Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14849
• Subject: NM_001193533.2
• Aligned Length: 2528
• Identities: 1950
• Gaps: 566

Alignment

Query    1  ATGCCCCTGGCCGCCTACTGCTACCTGCGGGTCGTGGGCAAGGGGAGCTATGGAGAGGTGACGCTTGTGAAGCA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCCCTGGCCGCCTACTGCTACCTGCGGGTCGTGGGCAAGGGGAGCTATGGAGAGGTGACGCTTGTGAAGCA  74

Query   75  CCGGCGGGACGGCAAGCAGTATGTCATCAAAAAACTGAACCTCCGAAATGCCTCTAGCCGAGAGCGGCGAGCTG  148
            |||||||||||||||                                                           
Sbjct   75  CCGGCGGGACGGCAA-----------------------------------------------------------  89

Query  149  CTGAACAGGAAGCCCAGCTCTTGTCTCAGTTGAAGCATCCCAACATTGTCACCTACAAGGAGTCATGGGAAGGA  222
                                                                                      
Sbjct   90  --------------------------------------------------------------------------  89

Query  223  GGAGATGGTCTGCTCTACATTGTCATGGGCTTCTGTGAAGGAGGTGATTTGTACCGAAAGCTCAAGGAGCAGAA  296
                                                                                      
Sbjct   90  --------------------------------------------------------------------------  89

Query  297  AGGGCAGCTTCTGCCGGAGAATCAGGTGGTAGAGTGGTTTGTACAGATCGCCATGGCTTTGCAGTATTTACATG  370
                                                                        ||||||||||||||
Sbjct   90  ------------------------------------------------------------GCAGTATTTACATG  103

Query  371  AAAAACACATCCTTCATCGAGATCTGAAAACTCAAAATGTCTTCCTAACAAGAACAAACATCATCAAAGTAGGG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  104  AAAAACACATCCTTCATCGAGATCTGAAAACTCAAAATGTCTTCCTAACAAGAACAAACATCATCAAAGTAGGG  177

Query  445  GACCTAGGAATTGCCCGAGTGTTGGAGAACCACTGTGACATGGCTAGCACCCTCATTGGCACACCCTACTACAT  518
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  178  GACCTAGGAATTGCCCGAGTGTTAGAGAACCACTGTGACATGGCTAGCACCCTCATTGGCACACCCTACTACAT  251

Query  519  GAGCCCTGAATTGTTCTCAAACAAACCCTACAACTATAAGTCTGATGTTTGGGCTCTAGGATGCTGTGTCTATG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  252  GAGCCCTGAATTGTTCTCAAACAAACCCTACAACTATAAGTCTGATGTTTGGGCTCTAGGATGCTGTGTCTATG  325

Query  593  AAATGGCCACCTTGAAGCATGCTTTCAATGCAAAAGATATGAATTCTTTAGTTTATCGGATTATTGAAGGAAAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  326  AAATGGCCACCTTGAAGCATGCTTTCAATGCAAAAGATATGAATTCTTTAGTTTATCGGATTATTGAAGGAAAG  399

Query  667  CTGCCAGCAATGCCAAGAGATTACAGCCCAGAGCTGGCAGGACCTGATAAGAACAATGCTGAGCAAAAGGCCTG  740
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||| ||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  400  CTGCCACCAATGCCAAGAGATTACAGCCCAGAGCTGGCA-GAACTGATAAGAACAATGCTGAGCAAAAGGCCTG  472

Query  741  AAGAAAGGCCGTCTGTGAGGAGCATCCTGAGGCAGCCTTATATAAAGCGGCAAATCTCCTTCTTTTTGGAGGCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  473  AAGAAAGGCCGTCTGTGAGGAGCATCCTGAGGCAGCCTTATATAAAGCGGCAAATCTCCTTCTTTTTGGAGGCC  546

Query  815  ACAAAGATAAAAACCTCCAAAAATAACATTAAAAATGGTGACTCTCAATCCAAGCCTTTTGCTACAGTGGTTTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  547  ACAAAGATAAAAACCTCCAAAAATAACATTAAAAATGGTGACTCTCAATCCAAGCCTTTTGCTACAGTGGTTTC  620

Query  889  TGGAGAGGCAGAATCAAATCATGAAGTAATCCACCCCCAACCACTCTCTTCTGAGGGCTCCCAGACATATATAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  621  TGGAGAGGCAGAATCAAATCATGAAGTAATCCACCCCCAACCACTCTCTTCTGAGGGCTCCCAGACATATATAA  694

Query  963  TGGGTGAAGGCAAATGTTTGTCCCAGGAGAAACCCAGGGCCTCTGGTCTCTTGAAGTCACCTGCCAGTCTGAAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  695  TGGGTGAAGGCAAATGTTTGTCCCAGGAGAAACCCAGGGCCTCTGGTCTCTTGAAGTCACCTGCCAGTCTGAAA  768

Query 1037  GCCCATACCTGCAAACAGGACTTGAGCAATACCACAGAACTAGCCACAATCAGTAGCGTAAATATTGACATCTT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  769  GCCCATACCTGCAAACAGGACTTGAGCAATACCACAGAACTAGCCACAATCAGTAGCGTAAATATTGACATCTT  842

Query 1111  ACCTGCAAAAGGGAGGGATTCAGTGAGTGATGGCTTTGTTCAGGAGAATCAGCCAAGATATTTGGATGCCTCTA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  843  ACCTGCAAAAGGGAGGGATTCAGTGAGTGATGGCTTTGTTCAGGAGAATCAGCCAAGATATTTGGATGCCTCTA  916

Query 1185  ATGAGTTAGGAGGTATATGCAGTATTTCTCAAGTGGAAGAGGAGATGCTGCAGGACAACACTAAATCCAGTGCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  917  ATGAGTTAGGAGGTATATGCAGTATTTCTCAAGTGGAAGAGGAGATGCTGCAGGACAACACTAAATCCAGTGCC  990

Query 1259  CAGCCTGAAAACCTGATTCCCATGTGGTCCTCTGACATTGTCACTGGGGAAAAGAATGAACCAGTGAAGCCTCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  991  CAGCCTGAAAACCTGATTCCCATGTGGTCCTCTGACATTGTCACTGGGGAAAAGAATGAACCAGTGAAGCCTCT  1064

Query 1333  GCAGCCCCTAATCAAAGAACAAAAGCCAAAGGA-----------------------------------------  1365
            |||||||||||||||||||||||||||||||||                                         
Sbjct 1065  GCAGCCCCTAATCAAAGAACAAAAGCCAAAGGACCAGAGTCTTGCCCTGTCGCCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCA  1138

Query 1366  --------------------------------------------------------------------------  1365
                                                                                      
Sbjct 1139  CAATCTTGGCTCACAGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCAGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGG  1212

Query 1366  -----------------------CCAGGATCAAGTTGCTGGTGAATGTATTATAGAAAAACAGGGCAGAATCCA  1416
                                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213  ATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCCAGGATCAAGTTGCTGGTGAATGTATTATAGAAAAACAGGGCAGAATCCA  1286

Query 1417  CCCAGATTTACAGCCACACAACTCTGGGTCTGAACCTTCCCTGTCTCGACAGCGACGGCAAAAGAGGAGAGAAC  1490
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1287  CCCAGATTTACAGCCACACAACTCTGGGTCTGAACCTTCCCTGTCTCGACAGCGACGGCAAAAGAGGAGAGAAC  1360

Query 1491  AGACTGAGCACAGAGGGGAAAAGAGACAGGTCCGCAGAGATCTCTTTGCTTTCCAAGAGTCGCCTCCTCGATTT  1564
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1361  AGACTGAGCACAGAGGGGAAAAGAGACAGGTCCGCAGAGATCTCTTTGCTTTCCAAGAGTCGCCTCCTCGATTT  1434

Query 1565  TTGCCTTCTCATCCCATTGTTGGGAAAGTGGATGTCACATCAACACAAAAAGAGGCTGAAAACCAACGTAGAGT  1638
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435  TTGCCTTCTCATCCCATTGTTGGGAAAGTGGATGTCACATCAACACAAAAAGAGGCTGAAAACCAACGTAGAGT  1508

Query 1639  GGTCACTGGGTCTGTGAGCAGTTCAAGGAGCAGTGAGATGTCATCATCAAAGGATCGACCATTATCAGCCAGAG  1712
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1509  GGTCACTGGGTCTGTGAGCAGTTCAAGGAGCAGTGAGATGTCATCATCAAAGGATCGACCATTATCAGCCAGAG  1582

Query 1713  AGAGGAGGCGACTAAAGCAGTCACAGGAAGAAATGTCCTCT---------------------------------  1753
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                 
Sbjct 1583  AGAGGAGGCGACTAAAGCAGTCACAGGAAGAAATGTCCTCTTCAGGCCCTTCAGTGAGGAAAGCGTCTCTGAGT  1656

Query 1754  --------------------------------------------------------------------------  1753
                                                                                      
Sbjct 1657  GTAGCAGGGCCAGGAAAACCCCAGGAAGAAGACCAGCCCTTGCCTGCCCGACGGCTCTCCTCTGACTGCAGCGT  1730

Query 1754  ---TCAGGAAAGGAAACAGATTCATTGTCTGTCTGAGGATGAGTTAAGTTCTTCTACAAGTTCAACTGATAAGT  1824
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731  CACTCAGGAAAGGAAACAGATTCATTGTCTGTCTGAGGATGAGTTAAGTTCTTCTACAAGTTCAACTGATAAGT  1804

Query 1825  CAGATGGGGATTACGGGGAAGGGAAAGGTCAGACAAATGAAATTAATGCCTTGGTACAATTGATGACTCAGACC  1898
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805  CAGATGGGGATTACGGGGAAGGGAAAGGTCAGACAAATGAAATTAATGCCTTGGTACAATTGATGACTCAGACC  1878

Query 1899  CTGAAACTGGATTCTAAAGAGAGCTGTGAAGATGTCCCGGTAGCAAACCCAGTGTCAGAATTCAAACTTCATCG  1972
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879  CTGAAACTGGATTCTAAAGAGAGCTGTGAAGATGTCCCGGTAGCAAACCCAGTGTCAGAATTCAAACTTCATCG  1952

Query 1973  GAAATATCGGGACACACTGATACTTCATGGGAAGGTTGCAGAAGAGGCAGAGGAAATCCATTTTAAAGAGCTAC  2046
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1953  GAAATATCGGGACACACTGATACTTCATGGGAAGGTTGCAGAAGAGGCAGAGGAAATCCATTTTAAAGAGCTAC  2026

Query 2047  CTTCAGCTATTATGCCAGGTTCTGAAAAGATCAGGAGACTAGTTGAAGTCTTGAGAACTGATGTAATTCGTGGC  2120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2027  CTTCAGCTATTATGCCAGGTTCTGAAAAGATCAGGAGACTAGTTGAAGTCTTGAGAACTGATGTAATTCGTGGC  2100

Query 2121  CTGGGAGTTCAGCTTTTAGAGCAGGTGTATGATCTTTTGGAGGAGGAGGATGAATTTGATAGAGAGGTGAGTGT  2194
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||.|
Sbjct 2101  CTGGGAGTTCAGCTTTTAGAGCAGGTGTATGATCTTTTGGAGGAGGAGGATGAATTTGATAGAGAGGTACGTTT  2174

Query 2195  -------CTCA----TTAACTGTAT-CAAGATGCTTA---TGTTATAG------------AATTTTT-------  2234
                   |.||    |.||..|||| |||    ||||   |||.|.||            |||||||       
Sbjct 2175  GCGGGAGCACATGGGTGAAAAGTATACAA----CTTACAGTGTGAAAGCTCGCCAGTTGAAATTTTTTGAAGAA  2244

Query 2235  ------------  2234
                        
Sbjct 2245  AACATGAATTTT  2256