Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_13606
• Subject: XR_921774.3
• Aligned Length: 3706
• Identities: 2523
• Gaps: 1183

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AGACTTTTGCTCCTGGGTTGGGTTTGCATCATCCCCATTACACCCTCGGGAAAGAGGAGCCAGCCCCCTTTCAA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GCCTTAGCTTCCGGCTCCAAGCGGACCCCCTCCCCCTCCCTGTCCCCTTCCCCTTCTCCCATCCCTCTCTCGGC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CACAGCGTCTTGTTAGTCCTCTCCCTGTACTCCGCAATATTTTCTTTCTTTCTCCCTCCTCTCCTCCATTTGTT  222

Query    1  -----------------------------ATGGTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTAC  45
                                         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTTTGATGTTTCCCACTCTTTGAGGAAGGATGGTTGATTTGGAGAGCGAAGTGCCCCCTCTGCCTCCCAGGTAC  296

Query   46  AGGTTTCGAGATTTGCTGCTAGGGGACCAAGGATGGCAAAACGACGACAGGGTACAAGTTGAATTCTATATGAA  119
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGGTTTCGAGATTTGCTGCTAGGGGACCAAGGATGGCAAAACGACGACAGGGTACAAGTTGAATTCTATATGAA  370

Query  120  TGAAAATACATTTAAAGAAAGACTAAAATTATTTTTCATAAAAAACCAGAGATCAAGTCTAAGGATACGCCTGT  193
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGAAAATACATTTAAAGAAAGACTAAAATTATTTTTCATAAAAAACCAGAGATCAAGTCTAAGGATACGCCTGT  444

Query  194  TCAATTTTTCTCTCAAATTACTAAGCTGCTTATTATACATAATCCGAGTACTACTAGAAAACCCTTCACAAGGA  267
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TCAATTTTTCTCTCAAATTACTAAGCTGCTTATTATACATAATCCGAGTACTACTAGAAAACCCTTCACAAGGA  518

Query  268  AATGAATGGTCTCATATCTTTTGGGTGAACAGAAGTCTACCTTTGTGGGGCTTACAGGTTTCAGTGGCATTGAT  341
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AATGAATGGTCTCATATCTTTTGGGTGAACAGAAGTCTACCTTTGTGGGGCTTACAGGTTTCAGTGGCATTGAT  592

Query  342  AAGTCTGTTTGAAACAATATTACTTGGTTATCTTAGTTATAAGGGAAACATCTGGGAACAGATTTTACGAATAC  415
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAGTCTGTTTGAAACAATATTACTTGGTTATCTTAGTTATAAGGGAAACATCTGGGAACAGATTTTACGAATAC  666

Query  416  CCTTCATCTTGGAAATAATTAATGCAGTTCCCTTCATTATCTCAATATTCTGGCCTTCCTTAAGGAATCTATTT  489
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CCTTCATCTTGGAAATAATTAATGCAGTTCCCTTCATTATCTCAATATTCTGGCCTTCCTTAAGGAATCTATTT  740

Query  490  GTCCCAGTCTTTCTGAACTGTTGGCTTGCCAAACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTACACAGAGCCAT  563
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GTCCCAGTCTTTCTGAACTGTTGGCTTGCCAAACATGCCTTGGAAAATATGATTAATGATCTACACAGAGCCAT  814

Query  564  TCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATCAAGTTTTGATTTTAATATCTACATTACTATGCCTTATCTTCACCT  637
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TCAGCGTACACAGTCTGCAATGTTTAATCAAGTTTTGATTTTAATATCTACATTACTATGCCTTATCTTCACCT  888

Query  638  GCATTTGTGGGATCCAACATCTGGAACGAATAGGAAAGAAGCTGAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATT  711
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GCATTTGTGGGATCCAACATCTGGAACGAATAGGAAAGAAGCTGAATCTCTTTGACTCCCTTTATTTCTGCATT  962

Query  712  GTGACGTTTTCTACTGTGGGCTTCGGGGATGTCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTTTTTGTAGTTGCTAT  785
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GTGACGTTTTCTACTGTGGGCTTCGGGGATGTCACTCCTGAAACATGGTCCTCCAAGCTTTTTGTAGTTGCTAT  1036

Query  786  GATTTGTGTTGCTCTTGTGGTTCTACCCATACAGTTTGAACAGCTGGCTTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGT  859
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GATTTGTGTTGCTCTTGTGGTTCTACCCATACAGTTTGAACAGCTGGCTTATTTGTGGATGGAGAGACAAAAGT  1110

Query  860  CAGGAGGAAACTATAGTCGACATAGAGCTCAAACTGAAAAGCATGTCGTCCTGTGTGTCAGCTCACTGAAGATT  933
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CAGGAGGAAACTATAGTCGACATAGAGCTCAAACTGAAAAGCATGTCGTCCTGTGTGTCAGCTCACTGAAGATT  1184

Query  934  GATTTACTTATGGATTTTTTAAATGAATTCTATGCTCATCCTAGGCTCCAGGATTATTATGTGGTGATTTTGTG  1007
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  GATTTACTTATGGATTTTTTAAATGAATTCTATGCTCATCCTAGGCTCCAGGATTATTATGTGGTGATTTTGTG  1258

Query 1008  TCCTACTGAAATGGATGTACAGGTTCGAAGGGTACTGCAGATTCCAATGTGGTCCCAACGAGTTATCTACCTTC  1081
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCCTACTGAAATGGATGTACAGGTTCGAAGGGTACTGCAGATTCCAATGTGGTCCCAACGAGTTATCTACCTTC  1332

Query 1082  AAGGTTCAGCCCTTAAAGATCAAGACCTATTGAGAGCAAAGATGGATGACGCTGAGGCCTGTTTTATTCTCAGT  1155
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AAGGTTCAGCCCTTAAAGATCAAGACCTATTGAGAGCAAAGATGGATGACGCTGAGGCCTGTTTTATTCTCAGT  1406

Query 1156  AGCCGTTGTGAAGTGGATAGGACATCATCTGATCACCAAACAATTTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGC  1229
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  AGCCGTTGTGAAGTGGATAGGACATCATCTGATCACCAAACAATTTTGAGAGCATGGGCTGTGAAAGATTTTGC  1480

Query 1230  TCCAAATTGTCCTTTGTATGTCCAGATATTAAAGCCTGAAAATAAATTTCACATCAAATTTGCTGATCATGTTG  1303
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TCCAAATTGTCCTTTGTATGTCCAGATATTAAAGCCTGAAAATAAATTTCACATCAAATTTGCTGATCATGTTG  1554

Query 1304  TTTGTGAAGAAGAGTTTAAATACGCCATGTTAGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTTATTACA  1377
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TTTGTGAAGAAGAGTTTAAATACGCCATGTTAGCTTTAAACTGTATATGCCCAGCAACATCTACACTTATTACA  1628

Query 1378  CTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCAAGAAGGCCAGCAATCGCCAGAACAATGGCAGAAGATGTACGGTAGATG  1451
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CTACTGGTTCATACCTCTAGAGGGCAAGAAGGCCAGCAATCGCCAGAACAATGGCAGAAGATGTACGGTAGATG  1702

Query 1452  CTCCGGGAATGAAGTCTACCACATTGTTTTGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGAAAGAGTTTTA  1525
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CTCCGGGAATGAAGTCTACCACATTGTTTTGGAAGAAAGTACATTTTTTGCTGAATATGAAGGAAAGAGTTTTA  1776

Query 1526  CATATGCCTCTTTCCATGCACACAAAAAGTTTGGCGTCTGCTTGATTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAAC  1599
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CATATGCCTCTTTCCATGCACACAAAAAGTTTGGCGTCTGCTTGATTGGTGTTAGGAGGGAGGATAATAAAAAC  1850

Query 1600  ATTTTGCTGAATCCAGGTCCTCGATACATTATGAATTCTACAGACATATGCTTTTATATTAATATTACCAAAGA  1673
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ATTTTGCTGAATCCAGGTCCTCGATACATTATGAATTCTACAGACATATGCTTTTATATTAATATTACCAAAGA  1924

Query 1674  AGAGAATTCAGCATTTAAAAACCAAGACCAGCAGAGAAAAAGCAATGTGTCCAGGTCGTTTTATCATGGACCTT  1747
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGAGAATTCAGCATTTAAAAACCAAGACCAGCAGAGAAAAAGCAATGTGTCCAGGTCGTTTTATCATGGACCTT  1998

Query 1748  CCAGATTACCTGTACATAGCATAATTGCCAGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGATACAAGCTGTAGA  1821
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CCAGATTACCTGTACATAGCATAATTGCCAGCATGGGTACTGTGGCTATAGACTTGCAAGATACAAGCTGTAGA  2072

Query 1822  TCAGCAAGTGGCCCTACCCTGTCTCTTCCTACAGAGGGAAGCAAAGAAATAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGT  1895
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TCAGCAAGTGGCCCTACCCTGTCTCTTCCTACAGAGGGAAGCAAAGAAATAAGAAGACCTAGCATTGCTCCTGT  2146

Query 1896  TTTAGAGGTTGCAGATACATCATCGATTCAAACATGTGATCTTCTAAGTGACCAATCAGAAGATGAAACTACAC  1969
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TTTAGAGGTTGCAGATACATCATCGATTCAAACATGTGATCTTCTAAGTGACCAATCAGAAGATGAAACTACAC  2220

Query 1970  CAGATGAAGAAATGTCTTCAAACTTAGAGTATGCTAAAGGTTACCCACCTTATTCTCCATATATAGGAAGTTCA  2043
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  CAGATGAAGAAATGTCTTCAAACTTAGAGTATGCTAAAGGTTACCCACCTTATTCTCCATATATAGGAAGTTCA  2294

Query 2044  CCCACTTTTTGTCATCTCCTTCATGAAAAAGTACCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAACATAA  2117
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CCCACTTTTTGTCATCTCCTTCATGAAAAAGTACCATTTTGCTGCTTAAGATTAGACAAGAGTTGCCAACATAA  2368

Query 2118  CTACTATGAGGATGCAAAAGCCTATGGATTCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATG  2191
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CTACTATGAGGATGCAAAAGCCTATGGATTCAAAAATAAACTAATTATAGTTGCAGCTGAAACAGCTGGAAATG  2442

Query 2192  GATTATATAACTTTATTGTTCCTCTCAGGGCATATTATAGACCAAAGAAAGAACTTAATCCCATAGTACTGCTA  2265
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GATTATATAACTTTATTGTTCCTCTCAGGGCATATTATAGACCAAAGAAAGAACTTAATCCCATAGTACTGCTA  2516

Query 2266  TTGGATAACCC---------------------------------------------------------------  2276
            |||||||||||                                                               
Sbjct 2517  TTGGATAACCCTTTTAGCCATAAAATCTCTGCCACAGACCATTGTTCCTGATTCAAGCGAAATATTTTTTCTGG  2590

Query 2277  -----------------------------------------------------------CCTAGATGACTTACT  2291
                                                                       |||||||||||||||
Sbjct 2591  ACTACTCCTGGGGATCTTGGACTCAAGGCTTTGGTAATACCCTGTCGCCTAATAACAGACCTAGATGACTTACT  2664

Query 2292  CAGGTGTGGAGTGACTTTTGCTGCTAATATGGTGGTTGTGGATAAAGAGAGCACCATGAGTGCCGAGGAAGACT  2365
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CAGGTGTGGAGTGACTTTTGCTGCTAATATGGTGGTTGTGGATAAAGAGAGCACCATGAGTGCCGAGGAAGACT  2738

Query 2366  ACATGGCAGATGCCAAAACCATTGTGAACGTGCAGACACTCTTCAGGTTGTTTTCCAGTCTCAGTATTATCACA  2439
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  ACATGGCAGATGCCAAAACCATTGTGAACGTGCAGACACTCTTCAGGTTGTTTTCCAGTCTCAGTATTATCACA  2812

Query 2440  GAGCTAACTCACCCCGCCAACATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAAGACTGTTACTCTCTTGCTCTTTCAAA  2513
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  GAGCTAACTCACCCCGCCAACATGAGATTCATGCAATTCAGAGCCAAAGACTGTTACTCTCTTGCTCTTTCAAA  2886

Query 2514  ACTGGAAAAGAAAGAACGGGAGAGAGGCTCTAACTTGGCCTTTATGTTTCGACTGCCTTTTGCTGCTGGGAGGG  2587
            ||||||||||                                                                
Sbjct 2887  ACTGGAAAAG----------------------------------------------------------------  2896

Query 2588  TGTTTAGCATCAGTATGTTGGACACTCTGCTGTATCAGTCATTTGTGAAGGATTATATGATTTCTATCACGAGA  2661
                                                                                      
Sbjct 2897  --------------------------------------------------------------------------  2896

Query 2662  CTTCTGTTGGGACTGGACACTACACCAGGATCTGGGTTTCTTTGTTCTATGAAAATCACTGCAGATGACTTATG  2735
                                                                                      
Sbjct 2897  --------------------------------------------------------------------------  2896

Query 2736  GATCAGAACTTATGCCAGACTTTATCAGAAGTTGTGTTCTTCTACTGGAGATGTTCCCATTGGAATCTACAGGA  2809
                                                                                      
Sbjct 2897  --------------------------------------------------------------------------  2896

Query 2810  CTGAGTCTCAGAAACTTACTACATCTGAGTCTCAAATATCTATCAGTGTAGAAGAGTGGGAAGACACCAAAGAC  2883
                                                                                      
Sbjct 2897  --------------------------------------------------------------------------  2896

Query 2884  TCCAAAGAACAAGGGCACCACCGCAGCAACCACCGCAACTCAACATCCAGTGACCAGTCGGACCATCCCTTGCT  2957
                                                                                      
Sbjct 2897  --------------------------------------------------------------------------  2896

Query 2958  GCGGAGAAAAAGCATGCAGTGGGCCCGAAGACTGAGCAGAAAAGGCCCAAAACACTCTGGTAAAACAGCTGAAA  3031
                                                                                      
Sbjct 2897  --------------------------------------------------------------------------  2896

Query 3032  AAATAACCCAGCAGCGACTGAACCTCTACAGGAGGTCAGAAAGACAAGAGCTTGCTGAACTTGTGAAAAATAGA  3105
                                                                                      
Sbjct 2897  --------------------------------------------------------------------------  2896

Query 3106  ATGAAACACTTGGGTCTTTCTACAGTGGGATATGATGAAATGAATGATCATCAAAGTACCCTCTCCTACATCCT  3179
                                                                                      
Sbjct 2897  --------------------------------------------------------------------------  2896

Query 3180  GATTAACCCATCTCCAGATACCAGAATAGAGCTGAATGATGTTGTATACTTAATTCGACCAGATCCACTGGCCT  3253
                                                                                      
Sbjct 2897  --------------------------------------------------------------------------  2896

Query 3254  ACCTTCCAAACAGTGAGCCCAGTCGAAGAAACAGCATCTGCAATGTCACTGGTCAAGATTCTCGGGAGGAAACT  3327
                                                                                      
Sbjct 2897  --------------------------------------------------------------------------  2896

Query 3328  CAACTC  3333
                  
Sbjct 2897  ------  2896