Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_07882
- Subject:
- NM_001277292.1
- Aligned Length:
- 3260
- Identities:
- 2810
- Gaps:
- 109
Alignment
Query 1 ATGATAGCTGTCTCTTTTAAATGCCGTTGTC----------AAAT-----TCTGAGGCGACTTACTAA------ 53
|||||| |.| |.|| |||| ||||| ||
Sbjct 1 --------------------ATGCCG--GGCTGGAAGAAGAACATCCCCATCTG------CTTAC-AAGCGGAG 45
Query 54 -----------AGATGAGAGTCCCTACACTAAATCCGCCAGCCAGACAAAGCCGCCTGATGGAGCGTTGGCTGT 116
||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||
Sbjct 46 GAGCAGGAGAGAGATGAGAGTCCCTACACTAAATCTGCCAGCCAGACAAAGCCGCCCGATGGAGCATTGGCTGT 119
Query 117 GAGGAGACAGAGCATCCCAGAGGAATTCAAGGGCTCCACAGTCGTCGAGCTGATGAAGAAGGAAGGCACTACCC 190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||.|||||||||||||.||.||.||.|
Sbjct 120 GAGGAGACAGAGCATCCCAGAGGAATTCAAGGGCTCCACAGTGGTGGAGTTGATGAAGAAGGAGGGAACCACTC 193
Query 191 TGGGTCTGACGGTATCGGGAGGAATTGATAAGGATGGCAAGCCAAGAGTATCTAATCTGCGGCAAGGAGGAATT 264
|.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||||||||.||||||||.
Sbjct 194 TTGGCCTGACGGTATCGGGAGGCATTGATAAAGATGGCAAGCCAAGAGTGTCCAACCTGCGGCAGGGAGGAATC 267
Query 265 GCTGCTAGAAGTGACCAGCTGGATGTGGGTGACTACATCAAAGCAGTGAATGGAATCAACCTGGCCAAATTCCG 338
|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 268 GCTGCCAGAAGTGACCAGCTGGATGTGGGCGACTACATCAAGGCGGTGAATGGGATCAACCTGGCCAAGTTCCG 341
Query 339 CCATGACGAGATCATCAGCTTGCTGAAGAATGTGGGAGAAAGAGTGGTTCTTGAAGTAGAGTACGAGCTTCCAC 412
|||.||.||||||||||||.|||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||.||.||||||||||||||||
Sbjct 342 CCACGATGAGATCATCAGCCTGCTGAAAAATGTCGGGGAAAGAGTGGTCCTGGAGGTCGAGTACGAGCTTCCAC 415
Query 413 CGGTCTCTGTGCAAGGATCAAGTGTTATTTTCCGAACAGTGGAGGTCACATTACATAAAGAAGGCAATACCTTT 486
||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||..|.||.|||||||||||.||||||
Sbjct 416 CGGTCTCTGTACAAGGATCCAGTGTTATGTTCCGAACTGTGGAGGTCACGCTGCACAAAGAAGGCAACACCTTT 489
Query 487 GGTTTTGTAATTCGAGGGGGAGCACATGATGATAGAAATAAATCTCGTCCAGTTGTGATAACATGTGTTCGTCC 560
||||||||.||.|||||||||||.||||||||.||.||.||.||.|||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct 490 GGTTTTGTCATCCGAGGGGGAGCGCATGATGACAGGAACAAGTCCCGTCCGGTTGTGATAACCTGTGTTCGTCC 563
Query 561 TGGAGGGCCTGCTGACAGAGAGGGCACGATCAAACCCGGTGACAGGTTGCTCAGTGTGGATGGAATTCGGCTTC 634
|||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 564 TGGAGGGCCTGCTGACAGAGAGGGCACCATCAAACCTGGAGACAGGTTGCTCAGCGTGGATGGAATTCGGCTCC 637
Query 635 TTGGAACTACGCATGCTGAAGCCATGAGTATTCTTAAACAATGTGGACAAGAAGCAGCACTGCTGATAGAATAT 708
|.|||||.||.|||||.||.||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||..|.||||||||||||||.
Sbjct 638 TGGGAACCACCCATGCCGAGGCCATGAGCATCCTTAAACAGTGCGGACAAGAAGCCACGCTGCTGATAGAATAC 711
Query 709 GATGTCTCAGTAATGGACTCTGTGGCAACAGCATCCGGGCCACTACTAGTCGAAGTTGCCAAAACTCCTGGTGC 782
||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||
Sbjct 712 GATGTCTCTGTGATGGATTCTGTGGCGACAGCATCCGGGCCACTACTAGTTGAAGTTGCCAAAACTCCAGGTGC 785
Query 783 CAGCCTTGGGGTTGCCCTAACTACCTCGATGTGCTGTAACAAACAAGTCATTGTCATAGACAAAATCAAATCTG 856
|||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 786 CAGCCTTGGGGTTGCCCTAACTACCTCCGTGTGCTGTAACAAGCAGGTCATTGTCATAGACAAAATCAAATCTG 859
Query 857 CAAGTATTGCAGACAGATGTGGCGCATTGCATGTGGGAGATCACATCCTCTCCATCGATGGAACCAGCATGGAG 930
||||.|||||.||||||||||||||..|.||.||||||||.||||||||||||||.||.||.||.||.||||||
Sbjct 860 CAAGCATTGCGGACAGATGTGGCGCGCTACACGTGGGAGACCACATCCTCTCCATTGACGGCACGAGTATGGAG 933
Query 931 TACTGTACACTTGCAGAAGCAACCCAGTTCCTGGCCAACACCACTGACCAGGTCAAGCTTGAGATCCTTCCCCA 1004
||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||
Sbjct 934 TACTGTACCCTCGCAGAAGCGACCCAGTTCCTGGCCAATACCACTGACCAGGTCAAGCTGGAGATTCTCCCACA 1007
Query 1005 TCATCAGACCCGGCTGGCCCTAAAGGGGCCCGACCATGCAGCTTTGGTGTCTTCATCCTTCTCTCCTACCTCCA 1078
.|||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.|||.|||||.|.||||| .|||||||||||||
Sbjct 1008 CCATCAGACCCGCCTGGCCCTAAAGGGCCCTGACCATGCGGCTATGGTGCCCTCATC---TTCTCCTACCTCCA 1078
Query 1079 TGAGTGCATACAGCCTGAGTTCCCTGAACATGGGGACTCTACCTCGAAGCCTCTACTCCACCAGCCCACGTGGA 1152
|||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1079 TGAGTGCGTACAGTCTGAGTTCCCTGAACATGGGGACTTTACCTCGAAGCCTCTACTCCACCAGCCCACGAGGA 1152
Query 1153 ACCATGATGAGGAGGAGACTGAAAAAGAAAGACTTCAAAAGCTCATTGTCCTTAGCCTCCAGCACAGTAGGATT 1226
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.||||||||||||||.||.||.||
Sbjct 1153 ACCATGATGAGGAGGAGACTGAAAAAGAAAGACTTCAAAAGCTCACTGTCTTTAGCCTCCAGCACTGTGGGGTT 1226
Query 1227 GGCTGGGCAGGTTGTTCACACAGAAACCACAGAGGTTGTGCTGACGGCAGATCCTGTCACAGGATTTGGGATCC 1300
||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||.||.||.||.||||
Sbjct 1227 GGCTGGCCAGGTCGTTCACACTGAAACCACAGAGGTTGTGCTGACGGCTGACCCTGTCACGGGCTTCGGAATCC 1300
Query 1301 AACTGCAGGGCAGTGTGTTTGCCACAGAAACTCTCTCTTCTCCACCTCTGATTTCCTATATCGAAGCTGACAGC 1374
|||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1301 AACTGCAGGGCAGCGTGTTTGCCACAGAGACGCTCTCCTCTCCGCCTCTGATTTCCTATATTGAAGCTGACAGC 1374
Query 1375 CCAGCAGAGAGATGTGGGGTGCTACAGATTGGAGACAGAGTGATGGCCATCAATGGAATTCCAACAGAAGACAG 1448
|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1375 CCAGCAGAGAGATGTGGTGTGCTACAGATTGGAGACAGAGTCATGGCCATTAATGGAATCCCAACAGAAGACAG 1448
Query 1449 CACCTTCGAAGAAGCCAGTCAGCTCCTCCGAGACTCTTCAATCACGAGCAAGGTCACACTGGAAATCGAGTTTG 1522
|||||||||.|||||||.|||.|||||..||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct 1449 CACCTTCGAGGAAGCCAATCAACTCCTGAGAGACTCTTCCATCACGAGCAAAGTCACACTAGAAATCGAGTTTG 1522
Query 1523 ATGTTGCAGAGTCTGTCATCCCAAGTAGTGGAACATTTCATGTAAAGCTGCCTAAGAAGCACAATGTGGAACTT 1596
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||..|||||||||
Sbjct 1523 ATGTTGCAGAGTCTGTCATCCCAAGTAGTGGAACATTTCATGTAAAACTGCCCAAGAAGCACAGCGTGGAACTT 1596
Query 1597 GGAATAACCATAAGTTCACCATCCAGTAGAAAACCAGGAGACCCCCTCGTCATTTCAGATATCAAGAAAGGGAG 1670
|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 1597 GGAATAACCATCAGTTCGCCATCCAGTAGAAAACCGGGGGACCCCCTTGTCATTTCAGATATCAAGAAAGGCAG 1670
Query 1671 TGTGGCACACAGAACTGGGACCCTGGAACTTGGGGATAAATTGCTCGCAATAGATAATATCCGGCTGGACAACT 1744
|||||||||||||||.||.||.||||||||.||.||.|||.||||.||.||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct 1671 TGTGGCACACAGAACCGGAACTCTGGAACTGGGAGACAAACTGCTTGCGATAGATAACATCCGGCTGGATAACT 1744
Query 1745 GTTCCATGGAAGATGCAGTTCAGATCCTCCAGCAATGTGAAGACCTGGTGAAGCTCAAAATCCGCAAAGATGAA 1818
||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1745 GTTCCATGGAAGATGCGGTCCAGATCCTCCAGCAGTGTGAAGACCTGGTGAAGCTCAAAATCCGCAAAGATGAA 1818
Query 1819 GATAATTCAGATGAGCAAGAAAGTTCCGGAGCAATTATTTACACCGTGGAGCTTAAACGCTACGGGGGGCCCCT 1892
|||||.|||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||||||||
Sbjct 1819 GATAACTCAGACGAGCAAGAGAGTTCCGGAGCGATTATTTACACGGTGGAGCTGAAGCGCTATGGGGGGCCCCT 1892
Query 1893 TGGCATCACAATTTCAGGAACTGAAGAGCCGTTTGATCCTATAATCATTTCAAGCCTCACTAAAGGGGGATTAG 1966
|||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1893 TGGCATCACAATTTCTGGAACTGAAGAGCCGTTTGATCCTATTATCATCTCGAGCCTCACTAAAGGGGGATTAG 1966
Query 1967 CTGAAAGAACTGGCGCAATCCACATAGGAGACCGAATCCTAGCCATCAATAGCAGCAGCTTGAAAGGGAAGCCT 2040
|||||||.|||||.||.||||||||.|||||..|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 1967 CTGAAAGGACTGGAGCGATCCACATCGGAGATAGAATCCTAGCCATCAATAGCAGCAGCTTGAAGGGGAAGCCT 2040
Query 2041 CTGAGTGAAGCCATCCATTTGTTACAGATGGCAGGAGAGACTGTCACCTTGAAAATTAAGAAACAGACAGATGC 2114
|||||||||||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041 CTGAGTGAAGCCATCCACTTGCTCCAGATGGCAGGAGAGACTGTCACCCTGAAAATTAAGAAACAGACAGATGC 2114
Query 2115 CCAGTCAGCATCGAGCCCCAAGAAGTTCCCTATTTCTAGCCATTTGAGTGACCTGGGGGATGTGGAGGAGGACT 2188
|||.||.|||||.||.||||||||||||||.||..||.||||.|.|.|.|||||.||.||||..|||||||||.
Sbjct 2115 CCAATCTGCATCAAGTCCCAAGAAGTTCCCCATCCCTGGCCACTCGGGGGACCTAGGAGATGGTGAGGAGGACC 2188
Query 2189 CCTCACCAGCACAGAAGCCAGGCAAGCTCTCCGACATGTACCCCTCCACGGTGCCCAGTGTGGACAGTGCTGTG 2262
||||.|||..||||||.||.||||||||||||||...|||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 2189 CCTCCCCAATACAGAAACCTGGCAAGCTCTCCGATGCGTACCCCTCCACGGTGCCCAGCGTGGACAGTGCTGTG 2262
Query 2263 GATTCATGGGATGGGTCTGCAATAGACACCAGCTATGGAACTGAAGGCACTAGTTTTCAGGCCTCAGGATACAA 2336
||.||.|||||||||||||.||||||..||||||||||.|.|.|||||.|.|.|||||||.|.|||||||||||
Sbjct 2263 GACTCCTGGGATGGGTCTGGAATAGATGCCAGCTATGGGAGTCAAGGCTCAACTTTTCAGACTTCAGGATACAA 2336
Query 2337 TTTCAACACCTATGACTGGAGGAGTCCAAAACAGAGAGGCAGCTTGTCCCCAGTCACTAAGCCTCGAAGCCAGA 2410
||.||||||||||||.||||||||||||||.||.|||..||||.|||||||||||.|.||||||||||||||||
Sbjct 2337 TTACAACACCTATGATTGGAGGAGTCCAAAGCAAAGAACCAGCCTGTCCCCAGTCCCCAAGCCTCGAAGCCAGA 2410
Query 2411 CTTACCCAGATGTGGGGCTGAGTTATGAAGACTGGGACCGGTCCACAGCCAGTGGTTTTGCAGGGGCTGCCGAT 2484
|.||||||||||||||.||||||.|||||||||||||.||.||||||||||||||.||||.|||||||.|.||.
Sbjct 2411 CGTACCCAGATGTGGGCCTGAGTAATGAAGACTGGGATCGATCCACAGCCAGTGGCTTTGTAGGGGCTTCTGAC 2484
Query 2485 AGTGCAGAGACAGAACAAGAGGAGAACTTCTGGTCTCAAGCGCTGGAGGATTTGGAAACCTGCGGACAGTCAGG 2558
||||||||..|.|||||||||||.|||||||||||||||||..|||||||..||||.||||||||.|||||.||
Sbjct 2485 AGTGCAGATGCTGAACAAGAGGAAAACTTCTGGTCTCAAGCATTGGAGGACCTGGAGACCTGCGGCCAGTCGGG 2558
Query 2559 AATTCTGAGAGAACTGGAGGAGAAAGCTGACAGGCGTGTGTCTTTGAGAAACATGACTCTCTTGGCAACAATCA 2632
.||.||||||||.||.|| |||||||||||
Sbjct 2559 GATCCTGAGAGAGCTTGA---------------------------------------------GGCAACAATCA 2587
Query 2633 TGTCGGGGAGCACGATGAGTTTGAATCATGAGGCTCCAACACCTCGCAGTCAGCTGGGGCGACAGGCCAGCTTC 2706
||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||...||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2588 TGTCGGGGAGTACTATGAGTTTGAATCATGAGGCTCCAATGGCTCGCAGTCAGCTGGGGCGACAGGCCAGCTTC 2661
Query 2707 CAGGAGCGCAGCAGCTCGCGGCCGCACTACAGCCAAACAACTCGGAGCAACACCCTGCCTTCAGATGTGGGTAG 2780
|||||.||.|||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.||
Sbjct 2662 CAGGAACGGAGCAGTTCACGGCCACACTATAGCCAAACAACTCGCAGCAACACCCTGCCCTCAGACGTGGGCAG 2735
Query 2781 GAAGTCAGTAACCCTGAGAAAAATGAAACAAGAAATAAAGGAGATCATGTCTCCAACTCCTGTGGAGCTGCACA 2854
.|||||.|||||||||.|.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||
Sbjct 2736 AAAGTCTGTAACCCTGCGGAAAATGAAGCAAGAAATAAAGGAGATCATGTCCCCAACTCCGGTGGAGCTACACA 2809
Query 2855 AGGTGACCTTGTACAAGGACTCTGACATGGAGGACTTTGGGTTCAGTGTAGCAGATGGCTTACTGGAGAAAGGA 2928
||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||.|||||||||||.|||||||||.|.|||||||||||.
Sbjct 2810 AGGTGACCTTATACAAGGACTCTGGCATGGAGGACTTCGGGTTCAGTGTGGCAGATGGCCTGCTGGAGAAAGGC 2883
Query 2929 GTGTATGTCAAAAATATTCGCCCAGCTGGGCCAGGAGATCTTGGTGGCTTAAAGCCCTATGACAGGCTCTTACA 3002
|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||.|||||.||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2884 GTGTATGTCAAAAATATCCGCCCAGCTGGGCCAGGTGATGTTGGGGGCTTGAAGCCCTACGACAGGCTCTTACA 2957
Query 3003 GGTGAATCATGTCCGAACCAGAGACTTTGACTGCTGCCTTGTTGTGCCCCTCATAGCAGAATCCGGGAATAAGC 3076
|||.|||||.||.||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.||.||.||||
Sbjct 2958 GGTAAATCACGTGCGGACGAGAGACTTTGACTGCTGCCTGGTGGTGCCTCTCATAGCTGAATCTGGCAACAAGC 3031
Query 3077 TGGACCTGGTTATTAGTAGAAACCCACTGGCTTCACAGAAGTCTATAGACCAACAGAGTCTACCAGGAGATTGG 3150
||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.||||||||.|||||.||.|.|..|||.||..|.||.|||
Sbjct 3032 TGGACCTGGTTATTAGCAGAAATCCACTGGCCTCCCAGAAGTCGATAGAACAGCCGGCTCTGCCCAGCGACTGG 3105
Query 3151 AGTGAACAGAACAGTGCTTTTTTCCAGCAGCCTAGCCACGGTGGTAATTTGGAGACACGAGAACCCACTAATAC 3224
||.|||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||||||.|.||||||||||||||||||||.||
Sbjct 3106 AGCGAACAGAACAGCGCTTTCTTCCAGCAACCCAGCCACGGTGGTAATCTAGAGACACGAGAACCCACTAACAC 3179
Query 3225 ATTA 3228
|.||
Sbjct 3180 ACTA 3183