Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_14849
• Subject: XM_011245068.2
• Aligned Length: 2463
• Identities: 1795
• Gaps: 337

Alignment

Query    1  ATG---------CCCCTGGCCGCCTACTGCT------------ACCTGCGGGTCGTGGGCAAGGGGAGCT---A  50
            |||         .|||.|.|.|.||..||||            .|||||  .||||            ||   |
Sbjct    1  ATGGACCACCCCACCCAGCCAGTCTCATGCTTTTTGATCATCCTCCTGC--CTCGT------------CTTCGA  60

Query   51  TGGAGAGGTGACGCTTGTGAAGCACCGGCGGGACGGCAAGCAGTATGTCATCAAAAAACTGAACCTCCGAAATG  124
            ||.|          ||                     |..|.|||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct   61  TGTA----------TT---------------------ATACTGTATGTCATCAAAAAGCTGAACCTCCGAAATG  103

Query  125  CCTCTAGCCGAGAGCGGCGAGCTGCTGAACAGGAAGCCCAGCTCTTGTCTCAGTTGAAGCATCCCAACATTGTC  198
            ||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||.||||||.|.||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct  104  CCTCCAGCCGAGAGCGTCGAGCTGCTGAGCAGGAAGCTCAGCTCCTATCTCAGTTGAAGCACCCCAACATTGTC  177

Query  199  ACCTACAAGGAGTCATGGGAAGGAGGAGATGGTCTGCTCTACATTGTCATGGGCTTCTGTGAAGGAGGTGATTT  272
            ||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||.|
Sbjct  178  ACCTACAAAGAATCATGGGAGGGAGGAGACGGTCTGCTCTACATTGTCATGGGCTTCTGCGAAGGAGGTGATCT  251

Query  273  GTACCGAAAGCTCAAGGAGCAGAAAGGGCAGCTTCTGCCGGAGAATCAGGTGGTAGAGTGGTTTGTACAGATCG  346
            ||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct  252  GTACCGGAAGCTCAAGGAGCAGAAAGGGCAGCTTCTGCCTGAGAGTCAGGTGGTGGAGTGGTTTGTCCAGATCG  325

Query  347  CCATGGCTTTGCAGTATTTACATGAAAAACACATCCTTCATCGAGATCTGAAAACTCAAAATGTCTTCCTAACA  420
            |||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||
Sbjct  326  CCATGGCCTTGCAGTATTTACATGAGAAACACATCCTTCATCGAGATCTGAAAACTCAGAATGTCTTCTTAACA  399

Query  421  AGAACAAACATCATCAAAGTAGGGGACCTAGGAATTGCCCGAGTGTTGGAGAACCACTGTGACATGGCTAGCAC  494
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||.|||.||||||||||.|||||
Sbjct  400  AGAACAAACATCATCAAAGTGGGGGACCTAGGAATTGCCCGCGTCTTAGAGAATCACGGTGACATGGCGAGCAC  473

Query  495  CCTCATTGGCACACCCTACTACATGAGCCCTGAATTGTTCTCAAACAAACCCTACAACTATAAGTCTGATGTTT  568
            ||||||||||||||||||.||||||||||||||..|||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  474  CCTCATTGGCACACCCTATTACATGAGCCCTGAGCTGTTCTCCAACAAACCCTACAACTATAAGTCGGATGTTT  547

Query  569  GGGCTCTAGGATGCTGTGTCTATGAAATGGCCACCTTGAAGCATGCTTTCAATGCAAAAGATATGAATTCTTTA  642
            |||||.|.|||||||||||.|||||||||||||||.|||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||
Sbjct  548  GGGCTTTGGGATGCTGTGTATATGAAATGGCCACCCTGAAGCACGCTTTTAATGCAAAAGACATGAATTCTTTA  621

Query  643  GTTTATCGGATTATTGAAGGAAAGCTGCCAGCAATGCCAAGAGATTACAGCCCAGAGCTGGCAGGACCTGATAA  716
            ||||||||||||||||||||||||.||||..|||||||||.||.|||||||.|||||||||| .||.|||||||
Sbjct  622  GTTTATCGGATTATTGAAGGAAAGTTGCCGCCAATGCCAAAAGTTTACAGCACAGAGCTGGC-TGAGCTGATAA  694

Query  717  GAACAATGCTGAGCAAAAGGCCTGAAGAAAGGCCGTCTGTGAGGAGCATCCTGAGGCAGCCTTATATAAAGCGG  790
            |||||||||||||||.|||||||||.||.|||||.||||||.|||||||||||||||||||.||.|||||.|..
Sbjct  695  GAACAATGCTGAGCAGAAGGCCTGAGGAGAGGCCCTCTGTGCGGAGCATCCTGAGGCAGCCCTACATAAAACAC  768

Query  791  CAAATCTCCTTCTTTTTGGAGGCCACAAAGATAAAAACCTCCAAAAATAACATTAAAAATGGTGACTCTCA-AT  863
            ||.||||||||.||.|||||||||||.|||..||||||.|||||||||||..|||||||..||||||| || |.
Sbjct  769  CACATCTCCTTGTTCTTGGAGGCCACCAAGGCAAAAACTTCCAAAAATAATGTTAAAAACTGTGACTC-CAGAG  841

Query  864  CCAAGCCTTTTGCTACAGTGGTTTCTGGAGAGGCAGAATCAAATCATGAAGTAATCCACCCCCAACCACTCTCT  937
            ||||||||.|||||.|.||.|||||..||.|||.||||||||||..|||.||.||.|||..|||.||||.||||
Sbjct  842  CCAAGCCTGTTGCTGCTGTAGTTTCCAGAAAGGAAGAATCAAATACTGACGTGATACACTACCAGCCACGCTCT  915

Query  938  TCTGAGGGCTCCCAGACAT-------ATATAATGGGTGAAGGCAAATGTTTGTCCCAGGAGAAACCCAG-GGCC  1003
            |||||||||||       |       ||.|.||||||||||..||||||||||||||.|||||| |||| ||.|
Sbjct  916  TCTGAGGGCTC-------TGCTTTGCATGTCATGGGTGAAGATAAATGTTTGTCCCAAGAGAAA-CCAGTGGAC  981

Query 1004  TCTGGTCTCTTGAAGTCACCTGCCAGTCTGAAAGCCCATACCTGCAAACAGGACTTGAGCAATACCACAGA---  1074
            ..|||||.|||||..|||||.||.|||||..|||.|||.||..|||||||.|||.|||.||||||....||   
Sbjct  982  ATTGGTCCCTTGAGATCACCGGCTAGTCTTGAAGGCCACACTGGCAAACAAGACATGAACAATACTGGGGAGTC  1055

Query 1075  ACTAGCCACAATCAGTAGCGTAAATATTGACATCTTACCTGCAAAAGGGAGGGATTCAGTGAGTGATGGCTTTG  1148
            |...||||||||||||||..|||||||.||.||||||||||||.||.|||||||.||||.||..|.|||..|.|
Sbjct 1056  ATGTGCCACAATCAGTAGGATAAATATCGATATCTTACCTGCAGAAAGGAGGGACTCAGCGAACGCTGGTGTAG  1129

Query 1149  TTCAGGAGAATCAGCCAAGATATTTGGATGCCTCTAATGAGTTAGGAGGTATATGCAGTATTTCTCAAGTGGAA  1222
            |||||||||..||.|||..|.|..||||||||.||.||||..|||...||...||||||||||||||||    |
Sbjct 1130  TTCAGGAGAGCCAACCACAACACGTGGATGCCGCTGATGAAGTAGACAGTCAGTGCAGTATTTCTCAAG----A  1199

Query 1223  G-AGGAGATGCTGCAGGACAACACTAAATCCAGTGCCCAGCCTGAAAACCTGATTCCCATGTGGTCCTCTGA-C  1294
            | ||||||.|||.||||.|||.||.||.|||||||..|||||||.|||.||..||||||...|||||||||| .
Sbjct 1200  GAAGGAGAGGCTACAGGGCAATACCAAGTCCAGTGATCAGCCTGGAAATCTCCTTCCCAGACGGTCCTCTGATG  1273

Query 1295  ATTGTCACTGGGGAAAAGAATGAACCAGTGAAGCCTCTGCAGCCC-CTAATCAAAGAACAAAAGCCAAAGGACC  1367
            .|.||.| |||||||..||.|||||..||||||||..||.|.||| |.||| |||||.|||||||||   ||||
Sbjct 1274  GTGGTGA-TGGGGAAGGGAGTGAACTGGTGAAGCCATTGTATCCCTCAAAT-AAAGACCAAAAGCCA---GACC  1342

Query 1368  AGGATCAAGTTGCTGGTGAATGTATTATAGAAAAACAGGGCAGAATCCACCC-AGATTTACAGCCACACAACTC  1440
            |||||||||||.|||      |||||||||||||.||||.|||.|||||||| ||| |..||||||||||.|||
Sbjct 1343  AGGATCAAGTTACTG------GTATTATAGAAAATCAGGACAGCATCCACCCAAGA-TCCCAGCCACACAGCTC  1409

Query 1441  TGGGTCTGAACCTTCCCTGTCTCGACAGCGACGGCAAAAGAGGAGAGAACAGACTGAGCACAGAGGGGAAAAGA  1514
            |..||||||||||||..||||.||.||||||.||||.||.|..||.||||||||||..||.||..|...|||||
Sbjct 1410  TATGTCTGAACCTTCTTTGTCCCGGCAGCGAAGGCAGAAAAAAAGGGAACAGACTGCCCATAGTCGTACAAAGA  1483

Query 1515  GACAGGTCCGCAGAGATCTCTTTGCTTTCCAAGAGTCGCCTCCTCGATTTTTGCCTTCTCATCCCATTGTTGGG  1588
            |.|||                     ||||||||.|..||.|||||..|||||||||||.||||...|.|||||
Sbjct 1484  GCCAG---------------------TTCCAAGAATTACCCCCTCGGCTTTTGCCTTCTTATCCTGGTATTGGG  1536

Query 1589  AAAGTGGATGTCACATCAACACAAAAAGAGGCTGAAAACCAACGTAGA---GTGGTCACTGGGTCTGTGAGCAG  1659
            |||||||||.|||.|.|||||||..||.|.|.||.|||||||.||.||   ||||   ||||||.|||.|.|||
Sbjct 1537  AAAGTGGATATCATAGCAACACAGCAAAATGATGGAAACCAAGGTGGACCTGTGG---CTGGGTGTGTAAACAG  1607

Query 1660  TTCAAGGAGCAG-TGAGATGTCATCATCAAAGGATCGACCATTATCAGCCAGAGAGAGGAGGCGACTAAAGCAG  1732
            ||||||||.||| |.| |...|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||
Sbjct 1608  TTCAAGGACCAGCTCA-ACAGCATCAGCAAAGGATCGACCATTATCAGCCAGAGAGAGGAGACGGCTAAAGCAG  1680

Query 1733  TCACAGGAAGAAATG-----------------------------------------------------------  1747
            ||||||||.||.|||                                                           
Sbjct 1681  TCACAGGAGGAGATGCTGCCCTCAGGCCCTGCAGTTCAGAGAACTCCAAGTGCAGTTGAGCCACTGAAACCACA  1754

Query 1748  -------------------------------TCCTCTTC-----------------------------------  1755
                                           |.||||||                                   
Sbjct 1755  GGAAGAAGACCAACCCATCCCTGCCCAACGATTCTCTTCTGACTGCAGCATCACTCAGATGAATCACACACTCC  1828

Query 1756  --AGG--AAAGGAAA-----CAGATTCATTGTCTGTCTGAGGATGAGTTAAGTTCTTCTACAAGTTCAACTGAT  1820
              |||  ||||||.|     |.|||.|||.|.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 1829  CGAGGGAAAAGGAGAAGAGGCTGATGCATGGCCTGTCTGAGGATGAGTTAAGCTCTTCTACAAGCTCAACTGAT  1902

Query 1821  AAGTCAGATGGGGATTACGGGGAAGGGAAAGGTCAGACAAATGAAATTAATGCCTTGGTACAATTGATGACTCA  1894
            ||||||||||||||||.|.||||.|||||..||||.|||||||||||.||.|.|||||||||..||||||||||
Sbjct 1903  AAGTCAGATGGGGATTCCAGGGAGGGGAAGAGTCATACAAATGAAATGAAAGACTTGGTACAGCTGATGACTCA  1976

Query 1895  GACCCTGAAACTGGATTCTAAAGAGAGCTGTGAAGATGTCCCGGTAGCAAACCCAGTGTCAGAATTCAAACTTC  1968
            |||.||||..|||||..||||.|||||||||||||||.|||.|||...||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1977  GACTCTGAGGCTGGAAGCTAAGGAGAGCTGTGAAGATCTCCAGGTCCTAAACCCAGGGTCAGAATTCAGACTTC  2050

Query 1969  ATCGGAAATATCGGGACACACTGATACTTCATGGGAAGGTTGCAGAAGAGGCAGAGGAAATCCATTTTAAAGAG  2042
            ||||.||.|||||.|||||.|||.|.||||||||.|||||||||||||||   |.||||..|||.|.||..|||
Sbjct 2051  ATCGAAAGTATCGAGACACGCTGGTGCTTCATGGCAAGGTTGCAGAAGAG---GTGGAACCCCACTGTACGGAG  2121

Query 2043  CTACCTTCAGCTATTATGCCAGGTTCTGAAAAGATCAGGAGACTAGTTGAAGTCTTGAGAACTGATGTAATTCG  2116
            ||.|||.|.|.|||.||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||.|||.||||||||||.|.
Sbjct 2122  CTGCCTACGGGTATCATACCAGGTTCTGAAAAGATCAGGAGAATCGTTGAAGTCTTAAGAGCTGATGTAATCCA  2195

Query 2117  TGGCCTGGGAGTTCAGCTTTTAGAGCAGGTGTATGATCTTTTGGAGGAGGAGGATGAATTTGATAGAGAGG---  2187
            .||||||||..||||.||.|||||||||||||.|||||||||||..|||||.|||||.||.||.|||||||   
Sbjct 2196  GGGCCTGGGGATTCAACTCTTAGAGCAGGTGTTTGATCTTTTGGGAGAGGAAGATGAGTTGGAGAGAGAGGCAC  2269

Query 2188  -------TGAGTGTCTCAT------TAACTGTAT-CAAGATGCTTA---TGTTATAG------------AATTT  2232
                   .|||   |.|||      .||  |||| |||    ||||   |||.|.||            |||||
Sbjct 2270  GATTACAGGAG---CACATGGGAGACAA--GTATACAA----CTTACTGTGTGAAAGCTCGCCAATTGAAATTT  2334

Query 2233  TT-------------------  2234
            ||                   
Sbjct 2335  TTTGAAGAAAATGTGAGTTTT  2355