Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15972
• Subject: NM_001201545.1
• Aligned Length: 2949
• Identities: 2753
• Gaps: 192

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGAGGACTGCGGGGCGGGACCCTGTGCCGCGGCGGAGTCCAAGATGGCGGCGTGCGGTTCCGCTGTGTGAAAC  74

Query    1  ----------------------------------------------------------ATGAAGGGAAAAGAGC  16
                                                                      ||||||||||||||||
Sbjct   75  GAGCGCGGGGCGGCGGGTTACTCAGCTCCGCGGAGACGACCTCCGACGACCCGCAACAATGAAGGGAAAAGAGC  148

Query   17  GCTCGCCAGTGAAGGCCAAACGCTCCCGTGGTGGTGAGGACTCGACTTCCCGCGGTGAGCGGAGCAAGAAGTTA  90
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCTCGCCAGTGAAGGCCAAACGCTCCCGTGGTGGTGAGGACTCGACTTCCCGCGGTGAGCGGAGCAAGAAGTTA  222

Query   91  GGGGGCTCTGGTGGCAGCAATGGGAGCAGCAGCGGAAAGACCGATAGCGGCGGTGGGTCGCGGCGGAGTCTCCA  164
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GGGGGCTCTGGTGGCAGCAATGGGAGCAGCAGCGGAAAGACCGATAGCGGCGGTGGGTCGCGGCGGAGTCTCCA  296

Query  165  CCTGGACAAGTCCAGCAGTCGAGGTGGCAGCCGCGAGTATGATACCGGTGGGGGCAGCTCCAGTAGCCGCTTGC  238
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCTGGACAAGTCCAGCAGTCGAGGTGGCAGCCGCGAGTATGATACCGGTGGGGGCAGCTCCAGTAGCCGCTTGC  370

Query  239  ATAGTTATAGCTCCCCGAGCACCAAAAATTCTTCGGGCGGGGGCGAGTCGCGCAGCAGCTCCCGGGGTGGAGGC  312
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  ATAGTTATAGCTCCCCGAGCACCAAAAATTCTTCGGGCGGGGGCGAGTCGCGCAGCAGCTCCCGGGGTGGAGGC  444

Query  313  GGGGAGTCACGTTCCTCTGGGGCCGCCTCCTCAGCTCCCGGCGGCGGGGACGGCGCGGAATACAAGACTCTGAA  386
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GGGGAGTCACGTTCCTCTGGGGCCGCCTCCTCAGCTCCCGGCGGCGGGGACGGCGCGGAATACAAGACTCTGAA  518

Query  387  GATAAGCGAGTTGGGGTCCCAGCTTAGTGACGAAGCGGTGGAGGACGGCCTGTTTCATGAGTTCAAACGCTTCG  460
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GATAAGCGAGTTGGGGTCCCAGCTTAGTGACGAAGCGGTGGAGGACGGCCTGTTTCATGAGTTCAAACGCTTCG  592

Query  461  GTGATGTAAGTGTGAAAATCAGTCATCTGTCGGGTTCTGGCAGCGGGGATGAGCGGGTAGCCTTTGTGAACTTC  534
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GTGATGTAAGTGTGAAAATCAGTCATCTGTCGGGTTCTGGCAGCGGGGATGAGCGGGTAGCCTTTGTGAACTTC  666

Query  535  CGGCGGCCAGAGGACGCGCGGGCGGCCAAGCATGCCAGAGGCCGCCTGGTGCTCTATGACCGGCCTCTGAAGAT  608
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CGGCGGCCAGAGGACGCGCGGGCGGCCAAGCATGCCAGAGGCCGCCTGGTGCTCTATGACCGGCCTCTGAAGAT  740

Query  609  AGAAGCTGTGTATGTGAGCCGGCGCCGCAGCCGCTCCCCTTTAGACAAAGATACTTATCCTCCATCAGCCAGTG  682
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAAGCTGTGTATGTGAGCCGGCGCCGCAGCCGCTCCCCTTTAGACAAAGATACTTATCCTCCATCAGCCAGTG  814

Query  683  TGGTCGGGGCCTCTGTAGGTGGTCACCGGCACCCCCCTGGAGGTGGTGGAGGCCAGAGATCACTTTCCCCTGGT  756
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TGGTCGGGGCCTCTGTAGGTGGTCACCGGCACCCCCCTGGAGGTGGTGGAGGCCAGAGATCACTTTCCCCTGGT  888

Query  757  GGCGCTGCTTTGGGATACAGAGACTACCGGCTGCAGCAGTTGGCTCTTGGCCGCCTGCCCCCTCCACCTCCGCC  830
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GGCGCTGCTTTGGGATACAGAGACTACCGGCTGCAGCAGTTGGCTCTTGGCCGCCTGCCCCCTCCACCTCCGCC  962

Query  831  ACCATTGCCTCGAGACCTGGAGAGAGAAAGAGACTACCCGTTCTATGAGAGAGTGCGCCCTGCATACAGTCTTG  904
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ACCATTGCCTCGAGACCTGGAGAGAGAAAGAGACTACCCGTTCTATGAGAGAGTGCGCCCTGCATACAGTCTTG  1036

Query  905  AGCCAAGGGTGGGAGCTGGAGCAGGTGCTGCTCCTTTCAGAGAAGTGGATGAGATTTCACCCGAGGATGATCAG  978
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGCCAAGGGTGGGAGCTGGAGCAGGTGCTGCTCCTTTCAGAGAAGTGGATGAGATTTCACCCGAGGATGATCAG  1110

Query  979  CGAGCTAACCGGACGCTCTTCTTGGGCAACCTAGACATCACTGTAACGGAGAGTGATTTAAGAAGGGCGTTTGA  1052
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CGAGCTAACCGGACGCTCTTCTTGGGCAACCTAGACATCACTGTAACGGAGAGTGATTTAAGAAGGGCGTTTGA  1184

Query 1053  TCGCTTTGGAGTCATCACAGAAGTAGATATCAAGAGGCCTTCTCGCGGCCAGACTAGTACTTACGGCTTTCTCA  1126
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TCGCTTTGGAGTCATCACAGAAGTAGATATCAAGAGGCCTTCTCGCGGCCAGACTAGTACTTACGGCTTTCTCA  1258

Query 1127  AATTTGAGAACTTAGATATGTCTCACCGGGCCAAATTAGCAATGTCTGGCAAAATTATAATTCGGAATCCTATC  1200
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  AATTTGAGAACTTAGATATGTCTCACCGGGCCAAATTAGCAATGTCTGGCAAAATTATAATTCGGAATCCTATC  1332

Query 1201  AAAATTGGTTATGGTAAAGCTACACCCACCACCCGCCTCTGGGTGGGAGGCCTGGGACCTTGGGTTCCTCTTGC  1274
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AAAATTGGTTATGGTAAAGCTACACCCACCACCCGCCTCTGGGTGGGAGGCCTGGGACCTTGGGTTCCTCTTGC  1406

Query 1275  TGCCCTGGCACGAGAATTTGATCGATTTGGCACCATACGCACCATAGACTACCGAAAAGGTGATAGTTGGGCAT  1348
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TGCCCTGGCACGAGAATTTGATCGATTTGGCACCATACGCACCATAGACTACCGAAAAGGTGATAGTTGGGCAT  1480

Query 1349  ATATCCAGTATGAAAGCCTGGATGCAGCGCATGCTGCCTGGACCCATATGCGGGGCTTCCCTCTTGGTGGCCCA  1422
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1481  ATATCCAGTATGAAAGCCTGGATGCAGCGCATGCTGCCTGGACCCATATGCGGGGCTTCCCACTTGGTGGCCCA  1554

Query 1423  GATCGACGCCTTAGAGTAGACTTTGCCGACACCGAACATCGTTACCAGCAGCAGTATCTGCAGCCTCTGCCCTT  1496
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GATCGACGCCTTAGAGTAGACTTTGCCGACACCGAACATCGTTACCAGCAGCAGTATCTGCAGCCTCTGCCCTT  1628

Query 1497  GACTCATTATGAGCTGGTGACAGATGCTTTTGGACATCGGGCACCAGACCCTTTGAGGGGTGCTCGGGATAGGA  1570
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GACTCATTATGAGCTGGTGACAGATGCTTTTGGACATCGGGCACCAGACCCTTTGAGGGGTGCTCGGGATAGGA  1702

Query 1571  CACCACCCTTACTATACAGAGATCGTGATAGGGACCTTTATCCTGACTCTGATTGGGTGCCACCCCCACCCCCA  1644
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CACCACCCTTACTATACAGAGATCGTGATAGGGACCTTTATCCTGACTCTGATTGGGTGCCACCCCCACCCCCA  1776

Query 1645  GTCCGAGAACGCAGCACTCGGACTGCAGCTACTTCTGTGCCTGCTTACGAGCCACTGGATAGCCTAGATCGCAG  1718
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GTCCGAGAACGCAGCACTCGGACTGCAGCTACTTCTGTGCCTGCTTACGAGCCACTGGATAGCCTAGATCGCAG  1850

Query 1719  GCGGGATGGTTGGTCCTTGGACCGGGACAGAGGTGATCGAGATCTGCCCAGCAGCAGAGACCAGCCTAGGAAGC  1792
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GCGGGATGGTTGGTCCTTGGACCGGGACAGAGGTGATCGAGATCTGCCCAGCAGCAGAGACCAGCCTAGGAAGC  1924

Query 1793  GAAGGCTGCCTGAGGAGAGTGGAGGACGTCATCTGGATAGGTCTCCTGAGAGTGACCGCCCACGAAAACGTCAC  1866
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  GAAGGCTGCCTGAGGAGAGTGGAGGACGTCATCTGGATAGGTCTCCTGAGAGTGACCGCCCACGAAAACGTCAC  1998

Query 1867  TGCGCTCCTTCTCCTGACCGCAGTCCAGAATTGAGCAGTAGCCGGGATCGTTACAACAGCGACAATGATCGATC  1940
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  TGCGCTCCTTCTCCTGACCGCAGTCCAGAATTGAGCAGTAGCCGGGATCGTTACAACAGCGACAATGATCGATC  2072

Query 1941  TTCCCGTCTTCTCTTGGAAAGGCCCTCTCCAATCAGAGACAGACGAGGTAGTTTGGAGAAGAGCCAGGGTGACA  2014
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  TTCCCGTCTTCTCTTGGAAAGGCCCTCTCCAATCAGAGACAGACGAGGTAGTTTGGAGAAGAGCCAGGGTGACA  2146

Query 2015  AGCGAGACCGTAAAAACTCTGCATCAGCTGAACGAGATAGGAAGCACCGGACAACTGCTCCCACTGAGGGAAAA  2088
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  AGCGAGACCGTAAAAACTCTGCATCAGCTGAACGAGATAGGAAGCACCGGACAACTGCTCCCACTGAGGGAAAA  2220

Query 2089  AGCCCTCTGAAAAAAGAAGACCGCTCTGATGGGAGTGCACCTAGCACCAGCACTGCTTCCTCCAAGCTGAAGTC  2162
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  AGCCCTCTGAAAAAAGAAGACCGCTCTGATGGGAGTGCACCTAGCACCAGCACTGCTTCCTCCAAGCTGAAGTC  2294

Query 2163  CCCGTCCCAGAAACAGGATGGGGGGACAGCCCCTGTGGCATCAGCCTCTCCCAAACTCTGTTTGGCCTGGCAGG  2236
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  CCCGTCCCAGAAACAGGATGGGGGGACAGCCCCTGTGGCATCAGCCTCTCCCAAACTCTGTTTGGCCTGGCAGG  2368

Query 2237  GCATGCTTCTACTGAAGAACAGCAACTTTCCTTCCAACATGCATCTGTTGCAGGGTGACCTCCAAGTGGCTAGT  2310
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  GCATGCTTCTACTGAAGAACAGCAACTTTCCTTCCAACATGCATCTGTTGCAGGGTGACCTCCAAGTGGCTAGT  2442

Query 2311  AGTCTTCTTGTGGAGGGTTCAACTGGAGGCAAAGTGGCCCAGCTCAAGATCACTCAGCGTCTCCGTTTGGACCA  2384
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  AGTCTTCTTGTGGAGGGTTCAACTGGAGGCAAAGTGGCCCAGCTCAAGATCACTCAGCGTCTCCGTTTGGACCA  2516

Query 2385  GCCCAAGTTGGATGAAGTAACTCGACGCATCAAAGTAGCAGGGCCCAATGGTTATGCCATTCTTTTGGCTGTGC  2458
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  GCCCAAGTTGGATGAAGTAACTCGACGCATCAAAGTAGCAGGGCCCAATGGTTATGCCATTCTTTTGGCTGTGC  2590

Query 2459  CTGGAAGTTCTGACAGCCGGTCCTCCTCTTCCTCAGCTGCATCAGACACTGCCACTTCTACTCAGAGGCCACTT  2532
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CTGGAAGTTCTGACAGCCGGTCCTCCTCTTCCTCAGCTGCATCAGACACTGCCACTTCTACTCAGAGGCCACTT  2664

Query 2533  AGGAACCTTGTGTCCTATTTAAAGCAAAAGCAGGCAGCCGGGGTGATCAGCCTCCCTGTGGGGGGCAACAAAGA  2606
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  AGGAACCTTGTGTCCTATTTAAAGCAAAAGCAGGCAGCCGGGGTGATCAGCCTCCCTGTGGGGGGCAACAAAGA  2738

Query 2607  CAAGGAAAACACCGGGGTCCTTCATGCCTTCCCACCTTGTGAGTTCTCCCAGCAGTTCCTGGATTCCCCTGCCA  2680
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  CAAGGAAAACACCGGGGTCCTTCATGCCTTCCCACCTTGTGAGTTCTCCCAGCAGTTCCTGGATTCCCCTGCCA  2812

Query 2681  AGGCACTGGCCAAATCTGAAGAAGATTACCTGGTCATGATCATTGTCCGTG-------GGTTTGGTTTTCAGAT  2747
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||            
Sbjct 2813  AGGCACTGGCCAAATCTGAAGAAGATTACCTGGTCATGATCATTGTCCGTGCAAAACTGGTT------------  2874

Query 2748  AGGAGTTAGGTATGAGAAC-----AAGAAGAGA--GA----AAACTTGGCGCTGACCCTGTTA  2799
                           ||||     |.|||||.|  ||    |||    ||.|           
Sbjct 2875  ---------------GAACAGCGGATGAAGATATGGAATTCAAA----GCTC-----------  2907