Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11342
• Subject: NM_001039709.1
• Aligned Length: 1842
• Identities: 1724
• Gaps: 117

Alignment

Query    1  ATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTCGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCATTGGCCTCCCA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  ACGTGCTGGGATTACAGTTGGTCCTGAGAAAAGGGTGCCAGCGATGCCTGGATCGCCTGTGGAAGTGAAGATAC  148
                                                       |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -------------------------------------------ATGCCTGGATCGCCTGTGGAAGTGAAGATAC  31

Query  149  AGTCCAGATCCTCACCTCCCACCATGCCACCCCTCCCACCAATAAATCCTGGAGGACCGAGGCCAGTGTCCTTC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   32  AGTCCAGATCCTCACCTCCCACCATGCCACCCCTCCCACCAATAAATCCTGGAGGACCGAGGCCAGTGTCCTTC  105

Query  223  ACTCCTACTGCATTAAGCAATGGCATCAACCATTCTCCTCCTACCCTGAATGGTGCCCCATCACCGCCACAGAG  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  106  ACTCCTACTGCATTAAGCAATGGCATCAACCATTCTCCTCCTACCCTGAATGGTGCCCCATCACCGCCACAGAG  179

Query  297  ATTCAGCAATGGTCCTGCCTCCTCCACATCATCTGCACTCACAAATCAGCAATTGCCAGCCACTTGTGGTGCTC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  180  ATTCAGCAATGGTCCTGCCTCCTCCACATCATCTGCACTCACAAATCAGCAATTGCCAGCCACTTGTGGTGCTC  253

Query  371  GACAACTCAGCAAGTTGAAACGCTTTCTTACCACTCTGCAACAGTTTGGCAATGACATCTCCCCTGAGATTGGG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  254  GACAACTCAGCAAGTTGAAACGCTTTCTTACCACTCTGCAACAGTTTGGCAATGACATCTCCCCTGAGATTGGG  327

Query  445  GAGAAGGTGCGGACTCTTGTTCTTGCACTGGTGAACTCAACAGTGACAATTGAGGAATTCCACTGTAAGCTCCA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  328  GAGAAGGTGCGGACTCTTGTTCTTGCACTGGTGAACTCAACAGTGACAATTGAGGAATTCCACTGTAAGCTCCA  401

Query  519  AGAAGCCACAAACTTTCCCCTTCGTCCTTTTGTGATTCCATTTCTCAAGGCCAACCTGCCCCTGCTGCAGCGGG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  402  AGAAGCCACAAACTTTCCCCTTCGTCCTTTTGTGATTCCATTTCTCAAGGCCAACCTGCCCCTGCTGCAGCGGG  475

Query  593  AACTGCTGCACTGCGCTCGGGCGGCCAAGCAGACCCCATCCCAGTACCTGGCTCAGCACGAACACCTTCTGCTC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  476  AACTGCTGCACTGCGCTCGGGCGGCCAAGCAGACCCCATCCCAGTACCTGGCTCAGCACGAACACCTTCTGCTC  549

Query  667  AACACAAGCATTGCATCGCCTGCTGACTCGTCAGAGTTGCTCATGGAGGTGCACGGAAATGGGAAGAGGCCCAG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  550  AACACAAGCATTGCATCGCCTGCTGACTCGTCAGAGTTGCTCATGGAGGTGCACGGAAATGGGAAGAGGCCCAG  623

Query  741  TCCAGAGAGGAGAGAAGAGAATAGTTTTGATAGAGACACAATTGCTCCTGAGCCTCCTGCCAAGAGAGTATGTA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  624  TCCAGAGAGGAGAGAAGAGAATAGTTTTGATAGAGACACAATTGCTCCTGAGCCTCCTGCCAAGAGAGTATGTA  697

Query  815  CCATCAGCCCTGCTCCTCGGCACAGTCCTGCTCTCACTGTGCCCCTCATGAATCCTGGGGGCCAATTCCATCCT  888
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  698  CCATCAGCCCTGCTCCTCGGCACAGTCCTGCTCTCACTGTGCCCCTCATGAATCCCGGGGGCCAATTCCATCCT  771

Query  889  ACCCCTCCACCTCTTCAGCATTACACCTTAGAGGATATTGCAACTTCTCACCTGTATCGGGAACCCAACAAGAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  772  ACCCCTCCACCTCTTCAGCATTACACCTTAGAGGATATTGCAACTTCTCACCTGTATCGGGAACCCAACAAGAT  845

Query  963  GCTAGAGCATCGAGAAGTTCGTGATAGACACCACAGTCTTGGTCTAAATGGAGGCTATCAAGATGAGTTGGTAG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  846  GCTAGAGCATCGAGAAGTTCGTGATAGACACCACAGTCTTGGTCTAAATGGAGGCTATCAAGATGAGTTGGTAG  919

Query 1037  ATCATCGTTTGACAGAAAGGGAATGGGCTGATGAATGGAAACATCTTGACCATGCGCTGAATTGCATTATGGAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  920  ATCATCGTTTGACAGAAAGGGAATGGGCTGATGAATGGAAACATCTTGACCATGCGCTGAATTGCATTATGGAA  993

Query 1111  ATGGTAGAGAAAACAAGGCGCTCTATGGCAGTTCTGCGGCGCTGTCAGGAATCAGATCGTGAAGAACTCAACTA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  994  ATGGTAGAGAAAACAAGGCGCTCTATGGCAGTTCTGCGGCGCTGTCAGGAATCAGATCGTGAAGAACTCAACTA  1067

Query 1185  CTGGAAAAGACGGTACAATGAAAACACAGAGCTGAGGAAAACGGGGACCGAGTTGGTCTCCAGGCAGCACAGCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068  CTGGAAAAGACGGTACAATGAAAACACAGAGCTGAGGAAAACGGGGACCGAGTTGGTCTCCAGGCAGCACAGCC  1141

Query 1259  CTGGGAGTGCAGATTCTCTCAGCAATGATTCTCAGAGAGAGTTCAACAGCAGGCCAGGTACAGGATACGTACCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142  CTGGGAGTGCAGATTCTCTCAGCAATGATTCTCAGAGAGAGTTCAACAGCAGGCCAGGTACAGGATACGTACCT  1215

Query 1333  GTGGAGTTTTGGAAAAAAACAGAAGAAGCTGTGAATAAGGTGAAAATTCAGGCCATGTCAGAAGTACAGAAGGC  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1216  GTGGAGTTTTGGAAAAAAACAGAAGAAGCTGTGAATAAGGTGAAAATTCAGGCCATGTCAGAAGTACAGAAGGC  1289

Query 1407  CGTCGCTGAGGCAGAGCAGAAAGCCTTTGAAGTGATTGCAACAGAGAGAGCACGAATGGAGCAAACCATAGCGG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1290  CGTCGCTGAGGCAGAGCAGAAAGCCTTTGAAGTGATTGCAACAGAGAGAGCACGAATGGAGCAAACCATAGCGG  1363

Query 1481  ATGTCAAGCGGCAGGCCGCAGAGGATGCTTTCCTCGTCATCAATGAGCAAGAGGAGTCCACGGAGAACTGCTGG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364  ATGTCAAGCGGCAGGCCGCAGAGGATGCTTTCCTCGTCATCAATGAGCAAGAGGAGTCCACGGAGAACTGCTGG  1437

Query 1555  AACTGTGGCCGCAAAGCCAGCGAGACATGCAGTGGCTGCAATATCGCGCGATACTGTGGCTCTTTCTGCCAGCA  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438  AACTGTGGCCGCAAAGCCAGCGAGACATGCAGTGGCTGCAATATCGCGCGATACTGTGGCTCTTTCTGCCAGCA  1511

Query 1629  CAAGGACTGGGAGCGGCACCACCGCCTCTGTGGTCAGAACCTGCATGGCCAGAGCCCCCACGGCCAGGGCCGGC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1512  CAAGGACTGGGAGCGGCACCACCGCCTCTGTGGTCAGAACCTGCATGGCCAGAGCCCCCACGGCCAGGGCCGGC  1585

Query 1703  CGCTGCTTCCTGTAGGCAGGGGCTCCTCTGCCAGGTCCGCCGACTGCAGCGTGCCCAGCCCAGCCCTCGACAAG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586  CGCTGCTTCCTGTAGGCAGGGGCTCCTCTGCCAGGTCCGCCGACTGCAGCGTGCCCAGCCCAGCCCTCGACAAG  1659

Query 1777  ACCTCGGCAACCACATCGCGTTCCTCAACACCTGCTTCTGTGACAGCTATCGACACCAACGGACTC  1842
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1660  ACCTCGGCAACCACATCGCGTTCCTCAACACCTGCTTCTGTGACAGCTATCGACACCAACGGACTC  1725