Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_08967
• Subject: XR_927533.1
• Aligned Length: 3275
• Identities: 2689
• Gaps: 560

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AACAACCGGCCCGGGATCAGAGGTCTGGGTCAACTGGGGGGCGGCAGCGGCGCTAAGCGGACTGTATGGCGGTG  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCCTAGGCCCCTGGCGGAATTTTGGGACCTTTCGCGACTCTAGCGACTCTCAGGCTGCCTTCCCTTCTCGGTGG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CGGGGCCTCTTTGGGCCCAGCGGCTGCGGGCGCACTGTAGGACAGGAAGATCCCCCCACTCTCCACCCCGCCGC  222

Query    1  --------ATGTGGACAGAGGAAGCCGGGGCGACCGCCGAGGCCCAGGAATCCGGCATCAGGAACAAGTCTAGC  66
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CACCGGCCATGTGGACAGAGGAAGCCGGGGCGACCGCCGAGGCCCAGGAATCCGGCATCAGGAACAAGTCTAGC  296

Query   67  AGTTCCAGTCAAATCCCGGTGGTTGGGGTGGTGACGGAGGACGATGAGGCGCAGGATGTTTTCAAGCCTATGGA  140
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGTTCCAGTCAAATCCCGGTGGTTGGGGTGGTGACGGAGGACGATGAGGCGCAGGATGTTTTCAAGCCTATGGA  370

Query  141  CCTTAATCGTGTCATCAAACTCCTCGAAGAGACTGATAAAGATGGCTTGGAAGAAAAACAACTTAAATTTGTCA  214
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCTTAATCGTGTCATCAAACTCCTCGAAGAGACTGATAAAGATGGCTTGGAAGAAAAACAACTTAAATTTGTCA  444

Query  215  AGAAACTGGTACAGTGTTATCAGAATGGACTTCCATTAAGGGATTTAGCACAGATATTTAAAATTCTGAATCTG  288
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AGAAACTGGTACAGTGTTATCAGAATGGACTTCCATTAAGGGATTTAGCACAGATATTTAAAATTCTGAATCTG  518

Query  289  TGTTCAGGAAAAATAAAAAACCAGCCTCGTTTTATAGAATCTGCATATGATATCATAAAACTGTGTGGCTTGCC  362
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGTTCAGGAAAAATAAAAAACCAGCCTCGTTTTATAGAATCTGCATATGATATCATAAAACTGTGTGGCTTGCC  592

Query  363  ATTTTTGAAAAAGAAAGTGTCGGATGAAATAACTTATGCTGAAGATACTGCTAATTCAATTGCACTTCTGGGTG  436
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATTTTTGAAAAAGAAAGTGTCGGATGAAATAACTTATGCTGAAGATACTGCTAATTCAATTGCACTTCTGGGTG  666

Query  437  ACTTAATGAAAATACCAAGTTCTGAATTGAGGATACAAATTTGTAAGTGTATTGTTGATTTTTATCATGCAGAA  510
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACTTAATGAAAATACCAAGTTCTGAATTGAGGATACAAATTTGTAAGTGTATTGTTGATTTTTATCATGCAGAA  740

Query  511  CCACCAAAGAAGCATATTCCAGGTTACCAGCAAGCGAGTTCATCATACAAGATTCAAATGGCTGAAGTTGGAGG  584
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CCACCAAAGAAGCATATTCCAGGTTACCAGCAAGCGAGTTCATCATACAAGATTCAAATGGCTGAAGTTGGAGG  814

Query  585  ATTAGCAAAAACAATGGTCCAGTCAATGACCTTGCTTGAAAATCAACTTGTTGAGAAACTTTGGGTACTTAAAG  658
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  ATTAGCAAAAACAATGGTCCAGTCAATGACCTTGCTTGAAAATCAACTTGTTGAGAAACTTTGGGTACTTAAAG  888

Query  659  TTCTGCAGCATCTCTCAACTTCTGAAGTTAATTGTACTATAATGATGAAAGCACAAGCAGCCAGTGGAATCTGT  732
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TTCTGCAGCATCTCTCAACTTCTGAAGTTAATTGTACTATAATGATGAAAGCACAAGCAGCCAGTGGAATCTGT  962

Query  733  ACTCACCTCAATGACCCAGATCCCTCTGGACAGCTTTTATTTCGTTCATCAGAAATACTTTGGAACTTGCTGGA  806
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ACTCACCTCAATGACCCAGATCCCTCTGGACAGCTTTTATTTCGTTCATCAGAAATACTTTGGAACTTGCTGGA  1036

Query  807  AAAATCTTCAAAAGAAGAAGTCATACAACAGCTTAGTAACTTGGAATGTTTGCTGGCTTTGAAGGAAGTATTTA  880
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAAATCTTCAAAAGAAGAAGTCATACAACAGCTTAGTAACTTGGAATGTTTGCTGGCTTTGAAGGAAGTATTTA  1110

Query  881  AAAATCTGTTTATGAGAGGTTTCAGTCATTATGACCGTCAGCTTAGAAATGACATATTAGTGATCACTACAATT  954
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAAATCTGTTTATGAGAGGTTTCAGTCATTATGACCGTCAGCTTAGAAATGACATATTAGTGATCACTACAATT  1184

Query  955  ATAGCTCAAAATCCTGAAGCACCAATGATTGAATGTGGCTTTACCAAGGATTTGATACTGTTTGCCACCTTTAA  1028
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ATAGCTCAAAATCCTGAAGCACCAATGATTGAATGTGGCTTTACCAAGGATTTGATACTGTTTGCCACCTTTAA  1258

Query 1029  TGAAGTTAAAAGTCAAAATCTTTTGGTAAAAGGACTTAAGCTTTCTAATTCCTATGAAGATTTTGAGTTGAAGA  1102
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TGAAGTTAAAAGTCAAAATCTTTTGGTAAAAGGACTTAAGCTTTCTAATTCCTATGAAGATTTTGAGTTGAAGA  1332

Query 1103  AATTACTATTCAATGTAATTGTGATCTTATGTAAAGATTTACCTACTGTACAGCTATTAATTGATGGCAAAGTT  1176
            |||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AATTACTATTCAACGTAATTGTGATCTTATGTAAAGATTTACCTACTGTACAGCTATTAATTGATGGCAAAGTT  1406

Query 1177  ATTTTGGCTTTGTTTACCTATGTTAAGAAGCCTGAGAAGCAAAAAATAATTGACTGGTCTGCAGCACAGCATGA  1250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  ATTTTGGCTTTGTTTACCTATGTTAAGAAGCCTGAGAAGCAAAAAATAATTGACTGGTCTGCAGCACAGCATGA  1480

Query 1251  AGAATTACAACTGCATGCAATTGCCACTTTGTCATCAGTGGCTCCTTTATTAATAGAAGAATACATGTCATGCC  1324
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGAATTACAACTGCATGCAATTGCCACTTTGTCATCAGTGGCTCCTTTATTAATAGAAGAATACATGTCATGCC  1554

Query 1325  AGGGAAATGCTCGAGTCCTTGCATTTCTAGAATGGTGTGAGAGTGAAGATCCGTTTTTCAGTCATGGTAACAGT  1398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AGGGAAATGCTCGAGTCCTTGCATTTCTAGAATGGTGTGAGAGTGAAGATCCGTTTTTCAGTCATGGTAACAGT  1628

Query 1399  TTTCATGGTACAGGTGGCCGAGGCAACAAGTTTGCCCAGATGCGTTACAGTTTAAGACTCCTGAGAGCCATGGT  1472
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1629  TTTCATGGTACAGGTGGCCGAGGCAACAAGTTTGCCCAGATGCGTTACAGTTTAAGACTCCTGAGAGCCGTGGT  1702

Query 1473  CTACCTTGAAGATGAGACTGTAAACAAAGATCTTTGTGAAAAGGGAACAATTCAGCAAATGATAGGAATCTTTA  1546
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CTACCTTGAAGATGAGACTGTAAACAAAGATCTTTGTGAAAAGGGAACAATTCAGCAAATGATAGGAATCTTTA  1776

Query 1547  AAAATATAATAAGCAAGCCTAATGAAAAGGAAGAAGCCATTGTTTTGGAAATCCAGTCTGATATATTACTTATC  1620
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AAAATATAATAAGCAAGCCTAATGAAAAGGAAGAAGCCATTGTTTTGGAAATCCAGTCTGATATATTACTTATC  1850

Query 1621  CTATCTGGCCTTTGTGAGAATCACATTCAAAGGAAGGAAATTTTCGGAACTGAAGGAGTAGATATCGTTCTTCA  1694
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  CTATCTGGCCTTTGTGAGAATCACATTCAAAGGAAGGAAATTTTCGGAACTGAAGGAGTAGATATCGTTCTTCA  1924

Query 1695  TGTGATGAAAACAGACCCCAGGAAGTTACAGAGTGGCTTAGGCTATAATGTACTTCTTTTTAGTACATTGGACA  1768
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TGTGATGAAAACAGACCCCAGGAAGTTACAGAGTGGCTTAGGCTATAATGTACTTCTTTTTAGTACATTGGACA  1998

Query 1769  GCATTTGGTGCTGTATTTTGGGATGTTATCCCTCAGAGGATTATTTTCTTGAAAAGGAAGGCATTTTTCTCCTT  1842
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GCATTTGGTGCTGTATTTTGGGATGTTATCCCTCAGAGGATTATTTTCTTGAAAAGGAAGGCATTTTTCTCCTT  2072

Query 1843  TTGGATTTGTTAGCATTGAACCAAAAAAAATTCTGTAATCTAATACTTGGAATAATGGTTGAATTTTGTGATAA  1916
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TTGGATTTGTTAGCATTGAACCAAAAAAAATTCTGTAATCTAATACTTGGAATAATGGTTGAATTTTGTGATAA  2146

Query 1917  TCCCAAAACTGCAGCTCATGTCAATGCTTGGCAAGGGAAGAAGGATCAGACAGCTGCTAGTCTTTTAATTAAAT  1990
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TCCCAAAACTGCAGCTCATGTCAATGCTTGGCAAGGGAAGAAGGATCAGACAGCTGCTAGTCTTTTAATTAAAT  2220

Query 1991  TGTGGAGAAAGGAGGAAAAAGAACTAGGAGTAAAACGTGATAAAAATGGGAAGATCATTGATACAAAAAAACCT  2064
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TGTGGAGAAAGGAGGAAAAAGAACTAGGAGTAAAACGTGATAAAAATGGGAAGATCATTGATACAAAAAAACCT  2294

Query 2065  CTATTTACTAGCTTTCAAGAAGAGCAAAAAATCATCCCACTGCCTGCTAACTGCCCATCTATTGCGGTTATGGA  2138
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CTATTTACTAGCTTTCAAGAAGAGCAAAAAATCATCCCACTGCCTGCTAACTGCCCATCTATTGCGGTTATGGA  2368

Query 2139  TGTTTCTGAGAATATTAGAGCAAAAATTTATGCTATATTGGGCAAACTAGATTTTGAAAATTTACCTGGCCTAT  2212
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TGTTTCTGAGAATATTAGAGCAAAAATTTATGCTATATTGGGCAAACTAGATTTTGAAAATTTACCTGGCCTAT  2442

Query 2213  CTGCTGAAGATTTTGTCACCCTTTGTATCATACATAGATATCTTGATTTTAAAATTGGAGA----AATATGGAA  2282
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |.|||    .||      
Sbjct 2443  CTGCTGAAGATTTTGTCACCCTTTGTATCATACATAGATATCTTGATTTTAAA---GCAGAGTCTCAT------  2507

Query 2283  TGAAATATATGAAGAAATAAAATTAGAAAAATTAAGACCAGTCAC-----------TACAGATAAAAAAGCTTT  2345
                                                 ||.|||||           |.|||           ||
Sbjct 2508  -------------------------------------CCTGTCACCTAGCCTAAAGTGCAG-----------TT  2533

Query 2346  GGAAGCTATTACA----ACAGCATCAGAAAATATTGGAAAGATGGTTGCTTC--TCTGCAAAG-TGATATAATT  2412
            |.|.|  ||.|||    ||.|||                        ||.||  .||.|.|.| |.||    ||
Sbjct 2534  GCATG--ATCACAGCTCACTGCA------------------------GCCTCAACCTCCCAGGCTCAT----TT  2577

Query 2413  GA-----AAGCC-AAGCATGCCAAGACATGCAAAATGAACAAAAAGTATATG----CAAAAATACAGGCCACGC  2476
            ||     .|||| .|.|.|.||                     |||||..||    .|.|||||||||||||||
Sbjct 2578  GATCCTCCAGCCTCATCTTCCC---------------------AAGTAGCTGGGACTACAAATACAGGCCACGC  2630

Query 2477  ACAAGCAAAGAGAGCTGGCTAATAAATCATGGGAAGATTTCTTGGCTAGAACATCAAACGCTAAAACGTTAAAG  2550
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2631  ACAAGCAAAGAGAGCTGGCTAATAAATCATGGGAAGATTTCTTGGCTAGAACATCAAACGCTAAAACGTTAAAG  2704

Query 2551  AAAGCAAAAAGGCTTCAAGAAAAAGCTATAGAAGCCTCCAGATACCATAAACGACCACAAAATGCAATATTTCA  2624
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2705  AAAGCAAAAAGCCTTCAAGAAAAAGCTATAGAAGCCTCCAGATACCATAAACGACCACAAAATGCAATATTTCA  2778

Query 2625  CCAAACACATATTAAAGGCCTTAACACAACGGTGCCCTCTGGTGGAGTAGTAACAGTGGAAAGCACTCCTGCCC  2698
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2779  CCAAACACATATTAAAGGCCTTAACACAACGGTGCCCTCTGGTGGAGTAGTAACAGTGGAAAGCACTCCTGCCC  2852

Query 2699  GATTAGTAGGAGGACCTCTGGTTGATACGGATATTGCTCTTAAAAAACTGCCCATTCGAGGAGGAGCCTTGCAG  2772
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2853  GATTAGTAGGAGGACCTCTGGTTGATACGGATATTGCTCTTAAAAAACTGCCCATTCGAGGAGGAGCCTTGCAG  2926

Query 2773  AGGGTGAAAGCAGTTAAAATTGTGGATGCACCAAAAAAGAGTATTCCTACG-----------------------  2823
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                       
Sbjct 2927  AGGGTGAAAGCAGTTAAAATTGTGGATGCACCAAAAAAGAGTATTCCTACGTAATATACTATAGAGACTTTTTG  3000

Query 2824  --------------------------------------------------------------------------  2823
                                                                                      
Sbjct 3001  AAATAAAGTCAGCTTATAATTTTTTAGCTGAATATATCTTTATACATATGTAAAGCCAATATTTTAGAATAAGT  3074

Query 2824  --------------------------------------------------------------------------  2823
                                                                                      
Sbjct 3075  ATTTTAGTATAAATATTTTAGTAAAATACTATAAAAATAAAAGGACATATAATTTATTTTTATGGAAAACATCA  3148

Query 2824  -------------------  2823
                               
Sbjct 3149  ACATGTAATATCAGAAGAG  3167