Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_07403
- Subject:
- NM_001252074.2
- Aligned Length:
- 1709
- Identities:
- 1190
- Gaps:
- 421
Alignment
Query 1 ATGCACCTGAGAATCCACGCGAGACGGAGCCCTCCTCGCCGGCCGGCCTGGACGCTTGGGATCTGGTTCCTGTT 74
||||||||||||||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.||
Sbjct 1 ATGCACCTGAGAATCCACCCAAGACGGAGCCCTCCTCGCCGGCCGGCCTGGACGCTTGGGATCTGGTCCCTCTT 74
Query 75 CTGGGGATGTATCGTCAGCTCTGTATGGAGTTCTTCTAATGTAGCTTCCTCCTCCTCCACCTCTTCCTCGCCGG 148
||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||| ||||||||.||||||||||.||||
Sbjct 75 CTGGGGATGTATCGTCAGCTCTGTGTGGAGTTCTTCTAATGTAG------CCTCCTCCTCCTCTTCCTCTCCGG 142
Query 149 GGTCTCACTCTCAGCACGAGCACCATTTCCATGGCAGCAAGCATCACTCAGTGCCTATTTCTATCTATCGTTCC 222
|.||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 143 GATCTCACTCTCAGCAGGAACACCATTTCCACGGCAGCAAGCACCACTCTGTGCCTATTTCTATCTATCGCTCC 216
Query 223 CCTGTTTCCCTTCGAGGAGGACACGCTGGCGCTACGTACATCTTTGGGAAAAGTGGTGGGCTTATCCTCTACAC 296
||||||||||||||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||
Sbjct 217 CCTGTTTCCCTTCGAGGAGGGCACGCTGGTGCAACATACATCTTTGGGAAAAGCGGTGGCCTCATCCTCTATAC 290
Query 297 CTGGCCAGCCAATGACAGGCCCAGCACGCGGTCTGACCGCCTTGCCGTGGGCTTCAGCACCACTGTGAAGGATG 370
|||||||||.||||||||.||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct 291 CTGGCCAGCAAATGACAGACCCAGCACACGCTCTGACCGTCTCGCCGTGGGCTTCAGCACTACTGTGAAGGATG 364
Query 371 GCATCTTGGTCCGCATCGACAGTGCTCCAGGACTTGGTGACTTCCTCCAGCTTCACATAGAACAGGGGAAAATT 444
|.|||||.||.|||||.|||||.||.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 365 GTATCTTAGTACGCATTGACAGCGCCCCTGGACTTGGCGACTTCCTCCAGCTTCACATAGAACAAGGGAAAATT 438
Query 445 GGAGTTGTCTTCAACATTGGCACAGTTGACATCTCCATCAAAGAGGAGAGAACCCCTGTAAATGACGGCAAATA 518
||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||||
Sbjct 439 GGAGTTGTCTTCAATATTGGCACAGTTGACATCTCCATCAAAGAAGAGAGAACTCCTGTCAATGATGGCAAATA 512
Query 519 CCATGTGGTACGCTTCACCAGGAACGGCGGCAACGCCACCCTGCAGGTGGACAACTGGCCAGTGAATGAACATT 592
|||.||.||.||||||||||||||.||.||.||.||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 513 CCACGTTGTGCGCTTCACCAGGAATGGGGGAAATGCTACACTTCAGGTGGACAACTGGCCAGTGAATGAGCACT 586
Query 593 ATCCTAC------------------------------------------------------------------- 599
|||||||
Sbjct 587 ATCCTACAGGCAACACTGATAATGAACGCCTCCAAATGGTAAAACAGAAAATCCCCTTCAAATATAACCGGCCC 660
Query 600 -----------------------AGGCCGGCAGTTAACCATCTTCAACACTCAGGCGCAAATAGCCATTGGTGG 650
||||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||
Sbjct 661 GTAGAGGAGTGGCTGCAGGAAAAAGGCCGGCAGCTAACCATCTTCAACACCCAGGCGCAAATAGCCATCGGAGG 734
Query 651 AAAGGACAAAGGACGCCTCTTCCAAGGCCAACTCTCTGGGCTCTATTATGATGGTTTGAAAGTACTGAACATGG 724
|||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 735 AAAGGACAAAGGACGTCTCTTCCAAGGTCAACTCTCTGGGCTCTATTATGATGGTTTGAAAGTACTGAACATGG 808
Query 725 CGGCTGAGAACAACCCCAATATTAAAATCAATGGAAGTGTTCGGCTGGTTGGAGAAGTCCCATCAATTTTGGGA 798
|.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||||.|.|..|||
Sbjct 809 CAGCTGAGAACAACCCTAATATTAAAATCAATGGAAGTGTCCGGCTAGTGGGAGAAGTCCCATCAGTCTCAGGA 882
Query 799 ACAACACAGACGACCTCCATGCCACCAGAAATGTCTACTACTGTCATGGAAACCACTACTACAATGGCGACTAC 872
|||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||.||.|||||.||.||
Sbjct 883 ACAACACAGACAACGTCCATGCCACCTGAAATGTCTACCACCGTCATGGAAACCACCACCACCATGGCTACGAC 956
Query 873 CACAACCCGTAAGAATCGCTCTACAGCCAGCATTCAGCCAACATCAGATGATCTTGTTTCATCTGCTGAATGTT 946
|||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 957 CACCACCCGAAAGAACCGCTCTACAGCCAGCATTCAGCCCACGTCAGATGATCTTGTTTCATCTGCTGAATGTT 1030
Query 947 CAAGTGATGATGAAGACTTTGTTGAATGTGAGCCGAGTACAGGTAGGT-------------------------- 994
||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||
Sbjct 1031 CAAGTGATGATGAAGACTTTGTCGAATGTGAACCAAGTACAGGTAGGTCAGATAAGAGTCTTTCCACTTCAATC 1104
Query 995 -------------------------------------------------------------------------- 994
Sbjct 1105 TTCGAAGGTGGCTACAAAGCACATGCGCCCAAGTGGGAATCCAAGGACTTTAGACCTAACAAAGTCTCGGAAAC 1178
Query 995 -------------------------------------------------------------------------- 994
Sbjct 1179 TAGTAGAACTACAACCACCTCTTTGTCCCCTGAGCTGATCCGCTTCACAGCGTCCTCCTCGTCTGGGATGGTGC 1252
Query 995 -------------------------------------------------------------------------- 994
Sbjct 1253 CCAAATTGCCAGCTGGCAAAATGAATAACCGTGATCTCAAACCCCAGCCTGATATAGTCTTGCTTCCGTTGCCC 1326
Query 995 -------------------------------------------------------------------------C 995
|
Sbjct 1327 ACTGCCTATGAGCTAGACAGCACCAAACTGAAGAGCCCACTAATTACTTCCCCCATGTTCCGTAATGTGCCCAC 1400
Query 996 AGCAAACCCCACGGAGCCGGGAATCAGACGGGTTCCGGGGGCCTCAGAGGTGATCCGGGAGTCGAGCAGCACAA 1069
||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||
Sbjct 1401 AGCAAACCCCACGGAGCCAGGAATCAGACGGGTTCCGGGGGCCTCAGAGGTGATCCGGGAGTCCAGCAGTACAA 1474
Query 1070 CAGGGATGGTCGTCGGCATTGTGGCTGCTGCCGCCCTCTGCATCTTGATCCTCCTGTACGCCATGTACAAGTAC 1143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475 CAGGGATGGTCGTCGGCATTGTGGCTGCTGCCGCCCTCTGCATCTTGATCCTCCTGTACGCCATGTACAAGTAC 1548
Query 1144 AGGAACAGGGACGAGGGGTCCTATCAAGTGGACGAGACGCGGAACTACATCAGCAACTCCGCCCAGAGCAACGG 1217
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1549 AGGAACAGGGACGAGGGGTCCTATCAAGTGGACGAGACGAGGAACTACATCAGCAACTCGGCCCAGAGCAACGG 1622
Query 1218 CACGCTCATGAAGGAGAAGCAGCAG--AGCTCGAAGAGCGGCCACAAGAAACAGAAAAACAAGGACAGGGAGCA 1289
||||||||||||||||||||| || |||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||.|
Sbjct 1623 CACGCTCATGAAGGAGAAGCA--AGCCAGCTCCAAGAGCGGCCATAAGAAACAGAAAAACAAGGACAAGGAGTA 1694
Query 1290 TTACGTG 1296
|||.|||
Sbjct 1695 TTATGTG 1701