAGGA  272

Query  519  AAAAGATCACTGTCTTAAACGAGCCAAACTCAAGGAAGAGGCTCAGAGGAAACACCAAGAAGAGGATAAAAATG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  273  AAAAGATCACTGTCTTAAACGAGCCAAACTCAAGGAAGAGGCTCAGAGGAAACACCAAGAAGAGGATAAAAATG  346

Query  593  AAGACAAGAGAAGTAACGCAGGCTTTGATGGACGTTGGTACACAGACATCAATGCTACTCTTTCCTCTTTAGAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  347  AAGACAAGAGAAGTAACGCAGGCTTTGATGGACGTTGGTACACAGACATCAATGCTACTCTTTCCTCTTTAGAG  420

Query  667  AGCAAAGACCACCTACAGGCACCAGACACAGAGGAACACAACACAAAGAAATTAGACAACAGTGAAGATGACTT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  421  AGCAAAGACCACCTACAGGCACCAGACACAGAGGAACACAACACAAAGAAATTAGACAACAGTGAAGATGACTT  494

Query  741  GGAATTCTGGAATAAGCCCTGTTTGTTTACTCCTGAATCAAGATTGGAAACTCTTAGACACATGGAAAAACAAC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  495  GGAATTCTGGAATAAGCCCTGTTTGTTTACTCCTGAATCAAGATTGGAAACTCTTAGACACATGGAAAAACAAC  568

Query  815  GGAAGAAACAGGAAAAATTAAGTGAAAAAAAGAAGAAAGTGAAACCACCCAGGACTTTGATCACTGAAGATGGG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  569  GGAAGAAACAGGAAAAATTAAGTGAAAAAAAGAAGAAAGTGAAACCACCCAGGACTTTGATCACTGAAGATGGG  642

Query  889  AAAGCCCTAAATGTGAATGAGCCCAAAATTGACTTCTCTTTGAAAGATAACGAAAAGCAGATCATCCTGGACCT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  643  AAAGCCCTAAATGTGAATGAGCCCAAAATTGACTTCTCTTTGAAAGATAACGAAAAGCAGATCATCCTGGACCT  716

Query  963  TGCTGTCTATAGGTATATGGATACCTCTTTAATCGATGTTGATGTGCAACCAACTTACGTGCGAGTAATGATCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  717  TGCTGTCTATAGGTATATGGATACCTCTTTAATCGATGTTGATGTGCAACCAACTTACGTGCGAGTAATGATCA  790

Query 1037  AAGGAAAGCCATTTCAGCTTGTCCTTCCTGCAGAAGTGAAACCCGATAGTAGTTCTGCTAAAAGATCTCAGACA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  791  AAGGAAAGCCATTTCAGCTTGTCCTTCCTGCAGAAGTGAAACCCGATAGTAGTTCTGCTAAAAGATCTCAGACA  864

Query 1111  ACGGGTCATTTGGTCATCTGCATGCCCAAGGTAGGAGAAGTAATCACAGGTGGTCAGCGAGCATTCAAATCTAT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  865  ACGGGTCATTTGGTCATCTGCATGCCCAAGGTAGGAGAAGTAATCACAGGTGGTCAGCGAGCATTCAAATCTAT  938

Query 1185  GAAAACTACCTCGGACAGGAGCAGAGAACAAACAAATACAAGAAGCAAGCACATGGAGAAACTAGAAGTAGACC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  939  GAAAACTACCTCGGACAGGAGCAGAGAACAAACAAATACAAGAAGCAAGCACATGGAGAAACTAGAAGTAGACC  1012

Query 1259  CTAGCAAGCACTCATTCCCTGATGTGACTAACATAGTTCAAGAGAAAAAACACACACCCAGAAGACGACCTGAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013  CTAGCAAGCACTCATTCCCTGATGTGACTAACATAGTTCAAGAGAAAAAACACACACCCAGAAGACGACCTGAA  1086

Query 1333  CCCAAAATTATACCAAGTGAGGAAGACCCAACCTTTGAAGACAACCCTGAAGTGCCTCCGCTGATT  1398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1087  CCCAAAATTATACCAAGTGAGGAAGACCCAACCTTTGAAGACAACCCTGAAGTGCCTCCGCTGATT  1152