Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11459
• Subject: XR_002958236.1
• Aligned Length: 3897
• Identities: 2915
• Gaps: 959

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  GTTGGTTCATTTGCATGTCCCCGCCTCGCGCGGCGGCGGCGGCGGGGCAAAATAACATGGCAGCCAGACGAATT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  ACACAGGAGACTTTTGATGCTGTATTACAAGAAAAAGCCAAACGATATCACATGGATGCCAGTGGTGAGGCTGT  148

Query    1  ----------------------------------------------------------------ATGTATGATG  10
                                                                            ||||||||||
Sbjct  149  AAGCGAAACTCTTCAGTTTAAAGCTCAAGATCTCTTAAGGGCAGTCCCAAGATCCAGAGCAGAGATGTATGATG  222

Query   11  ACGTCCACAGCGATGGCAGATACTCCCTCAGTGGATCTGTAGCTCACTCTAGAGATGCCGGAAGAGAAGGCCTG  84
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ACGTCCACAGCGATGGCAGATACTCCCTCAGTGGATCTGTAGCTCACTCTAGAGATGCCGGAAGAGAAGGCCTG  296

Query   85  AGAAGTGACGTATTTCCAGGGCCTTCCTTCAGATCAAGCAACCCTTCCATCAGTGATGACAGCTACTTTCGCAA  158
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGAAGTGACGTATTTCCAGGGCCTTCCTTCAGATCAAGCAACCCTTCCATCAGTGATGACAGCTACTTTCGCAA  370

Query  159  AGAATGTGGCCGGGATCTGGAATTTTCTCACTCTGATTCTCGGGACCAGGTCATTGGCCACCGGAAATTGGGGC  232
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGAATGTGGCCGGGATCTGGAATTTTCTCACTCTGATTCTCGGGACCAGGTCATTGGCCACCGGAAATTGGGGC  444

Query  233  ATTTCCGTTCTCAGGACTGGAAATTTGCGCTCCGTGGTTCTTGGGAACAAGACTTTGGCCATCCAGTTTCTCAA  306
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ATTTCCGTTCTCAGGACTGGAAATTTGCGCTCCGTGGTTCTTGGGAACAAGACTTTGGCCATCCAGTTTCTCAA  518

Query  307  GAGTCCTCTTGGTCACAGGAGTATAGTTTTGGTCCCTCTGCAGTTTTGGGGGACTTTGGATCTTCCAGGCTGAT  380
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAGTCCTCTTGGTCACAGGAGTATAGTTTTGGTCCCTCTGCAGTTTTGGGGGACTTTGGATCTTCCAGGCTGAT  592

Query  381  TGAGAAAGAGTGTTTGGAGAAGGAGAGTCGGGATTATGACGTGGACCATCCTGGGGAGGCTGACTCTGTGCTTA  454
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGAGAAAGAGTGTTTGGAGAAGGAGAGTCGGGATTATGACGTGGACCATCCTGGGGAGGCTGACTCTGTGCTTA  666

Query  455  GGGGCAGCAGTCAAGTCCAGGCCAGAGGTCGAGCTCTAAACATCGTTGACCAGGAAGGTTCCCTCCTAGGAAAG  528
            |||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GGGGCGGCAGTCAAGTCCAGGCCAGAGGTCGAGCTCTAAACATCGTTGACCAGGAAGGTTCCCTCCTAGGAAAG  740

Query  529  GGGGAGACTCAGGGCCTGCTCACAGCTAAGGGGGGTGTTGGGAAACTTGTCACATTGAGAAATGTGAGCACAAA  602
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GGGGAGACTCAGGGCCTGCTCACAGCTAAGGGGGGTGTTGGGAAACTTGTCACATTGAGAAATGTGAGCACAAA  814

Query  603  AAAAATACCCACCGTGAATCGTATTACTCCCAAAACTCAGGGCACTAACCAAATCCAGAAAAACACTCCAAGTC  676
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAAAATACCCACCGTGAATCGTATTACTCCCAAAACTCAGGGCACTAACCAAATCCAGAAAAACACTCCAAGTC  888

Query  677  CTGATGTGACCCTGGGGACAAACCCAGGGACAGAAGATATCCAGTTCCCCATTCAGAAGATCCCTCTGGGGCTG  750
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTGATGTGACCCTGGGGACAAACCCAGGGACAGAAGATATCCAGTTCCCCATTCAGAAGATCCCTCTGGGGCTG  962

Query  751  GATCTGAAGAATCTTCGGCTCCCCAGAAGAAAGATGAGCTTTGACATCATAGATAAGTCTGATGTTTTTTCAAG  824
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GATCTGAAGAATCTTCGGCTCCCCAGAAGAAAGATGAGCTTTGACATCATAGATAAGTCTGATGTTTTTTCAAG  1036

Query  825  ATTTGGGATAGAAATAATCAAATGGGCAGGATTCCACACCATAAAAGATGATATTAAATTTTCCCAACTTTTCC  898
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATTTGGGATAGAAATAATCAAATGGGCAGGATTCCACACCATAAAAGATGATATTAAATTTTCCCAACTTTTCC  1110

Query  899  AGACTCTCTTTGAACTTGAAACAGAAACCTGTGCTAAAATGCTTGCCTCATTCAAATGTTCCTTAAAACCAGAG  972
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  AGACTCTCTTTGAACTTGAAACAGAAACCTGTGCTAAAATGCTTGCCTCATTCAAATGTTCCTTAAAACCAGAG  1184

Query  973  CACAGAGATTTTTGCTTTTTTACTATCAAATTTTTAAAGCACTCTGCTTTGAAAACACCCAGAGTTGATAATGA  1046
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CACAGAGATTTTTGCTTTTTTACTATCAAATTTTTAAAGCACTCTGCTTTGAAAACACCCAGAGTTGATAATGA  1258

Query 1047  GTTTTTAAACATGCTTTTAGACAAAGGTGCTGTGAAGACCAAAAATTGCTTTTTTGAAATCATAAAGCCTTTTG  1120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GTTTTTAAACATGCTTTTAGACAAAGGTGCTGTGAAGACCAAAAATTGCTTTTTTGAAATCATAAAGCCTTTTG  1332

Query 1121  ACAAGTACATAATGAGACTTCAAGACCGGCTTCTGAAGAGTGTCACACCTTTGCTTATGGCCTGCAATGCCTAC  1194
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ACAAGTACATAATGAGACTTCAAGACCGGCTTCTGAAGAGTGTCACACCTTTGCTTATGGCCTGCAATGCCTAC  1406

Query 1195  GAGCTAAGTGTCAAGATGAAGACCCTCAGTAACCCCCTGGACTTGGCTCTTGCCCTAGAAACCACCAACTCTCT  1268
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GAGCTAAGTGTCAAGATGAAGACCCTCAGTAACCCCCTGGACTTGGCTCTTGCCCTAGAAACCACCAACTCTCT  1480

Query 1269  CTGCCGGAAGTCTTTGGCCCTTTTGGGACAGACATTTTCCTTGGCCTCTTCTTTCCGGCAGGAGAAAATCTTAG  1342
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CTGCCGGAAGTCTTTGGCCCTTTTGGGACAGACATTTTCCTTGGCCTCTTCTTTCCGGCAGGAGAAAATCTTAG  1554

Query 1343  AAGCTGTCGGCCTGCAAGATATAGCTCCCTCACCTGCTGCGTTTCCAAACTTCGAAGACTCCACTTTGTTTGGG  1416
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AAGCTGTCGGCCTGCAAGATATAGCTCCCTCACCTGCTGCGTTTCCAAACTTCGAAGACTCCACTTTGTTTGGG  1628

Query 1417  CGAGAGTACATAGACCACCTGAAGGCCTGGCTAGTCAGCAGCGGATGTCCCCTCCAGGTTAAGAAAGCCGAACC  1490
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CGAGAGTACATAGACCACCTGAAGGCCTGGCTAGTCAGCAGCGGATGTCCCCTCCAGGTTAAGAAAGCCGAACC  1702

Query 1491  AGAGCCGATGCGAGAGGAGGAGAAAATGATTCCTCCTACGAAACCTGAAATTCAGGCCAAGGCTCCAAGTAGTC  1564
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGAGCCGATGCGAGAGGAGGAGAAAATGATTCCTCCTACGAAACCTGAAATTCAGGCCAAGGCTCCAAGTAGTC  1776

Query 1565  TGAGTGATGCTGTCCCCCAGCGAGCAGATCACAGGGTAGTGGGCACCATCGACCAGCTTGTGAAACGTGTCATC  1638
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  TGAGTGATGCTGTCCCCCAGCGAGCAGATCACAGGGTAGTGGGCACCATCGACCAGCTTGTGAAACGTGTCATC  1850

Query 1639  GAAGGCAGCCTGTCTCCCAAAGAGAGAACTCTTCTCAAAGAGGACCCTGCTTACTGGTTTTTGTCTGATGAAAA  1712
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GAAGGCAGCCTGTCTCCCAAAGAGAGAACTCTTCTCAAAGAGGACCCTGCTTACTGGTTTTTGTCTGATGAAAA  1924

Query 1713  TAGTCTGGAGTATAAATATTACAAGCTGAAGTTGGCAGAAATGCAGCGGATGAGCGAGAACTTGCGAGGAGCCG  1786
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TAGTCTGGAGTATAAATATTACAAGCTGAAGTTGGCAGAAATGCAGCGGATGAGCGAGAACTTGCGAGGAGCCG  1998

Query 1787  ACCAGAAGCCGACCTCAGCAGACTGTGCAGTGAGGGCCATGCTGTACTCCCGGGCTGTCCGCAACCTCAAGAAG  1860
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ACCAGAAGCCGACCTCAGCAGACTGTGCAGTGAGGGCCATGCTGTACTCCCGGGCTGTCCGCAACCTCAAGAAG  2072

Query 1861  AAACTCCTTCCGTGGCAGCGGCGGGGGCTCCTCCGTGCTCAAGGGCTCCGGGGCTGGAAGGCGAGGAGAGCGAC  1934
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AAACTCCTTCCGTGGCAGCGGCGGGGGCTCCTCCGTGCTCAAGGGCTCCGGGGCTGGAAGGCGAGGAGAGCGAC  2146

Query 1935  CACCGGGACCCAGACCCTCCTATCCTCAGGCACCAGGCTGAAACACCACGGCCGGCAGGCTCCAGGCCTCTCAC  2008
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CACCGGGACCCAGACCCTCCTATCCTCAGGCACCAGGCTGAAACACCACGGCCGGCAGGCTCCAGGCCTCTCAC  2220

Query 2009  AGGCAAAACCATCCCTGCCAGACAGAAATGATGCTGCCAAGGACTGCCCGCCAGACCCAGTTGGACCTTCTCCT  2082
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AGGCAAAACCATCCCTGCCAGACAGAAATGATGCTGCCAAGGACTGCCCGCCAGACCCAGTTGGACCTTCTCCT  2294

Query 2083  CAGGACCCCAGCTTAGAAGCCTCAGGCCCATCCCCCAAGCCAGCAGGAGTGGACATCTCTGAAGCACCTCAGAC  2156
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CAGGACCCCAGCTTAGAAGCCTCAGGCCCATCCCCCAAGCCAGCAGGAGTGGACATCTCTGAAGCACCTCAGAC  2368

Query 2157  CTCTTCTCCCTGCCCATCTGCTGACATTGACATGAAGACAATGGAGACTGCAGAGAAACTGGCTAGATTTGTTG  2230
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CTCTTCTCCCTGCCCATCTGCTGACATTGACATGAAGACAATGGAGACTGCAGAGAAACTGGCTAGATTTGTTG  2442

Query 2231  CTCAGGTGGGACCAGAGATCGAACAATTCAGCATAGAAAACAGCACCGATAACCCTGACCTGTGGTTTCTACAT  2304
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  CTCAGGTGGGACCAGAGATCGAACAATTCAGCATAGAAAACAGCACCGATAACCCTGACCTGTGGTTTCTACAT  2516

Query 2305  GACCAAAATAGTTCTGCTTTCAAATTCTATCGAAAGAAAGTGTTTGAACTATGTCCATCAATTTGTTTCACGTC  2378
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GACCAAAATAGTTCTGCTTTCAAATTCTATCGAAAGAAAGTGTTTGAACTATGTCCATCAATTTGTTTCACGTC  2590

Query 2379  ATCTCCGCACAACCTTCACACTGGTGGTGGTGACACCACGGGTTCTCAGGAGAGCCCCGTGGACCTCATGGAAG  2452
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  ATCTCCGCACAACCTTCACACTGGTGGTGGTGACACCACGGGTTCTCAGGAGAGCCCCGTGGACCTCATGGAAG  2664

Query 2453  GGGAAGCAGAGTTTGAAGACGAGCCCCCTCCGCGGGAGGCTGAGCTGGAGAGCCCAG-----------------  2509
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
Sbjct 2665  GGGAAGCAGAGTTTGAAGACGAGCCCCCTCCGCGGGAGGCTGAGCTGGAGAGCCCAGAGGTGATGCCTGAGGAG  2738

Query 2510  --------------------------------------------------------------------------  2509
                                                                                      
Sbjct 2739  GAGGACGAGGACGATGAGGATGGGGGAGAGGAGGCCCCCGCTCCTGGAGGGGCGGGCAAGTCTGAGGGCAGCAC  2812

Query 2510  -----------------------------------------------------------------AGGCCTCCT  2518
                                                                             |||||||||
Sbjct 2813  CCCTGCCGACGGCCTTCCCGGCGAGGCTGCCGAGGACGACCTGGCTGGAGCACCTGCCTTGTCACAGGCCTCCT  2886

Query 2519  CAGGTACCTGCTTCCCTCGGAAGAGGATCAGCAGCAAGTCATTGAAGGTTGGCATGATTCCAGCTCCCAAGAGA  2592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  CAGGTACCTGCTTCCCTCGGAAGAGGATCAGCAGCAAGTCATTGAAGGTTGGCATGATTCCAGCTCCCAAGAGA  2960

Query 2593  GTGTGTCTCATCCAGGAGCCAAAAGTCCATGAACCAGTTCGAATTGCCTATGACAGGCCTCGGGGTCGTCCCAT  2666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  GTGTGTCTCATCCAGGAGCCAAAAGTCCATGAACCAGTTCGAATTGCCTATGACAGGCCTCGGGGTCGTCCCAT  3034

Query 2667  GTCCAAAAAGAAGAAACCCAAGGACTTGGACTTCGCCCAGCAGAAGCTGACCGATAAGAACCTGGGCTTCCAGA  2740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  GTCCAAAAAGAAGAAACCCAAGGACTTGGACTTCGCCCAGCAGAAGCTGACCGATAAGAACCTGGGCTTCCAGA  3108

Query 2741  TGCTGCAGAAGATGGGCTGGAAGGAGGGCCATGGCCTGGGCTCCCTCGGAAAGGGCATCAGGGAGCCGGTCAGC  2814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  TGCTGCAGAAGATGGGCTGGAAGGAGGGCCATGGCCTGGGCTCCCTCGGAAAGGGCATCAGGGAGCCGGTCAGC  3182

Query 2815  G-------------------------------------------------------------------------  2815
            |                                                                         
Sbjct 3183  GTGGGAACCCCCTCGGAAGGGGAAGGGTTGGGTGCTGACGGGCAGGAGCACAAAGAAGACACATTCGATGTGTT  3256

Query 2816  --------------------TGTAC-------------------------------------------------  2820
                                |||||                                                 
Sbjct 3257  CCGACAGAGGATGATGCAGATGTACAGACACAAGCGGGCCAACAAATAGATCAAAACCACTGATGTGAAAGATA  3330

Query 2821  ---------GCAGCA----------------------------GG--CAGCCTG------------------GG  2837
                     ||||||                            ||  |.|||||                  ||
Sbjct 3331  AGCCTTGAAGCAGCAATTGCCCTTAAAACATCATCCCTGCCCTGGATCGGCCTGGAGCCAGTGCCCAAGTACGG  3404

Query 2838  GTGGGA----GTGG-GTGGGGCCTCAG---TCCTTCCACCTGCAGCCTGCCGCTTGGCTCCTTCACAGCCAAGA  2903
            .|.|||    |||| |||.||||.|.|   .||..||||||    ||||||     ||||||      ||||| 
Sbjct 3405  TTTGGAATCTGTGGCGTGTGGCCACTGACCGCCCCCCACCT----CCTGCC-----GCTCCT------CCAAG-  3462

Query 2904  TGGCTTACAGCTGGCAGTTGATT-TTTGTTTTTTAAACAG------AAGG---CATCTTC--------AGATGA  2959
                ||..|||||  ||.||.|| |.||..|..|...|||      ||||   |||||.|        |||   
Sbjct 3463  ----TTTGAGCTG--AGATGGTTCTGTGAGTCCTTGGCAGGGGTCAAAGGGCACATCTCCTTGAACCTAGA---  3527

Query 2960  GAAGC---------------------------------------------------------------------  2964
             ||||                                                                     
Sbjct 3528  -AAGCCCCCTACACTCTCAGAGGACACCTCTCCTGTGGATTCAGCGCTGGGGCAGTGAAGGTGTCGGGAGCCAG  3600

Query 2965  --------------------------------------------------------------------------  2964
                                                                                      
Sbjct 3601  CAGAGCATGTTCCAGGGTCACCCCCGAGAGGACAACAGGCATCTGGAAGTGCTCTCTCGCCACTCTGGGTGCTT  3674

Query 2965  --------------------------------------------------------------------------  2964
                                                                                      
Sbjct 3675  TACTGTCTCTGGCTTGTTTCCATCACTGGAAATCACTTAGAGAATTGTAGTGTTTTTGGTCCTTGATAAAGCCT  3748

Query 2965  --------------------------------------------------------------------------  2964
                                                                                      
Sbjct 3749  AGAAGACATTTGTGATGTTACAAAATGGAAGTTTTCTTTTGTTTCTGTTTTTTAAGATCTAAGAAGTTGTGAAT  3822

Query 2965  -------------------------------------------------  2964
                                                             
Sbjct 3823  GTTGTTAATCATTTAGCCGTTGCAATAAATGTAGAGGAAATGCAGTGTG  3871