Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15907
• Subject: NM_001348187.1
• Aligned Length: 2481
• Identities: 2293
• Gaps: 186

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGTACTTGCGCAAAGACGACGAGGAGGCTGCGAAAAGTTAAGGGCCGGACCGCAGGCTGTGCTCGCTTCCGG  74

Query    1  -------------------ATGCTTGCGGACCTCGGCTTAATCGGAACCATAGGCGAGGATGACGAGGTGCCGG  55
                               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AAGTGGCTTCTGCGACAACATGCTTGCGGACCTCGGCTTAATCGGAACCATAGGCGAGGATGACGAGGTGCCGG  148

Query   56  TGGAGCCCGAGTCTGACTCCGGGGACGAGGAAGAGGAGGGGCCCATTGTGCTGGGCAGACGACAAAAAGCTTTG  129
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGGAGCCCGAGTCTGACTCCGGGGACGAGGAAGAGGAGGGGCCCATTGTGCTGGGCAGACGACAAAAAGCTTTG  222

Query  130  GGGAAGAACCGCAGTGCTGATTTCAACCCTGATTTCGTTTTCACTGAGAAGGAGGGGACGTACGATGGCAGCTG  203
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GGGAAGAACCGCAGTGCTGATTTCAACCCTGATTTCGTTTTCACTGAGAAGGAGGGGACGTACGATGGCAGCTG  296

Query  204  GGCCCTGGCTGATGTCATGAGCCAACTCAAGAAGAAGAGGGCAGCCACTACATTAGATGAGAAGATTGAGAAAG  277
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  GGCCCTGGCTGATGTCATGAGCCAACTCAAGAAGAAGAGGGCAGCCACTACATTAGATGAGAAGATTGAGAAAG  370

Query  278  TTCGAAAGAAAAGGAAAACAGAGGATAAAGAAGCCAAGTCTGGGAAGTTGGAAAAGGAGAAAGAAGCAAAGGAA  351
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TTCGAAAGAAAAGGAAAACAGAGGATAAAGAAGCCAAGTCTGGGAAGTTGGAAAAGGAGAAAGAAGCAAAGGAA  444

Query  352  GGCTCTGAACCAAAGGAGCAGGAAGACCTTCAAGAGAATGATGAGGAAGGCTCAGAAGATGAAGCCTCGGAGAC  425
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GGCTCTGAACCAAAGGAGCAGGAAGACCTTCAAGAGAATGATGAGGAAGGCTCAGAAGATGAAGCCTCGGAGAC  518

Query  426  TGACTACTCATCAGCTGATGAGAACATCCTCACCAAAGCAGATACACTCAAAGTAAAGGATCGGAAGAAGAAGA  499
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGACTACTCATCAGCTGATGAGAACATCCTCACCAAAGCAGATACACTCAAAGTAAAGGATCGGAAGAAGAAGA  592

Query  500  AGAAGAAAGGACAGGAAGCAGGAGGATTTTTTGAAGATGCATCTCAGTACGATGAAAACCTCTCGTTCCAGGAC  573
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AGAAGAAAGGACAGGAAGCAGGAGGATTTTTTGAAGATGCATCTCAGTACGATGAAAACCTCTCGTTCCAGGAC  666

Query  574  ATGAACCTTTCCCGCCCTCTTCTGAAGGCCATTACAGCCATGGGCTTCAAGCAGCCCACCCCGATCCAGAAGGC  647
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATGAACCTTTCCCGCCCTCTTCTGAAGGCCATTACAGCCATGGGCTTCAAGCAGCCCACCCCGATCCAGAAGGC  740

Query  648  GTGCATACCTGTGGGTCTATTGGGGAAGGACATCTGTGCCTGTGCAGCCACTGGGACAGGTAAAACTGCCGCCT  721
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  GTGCATACCTGTGGGTCTATTGGGGAAGGACATCTGTGCCTGTGCAGCCACTGGGACAGGTAAAACTGCCGCCT  814

Query  722  TTGCCCTGCCTGTTTTGGAGCGTCTGATTTATAAACCCCGCCAGGCTCCAGTCACCCGCGTGCTGGTGCTAGTG  795
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTGCCCTGCCTGTTTTGGAGCGTCTGATTTATAAACCCCGCCAGGCTCCAGTCACCCGCGTGCTGGTGCTAGTG  888

Query  796  CCCACCCGAGAGCTGGGCATCCAGGTGCACTCTGTCACCAGACAGCTGGCCCAGTTCTGCAACATCACCACCTG  869
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CCCACCCGAGAGCTGGGCATCCAGGTGCACTCTGTCACCAGACAGCTGGCCCAGTTCTGCAACATCACCACCTG  962

Query  870  CCTGGCTGTGGGCGGCTTGGATGTGAAGTCTCAGGAAGCAGCTCTTCGGGCAGCGCCTGACATCCTCATCGCCA  943
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CCTGGCTGTGGGCGGCTTGGATGTGAAGTCTCAGGAAGCAGCTCTTCGGGCAGCGCCTGACATCCTCATCGCCA  1036

Query  944  CCCCAGGCCGGCTCATCGATCACCTCCACAACTGCCCTTCCTTCCACCTGAGCAGCATCGAGGTGCTCATCCTG  1017
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CCCCAGGCCGGCTCATCGATCACCTCCACAACTGCCCTTCCTTCCACCTGAGCAGCATCGAGGTGCTCATCCTG  1110

Query 1018  GACGAGGCTGA---------------------------------------------------------------  1028
            |||||||||||                                                               
Sbjct 1111  GACGAGGCTGACAGCCCGCCTGTCGACACAGCCTGGCCACACGCCCCCACTTTGTGGCTTCTGCATTTGCCATT  1184

Query 1029  ------------------------------CAGGATGCTGGATGAGTACTTTGAGGAGCAGATGAAGGAGATCA  1072
                                          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TCCTCAGCCTGGAGCCATCTCCTGCCCCTTCAGGATGCTGGATGAGTACTTTGAGGAGCAGATGAAGGAGATCA  1258

Query 1073  TCCGAATGTGTTCCCACCACCGCCAGACCATGCTCTTCTCGGCCACCATGACAGACGAGGTGAAAGATCTGGCT  1146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCCGAATGTGTTCCCACCACCGCCAGACCATGCTCTTCTCGGCCACCATGACAGACGAGGTGAAAGATCTGGCT  1332

Query 1147  TCTGTCTCCTTGAAGAATCCTGTCCGGATATTTGTGAACAGCAACACAGATGTGGCTCCCTTTCTGCGGCAGGA  1220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1333  TCTGTCTCCTTGAAGAATCCTGTCCGGATATTTGTGAACAGCAACACAGATGTGGCTCCCTTCCTGCGGCAGGA  1406

Query 1221  GTTCATCCGGATCCGGCCTAATCGTGAAGGAGACCGGGAAGCCATCGTGGCAGCTTTGTTGACGAGGACCTTCA  1294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GTTCATCCGGATCCGGCCTAATCGTGAAGGAGACCGGGAAGCCATCGTGGCAGCTTTGTTGACGAGGACCTTCA  1480

Query 1295  CTGACCATGTGATGCTGTTCACGCAAACCAAGAAGCAGGCCCACCGCATGCACATCCTCCTGGGGCTCATGGGG  1368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  CTGACCATGTGATGCTGTTCACGCAAACCAAGAAGCAGGCCCACCGCATGCACATCCTCCTGGGGCTCATGGGG  1554

Query 1369  CTGCAGGTGGGTGAGCTCCATGGCAACTTGTCACAGACGCAGCGGCTGGAGGCCCTCCGGCGTTTTAAGGATGA  1442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CTGCAGGTGGGTGAGCTCCATGGCAACTTGTCACAGACGCAGCGGCTGGAGGCCCTCCGGCGTTTTAAGGATGA  1628

Query 1443  ACAGATTGACATCCTCGTGGCCACTGATGTGGCAGCCCGTGGACTTGACATTGAGGGGGTCAAAACGGTAATCA  1516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ACAGATTGACATCCTCGTGGCCACTGATGTGGCAGCCCGTGGACTTGACATTGAGGGGGTCAAAACGGTAATCA  1702

Query 1517  ACTTCACAATGCCTAATACCATCAAACATTATGTCCACCGGGTGGGGCGAACAGCACGTGCTGGCAGGGCTGGG  1590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  ACTTCACAATGCCTAATACCATCAAACATTATGTCCACCGGGTGGGGCGAACAGCACGTGCTGGCAGGGCTGGG  1776

Query 1591  CGCTCAGTCTCTCTGGTGGGAGAAGATGAGCGGAAGATGCTGAAGGAGATTGTAAAAGCTGCCAAGGCCCCTGT  1664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  CGCTCAGTCTCTCTGGTGGGAGAAGATGAGCGGAAGATGCTGAAGGAGATTGTAAAAGCTGCCAAGGCCCCTGT  1850

Query 1665  GAAGGCCAGGATACTTCCCCAAGATGTCATCCTCAAATTCCGGGACAAGATTGAGAAAATGGAGAAAGATGTGT  1738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GAAGGCCAGGATACTTCCCCAAGATGTCATCCTCAAATTCCGGGACAAGATTGAGAAAATGGAGAAAGATGTGT  1924

Query 1739  ATGCAGTTCTGCAGCTAGAGGCGGAGGAAAAAGAGATGCAGCAGTCAGAAGCCCAGATCAATACAGCAAAGCGG  1812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ATGCAGTTCTGCAGCTAGAGGCGGAGGAAAAAGAGATGCAGCAGTCAGAAGCCCAGATCAATACAGCAAAGCGG  1998

Query 1813  CTCCTGGAGAAGGGGAAGGAGGCAGTGGTCCAAGAGCCCGAGAGGAGCTGGTTCCAGACCAAAGAAGAGAGGAA  1886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CTCCTGGAGAAGGGGAAGGAGGCAGTGGTCCAAGAGCCCGAGAGGAGCTGGTTCCAGACCAAAGAAGAGAGGAA  2072

Query 1887  GAAGGAGAAAATTGCCAAAGCTCTGCAGGAATTTGACTTGGCCTTAAGAGGAAAGAAGAAAAGGAAGAAGTTTA  1960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GAAGGAGAAAATTGCCAAAGCTCTGCAGGAATTTGACTTGGCCTTAAGAGGAAAGAAGAAAAGGAAGAAGTTTA  2146

Query 1961  TGAAGGATGCCAAAAAAAAGGGGGAGATGACAGCAGAGGAAAGGTCTCAGTTTGAAATCCTCAAGGCGCAGATG  2034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TGAAGGATGCCAAAAAAAAGGGGGAGATGACAGCAGAGGAAAGGTCTCAGTTTGAAATCCTCAAGGCGCAGATG  2220

Query 2035  TTTGCTGAACGGCTAGCGAAGAGGAATCGCAGAGCCAAGCGGGCCCGAGCAATGCCCGAGGAGGAGCCAGTGAG  2108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  TTTGCTGAACGGCTAGCGAAGAGGAATCGCAGAGCCAAGCGGGCCCGAGCAATGCCCGAGGAGGAGCCAGTGAG  2294

Query 2109  AGGTCCTGCCAAGAAGCAAAAGCAGGGGAAGAAATCTGTATTTGATGAAGAACTCACCAACACAAGCAAGAAGG  2182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  AGGTCCTGCCAAGAAGCAAAAGCAGGGGAAGAAATCTGTATTTGATGAAGAACTCACCAACACAAGCAAGAAGG  2368

Query 2183  CCCTGAAACAGTATCGAGCTAGCCCTTCCTTTGAAGAAAGGAAACAGTTGGGCTTGCCCCACCAGAGACGAGGA  2256
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  CCCTGAAACAGTATCGAGCTGGCCCTTCCTTTGAAGAAAGGAAACAGTTGGGCTTGCCCCACCAGAGACGAGGA  2442

Query 2257  GGAAACTTTAAATCTAAATCCAGATACAAGAGGAGGAAG  2295
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  GGAAACTTTAAATCTAAATCCAGATACAAGAGGAGGAAG  2481