Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_11946
• Subject: NM_001363463.1
• Aligned Length: 1521
• Identities: 930
• Gaps: 453

Alignment

Query    1  ATGCAGTGTGACGATCTCGGCTCACTGCAGCCTCCGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCGCCTGCCTCAGCCTCCC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCCGCCACCACACCCGGGCAAGTGTCCAGAGAATGGCTGGGATGAAAGTACAC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TTGAACTCTTTTTACATGAACTTGCAATCATGGACAGCAACAATTTCTTAGGCAATTGTGGTGTGGGAGAAAGG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GAAGGGAGAGTGGCATCCGCACTGGTTGCTCGTCGTCATTACAGGTTCATTCATGGCATTGGACGATCCGGTGA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TATTTCTGCTGTGCAACCAAAAGCTGCAGGCTCTAGCCTTTTGAACAAAATTACCAATTCTTTGGTCCTGGACA  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TTATAAAGCTGGCTGGTGTCCATACAGTAGCCAACTGCTTTGTAGTTCCTATGGCAACTGGTATGAGTCTAACT  444
                                                              |||||||||||.|||||||||||.
Sbjct    1  --------------------------------------------------ATGGCAACTGGGATGAGTCTAACC  24

Query  445  CTGTGTTTCTTAACATTACGACACAAAAGACCAAAGGCAAAGTATATTATATGGCCACGAATAGACCAGAAGTC  518
            .||||||||.|.|||.||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct   25  TTGTGTTTCCTGACACTACGACACAAAAGACCAAAGGCCAAGTATATCATATGGCCACGGATAGACCAGAAGTC  98

Query  519  CTGCTTTAAATCCATGATCACTGCAGGTTTTGAGCCTGTGGTGATAGAAAATGTTTTGGAAGGTGACGAGCTGC  592
            |||||||||.||||||.||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.|||||||
Sbjct   99  CTGCTTTAAGTCCATGGTCACTGCAGGTTTTGAACCCGTGGTAATAGAAAACGTATTGGAAGGTGATGAGCTGC  172

Query  593  GTACAGACCTGAAAGCAGTGGAGGCTAAAGTCCAGGAACTTGGGCCTGATTGCATTCTGTGTATTCATTCTACT  666
            |.||||||||||||||.||||||||||||.|||||||.||.|||||.||...|||.|||||..||||||||||.
Sbjct  173  GCACAGACCTGAAAGCCGTGGAGGCTAAAATCCAGGAGCTCGGGCCGGAGCACATCCTGTGCCTTCATTCTACC  246

Query  667  ACATCCTGTTTTGCTCCAAGGGTGCCTGATAGATTAGAAGAACTGGCTGTGATTTGTGCTAATTATGACATTCC  740
            |||.||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  247  ACAGCCTGCTTTGCTCCAAGGGTGCCCGATAGATTAGAAGAACTGGCTGTGATTTGTGCTAATTATGACATTCC  320

Query  741  ACATATAGTTAATAATGCTTATGGAGTGCAGTCTTCAAAGTGTATGCATCTCATTCAGCAGGGGGCTCGAGTTG  814
            ||||.||||.||.||.|||||||||.|.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  321  ACATGTAGTCAACAACGCTTATGGATTACAGTCTTCAAAGTGCATGCATCTCATTCAGCAGGGGGCTCGGGTTG  394

Query  815  GTAGAATAGATGCTTTTGTTCAGAGCTTGGACAAAAATTTTATGGTTCCAGTAGGTGGTGCTATAATTGCTGGC  888
            |||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  395  GTAGAATTGATGCTTTCGTTCAGAGCTTGGACAAAAATTTTATGGTTCCAGTAGGTGGTGCTATAATTGCTGGC  468

Query  889  TTTAATGATTCATTCATTCAGGAAATCAGCAAGATGTATCCAGGAAGAGCTTCAGCTTCACCTTCTTTAGATGT  962
            ||||||||..|.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.||.|||||.||
Sbjct  469  TTTAATGAGCCCTTCATTCAGGACATCAGCAAGATGTATCCAGGAAGAGCCTCAGCCTCGCCGTCCTTAGACGT  542

Query  963  CCTTATTACTTTATTGTCACTTGGATCAAATGGCTATAAGAAGCTACTAAAAGAAAGAAAGGAAATGTTT-TCA  1035
            |||.||.||.||..|||||||.||.|..|.||||||.|.||||||..|.||.||.||||||||||||||| || 
Sbjct  543  CCTCATCACCTTGCTGTCACTGGGCTGCAGTGGCTACAGGAAGCTGTTGAAGGAGAGAAAGGAAATGTTTGTC-  615

Query 1036  TATTTGTCCAACCAAATAAAGAAGTTGTCAGAAGCCTACAATGAAAGACTGTTGCATACACCTCACAATCCCAT  1109
            |||||.||||.||||.|||||||||||.||||.|||.|||||||||||||..|.||.|||||||||||.||.||
Sbjct  616  TATTTATCCACCCAACTAAAGAAGTTGGCAGAGGCCCACAATGAAAGACTACTACAGACACCTCACAACCCTAT  689

Query 1110  ATCTTTAGCTATGACACTTAAAACACTAGATGAACACCGTGACAAAGCTGTCACTCAGCTTGGCTCGATGCTTT  1183
            |||.|||||||||||||||||.||..||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  690  ATCCTTAGCTATGACACTTAAGACGATAGATGGACACCATGACAAAGCTGTCACTCAGCTTGGCTCAATGCTTT  763

Query 1184  TTACCAGACAGGTTTCTGGAGCCAGGGTTGTGCCTCTTGGGTCCATGCAAACTGTGAGTGGCTATACTTTCAGA  1257
            ||||||||||.||.|||||||||||||.|||||||||||||..|.|||||||||||||||||.|||||||..||
Sbjct  764  TTACCAGACAAGTGTCTGGAGCCAGGGCTGTGCCTCTTGGGAACGTGCAAACTGTGAGTGGCCATACTTTTCGA  837

Query 1258  GGCTTTATGTCACATACAAATAATTACCCTTGTGCTTACCTCAATGCTGCATCAGCCATCGGAATGAAGATGCA  1331
            |||||.|||||.|||.||.||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||||||||.|||||||||||
Sbjct  838  GGCTTCATGTCCCATGCAGATAATTACCCCTGTGCTTACCTCAATGCGGCAGCAGCCATCGGGATGAAGATGCA  911

Query 1332  GGATGTGGACCTGTTCATAAAGAGACTTGACAGGTGTTTAAAGGCAGTAAGAAAAGAACGAAGTAAAGAGAGTG  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||||...||||||.|||||||..|.||.||..||||
Sbjct  912  GGATGTGGACCTGTTCATAAAGAGACTTGACAAGTGCTTAAACATAGTAAGGAAAGAACAGACTAGAGCAAGTG  985

Query 1406  ATGACAATTATG----------------ACAAAACTGAAGATGTGGATATTGAAGAAATGGCTTTAAAACTAGA  1463
                   ||.||                |||||.|||||||||.|||.|||||.|||||||||||.|||||.||
Sbjct  986  -------TTGTGTCTGGAGCTGACCGCAACAAAGCTGAAGATGCGGACATTGAGGAAATGGCTTTGAAACTGGA  1052

Query 1464  TAATGTACTTCTTGACACAT----ACCAGGATGCTTCTTCA  1500
            |.|.||.|||...|    ||    .|||||...||.||..|
Sbjct 1053  TGACGTGCTTGGGG----ATGTGGGCCAGGGCCCTGCTCTA  1089