Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_10033
• Subject: NM_001365552.1
• Aligned Length: 2574
• Identities: 2030
• Gaps: 528

Alignment

Query    1  ATGGATAAGTACGATGCGATTAAGGCCATCGGGCAAGGTGCCTTCGGGAAAGCATACTTAGCTAAAGGGAAATC  74
            ||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGATAAGTACGATGTGATTAAGGCCATCGGGCAAGGTGCCTTCGGGAAAGCATACTTAGCTAAAGGGAAATC  74

Query   75  AGATAGCAAGCACTGTGTCATAAAAGAGATCAATTTTGAAAAGATGCCCATACAAGAAAAAGAAGCTTCAAAGA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGATAGCAAGCACTGTGTCATAAAAGAGATCAATTTTGAAAAGATGCCCATACAAGAAAAAGAAGCTTCAAAGA  148

Query  149  AAGAAGTGATTCTTCTGGAAAAGATGAAACATCCCAACATTGTAGCCTTCTTCAATTCATTTCAAGAGAATGGC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  AAGAAGTGATTCTTCTGGAAAAGATGAAACATCCCAACATTGTAGCCTTCTTCAATTCATTTCAAGAGAATGGC  222

Query  223  AGGCTGTTTATTGTAATGGAATATTGTGATGGAGGGGATCTCATGAAAAGGATCAATAGACAACGGGGTGTGTT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGGCTGTTTATTGTAATGGAATATTGTGATGGAGGGGATCTCATGAAAAGGATCAATAGACAACGGGGTGTGTT  296

Query  297  ATTTAGTGAAGATCAGATCCTCGGTTGGTTTGTACAGATTTCTCTAGGACTAAAACATATTCATGACAGGAAGA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ATTTAGTGAAGATCAGATCCTCGGTTGGTTTGTACAGATTTCTCTAGGACTAAAACATATTCATGACAGGAAGA  370

Query  371  TATTACACAGGGACATAAAAGCTCAGAACATTTTTCTTAGCAAGAACGGAATGGTGGCAAAGCTTGGGGACTTT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TATTACACAGGGACATAAAAGCTCAGAACATTTTTCTTAGCAAGAACGGAATGGTGGCAAAGCTTGGGGACTTT  444

Query  445  GGTATAGCAAGAGTCCTGAATAATTCCATGGAACTTGCTCGAACTTGTATTGGAACACCTTACTACCTGTCCCC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GGTATAGCAAGAGTCCTGAATAATTCCATGGAACTTGCTCGAACTTGTATTGGAACACCTTACTACCTGTCCCC  518

Query  519  AGAGATCTGTCAGAATAAACCCTACAACAATAAAACGGATATTTGGTCTCTTGGCTGTGTCTTATATGAGCTCT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AGAGATCTGTCAGAATAAACCCTACAACAATAAAACGGATATTTGGTCTCTTGGCTGTGTCTTATATGAGCTCT  592

Query  593  GCACACTTAAACATCCTTTTGAGGGTAACAACTTACAGCAGCTGGTTCTGAAGATTTGTCAAGCACATTTTGCC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GCACACTTAAACATCCTTTTGAGGGTAACAACTTACAGCAGCTGGTTCTGAAGATTTGTCAAGCACATTTTGCC  666

Query  667  CCAATATCTCCGGGGTTTTCTCGTGAGCTCCATTCCTTGATATCTCAGCTCTTTCAAGTATCTCCTCGAGACCG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CCAATATCTCCGGGGTTTTCTCGTGAGCTCCATTCCTTGATATCTCAGCTCTTTCAAGTATCTCCTCGAGACCG  740

Query  741  ACCATCCATAAATTCCATTTTGAAAAGGCCCTTTTTAGAGAATCTTATTCCCAAATATTTGACTCCTGAGGTCA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ACCATCCATAAATTCCATTTTGAAAAGGCCCTTTTTAGAGAATCTTATTCCCAAATATTTGACTCCTGAGGTCA  814

Query  815  TTCAGGAAGAATTCAGTCACATGCTTATATGCAGAGCAGGAGCGCCAGCTTCTCGACATGCTGGGAAGGTGGTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTCAGGAAGAATTCAGTCACATGCTTATATGCAGAGCAGGAGCGCCAGCTTCTCGACATGCTGGGAAGGTGGTC  888

Query  889  CAGAAGTGTAAAATACAAAAAGTGAGATTCCAGGGAAAGTGCCCACCAAGATCAAGGATATCTGTGCCAATTAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CAGAAGTGTAAAATACAAAAAGTGAGATTCCAGGGAAAGTGCCCACCAAGATCAAGGATATCTGTGCCAATTAA  962

Query  963  AAGGAATGCTATATTGCATAGAAATGAATGGAGACCACCAGCTGGAGCCCAGAAGGCCAGATCTATAAAAATGA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AAGGAATGCTATATTGCATAGAAATGAATGGAGACCACCAGCTGGAGCCCAGAAGGCCAGATCTATAAAAATGA  1036

Query 1037  TAGAAAGACCCAAAATTGCTGCTGTCTGTGGACATTATGATTATTATTATGCTCAACTTGATATGCTGAGGAGG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TAGAAAGACCCAAAATTGCTGCTGTCTGTGGACATTATGATTATTATTATGCTCAACTTGATATGCTGAGGAGG  1110

Query 1111  AGAGCCCACAAACCAAGTTATCACCCTATTCCTCAAGAAAATACTGGAGTTGAGGATTACGGTCAGGAAACGAG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGAGCCCACAAACCAAGTTATCACCCTATTCCTCAAGAAAATACTGGAGTTGAGGATTACGGTCAGGAAACGAG  1184

Query 1185  GCATGGTCCATCCCCAAGTCAATGGCCTGCTGAGTACCTTCAGAGAAAATTTGAAGCTCAACAATATAAGTTGA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GCATGGTCCATCCCCAAGTCAATGGCCTGCTGAGTACCTTCAGAGAAAATTTGAAGCTCAACAATATAAGTTGA  1258

Query 1259  AAGTGGAGAAGCAATTGGGTCTTCGTCCATCTTCTGCCGAGCCAAATTACAACCAGAGACAAGAGCTAAGAAGT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AAGTGGAGAAGCAATTGGGTCTTCGTCCATCTTCTGCCGAGCCAAATTACAACCAGAGACAAGAGCTAAGAAGT  1332

Query 1333  AATGGAGAAGAGCCTAGATTCCAGGAGCTGCCATTTAGGAAAAACGAAATGAAGGAACAGGAATATTGGAAGCA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AATGGAGAAGAGCCTAGATTCCAGGAGCTGCCATTTAGGAAAAACGAAATGAAGGAACAGGAATATTGGAAGCA  1406

Query 1407  GTTAGAGGAAATACGCCAACAGTACCACAATGACATGAAAGAAATTAGAAAGAAGATGGGGAGAGAACCAGAGG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GTTAGAGGAAATACGCCAACAGTACCACAATGACATGAAAGAAATTAGAAAGAAGATGGGGAGAGAACCAGAGG  1480

Query 1481  AGAACTCAAAAATAAGTCATAAAACCTATTTGGTGAAGAAGAGTAACCTGCCTGTCCATCAAGATGCATCTGAG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGAACTCAAAAATAAGTCATAAAACCTATTTGGTGAAGAAGAGTAACCTGCCTGTCCATCAAGATGCATCTGAG  1554

Query 1555  GGAGAAGCACCTGTGCAGATGGAATTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACGATCTTGGCTCAC  1628
            |||||||||||||||                                                           
Sbjct 1555  GGAGAAGCACCTGTG-----------------------------------------------------------  1569

Query 1629  CGCAACCTCCGCCTCCCAGGACATTGAAAAAGACTTGAAACAAATGAGGCTTCAGAACACAAAGGAAAGTAAAA  1702
                            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1570  ----------------CAGGACATTGAAAAAGACTTGAAACAAATGAGGCTTCAGAACACAAAGGAAAGTAAAA  1627

Query 1703  ATCCAGAACAGAAATATAAAGCTAAGAAGGGGGTAAAATTTGAAATTAATTTAGACAAATGTATTTCTGATGAA  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628  ATCCAGAACAGAAATATAAAGCTAAGAAGGGGGTAAAATTTGAAATTAATTTAGACAAATGTATTTCTGATGAA  1701

Query 1777  AACATCCTCCAAGAGGAAGAGGCAATGGATATACCAAATGAAACTTTGACCTTTGAGGATGGCATGAAGTTTAA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702  AACATCCTCCAAGAGGAAGAGGCAATGGATATACCAAATGAAACTTTGACCTTTGAGGATGGCATGAAGTTTAA  1775

Query 1851  GGAATATGAATGTGTAAAGGAGCATGGAGATTATACAGACAAAGCATTTGAAAAACTTCACTGCCCAGAAGCAG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776  GGAATATGAATGTGTAAAGGAGCATGGAGATTATACAGACAAAGCATTTGAAAAACTTCACTGCCCAGAAGCAG  1849

Query 1925  GGTTTTCCACGCAGACTGTAGCTGCTGTGGGAAACAGGAGGCAGTGGGATGGAGGAGCGCCTCAGACTCTGCTG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850  GGTTTTCCACGCAGACTGTAGCTGCTGTGGGAAACAGGAGGCAGTGGGATGGAGGAGCGCCTCAGACTCTGCTG  1923

Query 1999  CAGATGATGGCAGTGGCCGACATCACCTCCACCTGCCCCACGGGGCCTGACAGTG----AGT--CTGTGCTTAG  2066
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||    |||  .||||.||..
Sbjct 1924  CAGATGATGGCAGTGGCCGACATCACCTCCACCTGCCCCACGGGGCCTGACAATGGCCAAGTTATTGTGATTGA  1997

Query 2067  CGTCAGTCGTCAGGA---AGG---------------GAAGACCAAGGACCCGTA-------------CAGC---  2106
            .|.||.||  |||||   |||               ||||..|.||||.|..||             ||||   
Sbjct 1998  AGGCATTC--CAGGAAACAGGAAACAGTGGCGGCATGAAGCTCCAGGAACTTTAATGAGTGTTTTGGCAGCAGC  2069

Query 2107  --------CCAGT-GCTCAT------CCTGATG-----------------------------------------  2124
                    |.||| ||||||      || ||||                                         
Sbjct 2070  ACATCTAACGAGTAGCTCATTTTCTGCC-GATGAAGAATTTGCAATGGGAACATTAAAACAATGGCTACCCAAA  2142

Query 2125  --------------------------------------------------------------------------  2124
                                                                                      
Sbjct 2143  GAAGAAGATGAAGGGAAGGTAGAAATGGTCTCTGGCATTGAAGTAGATGAGGAACAACTAGAACCAAGATCTGA  2216

Query 2125  --------------------------------------------------------------------------  2124
                                                                                      
Sbjct 2217  TGATGATGATACAAATTTTGAAGAATCTGAAGATGAGTTGAGAGATGAAGTAGTAGAATACTTAGAAAAACTCG  2290

Query 2125  --------------------------------------------------------------------------  2124
                                                                                      
Sbjct 2291  CTACTTTCAAAGGGGAAGAAAAAACAGAAGAGGCCTCCAGTACCTCTAAGGACTCTAGAAAGTCAAGAGAAAGA  2364

Query 2125  --------------------------------------------------------------------------  2124
                                                                                      
Sbjct 2365  GAGGGGATAAGTATGCAGAAATCTGAAGAATTAAGGGAGGGCTTGGAGAATATTTCTACTACATCTAATGACCA  2438

Query 2125  ----------------------------------------------------------  2124
                                                                      
Sbjct 2439  CATTTGTATTACTGATGAAGACCAAGGAACATCAACAACCAGTCAAAATATACAAGTG  2496