Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_04314
- Subject:
- NM_001163419.1
- Aligned Length:
- 1252
- Identities:
- 1000
- Gaps:
- 143
Alignment
Query 1 ATGTCTATTTCCTTGAGCTCTTTAATTTTGTTGCCAATTTGGATAAACATGGCACAAATCCAGCAGGGAGGTCC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 AGATGAAAAAGAAAAGACTACCGCACTGAAAGATTTATTATCTAGGATAGATTTGGATGAACTAATGAAAAAAG 148
||||||||.|
Sbjct 1 ----------------------------------------------------------------ATGAAAAAGG 10
Query 149 ATGAACCGCCTCTTGATTTTCCTGATACCCTGGAAGGATTTGAATATGCTTTTAATGAAAAGGGACAGTTAAGA 222
|.|||||.|||.||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 11 ACGAACCACCTTTTGATTTTCCAGATACACTGGAAGGCTTTGAATATGCTTTTAATGAAAAGGGGCAGTTAAGA 84
Query 223 CACATAAAAACTGGGGAACCATTTGTTTTTAACTACCGGGAAGATTTACACAGATGGAACCAGAAAAGATACGA 296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 85 CACATAAAAACTGGGGAACCATTTGTTTTTAACTACCGAGAAGACTTACACAGGTGGAACCAGAAAAGATATGA 158
Query 297 GGCTCTAGGAGAGATCATCACGAAG-TATGTATATGAGCTCCTGGAAAAGGATTGTAATTTGAAAAAAGTATCT 369
.|||||.||.||||||||||| ||| |||||.||||||||||||||||..||.|||||||||||||||.|.|||
Sbjct 159 AGCTCTGGGCGAGATCATCAC-AAGATATGTTTATGAGCTCCTGGAAAGTGACTGTAATTTGAAAAAAATCTCT 231
Query 370 ATTCCAGTAGATGCCACTGAGAGTGAACCAAAGAGTTTTATCTTTATGAGTGAGGATGCTTTGACAAATCCACA 443
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 ATTCCAGTAGATGCCACTGAGAGTGAACCAAAGAGTTTTATCTTTATGAGTGAGGATGCTTTGACAAATCCACA 305
Query 444 GAAACTGATGGTTTTAATTCATGGTAGTGGTGTTGTCAGGGCAGGGCAGTGGGCTAGAAGACTTATTATAAATG 517
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||
Sbjct 306 GAAACTGATGGTTTTAATTCATGGTAGTGGTGTTGTCAGGGCAGGTCAGTGGGCTAGAAGGCTTATTATTAATG 379
Query 518 AAGATCTGGACAGTGGCACACAGATACCGTTTATTAAAAGAGCTGTGGCTGAAGGATATGGAGTAATAGTACTA 591
||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||.|||.||||||.||||||||.||.||.||.
Sbjct 380 AAGATCTGGACAGTGGCACACAGATACCTTTTATTAAGAGAGCTATGGATGAAGGGTATGGAGTCATCGTCCTG 453
Query 592 AATCCCAATGAAAACTATATTGAAGTAGAAAAGCCGAAGATACACGTACAGTCATCA---TCTGATAGTTCAGA 662
||.||.||||||||||||||.|||||.|||||||.|||.||.||...|||||||||| ||||||.||.||||
Sbjct 454 AACCCAAATGAAAACTATATAGAAGTGGAAAAGCAGAAAATGCATAAACAGTCATCATCTTCTGATGGTACAGA 527
Query 663 TGAACCAGCAGAAAAACGGGAAAGAAAAGATAAAGTTTCTAAAGAAACAAAGAAGCGACGTGATTTCTATGAGA 736
|||.|||||||..||.||||||||.|.||||||.||.||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 528 TGAGCCAGCAGGGAAGCGGGAAAGGAGAGATAAGGTCTCCAAGGAAACAAAGAAGCGTCGTGATTTCTATGAGA 601
Query 737 AGTATCGTAACCCCCAAAGAGAAAAAGAAATGATGCAATTGTATATCAGAGAAAATGGTTCTCCTGAAGAACAT 810
||||.||.|||||.||||..||.||||||||||||||.||||.||||||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 602 AGTACCGCAACCCTCAAAAGGAGAAAGAAATGATGCAGTTGTTTATCAGGGAAAATGGTTCTCCTGAAGAGCAT 675
Query 811 GCAATCTATGTTTGGGATCATTTCATAGCTCAGGCTGCTGCTGAGAATGTGTTTTTCGTTGCTCACAGCTATGG 884
||..|||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||
Sbjct 676 GCGGTCTATGTGTGGGACCATTTCATAGCCCAGGCTGCTGCTGAGAATGTGTTCTTTGTGGCTCATAGCTATGG 749
Query 885 AGGACTTGCTTTTGTTGAACTGATGATTCAACGAGAAGCCGATGTAAAAAATAAGGTAACTGCTGTGGCATTGA 958
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||||||.||||||||||||||||
Sbjct 750 AGGACTTGCTTTTGTTGAACTGATGATTCAACGAGAAGCAGATGTAAAAAGTAAGGTGACTGCTGTGGCATTGA 823
Query 959 CAGACTCTGTTCACAATGTGTGGCATCAAGAAGCTGGCAAAACGATTCGAGAATGGATGAGAGAGAACTGTTGT 1032
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 824 CAGACTCTGTTCACAATGTGTGGCATCAAGAAGCTGGCAAAACCATCCGAGAATGGATGAGAGAGAACTGTTGT 897
Query 1033 AATTGGGTCTCTAGCTCAGAACCATTAGACACATCAGTGGAGTCCATGCTACCTGATTGCCCCCGGGTCTCAGC 1106
||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.|||||.||.|||.|.||.||.||
Sbjct 898 AACTGGGTCTCCAGCTCAGAACCATTAGATACATCGGTGGAATCCATGCTGCCTGACTGTCCCAGAGTGTCTGC 971
Query 1107 AGGCACCGACCGTCACGAGCTAACTTCCTGGAAGAGCTTTCCGTCTATTTTCAAATTCTTTACCGAAGCCTCAG 1180
|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||..|.||||||||.|
Sbjct 972 AGGCACCGACCGTCACGAGCTCACTTCCTGGAAGAGCTTCCCGTCTATCTTCAAGTTCTTCGCGGAAGCCTCGG 1045
Query 1181 AGGCCAAGACCAGCTCCCTGAAGCCGGCTGTGACGCGCCGCTCCCACCGCATCAAGCACGAAGAGCTG 1248
|||||||||.||||||.|.|||||||||..|||||||.|||||.|||||.|||||||||||.||||||
Sbjct 1046 AGGCCAAGAGCAGCTCGCAGAAGCCGGCCCTGACGCGGCGCTCGCACCGGATCAAGCACGAGGAGCTG 1113