Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_08967
- Subject:
- XR_927531.2
- Aligned Length:
- 4333
- Identities:
- 2820
- Gaps:
- 1510
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 AACAACCGGCCCGGGATCAGAGGTCTGGGTCAACTGGGGGGCGGCAGCGGCGCTAAGCGGACTGTATGGCGGTG 74
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 75 GCCTAGGCCCCTGGCGGAATTTTGGGACCTTTCGCGACTCTAGCGACTCTCAGGCTGCCTTCCCTTCTCGGTGG 148
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 149 CGGGGCCTCTTTGGGCCCAGCGGCTGCGGGCGCACTGTAGGACAGGAAGATCCCCCCACTCTCCACCCCGCCGC 222
Query 1 --------ATGTGGACAGAGGAAGCCGGGGCGACCGCCGAGGCCCAGGAATCCGGCATCAGGAACAAGTCTAGC 66
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 CACCGGCCATGTGGACAGAGGAAGCCGGGGCGACCGCCGAGGCCCAGGAATCCGGCATCAGGAACAAGTCTAGC 296
Query 67 AGTTCCAGTCAAATCCCGGTGGTTGGGGTGGTGACGGAGGACGATGAGGCGCAGGATGTTTTCAAGCCTATGGA 140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 AGTTCCAGTCAAATCCCGGTGGTTGGGGTGGTGACGGAGGACGATGAGGCGCAGGATGTTTTCAAGCCTATGGA 370
Query 141 CCTTAATCGTGTCATCAAACTCCTCGAAGAGACTGATAAAGATGGCTTGGAAGAAAAACAACTTAAATTTGTCA 214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 CCTTAATCGTGTCATCAAACTCCTCGAAGAGACTGATAAAGATGGCTTGGAAGAAAAACAACTTAAATTTGTCA 444
Query 215 AGAAACTGGTACAGTGTTATCAGAATGGACTTCCATTAAGGGATTTAGCACAGATATTTAAAATTCTGAATCTG 288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 AGAAACTGGTACAGTGTTATCAGAATGGACTTCCATTAAGGGATTTAGCACAGATATTTAAAATTCTGAATCTG 518
Query 289 TGTTCAGGAAAAATAAAAAACCAGCCTCGTTTTATAGAATCTGCATATGATATCATAAAACTGTGTGGCTTGCC 362
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 TGTTCAGGAAAAATAAAAAACCAGCCTCGTTTTATAGAATCTGCATATGATATCATAAAACTGTGTGGCTTGCC 592
Query 363 ATTTTTGAAAAAGAAAGTGTCGGATGAAATAACTTATGCTGAAGATACTGCTAATTCAATTGCACTTCTGGGTG 436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 ATTTTTGAAAAAGAAAGTGTCGGATGAAATAACTTATGCTGAAGATACTGCTAATTCAATTGCACTTCTGGGTG 666
Query 437 ACTTAATGAAAATACCAAGTTCTGAATTGAGGATACAAATTTGTAAGTGTATTGTTGATTTTTATCATGCAGAA 510
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 ACTTAATGAAAATACCAAGTTCTGAATTGAGGATACAAATTTGTAAGTGTATTGTTGATTTTTATCATGCAGAA 740
Query 511 CCACCAAAGAAGCATATTCCAGGTTACCAGCAAGCGAGTTCATCATACAAGATTCAAATGGCTGAAGTTGGAGG 584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 CCACCAAAGAAGCATATTCCAGGTTACCAGCAAGCGAGTTCATCATACAAGATTCAAATGGCTGAAGTTGGAGG 814
Query 585 ATTAGCAAAAACAATGGTCCAGTCAATGACCTTGCTTGAAAATCAACTTGTTGAGAAACTTTGGGTACTTAAAG 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 ATTAGCAAAAACAATGGTCCAGTCAATGACCTTGCTTGAAAATCAACTTGTTGAGAAACTTTGGGTACTTAAAG 888
Query 659 TTCTGCAGCATCTCTCAACTTCTGAAGTTAATTGTACTATAATGATGAAAGCACAAGCAGCCAGTGGAATCTGT 732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 TTCTGCAGCATCTCTCAACTTCTGAAGTTAATTGTACTATAATGATGAAAGCACAAGCAGCCAGTGGAATCTGT 962
Query 733 ACTCACCTCAATGACCCAGATCCCTCTGGACAGCTTTTATTTCGTTCATCAGAAATACTTTGGAACTTGCTGGA 806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 ACTCACCTCAATGACCCAGATCCCTCTGGACAGCTTTTATTTCGTTCATCAGAAATACTTTGGAACTTGCTGGA 1036
Query 807 AAAATCTTCAAAAGAAGAAGTCATACAACAGCTTAGTAACTTGGAATGTTTGCTGGCTTTGAAGGAAGTATTTA 880
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 AAAATCTTCAAAAGAAGAAGTCATACAACAGCTTAGTAACTTGGAATGTTTGCTGGCTTTGAAGGAAGTATTTA 1110
Query 881 AAAATCTGTTTATGAGAGGTTTCAGTCATTATGACCGTCAGCTTAGAAATGACATATTAGTGATCACTACAATT 954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 AAAATCTGTTTATGAGAGGTTTCAGTCATTATGACCGTCAGCTTAGAAATGACATATTAGTGATCACTACAATT 1184
Query 955 ATAGCTCAAAATCCTGAAGCACCAATGATTGAATGTGGCTTTACCAAGGATTTGATACTGTTTGCCACCTTTAA 1028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 ATAGCTCAAAATCCTGAAGCACCAATGATTGAATGTGGCTTTACCAAGGATTTGATACTGTTTGCCACCTTTAA 1258
Query 1029 TGAAGTTAAAAGTCAAAATCTTTTGGTAAAAGGACTTAAGCTTTCTAATTCCTATGAAGATTTTGAGTTGAAGA 1102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TGAAGTTAAAAGTCAAAATCTTTTGGTAAAAGGACTTAAGCTTTCTAATTCCTATGAAGATTTTGAGTTGAAGA 1332
Query 1103 AATTACTATTCAATGTAATTGTGATCTTATGTAAAGATTTACCTACTGTACAGCTATTAATTGATGGCAAAGTT 1176
|||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 AATTACTATTCAACGTAATTGTGATCTTATGTAAAGATTTACCTACTGTACAGCTATTAATTGATGGCAAAGTT 1406
Query 1177 ATTTTGGCTTTGTTTACCTATGTTAAGAAGCCTGAGAAGCAAAAAATAATTGACTGGTCTGCAGCACAGCATGA 1250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407 ATTTTGGCTTTGTTTACCTATGTTAAGAAGCCTGAGAAGCAAAAAATAATTGACTGGTCTGCAGCACAGCATGA 1480
Query 1251 AGAATTACAACTGCATGCAATTGCCACTTTGTCATCAGTGGCTCCTTTATTAATAGAAGAATACATGTCATGCC 1324
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481 AGAATTACAACTGCATGCAATTGCCACTTTGTCATCAGTGGCTCCTTTATTAATAGAAGAATACATGTCATGCC 1554
Query 1325 AGGGAAATGCTCGAGTCCTTGCATTTCTAGAATGGTGTGAGAGTGAAGATCCGTTTTTCAGTCATGGTAACAGT 1398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 AGGGAAATGCTCGAGTCCTTGCATTTCTAGAATGGTGTGAGAGTGAAGATCCGTTTTTCAGTCATGGTAACAGT 1628
Query 1399 TTTCATGGTACAGGTGGCCGAGGCAACAAGTTTGCCCAGATGCGTTACAGTTTAAGACTCCTGAGAGCCATGGT 1472
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1629 TTTCATGGTACAGGTGGCCGAGGCAACAAGTTTGCCCAGATGCGTTACAGTTTAAGACTCCTGAGAGCCGTGGT 1702
Query 1473 CTACCTTGAAGATGAGACTGTAAACAAAGATCTTTGTGAAAAGGGAACAATTCAGCAAATGATAGGAATCTTTA 1546
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703 CTACCTTGAAGATGAGACTGTAAACAAAGATCTTTGTGAAAAGGGAACAATTCAGCAAATGATAGGAATCTTTA 1776
Query 1547 AAAATATAATAAGCAAGCCTAATGAAAAGGAAGAAGCCATTGTTTTGGAAATCCAGTCTGATATATTACTTATC 1620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777 AAAATATAATAAGCAAGCCTAATGAAAAGGAAGAAGCCATTGTTTTGGAAATCCAGTCTGATATATTACTTATC 1850
Query 1621 CTATCTGGCCTTTGTGAGAATCACATTCAAAGGAAGGAAATTTTCGGAACTGAAGGAGTAGATATCGTTCTTCA 1694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 CTATCTGGCCTTTGTGAGAATCACATTCAAAGGAAGGAAATTTTCGGAACTGAAGGAGTAGATATCGTTCTTCA 1924
Query 1695 TGTGATGAAAACAGACCCCAGGAAGTTACAGAGTGGCTTAGGCTATAATGTACTTCTTTTTAGTACATTGGACA 1768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925 TGTGATGAAAACAGACCCCAGGAAGTTACAGAGTGGCTTAGGCTATAATGTACTTCTTTTTAGTACATTGGACA 1998
Query 1769 GCATTTGGTGCTGTATTTTGGGATGTTATCCCTCAGAGGATTATTTTCTTGAAAAGGAAGGCATTTTTCTCCTT 1842
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 GCATTTGGTGCTGTATTTTGGGATGTTATCCCTCAGAGGATTATTTTCTTGAAAAGGAAGGCATTTTTCTCCTT 2072
Query 1843 TTGGATTTGTTAGCATTGAACCAAAAAAAATTCTGTAATCTAATACTTGGAATAATGGTTGAATTTTGTGATAA 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073 TTGGATTTGTTAGCATTGAACCAAAAAAAATTCTGTAATCTAATACTTGGAATAATGGTTGAATTTTGTGATAA 2146
Query 1917 TCCCAAAACTGCAGCTCATGTCAATGCTTGGCAAGGGAAGAAGGATCAGACAGCTGCTAGTCTTTTAATTAAAT 1990
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147 TCCCAAAACTGCAGCTCATGTCAATGCTTGGCAAGGGAAGAAGGATCAGACAGCTGCTAGTCTTTTAATTAAAT 2220
Query 1991 TGTGGAGAAAGGAGGAAAAAGAACTAGGAGTAAAACGTGATAAAAATGGGAAGATCATTGATACAAAAAAACCT 2064
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 TGTGGAGAAAGGAGGAAAAAGAACTAGGAGTAAAACGTGATAAAAATGGGAAGATCATTGATACAAAAAAACCT 2294
Query 2065 CTATTTACTAGCTTTCAAGAAGAGCAAAAAATCATCCCACTGCCTGCTAACTGCCCATCTATTGCGGTTATGGA 2138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 CTATTTACTAGCTTTCAAGAAGAGCAAAAAATCATCCCACTGCCTGCTAACTGCCCATCTATTGCGGTTATGGA 2368
Query 2139 TGTTTCTGAGAATATTAGAGCAAAAATTTATGCTATATTGGGCAAACTAGATTTTGAAAATTTACCTGGCCTAT 2212
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369 TGTTTCTGAGAATATTAGAGCAAAAATTTATGCTATATTGGGCAAACTAGATTTTGAAAATTTACCTGGCCTAT 2442
Query 2213 CTGCTGAAGATTTTGTCACCCTTTGTATCATACATAGATATCTTGATTTTAAAATTGGAGAAATATGGAATGAA 2286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443 CTGCTGAAGATTTTGTCACCCTTTGTATCATACATAGATATCTTGATTTTAAAATTGGAGAAATATGGAATGAA 2516
Query 2287 ATATATGAAGAAATAAAATTAGAAAAATTAAGACCAGTCACTACAGATAAAAAAGCTTTGGAAGCTATTACAAC 2360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 ATATATGAAGAAATAAAATTAGAAAAATTAAGACCAGTCACTACAGATAAAAAAGCTTTGGAAGCTATTACAAC 2590
Query 2361 AGCATCAGAAAATATTGGAAAGATGGTTGCTTCTCTGCAAAGTGATATAATTGAAAGCCAAGCATGCCAAGACA 2434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591 AGCATCAGAAAATATTGGAAAGATGGTTGCTTCTCTGCAAAGTGATATAATTGAAAGCCAAGCATGCCAAGACA 2664
Query 2435 TGCAAAATGAACAAAAAGTATATGCAAAAATACAGGCCACGCACAAGCAAAGAGAGCTGGCTAATAAATCATGG 2508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665 TGCAAAATGAACAAAAAGTATATGCAAAAATACAGGCCACGCACAAGCAAAGAGAGCTGGCTAATAAATCATGG 2738
Query 2509 GAAGATTTCTTGGCTAGAACATCAAACGCTAAAACGTTAAAGAAAGCAAAAAGGCTTCAAGAAAAAGCTATAGA 2582
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 2739 GAAGATTTCTTGGCTAGAACATCAAACGCTAAAACGTTAAAGAAAGCAAAAAGCCTTCAAGAAAAAGCTATAGA 2812
Query 2583 AGCCTCCAGATACCATAAACGACCACAAAATGCAATATTTCACCAAACACATATTAAAGGCCTTAACACAACGG 2656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 AGCCTCCAGATACCATAAACGACCACAAAATGCAATATTTCACCAAACACATATTAAAGGCCTTAACACAACGG 2886
Query 2657 TGCCCTCTGGTGGAGTAGTAACAGTGGAAAGCACTCCTGCCCGATTAGTAGGAGGACCTCTGGTTGATACGGAT 2730
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887 TGCCCTCTGGTGGAGTAGTAACAGTGGAAAGCACTCCTGCCCGATTAGTAGGAGGACCTCTGGTTGATACGGAT 2960
Query 2731 ATTGCTCTTAAAAAACTGCCCATTCGAGGAGGAGCCTTGCAGAGGGTGAAAGCAGTTAAAATTGTGGATGCACC 2804
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961 ATTGCTCTTAAAAAACTGCCCATTCGAGGAGGAGCCTTGCAGAGGGTGAAAGCAGTTAAAATTGTGGATGCACC 3034
Query 2805 AAAAAAGAGTATTCCTACG------------------------------------------------------- 2823
|||||||||||||||||||
Sbjct 3035 AAAAAAGAGTATTCCTACGGAACCCTAAGCATGGGTAGGAGCATACAACGAGATGCCCATACAAAAAATACCAG 3108
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3109 ATACATCTTAGGTACACTTGAATTGATGTGAAGTGTCCATGGCTAACAATGAATCTTTGCTCCATTTTGTAGAC 3182
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3183 TATAAGCTCTCTAAGAACAAGGTAGAGACCATATCTCATTAATTATTGTACTTAGTATCTCCGGAAATAAATTA 3256
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3257 TTAGATAATGTGATGGTGGCCTCAGCTACTGGCAGTCTTTCCCTTGAGCTCTGCAAATGCAGCAAAGTACTGAG 3330
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3331 CTCAAAGGGAAGATTCAGCCAACAAAATACTACACAAGTAATGCTCAACACAGACAACATGTTAGTTTAAATGT 3404
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3405 ATTTACTTCATAACATGATAGATTTTCTCCAAAATGGTGAGGCATAAATACTACTACATGAATATAACCAAGGT 3478
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3479 GTGGAAATAGTATTACTTGCTTGAGTATCATTTTTGTATGTAGTACAACTAAATGTCTCAGATTGATTAGGACT 3552
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3553 GTAATCTAGACAATTTCTGATGTCTGTGAACCTTTCTTCTTCCATGTATTTTGCCCATCAGCAAGAAGAAAGGT 3626
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3627 AAAACAGGGCAGATTATTATGTAGCAGCTATTTAATAGACAAATAAGTGTAAGTTGATGGAAAGCAGTAATGTT 3700
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3701 CCTTAATACAGACACTTGCACTTGGTAGACAGATTCACCCAAGTTTGCATATTATAATTCCAGCCACCACACAG 3774
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3775 TGAGTGAGTGACTCTTTCTCACAATATCACTAACTCTAAGTCTCTGTCTCTCATCACATCCTATATTCTCACAC 3848
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3849 CACCCCTGAGCCCTAGGGGACATGATGCCTACCCGATCCTGCCGGCTGAGAGAAGGATGGTATATTTTCTTACA 3922
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3923 TTAGTCAGGATATTACAGTTCCGGTTTGATTTCCAACGTTCTGATCAAGAGTCTTTGAAATGCAACACATTTAT 3996
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 3997 GAAAATGCAAAGGTTCATTTCATCACAGACCTTTAAAAGTGGCAGAAACCCTAAAGAGCTTATGCTCCAACCTT 4070
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 4071 CTCCCTTTACTGATTAGATCATTAGTGATACGGTTCCGCAAGTCTTCAGACTCCTGACTGCCTATCCAAGACTC 4144
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 4145 CTACCTACCACAACACATTTCAACTAAGTGGATCAAAATACAGTCCTTTCTACATGTAACATAGGAAGTATTTT 4218
Query 2824 -------------------------------------------------------------------------- 2823
Sbjct 4219 GTTGTTGTTAATTGAGATATTATTAACCCAAATGGTACTAGATCTCACAAACACCGTTTAAGTCTCAAAGTTAC 4292
Query 2824 ----------------------------------------- 2823
Sbjct 4293 TGCTATTTCCATTTTCATGTATTGAAAAATACTTGTTACGC 4333
