Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11237
• Subject: NM_001278508.3
• Aligned Length: 2081
• Identities: 1989
• Gaps: 88

Alignment

Query    1  --------ATGCGCAGGGTCTACGCGGGAAGCTGGAAGCGGTGTGCAGCTCAGGACCTCAGCACCCTGCTGTGC  66
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCGCGCATGCGCAGGGTCTACGCGGGAAGCTGGAAGCGGT-----GCTCAGGACCTCAGCACCCTGCTGTGC  69

Query   67  CTGGAGGAGAGCATGGAAGAGCAGGATGAGAAGCCCCCAGAGCCCCCGAAGGCCTGTGCACAGGATTCTTTCCT  140
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||              
Sbjct   70  CTGGAGGAGAGCATGGAAGAGCAGGATGAGAAGCCCCCAGAGCCCCCGAAGGTCTGTGCA--------------  129

Query  141  TCCTCAAGAGATTATCATCAAAGTCGAGGGAGAAGACACTGGGTCTCTGACCATCCCATCTCAGGAAGGAGTGA  214
                                                                         |||||||||||||
Sbjct  130  -------------------------------------------------------------CAGGAAGGAGTGA  142

Query  215  ACTTCAAAATTGTGACTGTGGACTTCACACGGGAGGAACAGGGTACTTGGAACCCTGCTCAGAGGACCCTGGAC  288
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  143  ACTTCAAAATTGTGACTGTGGACTTCACACGGGAGGAACAGGGTACTTGCAACCCTGCTCAGAGGACCCTGGAC  216

Query  289  AGAGATGTGATCCTGGAGAACCACAGGGACCTAGTCTCTTGGGACTTGGCAACTGCAGTTGGAAAAAAAGATTC  362
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  217  AGAGATGTGATCCTGGAGAACCACAGGGACCTAGTCTCTTGGGACTTGGCAACTGCAGTTGGAAAAAAAGATTC  290

Query  363  AACTTCAAAGCAGAGGATTTTTGATGAAGAACCAGCTAATGGAGTGAAGATAGAAAGGTTTACAAGGGATGATC  436
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  291  AACTTCAAAGCAGAGGATTTTTGATGAAGAACCAGCTAATGGAGTGAAGATAGAAAGGTTTACAAGGGATGATC  364

Query  437  CTTGGTTATCTTCATGTGAAGAAGTGGATGATTGTAAAGACCAGTTGGAGAAGCAACAGGAAAAACAAGAGATA  510
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  365  CTTGGTTATCTTCATGTGAAGAAGTGGATGATTGTAAAGACCAGTTGGAGAAGCAACAGGAAAAACAAGAGATA  438

Query  511  CTTTTGCAGGAAGTGGCATTCACTCAAAGGAAAGCAGTTATTCATGAGAGAGTCTGCAAAAGTGATGAAACTGG  584
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  439  CTTTTGCAGGAAGTGGCATTCACTCAAAGGAAAGCAGTTATTCATGAGAGAGTCTGCAAAAGTGATGAAACTGG  512

Query  585  GGAGAAGAGTGGTCTGAATTCCAGTCTATTTTCATCCCCAGTTATACCCATAAGAAACCATTTTCATAAACATG  658
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  513  GGAGAAGAGTGGTCTGAATTCCAGTCTATTTTCATCCCCAGTTATACCCATAAGAAACCATTTTCATAAACATG  586

Query  659  TATCACATGCTAAAAAATGGCATCTTAATGCTGCTGTAAACAGTCATCAGAAGATTAATGAGAATGAGACACTA  732
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  587  TATCACATGCTAAAAAATGGCATCTTAATGCTGCTGTAAACAGTCATCAGAAGATTAATGAGAATGAGACACTA  660

Query  733  TATGAAAATAATGAATGTGGAAAACCCCCTCAGAGCATTCACCTTATTCAGTTTACAAGAACTCAAACAAAAGA  806
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  661  TATGAAAATAATGAATGTGGAAAACCCCCTCAGAGCATTCACCTTATTCAGTTTACAAGAACTCAAACAAAAGA  734

Query  807  TAAATGCTATGGATTTAGTGACCGTATTCAATCTTTTTGCCATGGTACACCCCTACATATACATGAAAAAATTC  880
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  735  TAAATCCTATGGATTTAGTGACCGTATTCAATCTTTTTGCCATGGTACACCCCTACATATACATGAAAAAATTC  808

Query  881  ATGGAGGAGGAAAAACCTTTGATTTTAAAGAATGTGGGCAGGTTTTGAACCCCAAAATATCCCATAATGAACAA  954
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  809  ATGGAGGAGGAAAAACCTTTGATTTTAAAGAATGTGGGCAGGTTTTGAACCCCAAAATATCCCATAATGAACAA  882

Query  955  CAGAGAATTCCTTTTGAAGAGAGTCAATATAAATGTAGTGAAACCTCTCATAGTTCCTCCCTTACTCAAAACAT  1028
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  883  CAGAGAATTCCTTTTGAAGAGAGTCAATATAAATGTAGTGAAACCTCTCATAGTTCCTCCCTTACTCAAAACAT  956

Query 1029  GAGAAATAATTCTGAAGAGAAACCTTTTGAATGTAATCAGTGTGGGAAATCCTTCAGCTGGAGCTCGCATCTTG  1102
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  957  GAGAAATAATTCTGAAGAGAAACCTTTTGAATGTAATCAGTGTGGGAAATCCTTCAGCTGGAGCTCGCATCTTG  1030

Query 1103  TTGCACATCAGAGAACTCACACAGGGGAGAAACCTTATGAATGTAGTGAATGTGGAAAATCCTTCAGCCGGAGC  1176
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1031  TTGCACATCAGAGAACTCACACAGGGGAGAAACCTTATGAATGTAGTGAATGTGGAAAATCCTTCAGCCGGAGC  1104

Query 1177  TCGCACCTTGTTTCCCATCAGAGAACTCATACTGGAGAGAAACCTTACAGGTGTAATCAATGTGGGAAATCCTT  1250
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1105  TCGCACCTTGTTTCCCATCAGAGAACTCATACTGGAGAGAAACCTTACAGGTGTAATCAATGTGGGAAATCCTT  1178

Query 1251  TAGCCAGAGTTATGTCCTTGTTGTGCATCAAAGAACTCATACTGGGGAGAAGCCTTATGAATGCAATCAATGTG  1324
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1179  TAGCCAGAGTTATGTCCTTGTTGTGCATCAAAGAACTCATACTGGGGAGAAGCCTTATGAATGCAATCAGTGTG  1252

Query 1325  GAAAGTCATTCAGGCAGAGCTATAAACTTATTGCACATCAAAGAACACATACCGGAGAGAAGCCCTATGAATGT  1398
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253  GAAAGTCATTCAGGCAGAGCTATAAACTTATTGCACATCAAAGAACACATACCGGAGAGAAGCCCTATGAATGT  1326

Query 1399  AATCAATGTGGGAAATCATTTATCCAGAGCTATAAACTTATTGCACATCAAAGAATTCATACTGGGGAAAAACC  1472
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1327  AATCAATGTGGGAAATCATTTATCCAGAGCTATAAACTTATTGCACATCAAAGAATTCATACTGGGGAAAAACC  1400

Query 1473  CTATGAATGCAATCAGTGTGGGAAATCCTTTAGTCAAAGTTATAAACTTGTTGCTCATCAGAGAACTCACACAG  1546
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401  CTATGAATGCAATCAGTGTGGGAAATCCTTTAGTCAAAGTTATAAACTTGTTGCTCATCAGAGAACTCACACAG  1474

Query 1547  GAGAAAAACCCTTTGAATGTAATCAGTGTGGGAAATCCTTCAGCTGGAGCTCTCAGCTTGTTGCACATCAAAGA  1620
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1475  GAGAAAAACCCTTTGAATGTAATCAGTGTGGGAAATCCTTCAGCTGGAGCTCTCAGCTTGTTGCACATCAAAGA  1548

Query 1621  ACTCACACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAGTGAATGTGGAAAATCTTTTAACCGCAGTTCTCACCTTGTTAT  1694
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549  ACTCACACTGGAGAGAAACCGTATGAATGTAGTGAATGTGGAAAATCTTTTAACCGCAGTTCTCACCTTGTTAT  1622

Query 1695  GCATCAGAGAATTCACACTGGGGAAAAACCGTATGAATGTAATCAGTGTGGGAAATCCTTCAGCCAGAGTTATG  1768
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623  GCATCAGAGAATTCACACTGGGGAAAAACCGTATGAATGTAATCAGTGTGGGAAATCCTTCAGCCAGAGTTATG  1696

Query 1769  TTCTTGTTGTACATCAGAGAACTCATACTGGAGAAAAGCCCTATGAATGCAGTCAATGTGGGAAGTCCTTCAGA  1842
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1697  TTCTTGTTGTACATCAGAGAACTCATACTGGAGAAAAGCCCTATGAATGCAGTCAATGTGGGAAGTCCTTCAGA  1770

Query 1843  CAGAGTTCATGCCTTACTCAACATCAGAGAACTCATACTGGAGAGAAACCATTTGAATGTAATCAGTGTGGAAA  1916
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771  CAGAGTTCATGCCTTACTCAACATCAGAGAACTCATACTGGAGAGAAACCATTTGAATGTAATCAGTGTGGAAA  1844

Query 1917  AACATTTAGCTTGAGTGCTCGACTTATTGTGCATCAAAGAACTCATACTGGAGAGAAACCCTTTACATGTATTC  1990
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845  AACATTTAGCTTGAGTGCTCGACTTATTGTGCATCAAAGAACTCATACTGGAGAGAAACCCTTTACATGTATTC  1918

Query 1991  AGTGTGGAAAAGCTTTCATTAATAGCTATAAACTTATTAGGCATCAGGCAACTCATACTGAAGAGAAACTCTAT  2064
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919  AGTGTGGAAAAGCTTTCATTAATAGCTATAAACTTATTAGGCATCAGGCAACTCATACTGAAGAGAAACTCTAT  1992

Query 2065  GAATGTAAC  2073
            |||||||||
Sbjct 1993  GAATGTAAC  2001