Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_09321
• Subject: NM_001277129.1
• Aligned Length: 3183
• Identities: 3011
• Gaps: 171

Alignment

Query    1  ATGCTACGAACCGCAGGCAGGGACGGCCTCTGTCGCCTGTCCACCTACTTGGAAGAACTCGAGGCTGTGGAACT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCTACGAACCGCAGGCAGGGACGGCCTCTGTCGCCTGTCCACCTACTTGGAAGAACTCGAGGCTGTGGAACT  74

Query   75  GAAGAAGTTCAAGTTATACCTGGGGACCGCGACAGAGCTGGGAGAAGGCAAGATCCCCTGGGGAAGCATGGAGA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GAAGAAGTTCAAGTTATACCTGGGGACCGCGACAGAGCTGGGAGAAGGCAAGATCCCCTGGGGAAGCATGGAGA  148

Query  149  AGGCCGGTCCCCTGGAAATGGCCCAGCTGCTCATCACCCACTTCGGGCCAGAGGAGGCCTGGAGGTTGGCTCTC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AGGCCGGTCCCCTGGAAATGGCCCAGCTGCTCATCACCCACTTCGGGCCAGAGGAGGCCTGGAGGTTGGCTCTC  222

Query  223  AGCACCTTTGAGCGGATAAACAGGAAGGACCTGTGGGAGAGAGGACAGAGAGAGGACCTGGTGAGGGATACCCC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGCACCTTTGAGCGGATAAACAGGAAGGACCTGTGGGAGAGAGGACAGAGAGAGGACCTGGTGAGGGATACCCC  296

Query  297  ACCTGGTGGCCCGTCCTCACTTGGGAACCAGTCAACATGCCTTCTGGAAGTCTCTCTTGTCACTCCAAGAAAAG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACCTGGTGGCCCGTCCTCACTTGGGAACCAGTCAACATGCCTTCTGGAAGTCTCTCTTGTCACTCCAAGAAAAG  370

Query  371  ATCCCCAGGAAACCTACAGGGACTATGTCCGCAGGAAATTCCGGCTCATGGAAGACCGCAATGCGCGCCTAGGG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATCCCCAGGAAACCTACAGGGACTATGTCCGCAGGAAATTCCGGCTCATGGAAGACCGCAATGCGCGCCTAGGG  444

Query  445  GAATGTGTCAACCTCAGCCACCGGTACACCCGGCTCCTGCTGGTGAAGGAGCACTCAAACCCCATGCAGGTCCA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAATGTGTCAACCTCAGCCACCGGTACACCCGGCTCCTGCTGGTGAAGGAGCACTCAAACCCCATGCAGGTCCA  518

Query  519  GCAGCAGCTTCTGGACACAGGCCGGGGACACGCGAGGACCGTGGGACACCAGGCTAGCCCCATCAAGATAGAGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GCAGCAGCTTCTGGACACAGGCCGGGGACACGCGAGGACCGTGGGACACCAGGCTAGCCCCATCAAGATAGAGA  592

Query  593  CCCTCTTTGAGCCAGACGAGGAGCGCCCCGAGCCACCGCGCACCGTGGTCATGCAAGGCGCGGCAGGGATAGGC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCCTCTTTGAGCCAGACGAGGAGCGCCCCGAGCCACCGCGCACCGTGGTCATGCAAGGCGCGGCAGGGATAGGC  666

Query  667  AAGTCCATGCTGGCACACAAGGTGATGCTGGACTGGGCGGACGGGAAGCTCTTCCAAGGCAGATTTGATTATCT  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AAGTCCATGCTGGCACACAAGGTGATGCTGGACTGGGCGGACGGGAAGCTCTTCCAAGGCAGATTTGATTATCT  740

Query  741  CTTCTACATCAACTGCAGGGAGATGAACCAGAGTGCCACGGAATGCAGCATGCAAGACCTCATCTTCAGCTGCT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CTTCTACATCAACTGCAGGGAGATGAACCAGAGTGCCACGGAATGCAGCATGCAAGACCTCATCTTCAGCTGCT  814

Query  815  GGCCTGAGCCCAGCGCGCCTCTCCAGGAGCTCATCCGAGTTCCCGAGCGCCTCCTTTTCATCATCGACGGCTTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GGCCTGAGCCCAGCGCGCCTCTCCAGGAGCTCATCCGAGTTCCCGAGCGCCTCCTTTTCATCATCGACGGCTTC  888

Query  889  GATGAGCTCAAGCCTTCTTTCCACGATCCTCAGGGACCCTGGTGCCTCTGCTGGGAGGAGAAACGGCCCACGGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GATGAGCTCAAGCCTTCTTTCCACGATCCTCAGGGACCCTGGTGCCTCTGCTGGGAGGAGAAACGGCCCACGGA  962

Query  963  GCTGCTTCTTAACAGCTTAATTCGGAAGAAGCTGCTCCCTGAGCTATCTTTGCTCATCACCACACGGCCCACGG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GCTGCTTCTTAACAGCTTAATTCGGAAGAAGCTGCTCCCTGAGCTATCTTTGCTCATCACCACACGGCCCACGG  1036

Query 1037  CTTTGGAGAAGCTCCACCGTCTGCTGGAGCACCCCAGGCATGTGGAGATCCTGGGCTTCTCTGAGGCAGAAAGG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTTTGGAGAAGCTCCACCGTCTGCTGGAGCACCCCAGGCATGTGGAGATCCTGGGCTTCTCTGAGGCAGAAAGG  1110

Query 1111  AAGGAATACTTCTACAAGTATTTCCACAATGCAGAGCAGGCGGGCCAAGTCTTCAATTACGTGAGGGACAACGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AAGGAATACTTCTACAAGTATTTCCACAATGCAGAGCAGGCGGGCCAAGTCTTCAATTACGTGAGGGACAACGA  1184

Query 1185  GCCTCTCTTCACCATGTGCTTCGTCCCCCTGGTGTGCTGGGTGGTGTGTACCTGCCTCCAGCAGCAGCTGGAGG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCCTCTCTTCACCATGTGCTTCGTCCCCCTGGTGTGCTGGGTGGTGTGTACCTGCCTCCAGCAGCAGCTGGAGG  1258

Query 1259  GTGGGGGGCTGTTGAGACAGACGTCCAGGACCACCACTGCAGTGTACATGCTCTACCTGCTGAGTCTGATGCAA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GTGGGGGGCTGTTGAGACAGACGTCCAGGACCACCACTGCAGTGTACATGCTCTACCTGCTGAGTCTGATGCAA  1332

Query 1333  CCCAAGCCGGGGGCCCCGCGCCTCCAGCCCCCACCCAACCAGAGAGGGTTGTGCTCCTTGGCGGCAGATGGGCT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CCCAAGCCGGGGGCCCCGCGCCTCCAGCCCCCACCCAACCAGAGAGGGTTGTGCTCCTTGGCGGCAGATGGGCT  1406

Query 1407  CTGGAATCAGAAAATCCTATTTGAGGAGCAGGACCTCCGGAAGCACGGCCTAGACGGGGAAGACGTCTCTGCCT  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CTGGAATCAGAAAATCCTATTTGAGGAGCAGGACCTCCGGAAGCACGGCCTAGACGGGGAAGACGTCTCTGCCT  1480

Query 1481  TCCTCAACATGAACATCTTCCAGAAGGACATCAACTGTGAGAGGTACTACAGCTTCATCCACTTGAGTTTCCAG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TCCTCAACATGAACATCTTCCAGAAGGACATCAACTGTGAGAGGTACTACAGCTTCATCCACTTGAGTTTCCAG  1554

Query 1555  GAATTCTTTGCAGCTATGTACTATATCCTGGACGAGGGGGAGGGCGGGGCAGGCCCAGACCAGGACGTGACCAG  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GAATTCTTTGCAGCTATGTACTATATCCTGGACGAGGGGGAGGGCGGGGCAGGCCCAGACCAGGACGTGACCAG  1628

Query 1629  GCTGTTGACCGAGTACGCGTTTTCTGAAAGGAGCTTCCTGGCACTCACCAGCCGCTTCCTGTTTGGACTCCTGA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GCTGTTGACCGAGTACGCGTTTTCTGAAAGGAGCTTCCTGGCACTCACCAGCCGCTTCCTGTTTGGACTCCTGA  1702

Query 1703  ACGAGGAGACCAGGAGCCACCTGGAGAAGAGTCTCTGCTGGAAGGTCTCGCCGCACATCAAGATGGACCTGTTG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  ACGAGGAGACCAGGAGCCACCTGGAGAAGAGTCTCTGCTGGAAGGTCTCGCCGCACATCAAGATGGACCTGTTG  1776

Query 1777  CAGTGGATCCAAAGCAAAGCTCAGAGCGACGGCTCCACCCTGCAGCAGGGCTCCTTGGAGTTCTTCAGCTGCTT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CAGTGGATCCAAAGCAAAGCTCAGAGCGACGGCTCCACCCTGCAGCAGGGCTCCTTGGAGTTCTTCAGCTGCTT  1850

Query 1851  GTACGAGATCCAGGAGGAGGAGTTTATCCAGCAGGCCCTGAGCCACTTCCAGGTGATCGTGGTCAGCAACATTG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GTACGAGATCCAGGAGGAGGAGTTTATCCAGCAGGCCCTGAGCCACTTCCAGGTGATCGTGGTCAGCAACATTG  1924

Query 1925  CCTCCAAGATGGAGCACATGGTCTCCTCGTTCTGTCTGAAGCGCTGCAGGAGCGCCCAGGTGCTGCACTTGTAT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CCTCCAAGATGGAGCACATGGTCTCCTCGTTCTGTCTGAAGCGCTGCAGGAGCGCCCAGGTGCTGCACTTGTAT  1998

Query 1999  GGCGCCACCTACAGCGCGGACGGGGAAGACCGCGCGAGGTGCTCCGCAGGAGCGCACACGCTGTTGGTGCAGCT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GGCGCCACCTACAGCGCGGACGGGGAAGACCGCGCGAGGTGCTCCGCAGGAGCGCACACGCTGTTGGTGCAGCT  2072

Query 2073  ACCAGAGAGGACCGTTCTGCTGGACGCCTACAGTGAACATCTGGCAGCGGCCCTGTGCACCAATCCAAACCTGA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  ACCAGAGAGGACCGTTCTGCTGGACGCCTACAGTGAACATCTGGCAGCGGCCCTGTGCACCAATCCAAACCTGA  2146

Query 2147  TAGAGCTGTCTCTGTACCGAAATGCCCTGGGCAGCCGGGGGGTGAAGCTGCTCTGTCAAGGACTCAGACACCCC  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TAGAGCTGTCTCTGTACCGAAATGCCCTGGGCAGCCGGGGGGTGAAGCTGCTCTGTCAAGGACTCAGACACCCC  2220

Query 2221  AACTGCAAACTTCAGAACCTGAGGCTGAAGAGGTGCCGCATCTCCAGCTCAGCCTGCGAGGACCTCTCTGCAGC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AACTGCAAACTTCAGAACCTGAGGCTGAAGAGGTGCCGCATCTCCAGCTCAGCCTGCGAGGACCTCTCTGCAGC  2294

Query 2295  TCTCATAGCCAATAAGAATTTGACAAGGATGGATCTCAGTGGCAACGGCGTTGGATTCCCAGGCATGATGCTGC  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  TCTCATAGCCAATAAGAATTTGACAAGGATGGATCTCAGTGGCAACGGCGTTGGATTCCCAGGCATGATGCTGC  2368

Query 2369  TTTGCGAGGGCCTGCGGCATCCCCAGTGCAGGCTGCAGATGATTCAGTTGAGGAAGTGTCAGCTGGAGTCCGGG  2442
            |||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TTTGCGAGGGCCTGCGGCATCCCCAATGCAGGCTGCAGATGATTCAGTTGAGGAAGTGTCAGCTGGAGTCCGGG  2442

Query 2443  GCTTGTCAGGAGATGGCTTCTGTGCTCGGCACCAACCCACATCTGGTTGAGTTGGACCTGACAGGAAATGCACT  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GCTTGTCAGGAGATGGCTTCTGTGCTCGGCACCAACCCACATCTGGTTGAGTTGGACCTGACAGGAAATGCACT  2516

Query 2517  GGAGGATTTGGGCCTGAGGTTACTATGCCAGGGACTGAGGCACCCAGTCTGCAGACTACGGACTTTGTGGCTGA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GGAGGATTTGGGCCTGAGGTTACTATGCCAGGGACTGAGGCACCCAGTCTGCAGACTACGGACTTTGTGGCTGA  2590

Query 2591  AGATCTGCCGCCTCACTGCTGCTGCCTGTGACGAGCTGGCCTCAACTCTCAGTGTGAACCAGAGCCTGAGAGAG  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  AGATCTGCCGCCTCACTGCTGCTGCCTGTGACGAGCTGGCCTCAACTCTCAGTGTGAACCAGAGCCTGAGAGAG  2664

Query 2665  CTGGACCTGAGCCTGAATGAGCTGGGGGACCTCGGGGTGCTGCTGCTGTGTGAGGGCCTCAGGCATCCCACGTG  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CTGGACCTGAGCCTGAATGAGCTGGGGGACCTCGGGGTGCTGCTGCTGTGTGAGGGCCTCAGGCATCCCACGTG  2738

Query 2739  CAAGCTCCAGACCCTGCGGTTGGGCATCTGCCGGCTGGGCTCTGCCGCCTGTGAGGGTCTTTCTGTGGTGCTCC  2812
            |||||||||||||||||                                                         
Sbjct 2739  CAAGCTCCAGACCCTGC---------------------------------------------------------  2755

Query 2813  AGGCCAACCACAACCTCCGGGAGCTGGACTTGAGTTTCAACGACCTGGGAGACTGGGGCCTGTGGTTGCTGGCT  2886
                                                                                      
Sbjct 2756  --------------------------------------------------------------------------  2755

Query 2887  GAGGGGCTGCAACATCCCGCCTGCAGACTCCAGAAACTGTGGCTGGATAGCTGTGGCCTCACAGCCAAGGCTTG  2960
                                                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2756  ----------------------------------------GGCTGGATAGCTGTGGCCTCACAGCCAAGGCTTG  2789

Query 2961  TGAGAATCTTTACTTCACCCTGGGGATCAACCAGACCTTGACCGACCTTTACCTGACCAACAACGCCCTAGGGG  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2790  TGAGAATCTTTACTTCACCCTGGGGATCAACCAGACCTTGACCGACCTTTACCTGACCAACAACGCCCTAGGGG  2863

Query 3035  ACACAGGTGTCCGACTGCTTTGCAAGCGGCTGAGCCATCCTGGCTGCAAACTCCGAGTCCTCTGGTTATTTGGG  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2864  ACACAGGTGTCCGACTGCTTTGCAAGCGGCTGAGCCATCCTGGCTGCAAACTCCGAGTCCTCTGGTTATTTGGG  2937

Query 3109  ATGGACCTGAATAAAATGACCCACAGTAGGTTGGCAGCGCTTCGAGTAACAAAACCTTATTTGGACATTGGCTG  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938  ATGGACCTGAATAAAATGACCCACAGTAGGTTGGCAGCGCTTCGAGTAACAAAACCTTATTTGGACATTGGCTG  3011

Query 3183  C  3183
            |
Sbjct 3012  C  3012