Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_06818
• Subject: NM_001161440.3
• Aligned Length: 3345
• Identities: 2809
• Gaps: 534

Alignment

Query    1  ATGGCTGGGGCTGGCGGGGGCCTCGGGGTCTGGGGGAACCTGGTGCTGCTGGGCCTGTGCAGCTGGACAGGGGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCTGGGGCTGGCGGGGGCCTCGGGGTCTGGGGGAACCTGGTGCTGCTGGGCCTGTGCAGCTGGACAGGGGC  74

Query   75  CAGGGCGCCTGCCCCCAACCCAGGGAGGAACCTGACAGTGGAGACTCAGACCACCAGCTCCATCTCCCTGAGCT  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CAGGGCGCCTGCCCCCAACCCAGGGAGGAACCTGACAGTGGAGACTCAGACCACCAGCTCCATCTCCCTGAGCT  148

Query  149  GGGAGGTCCCCGATGGCCTAGACTCACAGAACTCCAACTACTGGGTTCAGTGTACTGGAGACGGCGGCACAACA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GGGAGGTCCCCGATGGCCTAGACTCACAGAACTCCAACTACTGGGTTCAGTGTACTGGAGACGGCGGCACAACA  222

Query  223  GAGACTCGAAACACAACAGCCACCAACGTCACCGTGGATGGCCTTGGACCCGGGTCATTGTATACGTGTTCTGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAGACTCGAAACACAACAGCCACCAACGTCACCGTGGATGGCCTTGGACCCGGGTCATTGTATACGTGTTCTGT  296

Query  297  GTGGGTGGAGAAAGACGGAGTAAATAGCTCTGTGGGGACTGTCACTACTGCCACAGCTCCCAACCCAGTGAGGA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                          
Sbjct  297  GTGGGTGGAGAAAGACGGAGTAAATAGCTCTGTGGGGACTGTCACTAC--------------------------  344

Query  371  ACCTGAGAGTGGAGGCTCAGACCAACAGCTCCATCGCCCTGACCTGGGAGGTCCCCGACGGCCCAGACCCACAG  444
                                                                                      
Sbjct  345  --------------------------------------------------------------------------  344

Query  445  AACTCCACCTACGGGGTTGAGTACACTGGAGATGGTGGCAGAGCAGGGACTCGAAGCACAGCACACACCAACAT  518
                                                                                      
Sbjct  345  --------------------------------------------------------------------------  344

Query  519  CACCGTGGATGGACTTGAACCCGGGTGTTTGTATGCGTTTTCCATGTGGGTGGGAAAGAATGGAATCAACAGCT  592
                                                                                      
Sbjct  345  --------------------------------------------------------------------------  344

Query  593  CCCGGGAGACTCGAAATGCCACCACAGCTCACAACCCAGTGAGGAACCTGAGAGTGGAGGCTCAGACCACCAGC  666
                                                                                      
Sbjct  345  --------------------------------------------------------------------------  344

Query  667  TCCATCTCCCTGAGCTGGGAGGTCCCCGATGGCACAGACCCACAGAACTCCACCTACTGCGTTCAGTGCACTGG  740
                                                                                      
Sbjct  345  --------------------------------------------------------------------------  344

Query  741  AGATGGTGGCAGAACAGAGACTCGAAACACAACAGACACCAGAGTCACCGTGGATGGCCTTGGACCCGGGTCAT  814
                                                                                      
Sbjct  345  --------------------------------------------------------------------------  344

Query  815  TGTATACGTGTTCTGTGTGGGTGGAGAAAGACGGAGTAAATAGCTCTGTGGAGATTGTCACTAGTGCCACAGCT  888
                                                                            ||||||||||
Sbjct  345  ----------------------------------------------------------------TGCCACAGCT  354

Query  889  CCCAACCCAGTGAGAAACCTGACAGTGGAGGCTCAGACCAACAGCTCCATCGCCCTGACCTGGGAGGTCCCCGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  355  CCCAACCCAGTGAGAAACCTGACAGTGGAGGCTCAGACCAACAGCTCCATCGCCCTGACCTGGGAGGTCCCCGA  428

Query  963  TGGCCCAGACCCACAGAACTCCACCTACGGGGTTGAGTACACTGGAGATGGTGGCAGAGCAGGGACTCGAAGCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  429  TGGCCCAGACCCACAGAACTCCACCTACGGGGTTGAGTACACTGGAGATGGTGGCAGAGCAGGGACTCGAAGCA  502

Query 1037  CAGCATACACCAACATCACCGTGGATAGACTTGAACCCGGGTGTTTGTATGTGTTTTCCGTGTGGGTGGGGAAG  1110
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  503  CAGCACACACCAACATCACCGTGGATAGACTTGAACCCGGGTGTTTGTATGTGTTTTCCGTGTGGGTGGGGAAG  576

Query 1111  AATGGAATCAACAGCTCCCGGGAGACTCGAAATGCCACCACAGCCCCCAACCCAGTGAGAAACCTCCATATGGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  577  AATGGAATCAACAGCTCCCGGGAGACTCGAAATGCCACCACAGCCCCCAACCCAGTGAGAAACCTCCATATGGA  650

Query 1185  GACTCAGACCAACAGCTCCATCGCCCTATGCTGGGAAGTCCCCGATGGCCCATACCCTCAGGACTACACCTACT  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  651  GACTCAGACCAACAGCTCCATCGCCCTATGCTGGGAAGTCCCCGATGGCCCATACCCTCAGGACTACACCTACT  724

Query 1259  GGGTAGAGTACACTGGAGACGGTGGTGGCACAGAGACCCGAAACACAACAAATACCAGTGTGACAGCTGAGAGA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  725  GGGTAGAGTACACTGGAGACGGTGGTGGCACAGAGACCCGAAACACAACAAATACCAGTGTGACAGCTGAGAGA  798

Query 1333  CTTGAGCCCGGAACCTTGTACACATTCTCTGTATGGGCAGAAAAAAATGGAGCACGTGGCTCCAGGCAGAATGT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  799  CTTGAGCCCGGAACCTTGTACACATTCTCTGTATGGGCAGAAAAAAATGGAGCACGTGGCTCCAGGCAGAATGT  872

Query 1407  CAGCATCTCCACAGTCCCCAACGCAGTGACAAGCCTCAGCAAGCAGGACTGGACCAACAGCACCATTGCTTTGC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  873  CAGCATCTCCACAGTCCCCAACGCAGTGACAAGCCTCAGCAAGCAGGACTGGACCAACAGCACCATTGCTTTGC  946

Query 1481  GCTGGACAGCTCCCCAGGGCCCAGGCCAGTCTTCCTACAGCTACTGGGTCTCATGGGTCAGGGAAGGCATGACT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  947  GCTGGACAGCTCCCCAGGGCCCAGGCCAGTCTTCCTACAGCTACTGGGTCTCATGGGTCAGGGAAGGCATGACT  1020

Query 1555  GACCCCAGGACCCAAAGCACCTCAGGTACTGACATCACCCTAAAGGAACTGGAAGCTGGCAGCCTGTACCACCT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021  GACCCCAGGACCCAAAGCACCTCAGGTACTGACATCACCCTAAAGGAACTGGAAGCTGGCAGCCTGTACCACCT  1094

Query 1629  CACCGTCTGGGCCGAGAGGAATGAGGTCAGAGGCTATAACAGCACCCTCACTGCAGCCACTGCTCCCAATGAGG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1095  CACCGTCTGGGCCGAGAGGAATGAGGTCAGAGGCTATAACAGCACCCTCACTGCAGCCACTGCTCCCAATGAGG  1168

Query 1703  TCACAGATCTCCAGAATGAAACTCAGACTAAGAACTCAGTCATGCTGTGGTGGAAGGCCCCTGGAGACCCCCAC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1169  TCACAGATCTCCAGAATGAAACTCAGACTAAGAACTCAGTCATGCTGTGGTGGAAGGCCCCTGGAGACCCCCAC  1242

Query 1777  TCTCAGTTGTACGTATACTGGGTCCAGTGGGCCAGCAAGGGACATCCCCGGAGGGGGCAAGATCCCCAAGCGAA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243  TCTCAGTTGTACGTATACTGGGTCCAGTGGGCCAGCAAGGGACATCCCCGGAGGGGGCAAGATCCCCAAGCGAA  1316

Query 1851  TTGGGTCAACCAGACCAGCAGGACCAATGAGACGTGGTACAAAGTGGAGGCCCTGGAACCCGGGACGCTGTACA  1924
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1317  TTGGGTCAACCAGACCAGCAGGACCAATGAGACGTGGTACAAAGTGGAGGCCCTGGAACCCGGGACGTTGTACA  1390

Query 1925  ATTTCACCGTGTGGGCAGAGAGGAATGACGTAGCCAGTTCCACGCAGAGCCTCTGTGCGTCCACATACCCAGAC  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1391  ATTTCACCGTGTGGGCAGAGAGGAATGACGTAGCCAGTTCCACGCAGAGCCTCTGTGCGTCCACATACCCAGAC  1464

Query 1999  ACAGTCACCATCACTTCCTGTGTCAGCACCTCAGCGGGCTATGGAGTCAACTTGATCTGGTCCTGCCCCCAGGG  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465  ACAGTCACCATCACTTCCTGTGTCAGCACCTCAGCGGGCTATGGAGTCAACTTGATCTGGTCCTGCCCCCAGGG  1538

Query 2073  AGGCTACGAGGCCTTTGAGTTGGAGGTGGGAGGACAGCGGGGCTCCCAGGACAGATCTTCATGTGGGGAGGCTG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539  AGGCTACGAGGCCTTTGAGTTGGAGGTGGGAGGACAGCGGGGCTCCCAGGACAGATCTTCATGTGGGGAGGCTG  1612

Query 2147  TGTCTGTGTTGGGTCTCGGGCCGGCTCGGTCCTACCCAGCCACCATCACGACCATCTGGGACGGAATGAAGGTC  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613  TGTCTGTGTTGGGTCTCGGGCCGGCTCGGTCCTACCCAGCCACCATCACGACCATCTGGGACGGAATGAAGGTC  1686

Query 2221  GTGTCTCACTCTGTGGTCTGCCACACCGAGAGTGCAGGGGTCATTGCCGGAGCCTTTGTGGGCATCCTCCTGTT  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1687  GTGTCTCACTCTGTGGTCTGCCACACCGAGAGTGCAGGGGTCATTGCCGGAGCCTTTGTGGGCATCCTCCTGTT  1760

Query 2295  TCTCATCCTCGTGGGCCTGCTGATTTTCTTCCTGAAGAGGAGGAATAAGAAGAAGCAGCAGAAACCAGAACTCA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761  TCTCATCCTCGTGGGCCTGCTGATTTTCTTCCTGAAGAGGAGGAATAAGAAGAAGCAGCAGAAACCAGAACTCA  1834

Query 2369  GGGATCTGGTCTTTAGCTCCCCAGGGGACATCCCAGCTGAAGACTTCGCTGACCACGTCAGGAAGAATGAGAGG  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1835  GGGATCTGGTCTTTAGCTCCCCAGGGGACATCCCAGCTGAAGACTTCGCTGACCACGTCAGGAAGAATGAGAGG  1908

Query 2443  GACAGCAACTGTGGTTTTGCAGACGAGTACCAGCAACTCTCCCTGGTGGGCCACAGCCAGTCTCAGATGGTGGC  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1909  GACAGCAACTGTGGTTTTGCAGACGAGTACCAGCAACTCTCCCTGGTGGGCCACAGCCAGTCTCAGATGGTGGC  1982

Query 2517  TTCGGCTTCAGAGAACAACGCCAAGAACCGCTACAGAAATGTGCTGCCCTATGACTGGTCCCGGGTGCCCCTGA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983  TTCGGCTTCAGAGAACAACGCCAAGAACCGCTACAGAAATGTGCTGCCCTATGACTGGTCCCGGGTGCCCCTGA  2056

Query 2591  AGCCCATCCATGAGGAGCCAGGCTCTGACTACATCAATGCCAGCTTCATGCCCGGTCTCTGGAGCCCCCAGGAG  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2057  AGCCCATCCATGAGGAGCCAGGCTCTGACTACATCAATGCCAGCTTCATGCCCGGTCTCTGGAGCCCCCAGGAG  2130

Query 2665  TTCATTGCAACCCAGGGTCCCCTGCCACAGACAGTGGGTGACTTCTGGCGCCTGGTGTGGGAACAGCAGAGCCA  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2131  TTCATTGCAACCCAGGGTCCCCTGCCACAGACAGTGGGTGACTTCTGGCGCCTGGTGTGGGAACAGCAGAGCCA  2204

Query 2739  CACCCTGGTCATGCTGACCAACTGCATGGAGGCCGGCCGGGTGAAGTGTGAGCATTACTGGCCTCTGGACTCGC  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205  CACCCTGGTCATGCTGACCAACTGCATGGAGGCCGGCCGGGTGAAGTGTGAGCATTACTGGCCTCTGGACTCGC  2278

Query 2813  AGCCCTGCACCCATGGGCACCTGCGGGTAACCCTGGTAGGTGAGGAAGTGATGGAGAACTGGACGGTGCGGGAA  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279  AGCCCTGCACCCATGGGCACCTGCGGGTAACCCTGGTAGGTGAGGAAGTGATGGAGAACTGGACGGTGCGGGAA  2352

Query 2887  CTGCTGCTCCTCCAGGTGGAGGAGCAGAAGACACTGTCTGTGCGCCAATTCCACTACCAGGCCTGGCCGGATCA  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2353  CTGCTGCTCCTCCAGGTGGAGGAGCAGAAGACACTGTCTGTGCGCCAATTCCACTACCAGGCCTGGCCGGATCA  2426

Query 2961  CGGCGTTCCCTCCTCCCCAGACACCTTGCTGGCTTTCTGGAGGATGCTTCGGCAGTGGCTGGATCAGACCATGG  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2427  CGGCGTTCCCTCCTCCCCAGACACCTTGCTGGCTTTCTGGAGGATGCTTCGGCAGTGGCTGGATCAGACCATGG  2500

Query 3035  AGGGAGGCCCACCCATTGTGCACTGCAGTGCTGGCGTGGGTCGCACAGGAACCCTCATTGCCCTGGACGTCCTG  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2501  AGGGAGGCCCACCCATTGTGCACTGCAGTGCTGGCGTGGGTCGCACAGGAACCCTCATTGCCCTGGACGTCCTG  2574

Query 3109  CTCCGGCAGCTGCAGTCCGAGGGTCTCCTTGGGCCCTTCAGCTTTGTAAGGAAGATGAGAGAGAGTCGGCCGTT  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575  CTCCGGCAGCTGCAGTCCGAGGGTCTCCTTGGGCCCTTCAGCTTTGTAAGGAAGATGAGAGAGAGTCGGCCGTT  2648

Query 3183  GATGGTGCAGACTGAGGCTCAGTACGTATTCCTGCATCAGTGCATCCTGCGGTTCCTCCAACAGTCAGCCCAGG  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2649  GATGGTGCAGACTGAGGCTCAGTACGTATTCCTGCATCAGTGCATCCTGCGGTTCCTCCAACAGTCAGCCCAGG  2722

Query 3257  CCCCAGCCGAGAAGGAAGTCCCGTATGAGGATGTCGAAAACCTCATCTACGAGAACGTGGCCGCCATCCAGGCC  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2723  CCCCAGCCGAGAAGGAAGTCCCGTATGAGGATGTCGAAAACCTCATCTACGAGAACGTGGCCGCCATCCAGGCC  2796

Query 3331  CACAAGTTGGAGGTC  3345
            |||||||||||||||
Sbjct 2797  CACAAGTTGGAGGTC  2811