Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06073
• Subject: NM_001291829.2
• Aligned Length: 1517
• Identities: 1045
• Gaps: 358

Alignment

Query    1  ATGGATCTCATCCCAAACTTGGCCGTGGAAACCTGGCTTCTCCTGGCTGTCAGCCTGATACTCCTCTATCTATA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TGGAACCCGTACACATGGACTTTTTAAGAAGCTTGGAATTCCAGGGCCCACACCTCTGCCTTTTTTGGGAAATG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CTTTGTCCTTCCGTAAGGGCTATTGGACGTTTGACATGGAATGTTATAAAAAGTATAGAAAAGTCTGGGGTATT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TATGACTGTCAACAGCCTATGCTGGCTATCACAGATCCCGACATGATCAAAACAGTGCTAGTGAAAGAATGTTA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TTCTGTCTTCACAAACCGGAGGCCTTTCGGGCCAGTGGGATTTATGAAAAATGCCATCTCTATAGCTGAGGATG  370
                                                       |||||||.||||||||||.||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------ATGAAAAGTGCCATCTCTTTAGCTGAGGATG  31

Query  371  AAGAATGGAAGAGAATACGATCATTGCTGTCTCCAACATTCACCAGCGGAAAACTCAAGGAGATGGTCCCTATC  444
            |||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||||.|||
Sbjct   32  AAGAATGGAAGAGAATACGGTCATTGCTGTCTCCAACCTTCACCAGCGGAAAACTCAAGGAGATGTTCCCCATC  105

Query  445  ATTGCCCAGTATGGAGATGTGTTGGTGAGAAATCTGAGGCGGGAAGCAGAGACAGGCAAGCCTGTCACCTTGAA  518
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||..||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  106  ATTGCCCAGTATGGAGATGTATTGGTGAGAAACTTGAGGCGGGAAGCAGAGAAAGGCAAGCCTGTCACCTTGAA  179

Query  519  ACACGTCTTTGGGGCCTACAGCATGGATGTGATCACTAGCACATCATTTGGAGTGAGCATCGACTCTCTCAACA  592
            |.||.||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  180  AGACATCTTTGGGGCCTACAGCATGGATGTGATTACTGGCACATCATTTGGAGTGAACATCGACTCTCTCAACA  253

Query  593  ATCCACAAGACCCCTTTGTGGAAAACACCAAGAAGCTTTTAAGATTTAATCCATTAGATCCATTCGTTCTCTCA  666
            ||||||||||||||||||||||.|.|||.||||||.|..|||.||||..|...|||||||||||..||||||||
Sbjct  254  ATCCACAAGACCCCTTTGTGGAGAGCACTAAGAAGTTCCTAAAATTTGGTTTCTTAGATCCATTATTTCTCTCA  327

Query  667  ATAAAAGTCTTTCCATTCCTTACCCCAATTCTTGAAGCATTAAATATCACTGTGTTTCCAAGAAAAGTT---AT  737
            ||||.|.||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||.||.|||||||   |||||.|   ||
Sbjct  328  ATAATACTCTTTCCATTCCTTACCCCAGTTTTTGAAGCATTAAATGTCTCTCTGTTTCC---AAAAGATACCAT  398

Query  738  AAGTTTTCTAACAAAATCTGTAAAACAG-ATAAAAGAAGGTCGCCTCAAAGAGACACAAAAGCACCGAGTGGAT  810
            ||.||||.|||..|||||||| |||||| ||.||..||.||||||||||.||.|.|||||||||||||.|.|||
Sbjct  399  AAATTTTTTAAGTAAATCTGT-AAACAGAATGAAGAAAAGTCGCCTCAACGACAAACAAAAGCACCGACTAGAT  471

Query  811  TTCCTTCAGCTGATGATTGACTCTCAGAATTCAAAAGACTCTGAGACCCACAAAGCTCTGTCTGATCTGGAGCT  884
            |||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||..|||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  472  TTCCTTCAGCTGATGATTGACTCCCAGAATTCGAAAGAAACTGAGTCCCACAAAGCTCTGTCTGATCTGGAGCT  545

Query  885  CATGGCCCAATCAATTATCTTTATTTTTGCTGGCTATGAAACCACGAGCAGTGTTCTCTCTTTCATTATATATG  958
            |...|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||||.|.||||||
Sbjct  546  CGCAGCCCAGTCAATAATCTTCATTTTTGCTGGCTATGAAACCACCAGCAGTGTTCTTTCCTTCACTTTATATG  619

Query  959  AACTGGCCACTCACCCTGATGTCCAGCAGAAAGTGCAGAAGGAAATTGATACAGTTTTACCCAATAAGGCACCA  1032
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.||||||.|||||||.|||||||||||||||
Sbjct  620  AACTGGCCACTCACCCTGATGTCCAGCAGAAACTGCAAAAGGAGATTGATGCAGTTTTGCCCAATAAGGCACCA  693

Query 1033  CCCACCTATGATACTGTGCTACAGTTGGAGTATCTTGACATGGTGGTGAATGAAACACTCAGATTATTCCCAGT  1106
            ||.|||||||||.|.|||.|||||.|||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  694  CCTACCTATGATGCCGTGGTACAGATGGAGTACCTTGACATGGTGGTGAATGAAACACTCAGATTATTCCCAGT  767

Query 1107  TGCTATGAGACTTGAGAGGGTCTGCAAAAAAGATGTTGAAATCAATGGGATGTTTATTCCCAAAGGGGTGGTGG  1180
            ||||||.||||||||||||...|||||.|||||||||||||||||||||.|.||.||||||||||||....|||
Sbjct  768  TGCTATTAGACTTGAGAGGACTTGCAAGAAAGATGTTGAAATCAATGGGGTATTCATTCCCAAAGGGTCAATGG  841

Query 1181  TGATGATTCCAAGCTATGTTCTTCATCATGACCCAAAGTACTGGACAGAGCCTGAGAAGTTCCTCCCTGAAAGG  1254
            ||.|||||||||..||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||
Sbjct  842  TGGTGATTCCAACTTATGCTCTTCACCATGACCCAAAGTACTGGACAGAGCCTGAGGAGTTCCGCCCTGAAAGG  915

Query 1255  TTCAGTAAAAAGAACAAGGACAACATAGATCCTTACATATACACACCCTTTGGAAGTGGACCCAGAAACTGCAT  1328
            ||||||   |||||.|||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  916  TTCAGT---AAGAAGAAGGACAGCATAGATCCTTACATATACACACCCTTTGGAACTGGACCCAGAAACTGCAT  986

Query 1329  TGGCATGAGGTTTGCTCTCGTGAACATGAAACTTGCTCTAGTCAGAGTCCTTCAGAACTTCTCCTTCAAACCTT  1402
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  987  TGGCATGAGGTTTGCTCTCATGAACATGAAACTTGCTCTAATCAGAGTCCTTCAGAACTTCTCCTTCAAACCTT  1060

Query 1403  GTAAAGAAACACAGATCCCCCTGAAATT----ACGCTTTGGAGGACTTCTTCTAACAGAAAAACCCATTGTTCT  1472
            ||||||||||||||||||||.|||||||    ||||    .|||||||||||.|.|||||||||||||||||||
Sbjct 1061  GTAAAGAAACACAGATCCCCTTGAAATTAGACACGC----AAGGACTTCTTCAACCAGAAAAACCCATTGTTCT  1130

Query 1473  AAAGGCTGAGTCAAGGGATGAGACCGTAAGTGGAGCC  1509
            |||||..||.|||||.||||..|||.|||||||||..
Sbjct 1131  AAAGGTGGATTCAAGAGATGGAACCCTAAGTGGAGAA  1167